XLOC_039029 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039029
Unique NameXLOC_039029
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000192_pilon:406249..413132-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039029 ID=XLOC_039029|Name=XLOC_039029|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6884bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000192_pilon:406249..413132- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAGAGAAGGACTATTCACCTCTTTCAATACAAGTTGTAAGAGGGTT GAATGACAAACTGTATGAAAAAAGAAAGACAGCAGCTTTGGAAATTGAAC GGTACTGTATTATTTACTGTTCTAATTTTTAGAAGAATTTGTCTTCATGT AGGATTGTTATAGTCTCTGTACACTGGATTTATTTTGTTTTTGTGTCTCA CTGATAAAAATATGAATAAATTGTTTGATGTTTATTATTTAACTTTTATT TAACTCATCCCTTGTTTGTACCATGTAAAACATCAGGTCACCAATTCAAA TTACTTTTAAAATAAAAGATTTGATTTCCATTTCTTATGCAGAATGGTCA AAGAATTTCAAGCCAACAATGATGTAAAACAAATTCGAAAACTGATCACC ATTCTTACAGATGAATTTGCAGTTTCCCACAACCCACATAGTAGAAAAGG AGGTCTCATCGGTCTTGCAGCAACTGCTATTGCTCTCGGAAAGGTAGTTT AATTTGATTTCCATTTGCTTCTGATATCAGGTTTGGTACTATCTTAGCCC TTTATTTCTTAACCAATATAAAAAACCTGCATTTTAAAGTAAATTTTTAG TGATTTTGAAACGAAATTACAACAGTATTTATGTTAGCAAAAGTAGTCTG TTAAACCCTATAGAATAAGAAAAGTGCTTCAATGGAATTATTGGTTTATT AGCAAGAGCAAAGTTTTGTTTTTGCACCTTATTGATTTCAATTTATAATC ATAATCACCAACTATATGCCCTTGACGATTTTAATTTACTACTGATTTCT ATGATTATTATTGTTTTTTTAGGATGCAACATTCTATCTCTCAAGTCTTG TACCACCTGTCTTATCATGCTTCTCAGACCAAGACAGTCGTGTTCGCTAC TATGGATGTGAAGCTCTCTACAACATTGCAAAAGTAGCAAGAGGTTCTAT TCTTCCCTACTTCAATGAAATTTTTGATGGTCTCAGCAAGGTAGGTCCTT TTAATATTTGAACTAACCAATTGAGACTCAAACGAATTTGAAAAAGTCTC TGGAAGGCTTAAAAAAGTTTGTAAAGAACATATTTTATATCAGACAAACA ATATAACTAGAAGAAAAACCAACTTCAAATAAACAGGAACGTAAAAGTAG AGAAAAGAAAAGAAAGACATGAAGTCTGACATCAGGCCATCATATTTTTA ACTAAAACATCACACTGTCAAATTCAAAGCTTCTTCTCTTTTAGTTAGCT GCTGATCCAGACCCTAATGTAAAAAACGGAGCCGAGTTGCTAGATCGTCT CATAAAGGTATCATATATTGTTGTCTTTTGTAAAATAAAATTCTTTATAT GCAGCATGCAATTTGCACAAGGTATCAATGATGATAAATCTTTTAAAATT CCAAATGGGGTCAGAAAACCTTGATTTTTGTAAGTTAGGTGTTTGCTGTA AGAGTGCTGTGCTATAAACAACTTTTCCAGTGAAATCCAAACTTATTAGC ATCTAATGGATTCCCATCCTCAGAAATTATTGCTCTGTGTTGAGTTGTGT ATGTGATATTGCCAATATTCAATATTGTAGTATAAATCTTTAAAAGATGA TAAGATTGAATTTTAATGCTTAATTTTTTGTAATTCTTTTTTAGGATGTT GTTACTGAAAGCTCGAATTTTGACTTGCATTCTTTTGTACCCATTCTTCG TGAGCGAATATACACTACAAATCCTCATGCTAAGCAGTTTATTGTGTCTT GGGTATGTTATGTTATGTCTGCTCATACATTAAACTATTGATATACATTA TTTAGAGCTTTTATATTGGGATAGCTTATTCTTTCCTTACATGCTATGAC ATGTGGCTACTGAAAGAAACCAGAAAGCAGGAAATCTTTCTAAAAGCTTT ATTCTAACAATTCTTGGTTGTAGAGAAATCCCATACCAGGCTGGTAAGCA TAGTTTGGGCAATACCGTATTACTTCGAATAAACGCCCGGGGCGTTTATT AATTTTTTTGGATTTTAGGGGGGGCATTTATTCGAGGGGCGTTAAAAAGA GGGGGGCGTTTATTACAAAAATACAAAACTTGATAAGAATTGAAAGGACG AGAAATAAACAAAATAAACAAATATAAATGTTGTTTCGTTGTATTATTCT ATCCCACTACGTCAAAATAATCGTGTTTCGAATTAACGCCCCCTCTAAGG GGGGGCGTTTATTCGAGGGGGCGTTTAATAAATAATTTTTGAAAAAAGGG GGGCGTTTATTCGAGGGGGGCGTTTAAAAGAAGGGGGCGTTTATTCGAAG TAATACGGTATACCTGCTACAGATATTTGAGATTAAGTTTCTTGTTGTTT GACCTTTTCCAAAATAGTCAGAACAGATCAACCTCCCATGTAATTTCCTT TTTTTAGTATTTTAGTCAAAATTCAAATTAATTGTTTTTCCAATTTTTAC TGTTTTTATAGTTTTGATGTTATTGCTTTTTTAGCTGTCTGCCCTTGATG CAGTTCCAGAATTGGATCTATTGGTATACTTGCCAGAGTTTCTTGATGGA CTTTTCAATATTTTTCGCGATAAAAGTGGTGAAATCAGGAAAATGTAAGT ATAATTTTCTTCTTTTCCATTTATTCAAAAGAAGAGTCATTGTCTTCTTG TAACAAACATCATTGATTATTGATTATTAGTTTGGAATTTAAGAGTCTTT TTGATAAAGTTTTATTTTACTTTAAGGACAAAATAAATTATTTTTTGCTT AGGGTTCACTTATCGTTATAGGTGTGAATTCATTCTTGGCGAGTTTCTTA AAGATATCAAGAAGAATCATTCCACTGTCAACTTTGCAGCTATGGTTAAC AATTTAGTACATCACTCGCAATCTGAAGGTATATTATTTTCTTACTCCTC AAAAGTAACATATATTTACTTCAAAGTAAACAGTTCGATTCCTTTAATAC TGTATTTTCTTCCTTTGGGATATATTTTTCTATTTCTCTTTTTTTTCTTA GCAGTTAAAAAAGTATAACTGTATAATATTTCAATTATTTACTCGACCCC TACAAATGAAAACTTACTGAAAGTGATTCTCAGGTAATAGGATTGGCCAT GTTGATCATGCAATTTATAATTTTTTCTTTAAGATGAAATAATTCAGTTC ACAGCAGTAACATGGCTCAAAGAATTCGTCTCACTATCAGGAAGAACAAT GTTACCATTTTGTGCTTTGATACTCTCTTCTATTCTTCCTTGTGTTTCAT ATGATCAACCCAAACAACACATCAGAGAAGTTGCAAAACTTGTCAATAAT GGTGAGAAACAACTTTTTCAGATCCAATAAGCATCAATTAGAAAATTCCT TTCCTCCTGTACAATCAATCTCATTTCGCTCACAAAGCGCTTTCAAAATG TGTCATCTTCCTTGCCTCTTCCCTCTAAGCAGTTCTTTAGGTCAGATCAT AGATAGTGTATCAATAACAGAAGTTATTAGTCTCCATTTTAAAATCCTTA CCCTCCCTTTGAAAACCTTCCCCTCCCTTGTTGCTTACCCTACCCTTTAT GGAGCACTTTTCGGGCTCTATCTCTCGTTGGTCCAGGTTGCTCATATATT GGGGCTTTACTTCTGTATTATTACTAGAGCACTAACAGTAATCTGGTAAA TTGTCAATAAAATGCATCTCCTTTTGTAAACAGGTCTGATGAAATTGATC ACCACTGAAGATGATTATGACGTCAACGAGAAAGAAACAATAACAAAGAT GGCGTCACAGATTGATCTCAGTCGTGTGGTGGAAGTGCTAACAAGACAAC TTTCACATAAACAAATACATACTAGGATAGCTGTCTTGAGATGGGTTTTA CAGTTACATATGAAGACTCCAAATAGGGTATCTATAAAAACTCTTTCCTT ACTAACAAGAACGAGATGTTTTTAATATCATAATACCCATCTAGATAAGG TTATTGGCAAATTTCACTAACATTTAACTGATTGGTAGTGTTAAAAGACC TATGGGTTTGGTCACAGGTAATTCCAAGCAAAGTCTTCGGTGATATAGTC TTTACTGGCTTTAAAGTGTTTTGTGCACTTCTATCTCATCTACTAATCTG CTTTTGGTGATTAACTTTGACTCTTATGCTTATATCAAACTACTCAACTA TTTTCAGCTCTTCCAACACATTGAGCAACTCTTTCCAGCTCTGGTGAAAA CATTATCTGATCCATCTGATGAGGTATGTACAGTATGATTTTATTTCTAT CTCAATAAGCATGCCCTTCTTGATCCATGCTCTTTGAACTGGTGTCTAAA TGACACCAGGCTCTGGCTAGGGCCAGACCTAGGGTCTCGCTCTAGAATGG AGAAGTGTGGCGCCTCCTTCCCTCCACTAGCCTGGGTGTTCGCCTTGAGC AAGCGTTACTCCACCCACGCTCCCCTTGTCAGGGTCACGACACCAACTGG CAATAATGTTCTGACAACTCGTCATCTTCATTGGCAACAGCAATGTGGCT TGTCAACTCGGCATCCTCGTTGGTACCCTGGCGGATATCAGAATCAACTC GGTCCTATATCTGGCATCTATTGCAACAGACTATCTTTATTCGGCTGTCC TAGCTTGCTTTGCCGCCGTGTCCATGGAGTTTTCTGCCAAGGGAAGTTGC TCTTGTCCCAAGCAGCTTCGACATACATTGGGACAGCCTTACAGAGCAAT TAAGAACTGTACAACAACGTCATCTGCGAAACATTCTGCATATTAAATGG GATGATTTTGTCAGTAATGAGGAGATATTAAGGAGATCCGATTCGGTAGA TATCGAAGTTATGCTAGCCCAGAATCGACTCCGTTGGCTCGGTCACGTTG CCCGTATGGACAACAATCGAACTGTTAAGCAACTTTTTTACGGTGAACTA GTTCTAGGCAGCAGACCGATTGGGCGTCCACGCTTGAGGTACAAAGATAA CATAAAAGCTCTACTTAAGACTGGTGACATCCTTCACTCGTGGAATGATT CAGTTTCAGACCGATCCGGTTGGAGACGTAATGTGTCATCTGTCTGTGAA AAATTGAATGTAAAACGTGTGGATATGTACGAAAGAAGAAAAGAAAGAAG AAAAAGATAATATATATATTTTTTTTTTCTTAGTTCTCTTGTATTTTAAC TGTATTTTACTCGAATATCGAGTTTTAGGCGTATTATTAAATGACAAGAT AGTTTGTCACTTTTCATTTTAAACTAAATATTTTTATACTTCGAAAAAAA ACATCAGAGCTACAGCACACAAATCATAAGAATACTTCTTCTAAGAGGCT CCAGCCTGATTGAGAATTTAATGAGATTACTTTTCATTTTAGGTGGTGTT ACTGGATCTTGAAGTTTTAGCAGATATTTCAGCTTCATCAGCAGGCCCAC CTCGTTCCCAGGGCTCCACCTTATACGAAGTCACAAATACACCTTCACAA AAACACACATTGAATTCCTATTTTACCAAATTCATGAACAACCTTTTGAA AATCTTTAGTACCGATAAAAATTTGTTAGAAGAACGTGGGCCCTTCATTA TAAGGTAATTATTTCAAATTTTGCCATTTTGGCTGTGAATATATTTTGAA TTGTTAAGGAAACACCTAGTTTGACATGCAGTAATTAACTTTATATTTTG AGGTAAATCAGGATGTCGGAGGAGAAAGTCAGAAAAATAGCGTGATTTCT TTTTTTCAACACTCAGCCTAAAAATAGATTACTGTGTTTTCAACCTACTT CTGGGTTAGTTGAGTTGAAATGGGTTAAGGATTAATTATGATAAATGATT TTATCTTTAATTTCCTTTAGACATTTATGTTTACTGCTGAACGCTCAAAA CATTTATTGTGCATTAGCTGAAATTTTGACACAAGAAAAAGATGACTTGA AATTTGCTTCCATCATGGTCAACAATCTGAATATGATTCTACTGACCTCC AGTGAACTTTTCGAATTGAGGCTGAAACTGAAAGATCTAAATTCTGAGGT ATTGTTCCATTGAATTATTTCCACGATTCAAGTCCAGATTTTTTCTCATT CAAAAAAGTGATTGCTCCTTCTGATTCACAAACATGATAATTTCAATGTT TTATAAATGAACTAAACTGATTTTCATTTCCAAACGTACCAGGTTAGGGA TTTATTGATTCAGGCTTTTTCTTGATTTAGTCCCTATACACCTAAAACGT TCTGCTAAATGATTGTCGTATGTAAAAAAAAATTGAAGTCGTTGTACAGA AACAGACTTTTTGACGTCATTGACCCTCCTAGTATACTAAAGCCTATACT GTAATACTTTTTTCACGTATACGGTGTCGTTCAAGACCACAAACTTTGGT TTCGTATAATGACATCAAAAAATTGTTTTGACATTTTCACTAATTCTCAT TTGAAGTTATTCTCTCCCTTTCAGGATTCTTGTCATTTATTTACCATCTT GTATCGATGTTGGTGTCACAATCCGGTAGCTACAGTTTCATTATGTTTCT TATCACAAACCTACAAGCACACGTGTGATTTACTTCTCAAATTGTATCCT TTTCAACGAAGAAATGTACGGTGACATAGGCGTCCTTCATCAAAAGTTGA TTAAAAATTAAAAGTAAAAGTTTCCCTACTTTAGAGAGCATAATTCTTCT GGCAAAATTCGAGTTTTTTTTTCGTTTTTAGGCTCTAGCAATTAAATGAG CTTAAATAAGTCTCGTCGTAGATATTATTCGTTACTCGGATCTTACTGTT GAATTTTATTGCTAATGTATTATTTCCTTAACATATTCTCAAATTATGTA ACCAGTGGTAATCTAGAGGTCAATGCTGAGTTTTTGACGCAAGTTGATAA ATTGGTTCAAATGATCGAGTCCCCCATCTTTACT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000192_pilon:406249..413132-

>XLOC_039029 ID=XLOC_039029|Name=XLOC_039029|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3648bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000192_pilon:406249..413132- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCAGAGAAGGACTATTCACCTCTTTCAATACAAGTTGTAAGAGGGTT
GAATGACAAACTGTATGAAAAAAGAAAGACAGCAGCTTTGGAAATTGAAC
GATGGCAGAGAAGGACTATTCACCTCTTTCAATACAAGTTGTAAGAGGGT
TGAATGACAAACTGTATGAAAAAAGAAAGACAGCAGCTTTGGAAATTGAA
CGAATGGTCAAAGAATTTCAAGCCAACAATGATGTAAAACAAATTCGAAA
ACTGATCACCATTCTTACAGATGAATTTGCAGTTTCCCACAACCCACATA
GTAGAAAAGGAGGTCTCATCGGTCTTGCAGCAACTGCTATTGCTCTCGGA
AAGAATGGTCAAAGAATTTCAAGCCAACAATGATGTAAAACAAATTCGAA
AACTGATCACCATTCTTACAGATGAATTTGCAGTTTCCCACAACCCACAT
AGTAGAAAAGGAGGTCTCATCGGTCTTGCAGCAACTGCTATTGCTCTCGG
AAAGGATGCAACATTCTATCTCTCAAGTCTTGTACCACCTGTCTTATCAT
GCTTCTCAGACCAAGACAGTCGTGTTCGCTACTATGGATGTGAAGCTCTC
TACAACATTGCAAAAGTAGCAAGAGGTTCTATTCTTCCCTACTTCAATGA
AATTTTTGATGGTCTCAGCAAGGATGCAACATTCTATCTCTCAAGTCTTG
TACCACCTGTCTTATCATGCTTCTCAGACCAAGACAGTCGTGTTCGCTAC
TATGGATGTGAAGCTCTCTACAACATTGCAAAAGTAGCAAGAGGTTCTAT
TCTTCCCTACTTCAATGAAATTTTTGATGGTCTCAGCAAGTTAGCTGCTG
ATCCAGACCCTAATGTAAAAAACGGAGCCGAGTTGCTAGATCGTCTCATA
AAGTTAGCTGCTGATCCAGACCCTAATGTAAAAAACGGAGCCGAGTTGCT
AGATCGTCTCATAAAGGATGTTGTTACTGAAAGCTCGAATTTTGACTTGC
ATTCTTTTGTACCCATTCTTCGTGAGCGAATATACACTACAAATCCTCAT
GCTAAGCAGTTTATTGTGTCTTGGGATGTTGTTACTGAAAGCTCGAATTT
TGACTTGCATTCTTTTGTACCCATTCTTCGTGAGCGAATATACACTACAA
ATCCTCATGCTAAGCAGTTTATTGTGTCTTGGCTGTCTGCCCTTGATGCA
GTTCCAGAATTGGATCTATTGGTATACTTGCCAGAGTTTCTTGATGGACT
TTTCAATATTTTTCGCGATAAAAGTGGTGAAATCAGGAAAATCTGTCTGC
CCTTGATGCAGTTCCAGAATTGGATCTATTGGTATACTTGCCAGAGTTTC
TTGATGGACTTTTCAATATTTTTCGCGATAAAAGTGGTGAAATCAGGAAA
ATGTGTGAATTCATTCTTGGCGAGTTTCTTAAAGATATCAAGAAGAATCA
TTCCACTGTCAACTTTGCAGCTATGGTTAACAATTTAGTACATCACTCGC
AATCTGAAGGTGTGAATTCATTCTTGGCGAGTTTCTTAAAGATATCAAGA
AGAATCATTCCACTGTCAACTTTGCAGCTATGGTTAACAATTTAGTACAT
CACTCGCAATCTGAAGATGAAATAATTCAGTTCACAGCAGTAACATGGCT
CAAAGAATTCGTCTCACTATCAGGAAGAACAATGTTACCATTTTGTGCTT
TGATACTCTCTTCTATTCTTCCTTGTGTTTCATATGATCAACCCAAACAA
CACATCAGAGAAGTTGCAAAACTTGTCAATAATGATGAAATAATTCAGTT
CACAGCAGTAACATGGCTCAAAGAATTCGTCTCACTATCAGGAAGAACAA
TGTTACCATTTTGTGCTTTGATACTCTCTTCTATTCTTCCTTGTGTTTCA
TATGATCAACCCAAACAACACATCAGAGAAGTTGCAAAACTTGTCAATAA
TGGTCTGATGAAATTGATCACCACTGAAGATGATTATGACGTCAACGAGA
AAGAAACAATAACAAAGATGGCGTCACAGATTGATCTCAGTCGTGTGGTG
GAAGTGCTAACAAGACAACTTTCACATAAACAAATACATACTAGGATAGC
TGTCTTGAGATGGGTTTTACAGTTACATATGAAGACTCCAAATAGGGTCT
GATGAAATTGATCACCACTGAAGATGATTATGACGTCAACGAGAAAGAAA
CAATAACAAAGATGGCGTCACAGATTGATCTCAGTCGTGTGGTGGAAGTG
CTAACAAGACAACTTTCACATAAACAAATACATACTAGGATAGCTGTCTT
GAGATGGGTTTTACAGTTACATATGAAGACTCCAAATAGGCTCTTCCAAC
ACATTGAGCAACTCTTTCCAGCTCTGGTGAAAACATTATCTGATCCATCT
GATGAGCTCTTCCAACACATTGAGCAACTCTTTCCAGCTCTGGTGAAAAC
ATTATCTGATCCATCTGATGAGGTGGTGTTACTGGATCTTGAAGTTTTAG
CAGATATTTCAGCTTCATCAGCAGGCCCACCTCGTTCCCAGGGCTCCACC
TTATACGAAGTCACAAATACACCTTCACAAAAACACACATTGAATTCCTA
TTTTACCAAATTCATGAACAACCTTTTGAAAATCTTTAGTACCGATAAAA
ATTTGTTAGAAGAACGTGGGCCCTTCATTATAAGGTGGTGTTACTGGATC
TTGAAGTTTTAGCAGATATTTCAGCTTCATCAGCAGGCCCACCTCGTTCC
CAGGGCTCCACCTTATACGAAGTCACAAATACACCTTCACAAAAACACAC
ATTGAATTCCTATTTTACCAAATTCATGAACAACCTTTTGAAAATCTTTA
GTACCGATAAAAATTTGTTAGAAGAACGTGGGCCCTTCATTATAAGACAT
TTATGTTTACTGCTGAACGCTCAAAACATTTATTGTGCATTAGCTGAAAT
TTTGACACAAGAAAAAGATGACTTGAAATTTGCTTCCATCATGGTCAACA
ATCTGAATATGATTCTACTGACCTCCAGTGAACTTTTCGAATTGAGGCTG
AAACTGAAAGATCTAAATTCTGAGACATTTATGTTTACTGCTGAACGCTC
AAAACATTTATTGTGCATTAGCTGAAATTTTGACACAAGAAAAAGATGAC
TTGAAATTTGCTTCCATCATGGTCAACAATCTGAATATGATTCTACTGAC
CTCCAGTGAACTTTTCGAATTGAGGCTGAAACTGAAAGATCTAAATTCTG
AGGATTCTTGTCATTTATTTACCATCTTGTATCGATGTTGGTGTCACAAT
CCGGTAGCTACAGTTTCATTATGTTTCTTATCACAAACCTACAAGCACAC
GTGTGATTTACTTCTCAAATTGATTCTTGTCATTTATTTACCATCTTGTA
TCGATGTTGGTGTCACAATCCGGTAGCTACAGTTTCATTATGTTTCTTAT
CACAAACCTACAAGCACACGTGTGATTTACTTCTCAAATTTGGTAATCTA
GAGGTCAATGCTGAGTTTTTGACGCAAGTTGATAAATTGGTTCAAATGAT
CGAGTCCCCCATCTTTACTTGGTAATCTAGAGGTCAATGCTGAGTTTTTG
ACGCAAGTTGATAAATTGGTTCAAATGATCGAGTCCCCCATCTTTACT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039029XLOC_039029-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000192_pilongenomesc0000192_pilon:406249..413132 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1747-1824:79
Aaloc1627-1743:461
Aaloc1450-1626:1064
Aaloc1237-1446:1543
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Aaloc1-99:6885