MSTRG.11019.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11019.2.p1
Unique NameMSTRG.11019.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000078_pilon:1061151..1097529-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11019.2.p1 ID=MSTRG.11019.2.p1|Name=MSTRG.11019.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36379bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1061151..1097529- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TCAAGATCATCTCGAAAATCATATCAAATCTTTGTATAAATACCGACTAA CTGTTGTTACTGAATCAGAGTAAAAATGAAGTACCACATTATAGTGTTAT CGTGTTTGCTATGGATAAAATTAACAGGTAATTACAATTTTTTTGTACAG TAGAGTCTCGAACCTTTATAATTCGAGTGTCTCCTTAACTCGAATAAGCT CCCTCGTCCCTTACCGTCGTTTCGTATAAGATTCCCATTTCCTCATTAAG ATTCTCGTTATTTTTCCGGGATAACTAGCACGAGATCAGAAAGGGTTTGC TTGTAAAGGTACGGAAGGTGTTGAAGTTACTCACGAAATTGCCCAATAGT CCAGGGAAAGTGTGCTAAAAATGAAAACAATTGTCCATTTTGAGATACAT ACCATGATGATTTTTAGAATCAGTATGAAAAAACCTTTCCAACGGTATAT AATATCACATGTTTTGGAACAAAAATAAAAAAGATTTTCCGGCATGCAGA CTGGTCTGTAAATTACTTCCGTAGCTCATAACTCGGACCCAGTCCATTTT CAGATATATGTTGTGATGTTTTTTAGAATCAGTGTGAGAAAACCTTTCCA ACGATATATTATATGACATGCTTTGAAGCTTTGAATTTTTTTCTTGCCTG GGAGGCATTCTGGTCTGTAAAATACACAAACAGGTGTTCTGGAAGTGGGT CAGAGGCTTAAAATGTTTCTTACCCCCTAAGGTACCACTGTACGAAATTT CATGCTTTCTAGTCAAAAACGCACAATTGATGCACACTTTCCCTGGACTA TAACTTTCCGAAGCTTAATTTTCAACTACCCAAAGAAAAGCTAGAAAAGT GGAAAAGGAATCTTAGTACGGAAATGGGAATCTTATACAAAACAACGGTA TAAACCTTACTCCGTAAGTAGAATTTTCCTAACTCGAACAAATTTGTGTT 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AATATTTGTTGAAAAAAAGAAGTGAATTGAATATTAATTTTATCTGGATT GAATGGATTTTGTCAGGGGTCATCTTTTCTTTGGGAAATGAGTGAATGAA TTCATGATAATTACTGTACAGTTGGTTGGTATTAGAATGTTTTGTGTTTG ACAAAAAAAACATGTTTTGGATATAAATTTAGCTTAAGTAGTTTGTTTCA CTTTATAAAAGACAAAAGGGAGATTTGAACTGGCTATAAACTTAATTTTT AAAAGACTTTCGTGATTTCTCTTTAATCATAAATTTAGTTAAAAAGCTTC TATTCTGACATACTCTCGAGCTTTGAGAATTTGCTCCTTTTCAACATTTT ATAAACAAAATTCTTCCTGAATAGCTATCTTTTCTTCCTTTGCAATGCAC TTGCATTATGTTTTTATTTTATTATTTATTTTTTGGTATATGATTTTTTT TAATTGAATGATTCTTTTTTTTTTGTTGATCGTTATTTTTAAAATAATTA TTTTATACTCTTCTTTCTTTTATATGTGATAATTTTTTGTGATTATATCT TTTAGACTTTGTATATTTTTCAACATTGCTTGCCTTTCTTTAGTTTGCTC TTATTCCTGCAAGTTCGTTATTGTATATAAACGAATTAAAAAATTCCAGA TTAAAATCTTTGTTTTTTTCCATAATTATATTTTTTATACTTTTTATAGG AAGATTTAGTTAATTGTTTATAATTTGATATAACACACCCATTATTACAG TATGACATGTAGAGCCGAGCCATAAGTTTTCAGTATATCATATCAAGATT TAACGTTCTATGATTTAAAATACTTTTGATATCATCCATATTTTTTTTGA TATAAGTTGAATTCGAATCTTTTTTCACATAATTTATACCAACGGGTAAA ATTTACCTAACTCCACGTTTGCACTTCAAGCCTCAGAGTTCATTAGTTAT TTAAAACTAGTTTCGAATCTGTCGTTGACCATTTTTTAATAGAAATGCAC TTAGTATTTAGTTAAAACATTTAATCTTTATGTACATAGGTCTACCTTTG TGATAGTAATTTTAACCCTCGTCGAGTGTAGTCGCGTTTTTAAAACAACA TTATCTTTTTTGTCAATCAGGTTTTTATGTTTGAAATATTCTTTTTCACG TTTATTTAGTGTCTATACTCTTAGCATTATATTGTATGCTTTAAAGAATA AAATAGTATAAATAAAATTTGTAACAAAG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000078_pilon:1061151..1097529-

>MSTRG.11019.2.p1 ID=MSTRG.11019.2.p1|Name=MSTRG.11019.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5460bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1061151..1097529- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ACACACCTTTCCCACCAAAGAATTTCAGACAAGAAAACAGTCCTGATCGA
ACATCAATCACAGTCTCTTGGTTACCACTTACTGATGATGAATGGGGAGG
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GGTTGAATTTAACGACAAAGGAATTAGGACCTCAACCTTCAGAATTTGGC
CAGGATGCAAACGTTTTTGTCTCTAGAAAAGTGGGAGAAAAAGATGTGGA
ATTTTATTTCTATACTATCAAAGGTTTAAATCCACAGGCTTTATGCACAG
AACCGTTATGGAAAAGGAGATGAAACCTGGTATGCCATCAAACATCACAG
CATCATTTTCAAATTTGCCGAAAGAGGCCCGTTTTGTTCGATGTTTTGCT
TCCCAAACATTTACTGGGACTAATACGCTAGAGAGAAGATTTACTATCTT
ACAACGTCCAAAATTTACAAACTGTTTGCAAAACATACAATCCAAAGAAA
CTGTGGCTGGCAACTCACTCGATATAACATGCAAAGTCTCTGGCAATCCA
ACTCCTAACTTGAAATGTTCATTGTTGGCTTTTGATAGAGAAATTTTAAA
TACTTTCCCTAAAAAAAATAGTGGTCGAAATCTCGAGGAAGATGAATGTT
TTCAATGGGACAATTCAGTTAGTGATTCATCCGTGTATGCTAACAACTCA
GGCTCCGCAATTATCAAGTTCAGATATAGCTATGGAGCTGAAGACCGTTC
AAGTGTTAATATTACATGTGGAATATGGAATACAGATCAAACCAAAATTA
TTCCCATGGTGACTAAAATTGGTAACCAACCTGCACAAAGAAGAAGTGGA
GTTACTGGCGATGTTTTAGGGAATAATGCAGCTCTTTATACAGAATCTAC
ACAACCAACTGTTATTGGGTTAAGATTGAGTAATATTGCAAAGACCTTCC
CAACTCAGTACCGTTGCGATGCATCTTTTACTAAAGCCGATGGTGTGGCT
GATAGTGTCCTAAGTGAACGTGTCATCCTTAATGTCTTAGATGAAGTACC
ACATTATAGTGTTATCGTGTTTGCTATGGATAAAATTAACAGACACACCT
TTCCCACCAAAGAATTTCAGACAAGAAAACAGTCCTGATCGAACATCAAT
CACAGTCTCTTGGTTACCACTTACTGATGATGAATGGGGAGGTGCTAAAG
ACAGCTACAGTGTAGCTTACTACATGATTGGTCAGGATGCAGGGTTGAAT
TTAACGACAAAGGAATTAGGACCTCAACCTTCAGAATTTGGCCAGGATGC
AAACGTTTTTGTCTCTAGAAAAGTGGGAGAAAAAGATGTGGAATTTTATT
TCTATACTATCAAAGGTTTAAATCCACAGGCTTTATGCACAGAACCGTTA
TGGAAAAGGAGATGAAACCTGGTATGCCATCAAACATCACAGCATCATTT
TCAAATTTGCCGAAAGAGGCCCGTTTTGTTCGATGTTTTGCTTCCCAAAC
ATTTACTGGGACTAATACGCTAGAGAGAAGATTTACTATCTTACAACGTC
CAAAATTTACAAACTGTTTGCAAAACATACAATCCAAAGAAACTGTGGCT
GGCAACTCACTCGATATAACATGCAAAGTCTCTGGCAATCCAACTCCTAA
CTTGAAATGTTCATTGTTGGCTTTTGATAGAGAAATTTTAAATACTTTCC
CTAAAAAAAATAGTGGTCGAAATCTCGAGGAAGATGAATGTTTTCAATGG
GACAATTCAGTTAGTGATTCATCCGTGTATGCTAACAACTCAGGCTCCGC
AATTATCAAGTTCAGATATAGCTATGGAGCTGAAGACCGTTCAAGTGTTA
ATATTACATGTGGAATATGGAATACAGATCAAACCAAAATTATTCCCATG
GTGACTAAAATTGGTAACCAACCTGCACAAAGAAGAAGTGGAGTTACTGG
CGATGTTTTAGGGAATAATGCAGCTCTTTATACAGAATCTACACAACCAA
CTGTTATTGGGTTAAGATTGAGTAATATTGCAAAGACCTTCCCAACTCAG
TACCGTTGCGATGCATCTTTTACTAAAGCCGATGGTGTGGCTGATAGTGT
CCTAAGTGAACGTGTCATCCTTAATGTCTTAGATGAAGTACCACATTATA
GTGTTATCGTGTTTGCTATGGATAAAATTAACAGACACACCTTTCCCACC
AAAGAATTTCAGACAAGAAAACAGTCCTGATCGAACATCAATCACAGTCT
CTTGGTTACCACTTACTGATGATGAATGGGGAGGTGCTAAAGACAGCTAC
AGTGTAGCTTACTACATGATTGGTCAGGATGCAGGGTTGAATTTAACGAC
AAAGGAATTAGGACCTCAACCTTCAGAATTTGGCCAGGATGCAAACGTTT
TTGTCTCTAGAAAAGTGGGAGAAAAAGATGTGGAATTTTATTTCTATACT
ATCAAAGGTTTAAATCCACAGGCTTTATGCACAGAACCGTTATGGAAAAG
GAGATGAAACCTGGTATGCCATCAAACATCACAGCATCATTTTCAAATTT
GCCGAAAGAGGCCCGTTTTGTTCGATGTTTTGCTTCCCAAACATTTACTG
GGACTAATACGCTAGAGAGAAGATTTACTATCTTACAACGTCCAAAATTT
ACAAACTGTTTGCAAAACATACAATCCAAAGAAACTGTGGCTGGCAACTC
ACTCGATATAACATGCAAAGTCTCTGGCAATCCAACTCCTAACTTGAAAT
GTTCATTGTTGGCTTTTGATAGAGAAATTTTAAATACTTTCCCTAAAAAA
AATAGTGGTCGAAATCTCGAGGAAGATGAATGTTTTCAATGGGACAATTC
AGTTAGTGATTCATCCGTGTATGCTAACAACTCAGGCTCCGCAATTATCA
AGTTCAGATATAGCTATGGAGCTGAAGACCGTTCAAGTGTTAATATTACA
TGTGGAATATGGAATACAGATCAAACCAAAATTATTCCCATGGTGACTAA
AATTGGTAACCAACCTGCACAAAGAAGAAGTGGAGTTACTGGCGATGTTT
TAGGGAATAATGCAGCTCTTTATACAGAATCTACACAACCAACTGTTATT
GGGTTAAGATTGAGTAATATTGCAAAGACCTTCCCAACTCAGTACCGTTG
CGATGCATCTTTTACTAAAGCCGATGGTGTGGCTGATAGTGTCCTAAGTG
AACGTGTCATCCTTAATGTCTTAGATGAAGTACCACATTATAGTGTTATC
GTGTTTGCTATGGATAAAATTAACAGACACACCTTTCCCACCAAAGAATT
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CCACTTACTGATGATGAATGGGGAGGTGCTAAAGACAGCTACAGTGTAGC
TTACTACATGATTGGTCAGGATGCAGGGTTGAATTTAACGACAAAGGAAT
TAGGACCTCAACCTTCAGAATTTGGCCAGGATGCAAACGTTTTTGTCTCT
AGAAAAGTGGGAGAAAAAGATGTGGAATTTTATTTCTATACTATCAAAGG
TTTAAATCCACAGGCTTTATGCACAGAACCGTTATGGAAAAGGAGATGAA
ACCTGGTATGCCATCAAACATCACAGCATCATTTTCAAATTTGCCGAAAG
AGGCCCGTTTTGTTCGATGTTTTGCTTCCCAAACATTTACTGGGACTAAT
ACGCTAGAGAGAAGATTTACTATCTTACAACGTCCAAAATTTACAAACTG
TTTGCAAAACATACAATCCAAAGAAACTGTGGCTGGCAACTCACTCGATA
TAACATGCAAAGTCTCTGGCAATCCAACTCCTAACTTGAAATGTTCATTG
TTGGCTTTTGATAGAGAAATTTTAAATACTTTCCCTAAAAAAAATAGTGG
TCGAAATCTCGAGGAAGATGAATGTTTTCAATGGGACAATTCAGTTAGTG
ATTCATCCGTGTATGCTAACAACTCAGGCTCCGCAATTATCAAGTTCAGA
TATAGCTATGGAGCTGAAGACCGTTCAAGTGTTAATATTACATGTGGAAT
ATGGAATACAGATCAAACCAAAATTATTCCCATGGTGACTAAAATTGGTA
ACCAACCTGCACAAAGAAGAAGTGGAGTTACTGGCGATGTTTTAGGGAAT
AATGCAGCTCTTTATACAGAATCTACACAACCAACTGTTATTGGGTTAAG
ATTGAGTAATATTGCAAAGACCTTCCCAACTCAGTACCGTTGCGATGCAT
CTTTTACTAAAGCCGATGGTGTGGCTGATAGTGTCCTAAGTGAACGTGTC
ATCCTTAATGTCTTAGATGAAGTACCACATTATAGTGTTATCGTGTTTGC
TATGGATAAAATTAACAGACACACCTTTCCCACCAAAGAATTTCAGACAA
GAAAACAGTCCTGATCGAACATCAATCACAGTCTCTTGGTTACCACTTAC
TGATGATGAATGGGGAGGTGCTAAAGACAGCTACAGTGTAGCTTACTACA
TGATTGGTCAGGATGCAGGGTTGAATTTAACGACAAAGGAATTAGGACCT
CAACCTTCAGAATTTGGCCAGGATGCAAACGTTTTTGTCTCTAGAAAAGT
GGGAGAAAAAGATGTGGAATTTTATTTCTATACTATCAAAGGTTTAAATC
CACAGGCTTTATGCACAGAACCGTTATGGAAAAGGAGATGAAACCTGGTA
TGCCATCAAACATCACAGCATCATTTTCAAATTTGCCGAAAGAGGCCCGT
TTTGTTCGATGTTTTGCTTCCCAAACATTTACTGGGACTAATACGCTAGA
GAGAAGATTTACTATCTTACAACGTCCAAAATTTACAAACTGTTTGCAAA
ACATACAATCCAAAGAAACTGTGGCTGGCAACTCACTCGATATAACATGC
AAAGTCTCTGGCAATCCAACTCCTAACTTGAAATGTTCATTGTTGGCTTT
TGATAGAGAAATTTTAAATACTTTCCCTAAAAAAAATAGTGGTCGAAATC
TCGAGGAAGATGAATGTTTTCAATGGGACAATTCAGTTAGTGATTCATCC
GTGTATGCTAACAACTCAGGCTCCGCAATTATCAAGTTCAGATATAGCTA
TGGAGCTGAAGACCGTTCAAGTGTTAATATTACATGTGGAATATGGAATA
CAGATCAAACCAAAATTATTCCCATGGTGACTAAAATTGGTAACCAACCT
GCACAAAGAAGAAGTGGAGTTACTGGCGATGTTTTAGGGAATAATGCAGC
TCTTTATACAGAATCTACACAACCAACTGTTATTGGGTTAAGATTGAGTA
ATATTGCAAAGACCTTCCCAACTCAGTACCGTTGCGATGCATCTTTTACT
AAAGCCGATGGTGTGGCTGATAGTGTCCTAAGTGAACGTGTCATCCTTAA
TGTCTTAGATGAAGTACCACATTATAGTGTTATCGTGTTTGCTATGGATA
AAATTAACAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11019MSTRG.11019Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11019.2.p1MSTRG.11019.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11019.2.p1.exon9MSTRG.11019.2.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon8MSTRG.11019.2.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon7MSTRG.11019.2.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon6MSTRG.11019.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon5MSTRG.11019.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon4MSTRG.11019.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon3MSTRG.11019.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon2MSTRG.11019.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11019.2.p1.exon1MSTRG.11019.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000078_pilongenomesc0000078_pilon:1061151..1097529 -