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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000078_pilon:1135767..1146789+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.11023.1.p1 ID=MSTRG.11023.1.p1|Name=MSTRG.11023.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11023bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1135767..1146789+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TAATCATTCACATTTCTCTTATATTTTTACAGTGtgtaaataaatcaaaa
attaaaaaaagttaaatcgatacaatacaaaataattaaCATGGATTTGA
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TATATTGCAGCTCAACTTTGACCATTGATATAACTCCTCGCGATTGGTTC
TGATCGAAATCAGTGGTCTTTACTAAGCTTTCCAACGTTTTAAATTGGAA
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GTAGGGTACTGAATTCAAGATATCTCATGAACTACATATCAAAACCTATT
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tgattggtattttacagactaagCCTTCCCTTTTTTAAGTATATCTATAT
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AATAACGActcaaactttaaaggttttatttttacataagtgttcccatt
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CAGACCCTGGTTGATCCACTAAGTTGTACGAGAGATCACATTCGCAACAT
CACTTTAGATTAGAGGGTTGGAATGGCGATCTGATACGAGAGATTTATCT
GGGAACTTGTcgaaaaaatcctttttttatgctggtttttaaaaggtttt
caatttttagcataagaagaaagaagaaaatagcTCCAGTCTACGCTAGA
TTTTGCGGTTGATTCTCACTCAGGtctttttattcgaatcaatTTAACCA
GGACGGGATGGGATGTTACTTACACTAAACTGTGTAATGGCTACCTCCAA
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GTAGCGGTCATGGCGTTAACCTGTACTATATGACTCACCCCTACAAACCA
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AATACCCGTTAAAAGCAAGTGATTGTCAATCCCATTGGATACTTTTCTTA
ACCTTATTCCCACAGATTCAATGGGTCGTTGAGACAGGGATCTTCTAATG
ATCAAATCTCAAATGATCTTCAATTTTGGTTCTTTAAAACCATTCAACTT
GCATTGAACACGATTGTCTCTTGTTTCCCTGTAAAAATATTAGTGAGTAC
CAATATTGATAGCGCAACGAGTGTTAGAGATAGCGAGCGCTTTTAGCCTA
AATTTGCTTGCCAAAAATATAAAGTGCTTTAGGGTACGAGCATCAACTGC
TCGGGATATGTATTTTTGGTAAGCTTGATGAAGTCAAATGTATGCTTACG
ATTATCATTTCactatttaaatttttattgatgGAAAATGCCGTATATAT
AATGGTCTATAAATTAttacatttttccaatttcatcTTATTCAAAATAA
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GATGACAATAAGTGagatatttcaaattgatttaattttatttaaatcaa
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ACAAAAATGCTTCAATCGATTGAAAATATGAGTCTCAGACAACGTTTGAG
TTGTCAAAACTAAAGAGAGATAGatcttaatttttatgaaaaattcgaaa
tattcTGGTCtataaaatacacatttttcatCCCACCATCTCGAAACTTC
ACTTGAATGTTTCTGGCCTTAAAAACTAACATCTGTGAAATTTTAATGAG
GTTTACTTGGTTTTTTGCTGAGCTATaaagaaaaacgtcaaaaaattttc
ttctatttttggGCAGTTTTGaccgaatttttcaaaataaatggactgta
aatcaaaaaaaagtcgCCTAAAATCCATAAAACTTTCCACAATGCTACAA
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ATCTAAAACCCTGCAAAGTTTAAATAGGTTTTGATATGTAGTTCatgaaa
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TGCCACTTACCCTCGAAACACCCCCTCTGAAAAGTTATTGCCCCCTGGTT
AGCCTGAAAACCATTGTGATTCTCAAAACATAGATAAAAAcccaaaaaca
gtttcaaacctttttcGCCGTCAAGGTGGTACCTCATGCCCCATATTGCC
TGGACTACTAAGTaggttttatttgattttctaatcATCATTTTTGTAAC
AAGTTCTAATTCAAAATAATACTTCTTCAAAGTGGAGATCAATCTTGTCA
GTTTCTTGTGTCTTGGCCTTTCTATATCTATATATATAGATCGTGCGAAA
GCTACCAGTGCGAACTCGGATTACGTGACACTTGAGGAAGAATTAAGGGC
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TAAGAAACGTTGCTTTGATTCTATTTTATCTTAAACTCTTGGCTTTTAAA
GGCATATGATTATGTCattataattttttgatgatatgATTTACTGGGAA
CGAAAATCTGGACGCCTACTATCATGtatttttggaaaacttttccTAAA
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AGAAATTGTTAATTTtcggtaaaataaaatttttagtttgaattgAATAT
TAGATCTAAAAATCAGTTTAATTGATTAATTTTCACACTCGACATAcgtt
atgaatttattttttacccATAACTTTAATATCGGATTTGATAATTTCCC
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AATAAAGGGGTATCCAGGtagtttgacattttttggCTCCTTAAAACCTT
TGGtccaattattttccaaagttaAGATATGAAGATGGTTGCAcagttct
tacgttgaaattctattgttttcttgtAACTGTCAAAAACTTTATACTTG
AAAATATATCGATTCCGGAGGAAAGCAAAAAGATTCGCTGGTTTTGGTTA
GGCCCTGTTTAAGGAGAAATAAACAGTCTGAAGATCTCAaatcatctgat
tatccctttaaatgaCATCGTGTAGTATAAATCACCAATCATTTGCTTAC
AaggcatttttaaacaaaatgaaGAACCACTTTATTCCACTTCTGCGCCG
CACGAgccaaaaatttgagaaaattctatCGTTAATTCTGCTTTTAAATC
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TGTTGCCACACACTCACATACtataatattttaagaaaagCTAGTTCTTA
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TGATATGAAATGTGTACTTTATACTTAAGATTAAGTTGTACTAGAAATTG
AATTATATTGCGTAAAACACCACTCTTTTCAAGGAAAAGTGCAAATAAAG
TTATAAATGACCATGCCAAGGGCCCCCAGTTTTCTGCGCTAAACCTTTTT
GTacatgccataagttacacGAGTAGGTTGTTAAAGATCAAACTACAGAA
TATTGATTTCATCTCAATAGGAGATGACGAATCGTTTGGAATCGTTTTTT
CTGTCTCGCATAGTCCTGTTaaaaaaaTGTAAGGATAGCCAACGAGATTT
TGGAGGTCTGTTTCATTGTTACTGGCCAAAAAATAACACCAACAAGGGAT
AGCTTAAAACGAGGAAACTAATTTGATAATGAATTTcgtttttctatatt
ttttacaGCTAATCTGGTTCTGAAAGACACCATTGAGCGCATTCACGTCG
GTCAGGAATACGGAGACATTGAACGTGGTGTGTTCATCGTACGTGGTGAA
AACGTCGTCCTACTGGGAGAAGTTGTAAGTAGTTTGATTAGTACCAGTGT
CTTAAAAAGTACATAtaattgacgctctctaataggccatttcacagtcg
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GCTCACAGAAGGATGGTTCGATATGCTCCCTTATTCAATAATGAAAGTTA
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aCCATTGCGCTtaaaggtaaaaatattttggttggacccgccaatccccg
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ctttagcgtgtcggatgaaaatttctgcatctggtgCCAGATAAATGTAC
TATAAATTTGTACATATCCgtttgttcgtctgttaccagcttttctggag
ttttttttagtttttttcgcgattggctttgtattttttttttcagattt
cttattctgcattttgttacttttgctgcctttttatcctattttcttaC
ATTATCCTTCAGGTAAGTTCATtaagcatgtagcttgttttaaaaatgaa
gtttttactGAAATTCTAATGTCGAAAATGGCCCAAAAATAGTCTTTTTA
AATCGACTGCTGGTTATGGGAACTTCTCTGCCAAATTTCTACTGGACTAA
TTGAGGATTAGGTTGATTCCACTATCCTTTTACTTTCAAACTCTCGCCAA
CctttatttgtaaaaattgtTCGGTGGGACTAAATTCCTCAAAACTAACT
GTATGGCCGAATAAAGCTGACTCATGATTGCACGTTTATATCTGTCTCTA
ATTAAAAGTACTTATTCTTATGGTCAATAAATGTAGATGGTAGATGACTT
TTAAATGGTATTTGATATGTCTAGACCGCTGCGCAAAATAAATTGGCACT
TCATCCCAAATTTGCGAAACGATTTGCGTCAATTAGGTCGTTTAGGTGTT
TTTTATGGTTTCTCTTTATTATACTAACATTTCAAGGCCAACACGCAGTC
TGACTTTCCAATATGAAACTACTTGATATATCTTCGGTGTATGAATCaaa
gacactttttttaatgaagGAACAATCGGAGTTTTTCCAGTTTTCTAAGA
ATTATATCGTCAACGCTCATATAGCTGAGCTTTGATTGACGTAATCTAAT
GCGTATCAAAACCAGACCAAAACCCCCCTTTCTCCCTAAGTGGCAATGTT
GAAGGACATTGGAAAGGTCGGTGGGACGGCCTTTCCCACTCAAGATTGCC
ACTGGGGGAGAAAGGGGGGTCTTTCCCATTTTCTTCCCagcattttccag
tgtttttctcaaacattgaagtccatgattgtatcttttccttctttttt
tttaccagGATACAGAGAAAGAGGAAAGTAGCACATTACGAAAAGTCAGC
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ACATGCCTGATATGGGACTCGACGATTTTGCTTAAAACACTCTAAAAGTA
GTGCACCTCCAAAATCACACAGTTGCGTTATCTTGACTTATGACCAAGCT
CAGATACGCCCTGTACGCGCACCAGAACCACCCTTTGAATGAATCGTCCA
CCACACCGCCCCTGAAGGCTTGATCAATGGCGGAACCACCCAGGTATCGA
TACTAttgtgtttcgtcgttgttgttgttgtttttgtttgttatctatct
cgcgttgtgttattgttatCAAATGGAAGGGACATTTGGTAGCTCGCACT
GATGTTCTTACCAGCATTTTGACCAATCCTTATATCAGCGCGGTATGAGT
GTCACGTTGTTTGAAAACTGGGCAGACACATATAATATAATAGCAGTTGA
TGCTGATGgtcatttttttacaattaGAGAATTTCTAACTAATACTAAAT
TAAACATCGtacaatttttattaaaaaaagacataattTATGAGCTGAAA
AATTACAAAGGACTCGCTTAAAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000078_pilon:1135767..1146789+ >MSTRG.11023.1.p1 ID=MSTRG.11023.1.p1|Name=MSTRG.11023.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1680bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1135767..1146789+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGATTTGATGCATTTTGTTAAAACAAGGACAGCCAGTCTTCTTACAGA
ACTTGACAaaaaattaCTTGTTGTATTAAGAGATGGACGAACTCTCATTG
GTGAACTTATGTCCGTAGATCAATTTGCTAATCTGGTTCTGAAAGACACC
ATTGAGCGCATTCACGTCGGTCAGGAATACGGAGACATTGAACGTGGTGT
GTTCATCGTACGTGGTGAAAACGTCGTCCTACTGGGAGAAGTTGATACAG
AGAAAGAGGAAAGTAGCACATTACGAAAAGTCAGCATGGAAGATATCTTA
GAAGCACAACGTAAAGATTTACTTGAGAAAGAAGAGGTGGAAcgtaagaa
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GACTCGACGATTTTGCTTAAATGGATTTGATGCATTTTGTTAAAACAAGG
ACAGCCAGTCTTCTTACAGAACTTGACAaaaaattaCTTGTTGTATTAAG
AGATGGACGAACTCTCATTGGTGAACTTATGTCCGTAGATCAATTTGCTA
ATCTGGTTCTGAAAGACACCATTGAGCGCATTCACGTCGGTCAGGAATAC
GGAGACATTGAACGTGGTGTGTTCATCGTACGTGGTGAAAACGTCGTCCT
ACTGGGAGAAGTTGATACAGAGAAAGAGGAAAGTAGCACATTACGAAAAG
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GAAGAGGTGGAAcgtaagaaaaacattttgagacATGAACGTGGTTTACC
TCCTCACATGCCTGATATGGGACTCGACGATTTTGCTTAAATGGATTTGA
TGCATTTTGTTAAAACAAGGACAGCCAGTCTTCTTACAGAACTTGACAaa
aaattaCTTGTTGTATTAAGAGATGGACGAACTCTCATTGGTGAACTTAT
GTCCGTAGATCAATTTGCTAATCTGGTTCTGAAAGACACCATTGAGCGCA
TTCACGTCGGTCAGGAATACGGAGACATTGAACGTGGTGTGTTCATCGTA
CGTGGTGAAAACGTCGTCCTACTGGGAGAAGTTGATACAGAGAAAGAGGA
AAGTAGCACATTACGAAAAGTCAGCATGGAAGATATCTTAGAAGCACAAC
GTAAAGATTTACTTGAGAAAGAAGAGGTGGAAcgtaagaaaaacattttg
agacATGAACGTGGTTTACCTCCTCACATGCCTGATATGGGACTCGACGA
TTTTGCTTAAATGGATTTGATGCATTTTGTTAAAACAAGGACAGCCAGTC
TTCTTACAGAACTTGACAaaaaattaCTTGTTGTATTAAGAGATGGACGA
ACTCTCATTGGTGAACTTATGTCCGTAGATCAATTTGCTAATCTGGTTCT
GAAAGACACCATTGAGCGCATTCACGTCGGTCAGGAATACGGAGACATTG
AACGTGGTGTGTTCATCGTACGTGGTGAAAACGTCGTCCTACTGGGAGAA
GTTGATACAGAGAAAGAGGAAAGTAGCACATTACGAAAAGTCAGCATGGA
AGATATCTTAGAAGCACAACGTAAAGATTTACTTGAGAAAGAAGAGGTGG
AAcgtaagaaaaacattttgagacATGAACGTGGTTTACCTCCTCACATG
CCTGATATGGGACTCGACGATTTTGCTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000078_pilon | genome | sc0000078_pilon:1135767..1146789 + |
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