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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00043097 ID=TCONS_00043097|Name=TCONS_00043097|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4883bp
CTCcgataaaactaaaaaaatacacaacaagcaaatttcaaaattaattt
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AGAACNCCACTCGACAAAGTTAATGTCCTCACCAACAGCAACAAAAAGTT
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aatacagtagCTAATTTACGTTGCgttagttttaaaaattgattaCAATT
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TACCTGATCTTCTATTCTATTTCAACTGTGCCATTTTACCTTCTTTAATA
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CGTTTTGCTAATTTACCTCACTGGGATAAAAGACGATTAATAAATTTTGA
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ttcaacatcTGCTTATCTCATAACGTCGGAATTTACCCTACTTGGATACC
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TTTATCCAACTTATAATAATTTTACTACCGattttgttaaacattttttt
taccGCGAGTGTTAATGCAAGCAAATACCAAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0003916:3603..9743+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00043097 ID=TCONS_00043097|Name=TCONS_00043097|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6141bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003916:3603..9743+ (Clytia hemisphaerica)
CTCcgataaaactaaaaaaatacacaacaagcaaatttcaaaattaattt
ttttaataaaaatttgtttcattttgttaCTGATGATATGATGAAATGGT
AAAAATTCGTTATCATTATATCAGAAAGCTTTACAAGAAACAATTGAATA
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TTCCTCATGAATTAGACTTCGGAGGCTTCCACactgaagccacttatttc
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ctagcggttcctttgtttttgaggactgcgttttttgaaaactagcgatg
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CTGCTGAGAATCAGTTGACCAATCTGGCCAAGCTCAAAAAGAAACTCGAA
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GGTAAGAGATTACTAGAGACTCGTATTCAACATATTAGAATCGCCGACAC
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AAGGTCGGGGTGACGGACGCCATTGGTTCGGAGATAATGTTTCCTCCAGA
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GGTGTATTTTATTTGAGTTTATCCAACTTGtaattttacNCTCATACCTC
GTAAAAATCCattattataataattataatttaaatttatgaTCTCTTAC
ATTTGACGGTCAAACACTTGCAGATGGAATATTTTCGTTAGTAAAAAATT
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GTTTTACGCTACACGCTTCGTCACAAAAATTCAGTTGTATTTTATTTGAG
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GGGGGTTTTACGCTACACGCTTCGTCACAAAAATTCAGTTGTATTTTATT
TGAGTTTATCCAACTTGTAATTTTACTACCGattttgttaaacatttttt
ttaccGCGAGTGTTAATGCAAGCAAATACCAAACAAAAAGTAGAAACAac
tatctttttttattgtttgtttcattTCGAAAAGGAGAAATAGTGGAGaa
cgtggaagacattgcaaggGTGGATATCATGAATAGCCGAATAATTTTTG
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ACTTTGAACATTTTATTTGCTTAAAACTGAATACTTTACCGCTAAGTTTT
GGGTTTTTGTACTTCTCAAGGCAAAGGATTGCCACAAAGCTAAAGGAAAt
gcctcgttgaatattacatcacctcgggttaataaatctcaatgaccaac
ttttacctattgaatatctgcttatgaCCACTAAATTGAGATTTTCCGAT
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CGTGTATTAGGCGGTATAATTATGCGTGAGAATGGCTTTGATTAATATCT
TTAAGTTGATANAGACGATCAACCACCAAGGAATACAATAGAATATACTA
AAAGACGATCGATTACCAAAATAAACGCCGGTCATTGGAGATTGACGCTT
ATCAACATTCAACACCGACAAATTATCAAACATGGAATCGTGGATGTGTT
TTATCAAAGTGATGAATTTGGTATTCCTTAAACGAAAATTACAAAtagat
tgataacattttgaAGCTATGAAACTCATACCTCGTAAAAATCCATTATT
ATAATAATTGTAATTTAAATTTATGATCTCTTACATTTGACGGTCAAACA
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AAGACCTTTAACCTCCGAAGGTCNataataattataatttaaatttatga
TCTCTTACATTTGACGGTCAAACACTTGCAGATGGAATAATTTCGTTAGT
AAAAAATTTGTACATAAAGGGAGGAAGACCTTTAACCTCCGAAGGTCGGG
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TATTTGAGTTTATCCAACTTATAATAATTTTACTACCGattttgttaaac
attttttttaccGCGAGTGTTAATGCAAGCAAATACCAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1491911889:3603..8257 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1491911889:3603..8257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1510915933:3603..8257 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1510915933:3603..8257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1575043694:3603..8257 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1575043694:3603..8257 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1491911889:9516..9743 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1491911889:9516..9743 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1510915933:9516..9743 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1510915933:9516..9743 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043097-exon-sc0003916-1575043694:9516..9743 | TCONS_00043097-exon-sc0003916-1575043694:9516..9743 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0003916 | supercontig | sc0003916:3603..9743 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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