TCONS_00021877 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021877
Unique Name	TCONS_00021877
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	7544

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000396:157951..206683+
coding sequence from alignment at sc0000396:157951..206683+

transcript sequence

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ACATTTGTCATGGGACAAGAAATATCCAGAGAGGATGCAAAAGAAGCTGT
CTCAAGTGTTTTGAAATTACCAATACATGATGCTCAAAAGAGTGAATGCA
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TCTtgatgataaaaatattttattaactGAAAAGTTGAGTGTCTACACAA
GCGAATGGGTGAACTGCAGAATCAGTAATTTTGATTACTTAatgatttta
aataaattagCTGGCAAGAAATTTGGTCAAGCGTTGAGTCATCCTGTGTT
CCCATGGGTCACTGATTTCTCTTGCAATCATGGTGGTTATAGAGACCTAA
AGAAAACGAAATTTCGCCTCAATAAGGGTGACAGTCAACTGGATGCTACT
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TGTATCATGCACGCAAAACTTCCAAAGATATCTTATGTCGACATGTCCGC
TCTAGATGGGTTCCGGACGAATATCCGGCTAATGTCCGGAGGATGTATCA
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AATTCTCCTGAGGAATTTGTCAAGTATCACTACACCATGTTAGAAAGTCC
TAAAGTTTCGAGTAGCTTACATCATTGGATCGACCTTGTCTTTGGTTACA
AGCTAGAAGGTCGAGCTGCAAAACATGCGAAGAACGTTCATCTGGCTCTT
GTGGACGAACACAAAGATCTGAAGAATTACGGGATAGTGCAATTGTTTAA
TAAACATCATCCTAAGAGGAAATCGTTTACTGAAGATCTGATCACACCTG
TCGATGTCGTTGATGGTCCCGAAGTTCGTCCTGCCAGAGAATTTTCAATG
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CTATTGAGATACGAAATGATGAATAATCCACCGAATGCACATGGCATTGG
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GGAAGAACGTTTCGTGcaagatttgaaaatattgaagatcAGTGATTCGG
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TACCTTGAACCGTTATTCAACGATAACAAATACCAACTTTTGATGTATAT
TCATATTTTCCCGCCACTCAGTGTTGCTCTTGGACCGAACATGTCAAGAA
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CCGACGCTAACTAAAATGTCTACTTCATCTGCACAGACTAGTGTCATTGG
AACGTCATTACCAAACGGATCAATTCTGTCATACGAAGTCACTCCATACG
AGGCTGGAAAAGACTCGATCTCGTTGTCAAGTTTTAACCTCGATTTCATG
TTTTCGGATCAACAAAATAATGCTTTTCAACTGTTGAGTACAGACTCACA
TGAAAGCGAAAGTGATAGTGTTAATTCTGCTGAATTCGAATCGGACGGAT
TTCCAAAGCCAGGCTTTGGGCGTGGTGCTTTAGTTAAAACAGAAGCACAA
AAGACACATACTGTCTTGAGCTATcaagaaattttatcaaattcagGGTG
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CGTATGAAAGAGAGCGCCCTTTCCCCGCCCTTGATCAAGAATACGGGCGG
AAAGACGAAAAGGCGGATGCACCTTTTACAGTTCTCCTTCAGGATAACGA
TTTAGATGATCATATTAGGGGTACCGATATTGGGAATGTAGACAATGaag
atttagaggttttactgaTGGATATGGGTACATCTGTGCGGAGTGAAACT
ATGGTAACAGAAGATGGCGCGCAAAATGTTGACCTACATCGAACCGTGGT
TGATTCTTTGAAATGGTTTATTCCATGGCTGGGTCCAAACTTAACAACTG
AAAATATAGCTAAACCATTATTGCGGAACATGTCGAAAATCTTTATGGAG
ATAACAGATCCAGAGGATAGTGGAGATAATGATGTGATCGACCGTTTGTT
GTGTAAAGTCTCTCCACATATAGAATGCTTGGTCGAGGTGGCTTCAATTT
ATGGAGATAATATTGTGATGAGTTTTTATCTCCCACATATCGCAAAACTA
ATCGAGAACGCTACAAATGCAGCCTCAGTATCCATCTCATTGGGAAGCAG
TCTAGTGAGCAATTTACAGTTGTTAATGGAATGTTGTGAAAAGTTACAGT
CTGAAGCCATTGCTACTCACATGGAGgAGTTTTCAGTCGATTTCTTTCAA
CCCTTGATTCGATTGTTGTCAACAGTAAAACCATTCAGTACTGGTGTTAT
TACCAAACAATTTCTCTCCCGTAAAGTGGTTGATATCATTGGAATGTTCT
GTCAAAAACTCAGACGCGAGTATGCGCAAGAAGTAATGGCGCCCTTATTA
CAACAATTCTTTTCCCGCTTTGACGGTATCTATGCTTTGAAGACGGACAC
TGGCGGGACGTCGTTCATCACACGGAAATATACCCTCCTTTGTAAATCGC
TGAATGAGGAGGACGTCAATATTCGGAAGCCGTCTCCAAGCATGACCCAC
TCAACCGATCAATCAGAATCTAAAAACCGTATCTCTAAAACACTCACAAT
CGAAGAAGTCTTAGAAGACGACCAACTTGGCTCTAATCAAGACTGCGCCG
ATAAATTCGCCGACGTTTACGATACATTTTCTCCGTCGCTGGCGTATCAC
GCGTACGTCTTGTTTTGTCGTGTCTTGGGAACACATTATCTCGAGAGTAC
GCTATACAATAGTGATCTGGTCTGGCAATTATTCACGAATCATGATAAAG
GCTTAACACACCGGATGGAAGATGAGAATGAAGGATCTAAATCTATGACA
GGACAGTCGGGAAAGTGGATGGAACCGTTACGACCGAAATCGTTGGATGA
ATCACAACTCGCGCAAAGAGTTTCTTCACAACATATTGATGGCACTTGGT
TAAGGAACTGGCAGAGAACATTCGATGGTCCTTCACGATCTTTGgagttt
ttaaatttgaaattgcAAACGTACGCGGGTCACTCGTCTGCTATCCGTGA
CATTTACGTTGTCGATAATGAGCACTATTTCCTATCCGCCAGTCGCGATA
AAACCGTCAAATTATGGCTGTTGAAAAACCATGGCAACGGTACGGCGCAC
CTCGGTTGTAGCGGAACGTACGACCGCCACACCCGCGCGGTCTTTGCGGT
TCAAGGATTGGAAGCCAAGCGAGTGGTAGCTTCATGTGATGGAGAAATCA
ATatttgGGATCCGATCACGAACGATACACTGAACGAATTTTCAGCAAGT
CGTGGACATTCTGTCACTTGTATTCGTACCTTGCCAGCTCCGTCCCCTTG
TATTGCTGCTGCAACTAGTGAAGGTTGCTTAAGGATTTATGATATTCGAC
AGAAAAAAGGGAACGCTTTGGAATGGAAAGTATCTCCACAAACCATGACA
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TACGCGGACAAGCACGTATTCATGATGGTGAAATATCACAGATGGAAGCA
ATATCAGGGACAAGCTTTGTATCATGTGCAGATTCCATTATAAGAGTTTG
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TTAACAGCTTGTTATATACTAAACAACAACTGGTGTGGGCGTCAAGTAAC
AAGCTTACCATTCACAACCCAGACAAAATAACACAGTACCATTCATACAA
ATTACCACCGGACATTCTGAAAGGATCTTTATCCAAGTTGGCAATCCTTC
CTATGAACCAATTGTATTTATTTGGCATCGATACTGGTAATCTGGTCTTG
GTATCATAACCGATCAAGCTTATACTTCTTGGTGATTCTATAGTGTAATC
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CCCATCTTAACGTTGATAGCTTATGGTTCCAATAAGGAATTGCTTAAATA
ATAAAGCTAAGACTTTGGGAGTTCACGAAGAACGAAATAGGGCTGTTACG
TCAAAGAATTTTACTCCCTCTGTTGTCGCATTTGATTGTCAAACACTCTG
GATTTTGCCGAAATTTTCTGCCCtgggaattttattttcaattaggGAAG
TGATAAATTATATTACATCCtgatcaaaaaaaaaattatataatataTTA
GAGAGAATTTTatataacttttttataagttttttttttgatttttgaac
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aaagaaATTATGATTTTGATGTGATTAAATTTTGACTAAATtattatgaa
atttttacattttgtttcGTTGCAGTATTACCACTGATAATTTTTATTCC
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TGATACTCTTGTACTTTCAAGTACCTCAGCACGTCCAGGCCTTTAAAAAA
TTACAGTTGAGTTTCCACAACTCGAAtccgcacggggaacacaaatttgt
tccagttaaatttcgagttatggagtaaggtttataagacaCAGTTGACT
GGAGGGACGAGAatactttttcgagttaaggagacattcgagttataatA
ATTCGAGACTCTACTGTAATATACTGTATATATTATGATTTTCACTACAA
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TCTCATTGTAgtttataaatatattttttcaattcgttttcaaaattttg
ctggTTAGAGCCTGGGAATAAGGAAGGAAAAAgtaagaagaagaaaataa
tagaaaaaacatcttcttttttgcaaaatatcaCAGCTAGCTACTATCTC
TCTCCaaataaaatattcaaatttctctGGAAATGAAAACCCTAGTATAG
AAAGAAACCCCAATTTTTGTTGGTAAAACATGTCATTCAACCTCTTTATA
AGCAATGTTAAATACTTATATTTTCATGTCAATTTATCTCTGAA

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00021877-protein

>TCONS_00021877-protein ID=TCONS_00021877-protein|Name=TCONS_00021877-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1899bp
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APIEAIIESKEFVFVFEEYSPYDLKDALYYSPAIIGKSHINLNFLLYQIL
NTLMCLQRQQVYINTLLAPENLTLYHGTLWVGISVFDGVSATQILDQEPD
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AGKKFGQALSHPVFPWVTDFSCNHGGYRDLKKTKFRLNKGDSQLDATFST
GVGNSAYGFGMMLNPIQHHVSDVLSDITYFMYHARKTSKDILCRHVRSRW
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QTKSFVDVPSSVASVLLDDDSIDPAKIHQVKNNETLVFSDIMEQTERLLR
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ATNAASVSISLGSSLVSNLQLLMECCEKLQSEAIATHMEEFSVDFFQPLI
RLLSTVKPFSTGVITKQFLSRKVVDIIGMFCQKLRREYAQEVMAPLLQQF
FSRFDGIYALKTDTGGTSFITRKYTLLCKSLNEEDVNIRKPSPSMTHSTD
QSESKNRISKTLTIEEVLEDDQLGSNQDCADKFADVYDTFSPSLAYHAYV
LFCRVLGTHYLESTLYNSDLVWQLFTNHDKGLTHRMEDENEGSKSMTGQS
GKWMEPLRPKSLDESQLAQRVSSQHIDGTWLRNWQRTFDGPSRSLEFLNL
KLQTYAGHSSAIRDIYVVDNEHYFLSASRDKTVKLWLLKNHGNGTAHLGC
SGTYDRHTRAVFAVQGLEAKRVVASCDGEINIWDPITNDTLNEFSASRGH
SVTCIRTLPAPSPCIAAATSEGCLRIYDIRQKKGNALEWKVSPQTMTGVI
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000396:157951..206683+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00021877 ID=TCONS_00021877|Name=TCONS_00021877|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=48733bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000396:157951..206683+ (Clytia hemisphaerica)
ATCATCTTCTTTCATTTTAGAGTTtagtaaaaattttaatttagttAAAA
ACATTTGTCATGGGACAAGAAATATCCAGAGAGGATGCAAAAGAAGCTGT
CTCAAGTGTTTTGAAATTACCAATACATGATGCTCAAAAGAGTGAATGCA
AAAAACACCATCGCTTTCAAACAGTGGTATGTTTCAGTGGTTATAAAAAA
GAGATTTTAGGTAGTAGAAAGGAAATGATAATCCTTCTTATTTCTTATct
gttttgaaatattaaaaGGAAAATGTTATGGTAACAAAGGTTTTACTGCC
AATTTGGTTACTTTCATAATATGTGGGTTAATTTTGGAAGCCTTCAGAAT
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TTCCATTCTAACCAGTGAATGGATTGGTCATACTTGCTGTTTAAAAAAGG
CACTTATGTCTCTacattttatagatttttttaaggCAAAGAGGGTTAGG
AAAATCAAGGGTTAGGGGAGAAACCACTACCTTATAGTGGACAGCTAACG
AAAAATGAGTTTCTGGTTGCCTCTGATTCaacttattttccattttaatt
tTAGATAAGCAGCCTATGGCTGAATCacatcaaagaagaaaaaatctctA
AGCTTTGCCTTGAATTATCCCAGTTGTCTCAGAGGGGATCCATTGTGGAT
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atattttgctttgaGTCTTTTTTCAGGGTACTATGAACAATGAAGCCAAA
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AAAATCAATCTCCATCAGAATAGTATTTTACTCAAAGTTAAACAGCGTGT
TTTAGTGCTATTATTGAAAAAGTCAAATCCATTAGATGATAAGGCAATAT
GACTTAGGCCAAGAACAATACGACAGCAGCATTCCTTGAAGTAAACTCTC
ataaatgttttgtttatttattcagCACTGAGCTTCATGGTAAGGTGACA
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ataagagaaaagaaaagaaacacaaAATAATAGGATGGGTAAGAATTTTC
TTTGCTATTTTACttatcattttgaaatttcacgaAGCATCATTGATGca
gtttatttttacatttgcCAAAGAATTTTAGGTGACATATACTACAGTCC
ACAATTAACTGTTAATAGTCAGTAAAAGTTGGTgacaatcaattaaaaat
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GAATATCTCAAGCCTAGGCTCCATTGCCTGACCCTTTATAAACCAACTCT
CGGTAGTGTTTCATAAGTTTCctcacagtggggataaaaattcctattga
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ccaatttttaaacattgaatttcgaatggagatgaaagtcattttcccag
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CAAGCGAATGGGTGAACTGCAGAATCAGTAATTTTGATTACTTAatgatt
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GTTCCCATGGGTCACTGATTTCTCTTGCAATCATGGTGGTTATAGAGACC
TAAAGAAAACGAAATTTCGCCTCAATAAGGGTGACAGTCAACTGGATGCT
ACTTTCTCCACCGGCGTTGGCAACTCTGCTTATGGATTTGGAATGATGTT
GAATCCAATACAACACCATGTTTCTGATGTCTTATCAGATATCACCTATT
TCATGTATCATGCACGCAAAACTTCCAAAGATATCTTATGTCGACATGTC
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TCAGTGGACACCGGATGAATGCATCCCAGAATTCTTCTATGATCCAAGCA
TTTTCAAATCTATTCACGATGATTTGGCTGATTTAGGTAAGAGttgatag
ttctttttatcgtcTTCTTTTATTATCAAAAGTGATATGATATCAGAATG
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GCTTACAAAGACAGCAAGTCTATATAAACACGCTCTTAGCACCAGAAAAC
TTGACGTTATACCATGGTACGTTGTGGGTTGGAATATCAGTGTTTGATGG
AGTTTCAGCTACTCAGATTCTGGACCAAGAACCAGATTCACAACCTCTGA
TTAAGATTTACGATGGTTTGAACACCAATCTTGATGATAAAAATATCATA
TTAACTGAAAAGTTGAGTGTCTACACAAGCGAATGGGTGAACTGCAGAAT
CAGTAATTTTGATTACTTAatgattttaaataaattagCTGGCAAGAAAT
TTGGTCAAGCGTTGAGTCATCCTGTGTTCCCATGGGTCACTGATTTCTCT
TGCAATCATGGTGGTTATAGAGACCTAAAGAAAACGAAATTTCGCCTCAA
TAAGGGTGACAGTCAACTGGATGCTACTTTCTCCACCGGCGTTGGCAACT
CTGCTTATGGATTTGGAATGATGTTGAATCCAATACAACACCATGTTTCT
GATGTCTTATCAGATATCACCTATTTCATGTATCATGCACGCAAAACTTC
CAAAGATATCTTATGTCGACATGTCCGCTCTAGATGGGTTCCGGACGAAT
ATCCGGCTAATGTCCGGAGGATGTATCAGTGGACACCGGATGAATGCATC
CCAGAATTCTTCTATGATCCAAGCATTTTCAAATCTATTCACGATGATTT
GGCTGATTTAGGTAAGAGttgatagttctttttatcgtcTTCTTTTATTA
TCAAAAGTGATATGATATCAGAATGATCGAAAAGTGAACTCGTGGCCTTG
CTGGAAAAGGCGctacttgaaaacaaaaaatttatttgttttttatttct
ttgtatTATTTACGAGATAATGCTTTAGCAACAGGTTTATAGAAAGTGGC
TACTCCTTCAGATTTAAAATACGATAATTTGTGGGTTTCTTTTTGGCtcg
aaaaataatatttaaagaCTTTTTGAGGAGTTAAGCCTATAAAAAGTATG
ATCTTTTAAGACAACTTATGTCGACATGTCTGTTCTAGCTATGTATTGCG
GATCTATTCCGGTTGTTTGCTGGGAAAACGCTTGCTGGATCTAAACAATA
ATATTTCGGACGTACTAAAAATGCTGAATTTTTTGACAGGACATAAATCC
ATTCGCTGAATTTCTAACTTTTAAAACACCATCGAGCTTTTGAATTTCTT
ATTGTGAATTTTATAATAGTATTTGATATTTTCGATGGTGAATATGTGTA
ACAAAATTAATACAGTATTATGTCTCATATTAATGTTTTTCAATTCATCT
TTTAAGGCCTTCCAGAATGGATCAATTCTCCTGAGGAATTTGTCAAGTAT
CACTACACCATGTTAGAAAGTCCTAAAGTTTCGAGTAGCTTACATCATTG
GATCGACCTTGTCTTTGGTTACAAGCTAGAAGGTCGAGCTGCAAAACATG
CGAAGAACGTTCATCTGGCTCTTGTGGACGAACACAAAGATCTGAAGAAT
TACGGGATAGTGCAATTGTTTAATAAACATCATCCTAAGAGGAAATCGTT
TACTGAAGATCTGATCACACCTGTCGATGTCGTTGATGGTCCCGAAGGTA
TTTTTATGACTTTCTTTGTCCTGCTAGAGAATTTTCAATGTCATAAGAGA
ACTAAGAATTTTTGCAAGGACACGTGCCAACTCTACATAATATTTACGTG
TTGTCGCCTTGATTATGTTTTAGTTCGTCCTGCCAGAGAATTTTCAATGT
CATGGGAATATGTAGACCTCGGTAAGAGTAAGGACGATTCTTCTTTATCA
TCCATTGGCGTCGCCGGCGGTGGCGGTGGTggtaaagaaaatgaagatgg
aTCGAAGTTACCGGCAGATTCTNAGGCGGTGGCGGTGGTGGTAAAGACAA
TGAAGATGGATCAAAGTTACCGGCAGATTCTCCAATAGCTTCGGTGGTTC
AACAACAGCAACGTAAACAAACTAAAAGTTTTGTGGATGTGCCTTCAAGT
GTTGCTTCAGTTCTTCTGGATGATGATTCCATAGATCCTGCTAAAATCCA
TCAGGTTTGTAGACTCAGCGATCACACGACAATGTTTCCACAATGTATCC
ACTTTTATCTAACGTTTAGGCTACACGTGTACCTCCTCTGATATGTTTTA
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tttcttcaaatttgaaTATTAAAGATTTGAATAGCTAGAGGTTAAAACAA
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TTATTCACAATTAGTAGCCCTTATATTAAAACATATTAAAGGATATGCGT
GCAGCCTATCCAACGTTATGTAAAGTGCTGTATCTTTATGGTTGGCTGGG
TACCGTACTTTAAAGTGGTCCAAAAAGTTAGTAGATAGTAACTCTGTCAA
CCCTGTTCTTATTCATTCTtgaggccggtctccactttgcGCGTGCTTTG
ATCACACCGTATAGCTTctatcctttttgcttggaaaaaagattacgtca
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ttcaaccgttacgtcagatcgcgccaatggaattgcttcatttttctttt
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CAGGGTCATTGCAGGCTCCGCATTGTTCTTGCAAAATTGTTGAAACAACT
GGTAACAGTTTttcatatgatttttttttttttttttttttttttttttt
ttttttttttttttttttttctttttttttatttattctttattttaagT
TGGGTGGTATCTAGAAAATTACAAGTAAGTTTCTAATCAAATCCAACTgt
cataaaaacattaaaaatatatatattgaaaaaaaaaaaaaagatctgag
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ATGGGACAAGAAATATCCAGAGAGGATGCAAAAGAAGCTGTCTCAAGTGT
TTTGAAATTACCAATACATGATGCTCAAAAGAGTGAATGCAAAAAACACC
ATCGCTTTCAAACAGTGATAAGCAGCCTATGGCTGAATCacatcaaagaa
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GGAAAGTGGATGGAACCGTTACGACCGAAATCGTTGGATGAATCACAACT
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CCGACGTTTACGATACATTTTCTCCGTCGCTGGCGTATCACGCGTACGTC
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AAAGAGAATTCTCAAGAACCTACCAATCAACCACAACAAACAGCTTCTTT
GCTCCAATAGAAGCCATCATTGAATCCAAAGAGTTTGTGTTTGTATTTGA
GGAATATTCACCGTACGACCTGAAAGATGCTTTGTATTATTCACCAGCAA
TCATTGGTAAAAGTCATATCAATTTAAACTTCCTTTTATACCAGATTCTC
AATACATTGATGTGCTTACAAAGACAGCAAGTCTATATAAACACGCTATT
AGCACCAGAAAACTTGACACTATACCATGGTACGTTGTGGGTTGGAATAT
CAGTGTTTGATGGAGTTTCAGCTACTCAGATTCTGGATCAGGAACCAGAT
TCACAACCTCTGATTAAGATTTACGATGGTTTGAACACCAATCTtgatga
taaaaatattttattaactGAAAAGTTGAGTGTCTACACAAGCGAATGGG
TGAACTGCAGAATCAGTAATTTTGATTACTTAatgattttaaataaatta
gCTGGCAAGAAATTTGGTCAAGCGTTGAGTCATCCTGTGTTCCCATGGGT
CACTGATTTCTCTTGCAATCATGGTGGTTATAGAGACCTAAAGAAAACGA
AATTTCGCCTCAATAAGGGTGACAGTCAACTGGATGCTACTTTCTCCACC
GGCGTTGGCAACTCTGCTTATGGATTTGGAATGATGTTGAATCCAATACA
ACACCATGTTTCTGATGTCTTATCAGATATCACCTATTTCATGTATCATG
CACGCAAAACTTCCAAAGATATCTTATGTCGACATGTCCGCTCTAGATGG
GTTCCGGACGAATATCCGGCTAATGTCCGGAGGATGTATCAGTGGACACC
GGATGAATGCATCCCAGAATTCTTCTATGATCCAAGCATTTTCAAATCTA
TTCACGATGATTTGGCTGATTTAGGCCTTCCAGAATGGATCAATTCTCCT
GAGGAATTTGTCAAGTATCACTACACCATGTTAGAAAGTCCTAAAGTTTC
GAGTAGCTTACATCATTGGATCGACCTTGTCTTTGGTTACAAGCTAGAAG
GTCGAGCTGCAAAACATGCGAAGAACGTTCATCTGGCTCTTGTGGACGAA
CACAAAGATCTGAAGAATTACGGGATAGTGCAATTGTTTAATAAACATCA
TCCTAAGAGGAAATCGTTTACTGAAGATCTGATCACACCTGTCGATGTCG
TTGATGGTCCCGAAGTTCGTCCTGCCAGAGAATTTTCAATGTCATGGGAA
TATGTAGACCTCGGTAAGAGTAAGGACGATTCTTCTTTATCATCCATTGG
CGTCGCCGGCGGTGGCGGTGGTGGTAAAGACAATGAAGATGGATCAAAGT
TACCGGCAGATTCTCCAATAGCTTCGGTGGTTCAACAACAGCAACGTAAA
CAAACTAAAAGTTTTGTGGATGTGCCTTCAAGTGTTGCTTCAGTTCTTCT
GGATGATGATTCCATAGATCCTGCTAAAATCCATCAGGTGAAGAATAACG
AGACTTTAGTGTTCAGTGACATTATGGAACAAACAGAACGTCTATTGAGA
TACGAAATGATGAATAATCCACCGAATGCACATGGCATTGGAAGATATGG
TATTGGAACGTTCAGTGATACCAAAATTGAAATGGAGGTTGAATACAGCC
ATTTGACTGACATGATGAAGTTGTATCTTTGTTTGGTCATTGAGATTGTG
TGTTTCAAAGCTTTTCGTACCAGAACGTGTGTTGCCCCTCTGGAAGAACG
TTTCGTGcaagatttgaaaatattgaagatcAGTGATTCGGCACCAACTT
GGGTGAAAGGAGCAATCGACTTTGCCATCGATCCAAGAATTTTCAAGGAG
AACacaactttcaccaaagatgaaCTTCCCAACAGAGATGAACTTTGTCT
ACAAGCCTTGATGAACACCATGAATCAATGTTTCAACTTTCCAAcgactt
ttgataaaatcttcaaattctTGAGCTCACTGTTTTCATTGTTAGATCCT
TCAGTGAATTTACAAGATAATGATACCACGACGAGCAACACATATCAACA
ATCTCTTGATATCGAAATGGAGAAATGTGCAAGACAATTGAGAACACTAT
TAGAACACTTGGACCACGAGACAGTCCACCTCTTGTTGATGTACCTTGAA
CCGTTATTCAACGATAACAAATACCAACTTTTGATGTATATTCATATTTT
CCCGCCACTCAGTGTTGCTCTTGGACCGAACATGTCAAGAACCGTCTTTT
TAAAAGGTCTTCAACGAGTACTTGACAACGCCTCAAAATCACCAGGAATC
TCAAATCTGTTACACCAATCATACCTATCAAACATTCTTCAAGCCTTTGG
ACAGGACTATTTTTTGGAATACATCATGGGACTGTTATTGGAGATCCTCC
AATCTTCAGACCACAATTTTCAAATCAACCCTCATGAACAGCCGACGCTA
ACTAAAATGTCTACTTCATCTGCACAGACTAGTGTCATTGGAACGTCATT
ACCAAACGGATCAATTCTGTCATACGAAGTCACTCCATACGAGGCTGGAA
AAGACTCGATCTCGTTGTCAAGTTTTAACCTCGATTTCATGTTTTCGGAT
CAACAAAATAATGCTTTTCAACTGTTGAGTACAGACTCACATGAAAGCGA
AAGTGATAGTGTTAATTCTGCTGAATTCGAATCGGACGGATTTCCAAAGC
CAGGCTTTGGGCGTGGTGCTTTAGTTAAAACAGAAGCACAAAAGACACAT
ACTGTCTTGAGCTATcaagaaattttatcaaattcagGGTGTGAAGAGAT
GATTGAAGTGAGCTCTACCAGTCACTCATTGCCTTCATTCTCGTATGAAA
GAGAGCGCCCTTTCCCCGCCCTTGATCAAGAATACGGGCGGAAAGACGAA
AAGGCGGATGCACCTTTTACAGTTCTCCTTCAGGATAACGATTTAGATGA
TCATATTAGGGGTACCGATATTGGGAATGTAGACAATGaagatttagagg
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GAAGATGGCGCGCAAAATGTTGACCTACATCGAACCGTGGTTGATTCTTT
GAAATGGTTTATTCCATGGCTGGGTCCAAACTTAACAACTGAAAATATAG
CTAAACCATTATTGCGGAACATGTCGAAAATCTTTATGGAGATAACAGAT
CCAGAGGATAGTGGAGATAATGATGTGATCGACCGTTTGTTGTGTAAAGT
CTCTCCACATATAGAATGCTTGGTCGAGGTGGCTTCAATTTATGGAGATA
ATATTGTGATGAGTTTTTATCTCCCACATATCGCAAAACTAATCGAGAAC
GCTACAAATGCAGCCTCAGTATCCATCTCATTGGGAAGCAGTCTAGTGAG
CAATTTACAGTTGTTAATGGAATGTTGTGAAAAGTTACAGTCTGAAGCCA
TTGCTACTCACATGGAGgAGTTTTCAGTCGATTTCTTTCAACCCTTGATT
CGATTGTTGTCAACAGTAAAACCATTCAGTACTGGTGTTATTACCAAACA
ATTTCTCTCCCGTAAAGTGGTTGATATCATTGGAATGTTCTGTCAAAAAC
TCAGACGCGAGTATGCGCAAGAAGTAATGGCGCCCTTATTACAACAATTC
TTTTCCCGCTTTGACGGTATCTATGCTTTGAAGACGGACACTGGCGGGAC
GTCGTTCATCACACGGAAATATACCCTCCTTTGTAAATCGCTGAATGAGG
AGGACGTCAATATTCGGAAGCCGTCTCCAAGCATGACCCACTCAACCGAT
CAATCAGAATCTAAAAACCGTATCTCTAAAACACTCACAATCGAAGAAGT
CTTAGAAGACGACCAACTTGGCTCTAATCAAGACTGCGCCGATAAATTCG
CCGACGTTTACGATACATTTTCTCCGTCGCTGGCGTATCACGCGTACGTC
TTGTTTTGTCGTGTCTTGGGAACACATTATCTCGAGAGTACGCTATACAA
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ACCGGATGGAAGATGAGAATGAAGGATCTAAATCTATGACAGGACAGTCG
GGAAAGTGGATGGAACCGTTACGACCGAAATCGTTGGATGAATCACAACT
CGCGCAAAGAGTTTCTTCACAACATATTGATGGCACTTGGTTAAGGAACT
GGCAGAGAACATTCGATGGTCCTTCACGATCTTTGgagtttttaaatttg
aaattgcAAACGTACGCGGGTCACTCGTCTGCTATCCGTGACATTTACGT
TGTCGATAATGAGCACTATTTCCTATCCGCCAGTCGCGATAAAACCGTCA
AATTATGGCTGTTGAAAAACCATGGCAACGGTACGGCGCACCTCGGTTGT
AGCGGAACGTACGACCGCCACACCCGCGCGGTCTTTGCGGTTCAAGGATT
GGAAGCCAAGCGAGTGGTAGCTTCATGTGATGGAGAAATCAATatttgGG
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TCTGTCACTTGTATTCGTACCTTGCCAGCTCCGTCCCCTTGTATTGCTGC
TGCAACTAGTGAAGGTTGCTTAAGGATTTATGATATTCGACAGAAAAAAG
GGAACGCTTTGGAATGGAAAGTATCTCCACAAACCATGACAGGCGTGATT
CGTTCAATGTGTGTTGATACGAGCGGCACGTGGATAGCCGCCGGCTTTTC
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AAGCACGTATTCATGATGGTGAAATATCACAGATGGAAGCAATATCAGGG
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TGTTATATACTAAACAACAACTGGTGTGGGCGTCAAGTAACAAGCTTACC
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_012275	XLOC_012275	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00021877-protein	TCONS_00021877-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000396	supercontig	sc0000396:157951..206683 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR000409	BEACH_dom
IPR001680	WD40_repeat
IPR015943	WD40/YVTN_repeat-like_dom
IPR011989	ARM-like
IPR017986	WD40_repeat_dom

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005515	protein binding

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
molecular_function	GO:0005515	protein binding

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00021877 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: WDR81 (WD repeat-containing protein 81 OS=Homo sapiens GN=WDR81 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 326.635 bits (836), Expect = 1.382e-89
Identity = 176/427 (41.22%), Postives = 246/427 (57.61%), Query Frame = 3

Query:  537 VKEFLQNTFHIEVIDLTNTSKSTT-EREFSRTYQSTTTNSFFAPIEAIIESKEFVFVFEEYSPYDLKDALYYSPAIIGKSHINLNFLLYQILNTLMCLQRQQVYINTLLAPENLTLYHGTLWVGISVFDGVSATQILDQEPDSQPLIKIYDGLNTNLDDKNILLTEK-------------LSVYTSEWVNCRISNFDYLMILNKLAGKKFGQALSHPVFPWVTDFSCNHGGYRDLKKTKFRLNKGDSQLDATFSTGVGNSAYGFGMMLNP--IQHHVSDVLSDITYFMYHARKTSKDILCRHVRSRWVPDEYPANVRRMYQWTPDECIPEFFYDPSIFKSIHDDLADLGLPEWINSPEEFVKYHYTMLESPKVSSSLHHWIDLVFGYKLEGRAAKHAKNVHLALVDEHKDLKNYGIVQLFNKHHPKR 1769
            V++ LQ  +    + +  T++  +  RE     + +         EA++ES E ++V   Y  + L D + +SPA +  S   + F+L+++L  +    RQ       LA   L+LYH      I+V + + +   LD     +P     +      D+  I+  E+             L     +WV+ RISNF YLM LN+LAG++ G    HPV PWV DF+  HG +RDL+K+KFRLNKGD QLD T+         G      P  + HH+SDVLSDITY++Y AR+T + +LC HVR++W P EYPA++ RM  WTPDECIPEF+ DPSIF+SIH D+ DL +P W +S +EFV  H  +LES +VS  LHHWIDL FGYKL+G+ A   KNV L LVD H  L +YG+VQLF++ HP+R
Sbjct:  177 VRQALQRVYGCSFLPVGETTQCPSYAREGPCPPRGSPACPSLLRAEALLESPEMLYVVHPYVQFSLHDVVTFSPAKLTNSQAKVLFILFRVLRAMDACHRQG------LACGALSLYH------IAVDEKLCSELRLDLSAYERPEEDENEEAPVARDEAGIVSQEEQGGQPGQPTGQEELRSLVLDWVHGRISNFHYLMQLNRLAGRRQGDPNYHPVLPWVVDFTTPHGRFRDLRKSKFRLNKGDKQLDFTYEMTRQAFVAGGAGGGEPPHVPHHISDVLSDITYYVYKARRTPRSVLCGHVRAQWEPHEYPASMERMQNWTPDECIPEFYTDPSIFRSIHPDMPDLDVPAWCSSSQEFVAAHRALLESREVSRDLHHWIDLTFGYKLQGKEAVKEKNVCLHLVDAHTHLASYGVVQLFDQPHPQR 591

HSP 2 Score: 186.808 bits (473), Expect = 6.938e-47
Identity = 115/347 (33.14%), Postives = 191/347 (55.04%), Query Frame = 3

Query: 4746 DESQLAQRV--SSQHIDGTWLRNWQRTFDGPSRS---LEFLNLKLQTYAGHSSAIRDIYVVDNEHYFLSASRDKTVKLWLLKNHGNGTAHLGCSGTYDRHTRAVFAVQGLEAKRVVASCDGEINIWDPITNDTLNEFSASRGH-SVTCIRTLPAPSPCIAAATSEGCLRIYDIRQKKGNALEWKVSPQTMTGVIRSMCVDTSGTWIAAGFSAGIFSAIDIRAG-ILRGQARIHDGEISQMEAISGTSFV-SCADSIIRVWND-ESGPSLAYKSSNEAFNSL-LYTKQQLVWASSNKLTIHNPDKITQYHSYKLPPDILKGSLSKLAILPMNQLYLFGIDTGNLVLVS 5756
            D++ L Q +  S   + G WL  WQ    G S+      F  ++LQ++ GHS A++ +  + +E +FLS S+D+TV+LW L N+G+GT+       Y +H ++VF V  LEA + V SCDG +++WDP T  TL           +T +  +PAP   I  A+S+  LR  D R K G   E+++      G++R++ +  SG  + AGFS+G    +D R G +LRG    H+G+I Q++A+ G+  V S +D  + VW + E  P+  YKS+++  ++  LY  + +    SNK+ + +  +     + KL  +  +G+L+ LA+LP  +  L G D G + L++
Sbjct: 1598 DDNALKQELPRSVHGLSGNWLAYWQYEI-GVSQQDAHFHFHQIRLQSFPGHSGAVKCVAPLSSEDFFLSGSKDRTVRLWPLYNYGDGTSETAPRLVYTQHRKSVFFVGQLEAPQHVVSCDGAVHVWDPFTGKTLRTVEPLDSRVPLTAVAVMPAPHTSITMASSDSTLRFVDCR-KPGLQHEFRLGGGLNPGLVRALAISPSGRSVVAGFSSGFMVLLDTRTGLVLRGWP-AHEGDILQIKAVEGSVLVSSSSDHSLTVWKELEQKPTHHYKSASDPIHTFDLYGSEVVTGTVSNKIGVCSLLEPPSQATTKLSSENFRGTLTSLALLPTKRHLLLGSDNGVIRLLA 1941

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021877 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021877 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
WDR81	1.382e-89	41.22	WD repeat-containing protein 81 OS=Homo sapiens GN...	[more]

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TCONS_00021877 (transcript) - C. hemisphaerica