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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000217_pilon:377299..381848- Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_042339 ID=XLOC_042339|Name=XLOC_042339|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=4550bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000217_pilon:377299..381848- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATAAAAAGTCTACCACTGGTAGCCAGACAGCAGCTCAGCAAATATCTTAC
CAACGAAGCTTTTCCAAGGACAAGACAACTGACAACCAAAATGATGAAAT
TAATTTTCTTGACGATTGCCTTCATCGCAACAGTTTCAGGTATGTCTTTT
TTTACTTTAAGCCTGAAGAGGCTAGAGAGTAATTTTCTTAGGGGATGGGA
AATAAAGCAAGTCTTCTACACGCTTTTTTTTTATAAGAATATCTTCTATA
AGAATATCAGGGTGAAAATTGGCCAAATCCTAAAAATACCCTCTAGGGTG
AGTTTCACAGAATTTGATCATTGTATTTGGTTAACAGAAAAAGCTGCTTC
CTTTGTTAGAGATAAATTGAAGCTTTGAGGAAGAAATGTAATTTAACCCA
AATGTTCACTCAAAAGTTCAAAACTCTCAAATTGATCAATTCTCATGTAC
CTTAAAGGAAGAAATTTTGGCGGAAAGAAAATTTGGCGGATTTGGCGGAT
TTAACTGAAATCCGCTAAATTAAATTCCCGCCAAAATTTCTTCCTTTAAG
GTATGCAAAAAAGTCAAGTCTAAAAAAGTAAGAATACGTTAAGAATATTT
CACCCTCAATTTTGGCACATTCTTAAGAATAAAGGACACTATTCTTATAA
AAAAGCGTGCATTTTCCATCCAAAACGAGTGACGAAATTGGTTTTCAACA
AGCGCTATGTATTAAGTAAGATAAAACGAGAAATGCACCACGTAAAAAAA
AACAAAAAAAAAAAAACGCTAGATTCAATAATCCAAATGCGACAGAGATC
TTAAGGCTTTCCTTTTTTCTTGCGTTGAAAAGGTTACAGATTCCTATCTA
GCCTTACAGGCTTTAAGCTCAATGGAACAAAGTATATACTTATTTTTTAT
AAAAACATGTCAATATTTTCTCAACCTCTAGGTAGTTGTATAAAAGGCCA
TAAAAGCTTTGCAGACTTTTTAGATTCTCAATCAGGTTGTGGATTGAATT
TTTCTTGAAATGCTTGCACTTTTTAATTAAAGGCATAGCAAAGCTGTATA
CAATAAAGTAATTCCTAAAGTCTAAAGCTTCTAACTCAAGTTTTCAATTT
GTTCTTAGGTTTTTGTGAAATTTTCTATCCCTTCTTCTATAATGTCTTTT
ATAAGCTACTTTTATATCCTAAGAACTCTTCAATGACAAATTTAACTTCA
AGTTTTCAATTCATTCTTAGGTTTTAATGAAATTTCATCTTTTGCTCCAT
AACGTCTAAACTCTCGGGTACCTAATAAGCGTCTCCCGCCCCCGCTAATT
AATTTTTCGAAAATTTTCCACCCAGGACATTCTAATTCTAACCCCTCTGC
TTATTGATTTTTTGGGAAAATGATTTTGAAAGTTCCCTCTTTTGTCCTAA
TTCTGATGTATTAGCTCTAGTTTAGACGGCCGACTTTCTGCCCCGCCTAT
TCTAATTGTTAGAGTAGGCAGAAAGAGGGCACAAAGTTGGTTGTTAAAAT
CTTTGCTTGGAAAGGTTTGAAAGAAGACTTTGCATTGACGTCAAAAGAGG
GCTATGCATCGACTTTAGACAGCCCACTTTATGCCCTCTTTAATTCACAA
TTAGAATAGGCAGGGCAAAAAGTGGGCCGTCTAAACTAGAGCTTAGCCTC
CTTTTCAAAAAGTTTCCACCCAGGACATTTTTATTCCAACCCCCTCATTA
ACATTTGAGTAATTTTCCACCTGCTTATTCCAAAGCCCCCGGTTATCAGG
CACCCGAGAGTAAGTCCATTCTTAATAATTTCAATTTTTTAATTACTAAG
TTTAAAAAGGTTCGGATTCCTATTTTTAATGTCACAAGTATAAAACTCAT
CTTTTTTAATAAATTCATTTTTCTAGCAACATGTTCTGATGCATCAAGGA
ATTGTCGATTCTTCCCAACTTCCATGTGCTCAAATGCAATCATGAAAATG
AGATGCAAAGCCAAATGTGGTCTGTGTGGTACAGGAGGTAATAATGAAAC
AATTTTGTTGTTTTGCACCTCCCTAAAATCAAATTACATTTTCATAAAAA
CCACTATCATTTGGCTAAGGCTCAAAATTAACTATTGTTTTGTGATTTTG
AGGCTTAAAAATGGTATTTGAGACAGCTTCTGAAATTTGAGGCTAAGGTT
GTCTGAGGTTGTTCCTTTGGGATGAAATTGAATCTCATGTTCTTAAAGGT
TTTATTTTTAAGTAAGAGTGATATCGTTTGCTTACTCATCAATTTTAATT
TACAAACTTTTTCACATTGAATTTACACGGATGTGGAGCAATAGACAGAA
AGAGGAAAAGAAAAACATTTCATTTGCTTATAGTCAGCACAATAGACAGA
CACTGTCCTGATACGAAACATGTTTCTGATATTAAACGGGAACACTTATG
TAAAAATAAAACCTTTAAAAAAGCTATCTTATCTGGGAGGTGATAAAATG
TCTCTGGTTTAGCGCATTCAATTGGCAGAATATAAAGTTTAAGTAATTGA
AAATGCTACTTGGGGGAAAATTCCTCTACTTTAATGGGATTAAGTTTTGC
GGATTTGGGTGTCAAGTTCCAATGGAGATTAGGAAAATCATTATCCGCGA
AATATTGTTCCCCAATGATCAAAAATATGATGGGGCAGTAAAAAGCACTA
GATAGTAAAAATATTGTCTCCTCGTAGTGCCATCCGCGAAATTAAGTTCC
CACAAAATCTTAACATTTCACGGATGAGCTAAACCGCCAAATTTAATCCC
CGCGAAAGTTTACCTAATTAAAGTTTTTGAGAGTACTTGATTCTCACTTC
TCTTCCTGTCACATTTTGTTCAGCTTTCTCTGTATGGTATGGGTCCAATT
TTGGGACTCTGATTTTTGTCCGCATTTAAGGTCGTTTTCAAATCGAGTGC
CACCTCAGAAAAAGACTGGTTGAAAGAATGGCTTTTATTCTTTTTGGGTC
AAAAATTAAGCTAGAATGCTAAGCAGTACAAAGCCATGAACCAGAGTTTC
TTAAAGCCGGTAGTCCGCTGTTGGCAGACGCGGACGCGGGCCTTTATTCG
ATTATCTGTGCAAACTTTGCATTCAAACGACCTAAACTAAAAGGAAAAAG
CTGCTACGTGTCAACCTGCCAAATGACTCAATATATACAAAATATAGTGT
TCAATGCATATTTTTCTACTTGAAATAGCTTGTTCAGATGCTTCGAAATT
CTGTCCAATGTTCCAAGGGAAATGTGACAATCCTTTGGTCAAATCCAAAT
GTCAAAACATGTGCGATGCTTGTGATGGTGGATCAACTGATAATGGAGGT
ACTGTTACAGGTTTTTCTAAGCATAGATGAAATCTTTATGGGCCTCATCA
CATTTTTTATGAGCATTGTAATTACAATCTAGGCTTAAATATGGGAAAAA
TTTAAGCAGCTGCTAAGCATGGAAAAAAATCAAAATATGCAGTTGCATTC
TTTTCCATACCGTTTAACATATGATAAGCATTATTTCGAGCCTGCAAAAA
CAATGCTTTTTTCTCATTTTCGCTGATTTGACAGATTTTAGGAATTTTCA
TAAAATTTTGCTTAGGATATAAGCATTTAAAAAAAAGCCTTTTTCAGTCT
TGTCAAGCCCGAGGGGCCTAAGCATGTCTTGGACTGGATTTTCGTATGCT
TATAAAAAAGTGTATGTGCTTAGCAAAAAACTTTTTGAGCCTCAAAACTA
TTATGTAATACTTGTGTCAAGGGGGTAGATCACACAGCACACATTATGTT
TTATTCTCTACTGTGATTTTAAGCTTTAAAAATTTCAAGTTAACTTTTTC
TAAAAAATTCTAAGATAACTAACTCGAAAACTTGTGAACAAAAAATAAAC
TCCGAGTTAGCTAACTCGAAAAAAGGTTTTTTGAAAAAGAAATTCGAGTT
AGCTAACTCGAAAAGGTTTTTTTGAAAAAAAAAATCAGCGAGTTAGAGTC
GAGTGACGTCATAATTTACACTTTTATGGCGTCATAATTTAGCTGACTCG
AAAATTCCTAACTCAAAAATTGCTAACTCGAGGTTTTCTAACTCGAAGAT
TCTGGGCCTCCTTCTCACAGACTCAGTGGGGTTTTTTCGGACAGTGGGGG
TAAAAATAACAGACTGAAACTCAATGGGGATTGATATTCTCATATTTTTT
ATGGCTGGGGATTCAAATTCCATTGTTTCAAGTCAAATAATTCAGTGGGG
ATGGGAAAGAAGCATAGTATTTTACAGTGAGGATTTGGTTATTTTTAGCG
TGGAGAAAAATTGGAGTATAAATTTCCACCAGGGACGATATTTTGGCCAA
TTTTTCCAGTGGGAAGGGATCACAATGGGTCTGTGAGAAGAGGGTGTCAA
AATGGATAAAAAATCCAACATTAAGAGAGATAAAGCTTCCCGAAGATCTT
TAGAAAAAATGAAAACAGAAATTGCAAATAATGAATTTTTTCGTTATAGG
TGCATGCGCAGACGAAGATCCAATTTGTTCAGAATTGATGAACGAATGTT
CAAATGATGACATTAAAAAGACGTGTAAGAAGACTTGTGGAGTCTGCTAA
Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000217_pilon:377299..381848- >XLOC_042339 ID=XLOC_042339|Name=XLOC_042339|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=942bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000217_pilon:377299..381848- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATAAAAAGTCTACCACTGGTAGCCAGACAGCAGCTCAGCAAATATCTTAC
CAACGAAGCTTTTCCAAGGACAAGACAACTGACAACCAAAATGATGAAAT
TAATTTTCTTGACGATTGCCTTCATCGCAACAGTTTCAGATAAAAAGTCT
ACCACTGGTAGCCAGACAGCAGCTCAGCAAATATCTTACCAACGAAGCTT
TTCCAAGGACAAGACAACTGACAACCAAAATGATGAAATTAATTTTCTTG
ACGATTGCCTTCATCGCAACAGTTTCAGCAACATGTTCTGATGCATCAAG
GAATTGTCGATTCTTCCCAACTTCCATGTGCTCAAATGCAATCATGAAAA
TGAGATGCAAAGCCAAATGTGGTCTGTGTGGTACAGGAGCAACATGTTCT
GATGCATCAAGGAATTGTCGATTCTTCCCAACTTCCATGTGCTCAAATGC
AATCATGAAAATGAGATGCAAAGCCAAATGTGGTCTGTGTGGTACAGGAG
CTTGTTCAGATGCTTCGAAATTCTGTCCAATGTTCCAAGGGAAATGTGAC
AATCCTTTGGTCAAATCCAAATGTCAAAACATGTGCGATGCTTGTGATGG
TGGATCAACTGATAATGGAGCTTGTTCAGATGCTTCGAAATTCTGTCCAA
TGTTCCAAGGGAAATGTGACAATCCTTTGGTCAAATCCAAATGTCAAAAC
ATGTGCGATGCTTGTGATGGTGGATCAACTGATAATGGAGGTGCATGCGC
AGACGAAGATCCAATTTGTTCAGAATTGATGAACGAATGTTCAAATGATG
ACATTAAAAAGACGTGTAAGAAGACTTGTGGAGTCTGCTAAGTGCATGCG
CAGACGAAGATCCAATTTGTTCAGAATTGATGAACGAATGTTCAAATGAT
GACATTAAAAAGACGTGTAAGAAGACTTGTGGAGTCTGCTAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000217_pilon | genome | sc0000217_pilon:377299..381848 - |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 373-471:100 |
| Aaloc | 253-369:1371 |
| Aaloc | 142-249:2673 |
| Aaloc | 1-138:4551 |
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