MSTRG.19198.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.19198.1.p1
Unique NameMSTRG.19198.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000216_pilon:462480..467731+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.19198.1.p1 ID=MSTRG.19198.1.p1|Name=MSTRG.19198.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5252bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000216_pilon:462480..467731+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TATTTGGTCGATATCATTGAGGTCTCCAAAAGGATACCTACTTAGGCAGA tcaaatcaaaatctaaatGAAAAATCAACCAGAAATTAGTACCCCtaaaa tagttgttttggagaacgtgacggcctattgaataacaaatatAGCAGAC ATAGTCAtagaaaatttgttcatttttttaatcatttgttTCAACTTTTA TCTGCTTTTATCTCAACTTTCCTGCAGGTTGATTCTTCTCTCAGTTTGAT GTATGTCTTTTTGTTGTAGCAATATTGAGCTTATTGTCGCAATACAGTTT AAAGGGAACTCTAAATAATTCTAAGGAATATCACCTAAAACTACAAATTT CTACATAAGACATGTTATCACGttttttttCAGCCTTCAACTTCAATGTc tatttcaagaacatttttggtATAAATTAGAATAAGCCATGGAACAGTCA TCAGCAGGTcagttttttattaaatttctgTAACATTTAGTCCAAAAGTC TGCTCTCCGTAGGCTGGAGAAGATATTTTGTGTTCTTGTGtttgcaaatt aaaatttctAGTAACTTTTATTACTGACTTACCGGACatcagacagacag acagaatttttatctaaaaataacACAAGCAAAAATTATTTGTGATCTTA GCCTTAATAATTATCCAATGGGAAACAATGACTGCATGTTTCacaagata aaaaaataatgatactaaattttaaagttttttattatatatttcttTAG AATGAACACGACAACATTTGACCATCTTCAGGGAGTTTTCAATTctttat tataattatatatgattttcaatattttaagtcCTGCTATATAACAGGAC TTTTTAAGACCTGCTATAACAATTGTTATATTCTAGaaaaaaaGATTGTT GTTAGCTCCCTTTCCACTACTTGACACTATCTTGACACTACCTTGACACT 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ACAGAGTTACTAAATTATAAAATGAGTACTAGTATTACGTCAGAAAAATC TGCCATACTGCAATCGTTGCAGACTTTTGGTCAAATCGAAAATCTTCCAA TTGAATgtcaatttcaaattatttcttccTTACCAAATTACCATAAGTGG GCGTACAGGAAAAACACTGGCGTTAAGAAGGAGCAGTACTTTGCACCAAA TGGTCTTTCACCAAGAAATTTGATGATCCAATCCTTTGATGACGCACTCG AGGATGAAGACGTTGTcatttctatgaaaaaaatcatctttcTCATATTG AAAAACGCTTTCAATATTAAATATATTCCAAGTGGAAGTTACAAAAAACG AACAAAGGtttttacaaattatttatttaattaaatttgaattgttCAGA GATTGAATTAACGGTCGGTTATCGGATAAAaccaagaaacaaaaataaaa aacaaccttATATTTTTCCATCTTTAGATAATAACTGACTAGTATTTCAg ctttttttctagattttatcTCCTCTGGCTGAACCAAAATTGATATTAAA TACGAATGATTTATTAAAATAACAGACAAGaaaaaaaaGCCCtattttgt ttctttgtgttgtcttttttgaaaaatttattatttaatataatatttga tatattttcaGTCCCAAAATTCTGGAAAACGTCGAACAAATGTTGATCGA AGTTTTCTCCTCGAACATCTTGGCGTTACGGAAGACGACTTTGCTCAAAC ATATACTGCCAGTTTACCATCAGACATGTATGAAGAGTTCAAGCGAGCAA TATATTTGGACGGCACACTCTTGTGGCGGGAAAAAAGTCGTAGACTACAA ACTGTTGTGATGAACGATTATAATTCTGTTTCTGGATTAATTAAAGTAAG ATACGTTTTAACCTTGAAAATATAATTATCATTATCTTTGATGTATATAC 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000216_pilon:462480..467731+

>MSTRG.19198.1.p1 ID=MSTRG.19198.1.p1|Name=MSTRG.19198.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=16872bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000216_pilon:462480..467731+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgaaatgtaGAGAAGCAATTGTTCTTGAACAAGACTTCCAAGCTTTGAT
CAAACAAAGCTTATTTGATCCGAACTTCCCATCTACAGGAACTCCATCTT
TGCTCATtgcagaaaatgaaattttgtcaCTATCGACTTACTCAAAATGC
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GCTCATTCAAAGAAAGTTTTGCTTCGGAACTTAGAGGAAGGTGAACGCTG
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ATCCTTTGATGCAACTTCGCAGTGAGACGCCTGAACCTAATGTACCAAGT
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CTCGCCACTAATTGATGAAAACCCTTTTGAGAAGACCAATGGTTTTGACT
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CTCCTCGAACATCTTGGCGTTACGGAAGACGACTTTGCTCAAACATATAC
TGCCAGTTTACCATCAGACATGTATGAAGAGTTCAAGCGAGCAATATATT
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GATGGTGAAAGTTGTATGCACGCTCGCTTGCTTGAAAACATTATTGAAGA
GtTTAACATCGATTTCAACGAATCTAACGAACATGGTTATTCAATTCCTC
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TCGCTTCAAACGATAAGACACGCGTGTATGTCAAATGCTCATCAGGCTTG
TGTATGCATGCTCATTCAAAGAAAGTTTTGCTTCGGAACTTAGAGGAAGG
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GTTTTGACTCATCGACCGGGAAGTGGTCCTTCTATTCACCATACGCTCGT
GATGTCAACCTAAAACGTGAAGACTTAGAGGAACAGTTTCTTCAGCATTA
CGAATCCAGTCTTCAAGCATTACGTGACAAAGACTTCAAATTGTCTTTTT
ATCCAAAGCCTCTTCTGCCCACATGTGCCTGTGAGGTATGTTTTTCAAGA
GTTTACAAAAATGTgccattttgtttctttgaCAGTAATTACTGAatgaa
atgtaGAGAAGCAATTGTTCTTGAACAAGACTTCCAAGCTTTGATCAAAC
AAAGCTTATTTGATCCGAACTTCCCATCTACAGGAACTCCATCTTTGCTC
ATtgcagaaaatgaaattttgtcaCTATCGACTTACTCAAAATGCACTGA
TGGTATCTTTTATGTTATGCCATTAATATTTGAAGTTTGTGGGGAAAATC
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GCATTGCAATATTGTGTCGATTTATAATACTTGGGATGTTCTTGCTGCTC
AACATCGTCGAATCGAAACTAAAAATAGTTCTACATCAGacagaaattca
aaaatctttgaCCAAAAGACACAAAGCAACAAGTCATCCATTCAGAGAAA
TCTACCAGTTGCTTATTCCATATTCAAGCAGTCGTTCGGTGATAATGCGC
CTGGATTTGTCTTCTTTACTCGACGAATGGCTAAATTTACGAAGAAAAAT
TGCCCGAATACTGAgtTTTACAAGATGGTTGGACTTGGTGACTCTAGACA
GTGGAAGACAGAGTTACTAAATTATAAAATGAGTACTAGTATTACGTCAG
AAAAATCTGCCATACTGCAATCGTTGCAGACTTTTGGTCAAATCGAAAAT
CTTCCAATTGAATgtcaatttcaaattatttcttccTTACCAAATTACCA
TAAGTGGGCGTACAGGAAAAACACTGGCGTTAAGAAGGAGCAGTACTTTG
CACCAAATGGTCTTTCACCAAGAAATTTGATGATCCAATCCTTTGATGAC
GCACTCGAGGATGAAGACGTTGTcatttctatgaaaaaaatcatctttcT
CATATTGAAAAACGCTTTCAATATTAAATATATTCCAAGTGGAAGTTACA
AAAAACGAACAAAGTCCCAAAATTCTGGAAAACGTCGAACAAATGTTGAT
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TGTGCCTGTGAGGTATGTTTTTCAAGAGTTTACAAAAATGTgccattttg
tttctttgaCAGTAATTACTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.19198MSTRG.19198Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.19198.1.p1.exon1MSTRG.19198.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon2MSTRG.19198.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.19198.1.p1.exon4MSTRG.19198.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon5MSTRG.19198.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon6MSTRG.19198.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon7MSTRG.19198.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon8MSTRG.19198.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon9MSTRG.19198.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.19198.1.p1.exon10MSTRG.19198.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.19198.1.p1MSTRG.19198.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000216_pilongenomesc0000216_pilon:462480..467731 +