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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00036363 ID=TCONS_00036363|Name=TCONS_00036363|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3598bp
cgagaatcgccggattccatgaatttctcgagttgttctcgtattattct
gcattttcatactattgttctcatttttcaattgtcttattacatcaatc
ttcaggtgggtcaattcagcatgtagcttgttaaaCTGTATGGTCAGACT
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tttttacaagctcttatttgatttggttggtcgttaaccagtaataaaac
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TGTTCTTTTGATCTATTCTAAAATTTTGTAGAGGCAAATCCCAATTTTCT
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ATTAACACTATTGCATTCTCTGGTCATATGTCGTATGATAGAATATAGTG
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AATTTGGCTGCTCTTTGTTAAGTCTGATGAAGATCCCCTGATATTGGCAC
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TTTCCTCCAATATCGATTTTATTTGAAATACTACACCATGCAAGGAAGCA
GGTTAGCTTTTTGGAATGATTTTGTATTTGCTGTTGTGTTTTTGATCATT
AGGGTGATCTTTTTTACTGTTCTATGTTATCAATTTATGGTTGCACCTAA
AACTCACACCCTCATCAAAGCATTTGgactattgttttattttgttggaT
TGTCATGGAGTTATAAAATTATTGGATTCATccaaagaaaattgatgtaa
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TGTTCCTTCTATTTCTTGTTTTTGATTGGTAATTTATTATTcatgttttt
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GCTACATGGTATAAATAATAATTATTGATGCTTTGAATTTGCATAGTTTG
TACTTGCTATTTTATCTGTCACATCAATTTTCTAGGTTTAATGCTAAATT
GCTCATCATTTTGAAACTTGTTTTCTATGCAAAAAAATATGCAAAGATTG
GGATGATAATTGACAACTTTGTGTGGTTTAATGATaagatttgaaaagtt
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TAGAGTAGATATTATATTTGTtcccattttatttttatttttaatatatt
tctatattgtttcattttaattgaattttgaattctgaattttattataa
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GTGTTTAATGTCTTTATGCTGATATTTTCTATCGTTACACAGTAGTTTTG
GTTTGGTTGGCTGAGACTCCACCTTTTCTCCTACTAGCAGTATGAAGAAG
AACACTAAAAATGATAGATTACATTTTGCTAGGAATTGGAATCGTGCTCt
ggttttttatatttaaactGATTCAATGGAAATGGAGCCTTGCCACTACA
TCAACTTCGTATGCAGTTGCTTTCTTACATGGGTTGTTTGCAGCGCGCTC
TTGTGAATATCTCATTGTGACCGAGCAATTGTGGGATTTTAACCGGTTTG
GAGGCCCTGTGTCACCCCTTCAAAAGACAGTGCTGACCATCAGTGCAGCT
TACTTTTTATATGACACACTCATTTGTTTTATCATCAAAGAATCTGTAAT
GATCAAAGCTCACCACTTGCTAGCAACAATTATTTTCCTTGGTACCACTT
ATGCAGGAACCTCAGGACCTGAAGTTATTATATGTGTGTGGTATGGTGAA
TTTACAAATATGTTTTGCAACTTGCGGTACTTCTTCCAGCACAGTGAAAG
ATTTGCTGGGTCAATCATTGCTCTCGTCAACGACATACTcttctttgtgt
ttttcttgTCCTTGAGATTCATATTCGGTACATACGTCATTTATCACATT
TTTATGATTGGGCGCAGTTTGTTGGTGGTGCGACTTGGTGCCATTTCTTT
CACTTTCGTCAATATTGCGATGGGGAAAATGATGATCGAGGGAGCACTCG
GCTTCTTGTATCCTCCCTCTAATGCTAAAGGTGATAAGCAGAAATGATGA
CACACCTTGTAGGTCCTTTCTTAACCCAGCCCTTTCCAGTGCTTTTTCGC
GCGTGTTGCAATTTTTTGGAAGgttttaaagaaggaaaaaataattaaaa
aaaaaagattcttaatggaattttcaaccttttttgttCTATCAAAAATG
ATATTTATATTAAAATTTAGTTACTACAAGTTTACAAAGTTTaaaacatc
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atatcGTCGCCGGTGTAAAATATTATCCTCCAATTCTTGTTCTcactgaa
aataatgaaataaaccaatcctcacttcAAAATATTACGCTATTTCTC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00036363-protein >TCONS_00036363-protein ID=TCONS_00036363-protein|Name=TCONS_00036363-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=234bp
MFTVEKFQKYLHIVCYFLIMIFEITVLSFLWFTLYLMLRVLSGKPEEWCN
RTLTLLHSLVICRMIEYSAYTDGNPLHRIGGTNTVMEEKILMFACSYFIF
DTIWLLFVKSDEDPLILAHHAVGVLMLPLSHWYGSSGAEICVALWGGELT
NPFLQYRFYLKYYTMQGSRLAFWNDFVFAVVFLIIRVIFFTVLCYQFMVA
PKTHTLIKAFGLLFYFVGLSWSYKIIGFIQRKLM Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001449:50169..54337+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00036363 ID=TCONS_00036363|Name=TCONS_00036363|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4169bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001449:50169..54337+ (Clytia hemisphaerica)
cgagaatcgccggattccatgaatttctcgagttgttctcgtattattct
gcattttcatactattgttctcatttttcaattgtcttattacatcaatc
ttcaggtgggtcaattcagcatgtagcttgttaaaCTGTATGGTCAGACT
TTGTGCAtatgttttaatttctttcttcttgttaAACTGACAGGTTACTC
TAGAGTGGCAGGAGATGCTTACTCTTGGTACCGCACCTGATCTCAGACTT
CGGTTTTCAGCTTATCACTTCCTTTTGTGTCTTGTGCAttccttttgttt
tttactttttgtatttcttttttccaaaatgtataCTGGGTTTTTATTAC
AGATTGTCTTGGTTAGTCGCTAGTTTGTATTTtcttgggacaagctggag
tttttacaagctcttatttgatttggttggtcgttaaccagtaataaaac
aattttgctactttttctaaagaactcgtcatctctatcacttcaaataa
ccaattagtgaagtatcttataaaaactccagctcatccccagTGCATAT
AACTTCACTATAGCCTTCCTAATTAGGAAATAtgggaaaattgtaaaata
cttTAGGCAAAAACTACTGACTGGCAGGTCAAATCTTTTCATCTACAACT
CAAAATCTACCCAGTCAGCGATGTCAACCCACCAATTTATTGAAGGAATT
GAAGAtaactgttcgattaccgaaccaaatTGAACAGTTATCTAACTTAG
AAATTCTGATAAAGTTCGACTGGAACTTTAGCTTAAGAAGAAAAGTCCAT
GTGTTTTCAACAGATTTTTTATAGGAGTGCTTTTACCAAGTCCTTTTGGG
ACAACAGGAATTTAACTCAAGAAATGTGCTTTTCAATCATATTCTTTCCC
TGTTCTTTTGATCTATTCTAAAATTTTGTAGAGGCAAATCCCAATTTTCT
TAAGGGTTATTGACTTTTCTTAAAATAGAGTCATTGAGTTTTTTATCTTT
CACAACTACAACCTTCCAACCTGAGATGACCAATTTTGATTTGTTATGTT
TACAgtcgaaaaatttcaaaaatacttgcACATTGTGTGTTATTTTCTAA
TCATGATTTTTGAGATCACTGTCTTATCCTTTCTATGGTTCACATTATAT
TTGATGCTAAGAGTTTTATCTGGCAAACCTGAAGAATGGTGTAATCGAAC
ATTAACACTATTGCATTCTCTGGTCATATGTCGTATGATAGAATATAGTG
CATATACAGATGGAAATCCGCTCCACAGAATTGGTGGCACAAACACTGTT
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AATTTGGCTGCTCTTTGTTAAGTCTGATGAAGATCCCCTGATATTGGCAC
ACCATGCTGTTGGAGTGTTAATGCTTCCTTTATCACATTGGTATGGATCA
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TTTCCTCCAATATCGATTTTATTTGAAATACTACACCATGCAAGGAAGCA
GGTTAGCTTTTTGGAATGATTTTGTATTTGCTGTTGTGTTTTTGATCATT
AGGGTGATCTTTTTTACTGTTCTATGTTATCAATTTATGGTTGCACCTAA
AACTCACACCCTCATCAAAGCATTTGgactattgttttattttgttggaT
TGTCATGGAGTTATAAAATTATTGGATTCATccaaagaaaattgatgtaa
actttttaaaatgttATTGAATTTACATATGGATTTATGTTCTATGAAAT
TGTTCCTTCTATTTCTTGTTTTTGATTGGTAATTTATTATTcatgttttt
agaattttttggaCCTGATTGAGTTAAATGTATTTAATTAAATGAAGTAT
ACTTTATTGACAACCATGACATTACTTTTATTTAACAGTGGATTAATCAG
TACCAAACCAGGTTATAACTCTCACCTAAGAACATTGCATTGTACTATGT
CACCAATAGGccattttaaaaacatacaaaaCAAACACAGATATAAACTT
GCTACATGGTATAAATAATAATTATTGATGCTTTGAATTTGCATAGTTTG
TACTTGCTATTTTATCTGTCACATCAATTTTCTAGGTTTAATGCTAAATT
GCTCATCATTTTGAAACTTGTTTTCTATGCAAAAAAATATGCAAAGATTG
GGATGATAATTGACAACTTTGTGTGGTTTAATGATaagatttgaaaagtt
tttgttgtatttgtaaaTAAATAGTATTAATTATAAAAAGCCCGAGATTT
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tctatattgtttcattttaattgaattttgaattctgaattttattataa
aaaccaaaaatctAGGTATTTTGAAATTGTAAGATGAGTATCGTTTCAAG
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TGTGCTGTTTTCCACTGTTTATTAAATAATAGGATGACGATGGTCTTTGT
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TTTGATTCTGTAAGGAAATATGGatcaatcaaatattttgttgCCTGGCA
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GAAAATTCCCaaacactgtaattattgtcccTAATTTGAAAGACGATGCT
TTATTTGATTTAAAAGTTGTATTTGTAGATTATACATTATTTCAGATTTT
ATGTAGCAGCTAAGAAATATATTACatacattttgaaaatcttcgaaaat
aatatggtttttcaatatttttccgGATAAGGCtcctttaactttttgtt
taagAACCATGTAAGCAAAGTAGGATTTCTTTATGGACTGATCTCGgcta
tttttttgaattattttgatgaattaAGGTATGATAGGCAGTTTAAAGGT
TTTGGTTTAAAAATCGTTTACCCCATTGTTCATTtgctttttgtttattt
tttgtttcatttcttcAGAAGAACACTAAAAATGATAGATTACATTTTGC
TAGGAATTGGAATCGTGCTCtggttttttatatttaaactGATTCAATGG
AAATGGAGCCTTGCCACTACATCAACTTCGTATGCAGTTGCTTTCTTACA
TGGGTTGTTTGCAGCGCGCTCTTGTGAATATCTCATTGTGACCGAGCAAT
TGTGGGATTTTAACCGGTTTGGAGGCCCTGTGTCACCCCTTCAAAAGACA
GTGCTGACCATCAGTGCAGCTTACTTTTTATATGACACACTCATTTGTTT
TATCATCAAAGAATCTGTAATGATCAAAGCTCACCACTTGCTAGCAACAA
TTATTTTCCTTGGTACCACTTATGCAGGAACCTCAGGACCTGAAGTTATT
ATATGTGTGTGGTATGGTGAATTTACAAATATGTTTTGCAACTTGCGGTA
CTTCTTCCAGCACAGTGAAAGATTTGCTGGGTCAATCATTGCTCTCGTCA
ACGACATACTcttctttgtgtttttcttgTCCTTGAGATTCATATTCGGT
ACATACGTCATTTATCACATTTTTATGATTGGGCGCAGTTTGTTGGTGGT
GCGACTTGGTGCCATTTCTTTCACTTTCGTCAATATTGCGATGGGGAAAA
TGATGATCGAGGGAGCACTCGGCTTCTTGTATCCTCCCTCTAATGCTAAA
GGTGATAAGCAGAAATGATGACACACCTTGTAGGTCCTTTCTTAACCCAG
CCCTTTCCAGTGCTTTTTCGCGCGTGTTGCAATTTTTTGGAAGgttttaa
agaaggaaaaaataattaaaaaaaaaagattcttaatggaattttcaacc
ttttttgttCTATCAAAAATGATATTTATATTAAAATTTAGTTACTACAA
GTTTACAAAGTTTaaaacatccccttctcacagacccattgccccacttc
ccactggaaaaattgtacaaaatatcGTCGCCGGTGTAAAATATTATCCT
CCAATTCTTGTTCTcactgaaaataatgaaataaaccaatcctcacttcA
AAATATTACGCTATTTCTC Coding sequence (CDS) from alignment at sc0001449:50169..54337+ >TCONS_00036363 ID=TCONS_00036363|Name=TCONS_00036363|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=705bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001449:50169..54337+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTTTACAgtcgaaaaatttcaaaaatacttgcACATTGTGTGTTATTT
TCTAATCATGATTTTTGAGATCACTGTCTTATCCTTTCTATGGTTCACAT
TATATTTGATGCTAAGAGTTTTATCTGGCAAACCTGAAGAATGGTGTAAT
CGAACATTAACACTATTGCATTCTCTGGTCATATGTCGTATGATAGAATA
TAGTGCATATACAGATGGAAATCCGCTCCACAGAATTGGTGGCACAAACA
CTGTTATGGAAGAAAAGATTTTAATGTTTGCTTGCtcttatttcattttt
gacaCAATTTGGCTGCTCTTTGTTAAGTCTGATGAAGATCCCCTGATATT
GGCACACCATGCTGTTGGAGTGTTAATGCTTCCTTTATCACATTGGTATG
GATCAAGTGGTGCCGAGATTTGTGTGGCGCTATGGGGAGGAGAGCTCACT
AATCCTTTCCTCCAATATCGATTTTATTTGAAATACTACACCATGCAAGG
AAGCAGGTTAGCTTTTTGGAATGATTTTGTATTTGCTGTTGTGTTTTTGA
TCATTAGGGTGATCTTTTTTACTGTTCTATGTTATCAATTTATGGTTGCA
CCTAAAACTCACACCCTCATCAAAGCATTTGgactattgttttattttgt
tggaTTGTCATGGAGTTATAAAATTATTGGATTCATccaaagaaaattga
tgtaa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1491911889:50169..52715 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1491911889:50169..52715 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1510915933:50169..52715 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1510915933:50169..52715 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1575043694:50169..52715 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1575043694:50169..52715 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1491911889:53287..54337 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1491911889:53287..54337 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1510915933:53287..54337 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1510915933:53287..54337 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036363-exon-sc0001449-1575043694:53287..54337 | TCONS_00036363-exon-sc0001449-1575043694:53287..54337 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001449 | supercontig | sc0001449:50169..54337 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR006634 | TLC-dom |
Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
|---|
| GO:0016021 | integral component of membrane |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
| cellular_component |
GO:0016021 |
integral component of membrane |
Blast
BLAST of TCONS_00036363 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TM136 (Transmembrane protein 136 OS=Homo sapiens GN=TMEM136 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 96.6709 bits (239), Expect = 1.578e-21 Identity = 66/208 (31.73%), Postives = 105/208 (50.48%), Query Frame = 2
Query: 1136 WFTLYLMLRVLSG-KPEEWCNRTLTLLHSLVICRMIEYSAYTDGN-PLHRIGGTNTVMEEKILMFACSYFIFDTIWLLFVKSDEDPLILAHHAVGVLMLPLSHWYGSSGAEICVALWGGELTNPFLQYRFYLK----YYTMQGSRLAFWNDFVFAVVFLIIRVIFFTVLCYQFMVAPKTHTLIKAFGLLFYFVGLSWSYKIIGFIQRK 1741
W +LY+ L+ + EW R +T H ++ + Y + DG P G NT ++ +L YFIFD W ++ +S E L+LAHH + +L + ++ G SG E+ L+G ELTNP LQ R++L+ Y++ G + DF+F +F +R+ L + MV+P +KA G+ Y V + + I F RK
Sbjct: 16 WLSLYISFCHLNKHRSYEWSCRLVTFTHGVLSIGLSAYIGFIDGPWPFTHPGSPNTPLQVHVLCLTLGYFIFDLGWCVYFQS-EGALMLAHHTLSILGIIMALVLGESGTEVNAVLFGSELTNPLLQMRWFLRETGHYHSFTGDVV----DFLFVALFTGVRIGVGACLLFCEMVSPTPKWFVKAGGVAMYAVSWCFMFSIWRFAWRK 218
The following BLAST results are available for this feature:
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