MSTRG.12853.9.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12853.9.p1
Unique NameMSTRG.12853.9.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12853.9.p1 ID=MSTRG.12853.9.p1|Name=MSTRG.12853.9.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18816bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TCTTGAATTTTCTGACTTTGCCCCAAAAATGACTGTTGACGCCCTACCCT AATATTGGTCCATAGATATATAATGCTAACCAAATCCTGTACAGAAGGAA GCAATAAAAAAACAAACAAAGAATCTCTTTCTAAATTAACTAGAATAACT ACCTCTAGCCGATCATCCAACCATTTTGATTGATGTAAGTGTGAGATTGA TTGTGATAGTCTCAATTCGTTAATGGATATCAATAAAGTAGACTACTCTG TGGTAAGTTCTTTATGTTCTTTATTGTCATATGATTTTTTCATTCGTTTA TTAATATGCTACATTTCTATAAAGAAAGTTTTGGGCATTTTTCTAATTAT GATGATTTTTAATAGTTGCAGATAATAAATCAAAGATTTATACTAACTAA ATTTAAAATTGTTAGTTTGCTGATGATGATCAACGCAGAAGAAGGTTGTG AAAGTATTGGTAAAAAAACTGTTTTTGTTTTTTCTGTTTCGTATATATAC TAACTAAATTTAAAAAATGGCACAATTTTCTACTTTTCTTTTTACACCAA GATTGATACGCAGAAGAAGTGGAATGAAACTGCCAGTAGCCGAATAAATA TTTGCCTTTTCTACTTCTGTACTAGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATT TCAAAGATGGTTATATAGCAAAATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAA GCAATTTATGGACTGGTTGTGGATCATCAAGAAGAATTTCATGATGCTGG ATACAAAGATTTGAGAAAAGTATCATTTTTTGAAAAACTCTCTCACATTT TTTTGCATAAGCGAAATAATGTTTGCAGTCTTAATGATTTGCCTTAACAT ATATATAATAAACATTTCATTTTTGGCTTACTTTGACGTACAAAATATGG TAAAATGGGTTTGGAAACAAATTTAGCTATAAGATAATAGATAACATTCT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000099_pilon:615511..634326-

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TAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGG
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AAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCA
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CATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCA
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CGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGA
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GGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCT
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TACATACTACTGAGTTGATGACAAAACTGATTGAACAATGTCTCGACCCT
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CGCTCATTGGTGCTATTGCTGCAGCCAACAACTGAGGCCTGCTTTGCAGA
TACCCAATTTGTGAACAGAGAGTGTGGTGATGATATTTTCTACATTAAGA
AGAAATTTCAAAGATGGTTATATAGCAAAATATGAGAAACGATTAGAGCA
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ATGCTGGATACAAAGATTTGAGAAAAATGGATATCAATAAAGTAGACTAC
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TCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGT
GTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGT
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AACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAA
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TTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTT
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GAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTG
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TGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCA
TTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTG
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TCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGTGATA
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TTTGAAAGAACGTTTCGACAAGATTTTTTTCACTGGTAGTCCTTCCGTTG
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GCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGC
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ATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGG
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ATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATT
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GCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACA
CTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACG
TATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGTG
ATATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCT
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AGAGCAACTGCAAGCAATTTATGGACTGGTTGTGGATCATCAAGAAGAAT
TTCATGATGCTGGATACAAAGATTTGAGAAAAATGGATATCAATAAAGTA
GACTACTCTGTGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCA
TGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATA
AGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGC
TTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGG
GGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACG
ACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAA
TCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTA
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AAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCG
ATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGT
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ATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTC
AATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTAT
TATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAA
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ACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACAT
GTGATATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCATGGGCTAGATATACCAAT
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AGAACTTTTGAAAGAACGTTTCGACAAGATTTTTTTCACTGGTAGTCCTT
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GATTTGGAATTAGGTGGCAAATGGTAATTGTGTGATTATCAAACCGTCGG
AACTTTCAATACATACTACTGAGTTGATGACAAAACTGATTGAACAATGT
CTCGACCCTCAATCAAAGCGCTCAAAACATGGATGAAGCCGGAAAATATA
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ATTGGGTGTTGTTTTGGTTATGGGTGCTTGGAATTATCCTGTTCAACTTT
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CTTTGCAGATACCCAATTTGTGAACAGAGAGTGTGGTGATGATATTTTCT
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ATTAGAGCAACTGCAAGCAATTTATGGACTGGTTGTGGATCATCAAGAAG
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GTAGACTACTCTGTGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAG
CCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGT
ATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATT
AGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATT
CGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACAT
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CTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTA
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CCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTT
TGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAA
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TGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGA
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GTTGATTTGGAATTAGGTGGCAAATGGTAATTGTGTGATTATCAAACCGT
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TTTTGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATG
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GAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCC
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CCATTATGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATC
TTCGGCCCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGT
GGAGTTTGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGA
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CTGTTCAACTTTGTTTTATTCCGCTCATTGGTGCTATTGCTGCAGCCAAC
AACTGAGGCCTGCTTTGCAGATACCCAATTTGTGAACAGAGAGTGTGGTG
ATGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATTTCAAAGATGGTTATATAGCAAA
ATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAAGCAATTTATGGACTGGTTGTGG
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GATATCAATAAAGTAGACTACTCTGTGATTTCGATATCCGCCATATGACT
ATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGA
AAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCAC
TCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCAC
CAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATG
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AAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCC
ATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCT
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AGTAGAAGAAACAACAGAACTTTTGAAAGAACGTTTCGACAAGATTTTTT
TCACTGGTAGTCCTTCCGTTGGAAAGATAATCATGAAAGCTGCCTCTCAA
TATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATTAGGTGGCAAATGGTAATTGTGTGA
TTATCAAACCGTCGGAACTTTCAATACATACTACTGAGTTGATGACAAAA
CTGATTGAACAATGTCTCGACCCTCAATCAAAGCGCTCAAAACATGGATG
AAGCCGGAAAATATATCAACAGATCTTTTAAACATGCAACATTCAGCCAA
GATACTGCATGATCCATTGGGTGTTGTTTTGGTTATGGGTGCTTGGAATT
ATCCTGTTCAACTTTGTTTTATTCCGCTCATTGGTGCTATTGCTGCAGCC
AACAACTGAGGCCTGCTTTGCAGATACCCAATTTGTGAACAGAGAGTGTG
GTGATGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATTTCAAAGATGGTTATATAGC
AAAATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAAGCAATTTATGGACTGGTTG
TGGATCATCAAGAAGAATTTCATGATGCTGGATACAAAGATTTGAGAAAA
ATGGATATCAATAAAGTAGACTACTCTGTGATTTCGATATCCGCCATATG
ACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAAT
GGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACT
CACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGT
CACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACC
ATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTC
ACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGA
TCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACA
TCTCACCCACCATTATGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAA
GAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGA
CGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATG
TTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCC
TCAGGAACTGTCTGTGTCAATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTA
TTGCAACTGATTACGTATTATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTG
ATCGAATGTCTGAAGAAAACACTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACA
AGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAG
CCATTGTTGATGAGACATGTGATATGCAGCTCGTAGCAAACCGTATTTCA
TGGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAGGATATTGTTCAAGTAGTTAACGG
TGGAGTAGAAGAAACAACAGAACTTTTGAAAGAACGTTTCGACAAGATTT
TTTTCACTGGTAGTCCTTCCGTTGGAAAGATAATCATGAAAGCTGCCTCT
CAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATTAGGTGGCAAATGGTAATTGTG
TGATTATCAAACCGTCGGAACTTTCAATACATACTACTGAGTTGATGACA
AAACTGATTGAACAATGTCTCGACCCTCAATCAAAGCGCTCAAAACATGG
ATGAAGCCGGAAAATATATCAACAGATCTTTTAAACATGCAACATTCAGC
CAAGATACTGCATGATCCATTGGGTGTTGTTTTGGTTATGGGTGCTTGGA
ATTATCCTGTTCAACTTTGTTTTATTCCGCTCATTGGTGCTATTGCTGCA
GCCAACAACTGAGGCCTGCTTTGCAGATACCCAATTTGTGAACAGAGAGT
GTGGTGATGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATTTCAAAGATGGTTATAT
AGCAAAATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAAGCAATTTATGGACTGG
TTGTGGATCATCAAGAAGAATTTCATGATGCTGGATACAAAGATTTGAGA
AAAATGGATATCAATAAAGTAGACTACTCTGTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853MSTRG.12853Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.9.p1.exon11MSTRG.12853.9.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon10MSTRG.12853.9.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon9MSTRG.12853.9.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon8MSTRG.12853.9.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon7MSTRG.12853.9.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon6MSTRG.12853.9.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon5MSTRG.12853.9.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon4MSTRG.12853.9.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon3MSTRG.12853.9.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon2MSTRG.12853.9.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.9.p1.exon1MSTRG.12853.9.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.9.p1MSTRG.12853.9.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000099_pilongenomesc0000099_pilon:615511..634326 -