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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00046290 ID=TCONS_00046290|Name=TCONS_00046290|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2048bp
ttttttgtaaaatcagtccgaaaagcaaccaaaaaataggtggtctccat
gacaaattgtcccaaaaacttttactaacAGGGCAGTAAAATACCTCTct
caagagtctgggtggtggtatgtaaaagttcgtaaaaattcttttactac
tcatatatgtctgagattttactaccgaccccccccctccCCTGTATCAC
CTTAaagaatgtttcatttttcgatGGTCATTGTACATTGTACATTGTAC
GTgaaattgaatcatttttcGACTTCAAGATGAGGAAGAGTCTTCTCAAA
GGGGCAGatatattttcgaaaaactCACTAATTCTTCCCGTTTGGGAAGG
TTTCATCGCAATTCGGTTGAATCTCTACGATTGAGCTGACTAGAGAGATT
GGTATGGCTGCATCCATAATTACCAAATTAAACGCAGTCCTATTTATATC
TTTCATTCTATATTCGTACAGGTACAATTGAGCTCCGGTGGCCAGGTACA
TTACGTTCGAATCCCAACGTCAGCTTTACAACAACAAGGCGCGACAGGTG
TATCTCAACTCATCTTACAACAGCacttacaacaacaacaacaacaacaa
cagcaacagcaACAAACAACACAAGAATCATCACAACAAACACAACCATC
CAatcagcaacaacaacaacaaactaGTAGCAACGGTGTTGAACCTTCGA
TTCCTTCCTACGCCAATTCATCGGGAGGTGTATACGTGGTCGCTCCTCAA
AACACTCAACAGCAATCAACACAAAATAATAGTGGCGTCAACAATGAATC
AAGTTAAAGCTGTCGAAAAATGTGAAAGGTTAGTTTGCATTTTCATTGTC
TTGACTGGTGAAGTTGGCAACTTTTGACGCATTGGGTATGTGGTTGAATG
TCTTACCTCTTGGAGTGGTATCGATTGCAAGCCTTGTCATGACGGGATTC
AGACAAACTTGTGAAGACCTCGCTGATGAAGAGAGAGAGACTTTTTCAAA
GAAGACGTGTCATGACTCTATTTTGCAAATTGTGGTCTCAAGAAGACCAC
GGAAAAATTAACCCGAATTGGGAACCCTGTTATTATTAGGGATAAGTATG
TTCATGGATGCAACGCCCGTTTCCAGATTCACGTGTTAAAATCTTTTGTG
ACAATTGATTGCTTAATAGTTAGAGAGAATGTTACTAAACATTATAGTAT
CAAACATGCTATGTTGATTCCCACGTGGAGTTGAGAATCCGATGGTATAG
ATGGAATACCACTTAAAAATAAGAGTGGAATAACTAAACTAAAGCTGTAT
TGATGGGTTTTAGAAATGATAATCCCCACTACTCgcgattatcttttcaa
cgagatTTTAATTCAAACTCCATCCTAAGCTATTCGTAATTATAAGTTTA
TTGACCAGCTAATTTAGAAAGTGATGAGTGCTCGGTCTTACCAagttaca
cacttttttattagaacccagtttataagaagaGCACTTAGTCTGGAATT
TGgagagtgataaaaaaagaacATCGTAAGTTAACATAACAAGCCTGAGA
ATAAGTTAACCAAATTAGCTCGAATTAACAGAATTCTAAGAAACTTTCGA
AATTTCAGTAATTCTTTCCGttccttaaaggttttatttttacataagtg
tttccgtttcatatcaggatagtgtcttgctattgttatattatgctgat
ataagcattCTCTCTCTCTGATcgtcttgctccacatccgtgtcaatcca
atgtaaaaaagcttgtaaattaaaattaatgagtaagcaaacgatatcac
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TAAAAATTGTTACATTATACTCTAACGTGTAACATTTTTTTCCTCAGCAA
GCCTGTTGTATAGTTGATATTATATTATTTCCTCCTAaatttgttgttta
tttatttgttttgtatcaaaatgctttttatcttgttaaagattgaaaag
aaaatctttggtttagtttttttaaagaaaaaatcatgtataTTTAGA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_108:377055..383913- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00046290 ID=TCONS_00046290|Name=TCONS_00046290|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6859bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_108:377055..383913- (Clytia hemisphaerica)
TTTTTTGTAAAATCAGTCCGAAAAGCAACCAAAAAATAGGTGGTCTCCAT
GACAAATTGTCCCAAAAACTTTTACTAACAGGGCAGTAAAATACCTCTCT
CAAGAGTCTGGGTGGTGGTATGTAAAAGTTCGTAAAAATTCTTTTACTAC
TCATATATGTCTGAGATTTTACTACCGACCCCCCCCCTCCCCTGTATCAC
CTTAAAGAATGTTTCATTTTTCGATGGTCATTGTACATTGTACATTGTAC
GTGAAATTGAATCATTTTTCGACTTCAAGATGAGGAAGAGTCTTCTCAAA
GGGGCAGATATATTTTCGAAAAACTCACTAATTCTTCCCGTTTGGGAAGG
TTTCATCGCAATTCGGTTGAATCTCTACGATTGAGCTGACTAGAGAGATT
GGTATGGCTGCATCCATAATTACCAAATTAAACGCAGTCCTATTTATATC
TTTCATTCTATATTCGTACAGGTACAATTGAGCTCCGGTGGCCAGGTACA
TTACGTTCGAATCCCAACGTCAGCTTTACAACAACAAGGCGCGACAGGTG
TATCTCAACTCATCTTACAACAGCACTTACAACAACAACAACAACAACAA
CAGCAACAGCAACAAACAACACAAGAATCATCACAACAAACACAACCATC
CAATCAGCAACAACAACAACAAACTAGTAGCAACGGTGTTGAACCTTCGG
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TAGTCTCGACTGCTACCTGAACAGGAAGATTCTTCCGAATAGGAAGGAAG
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ATAAGGTGAGTGTTCGAGGTGCCTTAGACATAATGACGTTTACTACGGTG
GCGGTGTGACAAAAAAACGAAAAAACTTTTTACTACCCAGGGTAGTTAAA
TACTAAAATGGGCGGTGTCTATGTGTTACATGTTGAATATAAAAAAGAAT
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ACCAAAAAATAGGTGGTCTCCATGACAAATTGTCCCAAAAACTTTTACTA
ACAGGGCAGTAAAATACCTCTCTCAAGAGTCTGGGTGGTGGTATGTAAAA
GTTCGTAAAAATTCTTTTACTACTCATATATGTCTGAGATTTTACTACCG
ACCCCCCCCCTCCCCTGTATCACCTTAAAGAATGTTTCATTTTTCGATGG
TCATTGTACATTGTACATTGTACGTGAAATTGAATCATTTTTCGACTTCA
AGATGAGGAAGAGTCTTCTCAAAGGGGCAGATATATTTTCGAAAAACTCA
CTAATTCTTCCCGTTTGGGAAGGTTTCATCGCAATTCGGTTGAATCTCTA
CGATTGAGCTGACTAGAGAGATTGGTATGGCTGCATCCATAATTACCAAA
TTAAACGCAGTCCTATTTATATCTTTCATTCTATATTCGTACAGGTACAA
TTGAGCTCCGGTGGCCAGGTACATTACGTTCGAATCCCAACGTCAGCTTT
ACAACAACAAGGCGCGACAGGTGTATCTCAACTCATCTTACAACAGCACT
TACAACAACAACAACAACAACAACAGCAACAGCAACAAACAACACAAGAA
TCATCACAACAAACACAACCATCCAATCAGCAACAACAACAACAAACTAG
TAGCAACGGTGTTGAACCTTCGGTAAGTTGGCTTAAATACTAATTTTCTT
TAGGGGGGAAACTTTCGCAGGGATAGCTTTCTCAAAGGAGCATTTTTATC
AAAATGTCCAAAAATGAGGTAATCTTTGCATGTCTCAGCCAATCAGAGCT
TTACTCGACGTTTATTCGTGACCTTGTTACATGAATCTGCTAATTGGAAA
ATCATGTATTAACTTTGCATTACTAAATTGATCAGCTAAATTTTTTACAA
AAAGTTATTATTTACTGATACTCAGTTAACTGGCATCTTAGCTTTTTAAA
GTTAAACGTGCCCTTAGAATTAGAAAAAAAGCTCGTTGTAAAAATTTCAA
AAATTACCTTCTAAATGTAATTTTATCTATGCAATCTCTTATACATTTTT
TTCGGAGGAAATGTTNGCTTGTAAAAATTTCTAAAACTACCTTCTAAATG
TTATTTTATCTATGCAATCTCTAATACATTTTTTTTCGGATGAAATGTTC
TTCTCATATCTTTTATTTTGATAAAACCATAGAAATGACGTCATGCTATC
CTATAGTACCATGGTAATTTTGATAGTTTGTTTGATAAAAGGCTTCGTCT
TTTATCAATTGCGTTCGATTTTTATACTACGTCATTTAATATCATTCTCT
ACCTTGTACACATATGAATGTTATAACGGATACAAAAAACCGTAAGAGCA
GAGGTGTGACCTAGTTTACGGTTAACAGTTTTATTTTTACATAAGTGTTC
CCGTTTCATATCAGACACATATTTCATATCAGGACAGTGTCTGCCTATTG
TTATATTATGTTGACATAAACAAAAAAATGTTTTTCTTTCCCTCTTTCTG
ATCATCTTGCTCCACATCCGTTATCACTCTTATTTAAAAACAAAACCTTT
AAGGAAAAAGAAGTCATATCGAGAAAAGATTGTGAACAGTTTCGATACGC
ACCTCACGAAAAAAAATCTTTATTGTCCTTACGATTTTATTTTAACTTAT
GATAAATTATTTTAGCAGATTTCATTTCTGTTATTTAGCGAGGGCCTTTG
AGGTAATGTTTGGTCTTAAATGCCCACTTCCTTCTATCTTTTCATTACCC
TATAGAGGGGAGTTTCAGGGGGTTCGATTCGGCAATTCCGCCAATTTTTT
TCCCGATTTCAAAAATCAGCCTTCGAAAATTCCTTTGAATTTCAAGGCTT
TGTCAACAATTTCGGGAGCTTTGAATATTTTTTCCCTTTTGCTGGATTCC
GTTTTCCCGCATTAAAAACACCCAACTTTCCGTCACCGGCAGAGAACCCA
ATCCTACCAATTCTAGAATTCCACTTATTAAAAATTGTAGTGTGTGAAAT
CAATAAGGTGTAATTTATGAAAATCTAAAACTTAGTGAGTTTCAAATTAC
GTGTTCGCATCATAACGTTGCAACTAGCATGCTTACTTTTTCAAGAACTC
AAGATTGGTTGATTGGCCTGTCAATAATAATGAGAATGCATGTCTCTCCG
TATGCATCTAATACTTTAGAGAAGCCACTAAGACTTAAGACTAGCCACAG
CTTTCACTAACTGCCACCCGCTACAAATGCTTATAACGACTAAATGCTGA
TTAAAGCTTTTTAATGCTTTATAGTGAAAGTTTGGAAAATTATTAGGAAC
AATTAGAATGATTCTTCTCAAAAGCATTTTCTTTGGGATATCAATAAGCT
ATCATATATCAAATATATTTTTTCTAAAAAGGTGAATTACTTTTACAAAG
AATAAAATGCGAGATTATAAAAGTGTCCAGGTAGAGTCAATTACAAGTAC
CAAAACACTCAAAAGACATGCAACGATATATTCCAACCAATTTGAAATAT
AAATGACCCATAGTACAACCAAACTGCATAAATAATGCCATGAACCAGAA
ACATAACAGTTGCATCATTCTAATAACAGCATTTCGAGCAGTAACCAAAA
ATAGACAGGTAACAACGTATTCAGGAGTTTTTCCAACGGCTTAACAAAGG
ATATCGTGATCTAAAATTGTTTACATTAAAAAGATTTAATAGTAATTTAG
AACTTGTAACTGCGTCATGTGAAGGATGGAAGACGATATGTGGTATAAGT
AGCAGTAACGAGGCAATATTGATTAGCAGGAACCAGGAATTTTTGGCAGT
TTTGTTTCCGGAATGCGGGTGAAGGAAAAAAGTTATCATGCGGCCGGCCG
CAAAATAATTTTTTTTTGCTATTTTTGATAATTTATGGCTCATTGAAATA
GAGTTTAAGAATAACTTTTATGTATAAACACAGCATAAATTATGCCCTAA
ATTACAACAAGTACGAAAGCATAATGCACCTCCAAGGCATGACTGAAGTT
TATAACATAGCCCTGAGTGCATGGTTCTTCAGTACTCATTTTTAACATAA
GTTGAGAATATATAAAAAAGATATCTCAACCTTTGAATGAGAGTTTTATT
CTACTTTGATTTACACAAAAGTGATCGAAGACCTTGAAAGTTAAAATATA
CAACCTCAAATTTAACCGTATAGTATTCTTTTCACAAAACGTTAACCTTT
TCCATGACGATGCCACCACATATGTCATAGAAATCCAAAAGCTCTATTCA
ATCTTTAAAGATTATTTAACCCTCTTCAAAAGTTTGCGGCCGGGTCAGAA
AAAAAAATTTTCACCCGGCCGGTTTCCGGAAACAAGAAATTCTTTTTGTT
TCGCCTTACTGTCGAAGTACCATAACACAGGATCTTTAAGCATTCTTTAT
GTTGAATGACGATTGTCGAATAAATTTAGTTACAGTGGAATTTCGTTGCC
AATTCAACCACCAACAATAATCACTTTTGTCCATATTCAATCATTGTTCT
TCTATTATCATTTTAATCATTGTTCATTATTGTTCTGTGGTAAAAATTGT
AATCAATTTAGAACTTGGAAGTAATAAATATAAATCCAATCAATCAAATA
AAATGTGTACAAAATCATAAATAATACGTAATTCAATAATTCTGTATAAA
AATATAACAACATCCTTCAAATTCATTATTGGTATATGTATATAGGTATC
TTGTTTAATCCCAAAGTCAAAAGTAAACGCGTTTTGACTGCAGGAGGAGA
GAGCTTGAATTAAAAAAAACTTCCAGAAACTTCCCCATTCTTCCATTTCC
TGCATGTTGACCAATCGGGCAAAATTCTACAAGCGGAATAGAATCTACTG
TCGAAAGCTGAGTAGAATGCCCGTTTTTAGGCTAGCAACTGCCGTCCCGG
AAAAAAAAACGAACGTTTACGGAAGAGACTAACTACGGGGATGCTTGCGC
GACAAAACACAAAAACAACAAAATTTCGAGATTCCAGTCCAATATCTATG
CGTGAAGCTATGACTGTCTCCTCACTCACTTCGTTCGTTGCGGGGGCAAA
AAGTGGTCGAATTTTTCTAAAATTGCGTACACTAGTTTCTTGGATAAAAT
TTCATTTTTTTAAATTGATCTCTCTGGATAGTCGGAAAACTACTGCTAAG
CCCAGTTTGGTGCGTGCATTCGACTATGCATGGTTACTGGATATTTGGAA
GAACGATTCCACCGATGCGGACGACAAAGGCTATATCCTGGGATAGTTAC
CTATTCTAGGATAGATTGTAGCGCTTACTAGACACCGTTGACCCTATGCT
CGTAACAAAGCAGAGCCATGGCCTATTGTATTTATTGTTACTGAGTATAT
AGTTGAAAAAGAAATATGTATATTCAGTGTGTAATATGTTCAATTTTTTT
TATATCACAGATTCCTTCCTACGCCAATTCATCGGGAGGTGTATACGTGG
TCGCTCCTCAAAACACTCAACAGCAATCAACACAAAATAATAGTGGCGTC
AACAATGAATCAAGTTAAAGCTGTCGAAAAATGTGAAAGGTTAGTTTGCA
TTTTCATTGTCTTGACTGGTGAAGTTGGCAACTTTTGACGCATTGGGTAT
GTGGTTGAATGTCTTACCTCTTGGAGTGGTATCGATTGCAAGCCTTGTCA
TGACGGGATTCAGACAAACTTGTGAAGACCTCGCTGATGAAGAGAGAGAG
ACTTTTTCAAAGAAGACGTGTCATGACTCTATTTTGCAAATTGTGGTCTC
AAGAAGACCACGGAAAAATTAACCCGAATTGGGAACCCTGTTATTATTAG
GGATAAGTATGTTCATGGATGCAACGCCCGTTTCCAGATTCACGTGTTAA
AATCTTTTGTGACAATTGATTGCTTAATAGTTAGAGAGAATGTTACTAAA
CATTATAGTATCAAACATGCTATGTTGATTCCCACGTGGAGTTGAGAATC
CGATGGTATAGATGGAATACCACTTAAAAATAAGAGTGGAATAACTAAAC
TAAAGCTGTATTGATGGGTTTTAGAAATGATAATCCCCACTACTCGCGAT
TATCTTTTCAACGAGATTTTAATTCAAACTCCATCCTAAGCTATTCGTAA
TTATAAGTTTATTGACCAGCTAATTTAGAAAGTGATGAGTGCTCGGTCTT
ACCAAGTTACACACTTTTTTATTAGAACCCAGTTTATAAGAAGAGCACTT
AGTCTGGAATTTGGAGAGTGATAAAAAAAGAACATCGTAAGTTAACATAA
CAAGCCTGAGAATAAGTTAACCAAATTAGCTCGAATTAACAGAATTCTAA
GAAACTTTCGAAATTTCAGTAATTCTTTCCGTTCCTTAAAGGTTTTATTT
TTACATAAGTGTTTCCGTTTCATATCAGGATAGTGTCTTGCTATTGTTAT
ATTATGCTGATATAAGCATTCTCTCTCTCTGATCGTCTTGCTCCACATCC
GTGTCAATCCAATGTAAAAAAGCTTGTAAATTAAAATTAATGAGTAAGCA
AACGATATCACTCTTACTTAAAAACAAAAACTTTAAGCTTTCATTATCCG
AATTGTGAATTTAAAAATTGTTACATTATACTCTAACGTGTAACATTTTT
TTCCTCAGCAAGCCTGTTGTATAGTTGATATTATATTATTTCCTCCTAAA
TTTGTTGTTTATTTATTTGTTTTGTATCAAAATGCTTTTTATCTTGTTAA
AGATTGAAAAGAAAATCTTTGGTTTAGTTTTTTTAAAGAAAAAATCATGT
ATATTTAGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1575043694:383215..383913 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1575043694:383215..383913 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1575043694:377055..378403 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1575043694:377055..378403 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1510915933:383215..383913 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1510915933:383215..383913 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1510915933:377055..378403 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1510915933:377055..378403 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1491911889:383215..383913 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1491911889:383215..383913 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1491911889:377055..378403 | TCONS_00046290-exon-scaffold_108-1491911889:377055..378403 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_108 | supercontig | scaffold_108:377055..383913 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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