XLOC_042295 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_042295
Unique NameXLOC_042295
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000007_pilon:446681..456680-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_042295 ID=XLOC_042295|Name=XLOC_042295|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=10000bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000007_pilon:446681..456680- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TGCAAATGCATGCACCATACACCCCAAGTAAATTGCAAGGGTGTGCCAGA CTGACTCTTCTGGGGTGCTTAATTGTAGGGCTTGGGATTTGGATATATAC ATACTTTAAAGGAAGAAACTTTTGTAAAAGAAACTTTTGAGAGGCGAAAA AAACGCAAAATTTTGGGAATACCTTACTTACCTGTACCTTTATCCAGGCG GTGTCAATCGAACTGTTCGATTATCGAACTAATCGAACTTAATCAAACCC TCGAACCCAATCGAACACCTATCGAACCGGGAAAACTTTCATATTAAGTT CGATGACTGTTCGATTATACGATTATAGTTTGATTGCAGTTCAATGAATA CGATTTGATCAGTTCGATTAAGATCGATGGAGTTCGATTGATTTGATTAA ATTGATTTATACTGACCTTGCCGCTGAATTTTTTATTTATATTCCGAGGG CGTATTGGCCATTCTTGCGGGCCATCCTATATCTATCCCATCGGATGGGA CAAGCTGGAGCTTTTACAAGCTCTTTGGTCCTTAATTTGTAAAAGAAAAA GATTTTAATTTTTATTACTTTCTTTAAAGAAAGTGTCATCTCTATTATTT CAAATGAGGAATAATGAGTGAAGCATACGGTGCCTGTTTTTTGATTAAAC AACCTCGTAATTTTTTGAAAGGTAAAGAAAAGGAGAATCAATCCAACACA ATCATCGAACCACATCGAATTTTCATCGAACCACATCGAACTTTCATCAA ACTTAAATCGAATTCATCGAACATCAATCGAACTTCATCGAACAAAGAAC ACTCATCGAACTAAATTGAACTTATCAAGAAATTTTCGTAAAGTTCGATA GCTGTTTGATTAAGTTCGGTAATCGAACAGCTATCGTTCGATTTTGTTCG ATTAAGTTTGATGGTTCGATAACGAAAATCGGTTCGATAGGGTTTGGTTG 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CTGTCCGTTAGTCACAAAATTAAATGTCCGTTAGTCACGGACATATCATA TGTTCATATTCTTAGCTATTTTATCCTAATAAAAGGTTAGGCAATATGAC AAAAATTTCCAAGATTTCAACTTAGGAACAGCATTTTTAATGTGTTTGAA AAAGTAGTTCATTTTTGGTGTTACATTTGGTGTCCGTTAGTCACGGGCAC ATAATTGCAAGTTTTTAGGCACGTAAAAATGGTGAGAAAAAGTTTGCCTA CTTTTTTAAAACTATGACCCCTAAGGATTGTTACTATAATGATTGATACT TAATTTCTTTTCTCTAGCTTGACTAATGAGATGTTAAGTTCTCAAAATCT CCGTTAGTCACATATGGAATGCATGATATATCTACGGACCTAATGATGAC TACTACTGCCCCAAATGTCTCCTTAGGGTATACTTCCTTCAATGTCAAAA CTTATTTATGTTTCCTAGCATTTTAAGCCTATATTGTGACCTCTTCTAAA AAAGACTGTTTTGGCCTTTGGCCAACTGTTAACGTCTTATGGCTGTAAGT AAGCAGTCAAGACTTGTCTTTTTGGATATTATTTCAGATAGAGTTGTTAT TGGTATTATATTTCGCGTGTTACAAAATTTCGCGGATACTTAATTTCGCA ATTTGTTAGGATAAATTTCGCGAAATTTAATACCGTTTAAATTTTTCAAC AATAAAAAATCGCGAAAAATTTTCGAAATAGGTCGAAAATCGAAAATACT TATTTGTTACACTTAGTTACTATTTTTGTCAATAGTTTTGTTACTATATT TGGTATGTTTGCACCTACGTTGTGTTTCAAGCGAAATCAGTCATTTTCTT GCCTTATTCCCACTTTTTGAATATTATGCCCAATTTAAATTTAATACACG CGAAAATTTCCAGAAACTGGCAATCGCGAAATTTAGTACACGCGAAAAAC GTTTCCTCGAAATAATATCGCGAAATTTTGTAACACGCGAAATATAATGC CAATAAGGTACCTGATCTACCCAACCAAACAAAATATTTTTCCTTGCGTA CAGTATGTGGCCCCCAAAACGTCGATCAAATTTAAAATTTCTCTCAAATC TAGAGGAAAAGAGGTTTTACAAAATTTTTTGCTGCATAAAAGACTTTAAC ATCTCTACTTTATTTCCTGGAAGTTCTTTTTCAAAATTTTCAATTTCAAC AATATTTTTCAATCGCTTAAAGATAGGTATCTTTTTTCTAATGGCCCCCA AAACGGAGGTTTGCAATTTTAGCGATTTCTCGAGATATCTTTAAGATATT AATACAAAATTTTGACCATAGTTTGGAAATGTGTTTTAGAGGGTTTTGGT TGTCAAAACGCAGATTTGGGGCCCCCAATAAAACGGAGGTGTAGTTAAAA TCAAATTATTAAGCCCAGTGGTAATAGGGGGGAAAACTATGAACATATTT GTGGCCCGATAGATGTAAAATTTATGATTTTTATGAAATATTTCAAGATT TTCGATATTTCAAAGTCCAAACTGAAAATTTAGAAATTTTCAAAATGACA ATTATGATTTAACAACGTCTTAATCAAGTTTCTGAAAATCAATGTCTTTT GAAGTCTTTATAGTTCCATTCATGTATGGAATAAGCTGTGAAAATTTCAG AAGAAAAGCTTAACTGAAACTGAAAATATTAAGCTTTAAAGGTATTTTTC TCCTATATTTTGCAAAAAAAATGACAGAATTTGCCGTTTTTGCTGATTCA GCAAAATATTGTATATATAATGTTATTTTTTTGTTATAAGCTATTAACTC AACCTGATAGGAATGGAATTCCACGATTTTTTGCTGTTTCTCGTATTTAG AATTTTCGGTTTTATCAATGCTGATTCTAGAGTCCCCAAAATACTGGTTG ACCTTTAAGATGCTATATCTTTTACCCATCCTCTAAAGTCACAGATGTAT CTGCATTTTCTGAACGGCATTATGTGTAGAAAGTTTCCTATACCCTATTT TCATAACTTATTTTCAATATCCAAGGAGCTAGAGTGAGTTATATGCAATT TTTATCTAATGTTGGAGTTAAAATATTTCTTCAGACGCAAATATGTTATT TTGAATGTGTCTCATACCATCAAAAACATGCTCATGTTTTAGTATAACCA TCATTCTTTCAAAATAAACAAAAACCATTTAATTCTGATAAATGTACAAG TCAGAATCCTCATTTTAATGACAACCTCCGTTTTGGGGACCATATACTGT ATACTCTTTCCTTCTAAACAAACTTATACTTTATTTGTACAAGTTTTTAA AATCCACAAGTAAGGAACGTCTAATAGCTTAGCTTCTTAGATAATCTAAG CATGGCAAACGATAGCCCTTGAACCAATAAGCATAAATATGGTATAATAT CAGGGTTAGTCAAAGCAAATTTTTCAGAAAATGAGCAAGCATTCTAGCAA CCTCAGCCCTGACCCAAAAAATGTGTACCCTAACCATATCGTTAACTAGT TCAAAAGTGTAATAACCAAATGAGGGTTTGTATATCGCAGTCGAAACTAT TGCTTATTATAATGTGCAGTGAATTGATATCTTTATTGAATAAAATGGAA GATCATTGGAGTGTCATTGATGGACTTCATAACACAATGAGACCATCTTT CTCTATTCATTATACTCAGAGATTCCTTTATAATCTCCATAGGATTGAAG ACTAACAGTGCCTCGCCCCCTGGTCATACTTATCATTTTGTAAGAGAATA ATGTTTAGCTTGGCAGCACGTGGCCTTCATGCATTCTTTAGTAAAGTAAA AACAGGAACATGGATTAGAAGATCCATCAACAGTCAGTTTTTCGAGTTAT GATGTTCAACCTTTTTACGTGCCAAGTTCCTTTCATCAGTTATTTTGGGA CCTTTGTAATAATCTTTGAATTGCAATGCACTCTTATTGAACTGTCAAAA GAAGGGGAACGTGTTGATTATATCCCCTACCCTGCAGCCTCAGGACGTTG TAAGTCTAAGACACGTGCTATAACATCGCCATTCTTATAAAAAGTAAACA TGACATCATCAACAAGACGTCATCAACAAGTTAATTGTTTTTGTTGTTAT TGTCATGTCAATGGCTTTAGAGATGTTGAGAGAAAGGAGAGAGCAGAATC TACCAAACAGACAGTGTTTTTAAGAGAATTCAAACTCCTTCGTAGACCTT TTGTTAAGAGTATTACCATATGTTCAATACATGTTTTCACTTGACAACCT GTTAAGTGATGATGGCATATAAAAAGTTGACGGACCAAACTTTCTTTTTA TTGTTCAAGTAAGATTACCTTGAGACACAGTGCTCAGTTGAGATCTAATA GAAAGATAACGAAGAAAGGAAAACATGCAGGTTTGTTACTTTATTCATAC TTTATGCTCTATAGACATGTGCTGCCCATTTTTGGATTTTTAGAAGGATT TTAATGATAGGTTGTCGACGTGAATTAATTTGAGAGGATAATGCTGATTG CAATTAAAGTTATCAATTCGTTAACAGCGAGGAGAAAATTAGATTTTAAT ATTTCATGACCACCGCTTATATAGCCTCTCCTGTCTTTTGGATATGTTGT GATTTGAATGTAATGGCCGTTACTTTTGACTATATGAGAAGCTTTCTGAC TATATTTACTTCAAAGTCGTTTAGGATTTGGATCTTTTGAGATTTGATCT TAGAAATAACGTTATATTTTTTTTGTTGTGTACTTACCTTCATCAATTGA ACGTTTAAAGATAACCATATACACATTCCTTTCCTCGGTGACCCGATGGG AATGTGGGACTGGGATATGCTAAAGTGTCTACGTGATTCCTGATAATTAT GACCAGGGTTCAGTAGTATTTTCTATTGAGGATTAACTTCAGGGTATTTT TATCAGTCAATAAGATTTTTTGGCTGATTTCGGGGACAACACGGCTTTCA ACCTTTAGAAACGGGTTTTTCATTTACCAATGCATGTGTTTTTGGTTTTT CCATGACATGTGACTATAAACAGGGAAAATTTAATTCGATGCTCCTATGT AAATACAGCATTTAGATAGCTTTTCCCTGTTTTGTTCCATTTTGAACTTT GGTATTGGTTAACGAGGGATAACCCATGGAAAATGTTTGTATGTATAAAA TAAAATCAGAGTAAAGTCTAAAGTCCCTTCGGGAGACATCCTTTTAAGAA TTCCCTTTGTAATTACTGCCTACCAATACAAAGTATATTTTAGGACTTTC GACTGTTTTCGAGTAGATTTTCATCCCCGCCAGAACGCGACTCGAAGAGC TGTTAAGAAGCTGCGAAATACCAAAAACGAATTTGAGAGTTTCTCGTTAC TTCGCTACTTTTACTAATGATTGGAGGTTTTTTTTGGTAAGGTACTCGTT GAGTTTCTTAAAACCATTTGCAACGTTTTTTTAATACGAAATCGGGGTTT ACCTTGTATTATGTGTATTGTATCCAGAATAGATCAGACTGTAGTTGATA TAGTGCTGGAAATGTTAATAATTATGACTTTGTGTATCAACCATCATGAA TTTAGAAAGTTCACACCCTTTCCTCTCCTTTGCTTCCTCTGTAATTTTCT GGTGGTAAAAACCTCTATTCCTTTAAAGAAAAGGTATGGTTTCCACGCCT CTCCTTAAAAACTTGATCCTCACTTTGGAGAATCATTTTAAAGCTGTTTT GTTTACGTTTTGCGAACGTGATTTGGGTAAAAACAACAACTCTAAAAAAG GCTCAAAATATTTATTTTTAGCAGCTCTGTGTTGTGACTTGTTCGATAAT CCTGGATGTACTCCAACCTTTTGTTTACACTTTACAAAATAAAAGTATAA TCTTTCGTTTACTTTTGACCTTCTTATTGCATGGATTCTTTTTAGAAGGG CGTTATACACCCTGGGGTGGCCAAAATTTCGTTCCTGTTGTGAAAAATAC TATGCAGTTTCAATCTTAATTTGGAAATTGACTTAGACTCCATCATTTGA AATTCAATGGAAAACTTTCATCCCCATTCTGGGATTTCCACCGTGGCTGC GAGACAAGAGTGTCCTTATTAAAAAACACTATTAACAGCTCTTGCTCGTT TGAGCCATTTGAGACCCAAAGATAGAATTTTTTAAAGGATTTTCCGTTTG GTTTTACTAATTCAGCATTATATCAATTCAAAAGTGCTTTCAAGTCATTT CTATTTTGATGAGGTCATCATGATGTCTCTGTAAGCACGTCCATAACAGT TTGATGTCTGTCGTAATCTAGTTAATGTTTTATTCCGTATGAAAAAAGGC TTTTTGTTTACTTATCCACTCAAAGTTACGGGCTTACAACCTATTTTTTC CTCTTATGAAATATTCCTTTTCCTTGATAATATTGAAGATTGATAGCCAC ATAAACTTTACACGAAGAGTGAAATTTCTTGGCTTTTTTCTGCTAGTAGA AATCATGTTTTTATTATCATTCGCTCATCGATTCATACAAGGCTTGTTAT AATTTGAGATTGACAAAGGGCGTAGAATTTGATAAAGGGAGAAAACCAAT TAACATTTTTCAGCAATTTTCATTCTATTTCTGATAGAATTTTTGTTTGT GACATTAGGTAACGCTAGAGATACTCAAAGACTTCGTCATTTTTTAAAAG AGTTCATGAAAAGTGCAAAAATTAATTTTGGATTTCTTGTACGTTTTATT 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GATATTACGGAGATAAAATGGAAGCTATGAGACTTGACGGTCTCATTTTC GAGCGCTTATTACGTAAATATTTACCGTACATTTACAGACACATGAAATC GTATAATATTGATCCTTTGATGTATATTGTCGAATGGTTTGTATGTGTTT TTGCAAGGTGTCTACCTTTCCAGACAGTTCTACGTGTATGGGATGTGTTC TTTTGTGAAGGTGTGAAAGTACTGTTCAAAGTTGGGCTAGCTATACTAAA GCTAGTGTTCCCTAGCGCCAGTTCACTATCTGATAAAGACGATTTCCAAA CGACGCAGATTTTATTAGATTTACCTAAAGACGTGACAATAGACACCATT TTGATTCCAGAGGTTTTGAAATATAATATTGAGGAAAGAGAATTTCAAAA GTTTCATCAAGACGTTTATCGGGAAAATCCAGAATTGAGTTTGAGTCGAT ATTTTTCCTTAAATGTCAAATTGGATGAACAGGACGAAGAATCGGATTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000007_pilon:446681..456680-

>XLOC_042295 ID=XLOC_042295|Name=XLOC_042295|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2454bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000007_pilon:446681..456680- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TGCAAATGCATGCACCATACACCCCAATGCAAATGCATGCACCATACACC
CCAAATAAAATTTTGTATTGCACCTATCGATCGCTCAAAGATGGACATTG
AGGTTGAGCAAAACGAAAAAGAAAATGATGAAGAACAAACAATAAACAGT
AGTAGTGGTGAATCCAGCGATTCCGAATCGGATTCTACCTTACCAAGAAC
ACTGACAGCTCCAACGAAGCTTGATCGCCATGGATTCATTGTCGGGCACC
GTTTACATGATAAAGTATCTTCATTGCCTAACCCAGGGTACACGACAACC
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CTCGTATATACGTCGGAATCCTAAACAGTTACGACGCCGATGTCGCAAAG
GGATTCCACAGGCCGTCCGCTCATTAGCCTGGCAACATTTGTGTGGTGCA
CACAAATTACATGAACAAAATCCAAAACTTTTTGACAAACTATTAGAATC
AGAAGAAGGTTCTAAATGGAGTAACATTATTAAAAGAGACATCCCTCGCA
CATTTCGTCATCACACCATGTTTAAAGAAGACAAAGGGTTAGGTGCAGGT
CAACTTTATCAAGTTTTATTAGCGTTCAGTGCGCATGTACCTACTATAGG
ATATAACCAAGCGTTAGCTCCTCTTGCAGCTGTGATGTTAATGCATATGC
CTCCGGATGAATGCTTTTGGGTTCTCGTCTCCGTCTGCAGGTATTACGTA
CCTGGATATTACGGAGATAAAATGGAAGCTATGAGACTTGACGGTCTCAT
TTTCGAGCGCTTATTACGTAAATATTTACCGTACATTTACAGACACATGA
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GTTTTTGCAAGGTGTCTACCTTTCCAGACAGTTCTACGTGTATGGGATGT
GTTCTTTTGTGAAGGTGTGAAAGTACTGTTCAAAGTTGGGCTAGCTATAC
TAAAGCTAGTGTTCCCTAGCGCCAGTTCACTATCTGATAAAGACGATTTC
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CGATATTTTTCCTTAAATGTCAAATTGGATGAACAGGACGAAGAATCGGA
TTGAATAAAATTTTGTATTGCACCTATCGATCGCTCAAAGATGGACATTG
AGGTTGAGCAAAACGAAAAAGAAAATGATGAAGAACAAACAATAAACAGT
AGTAGTGGTGAATCCAGCGATTCCGAATCGGATTCTACCTTACCAAGAAC
ACTGACAGCTCCAACGAAGCTTGATCGCCATGGATTCATTGTCGGGCACC
GTTTACATGATAAAGTATCTTCATTGCCTAACCCAGGGTACACGACAACC
ATCGGCAAACGTCGGGAACGAAAATGGCTTTCTATGTTCGTAAACTGGGA
CTCGTATATACGTCGGAATCCTAAACAGTTACGACGCCGATGTCGCAAAG
GGATTCCACAGGCCGTCCGCTCATTAGCCTGGCAACATTTGTGTGGTGCA
CACAAATTACATGAACAAAATCCAAAACTTTTTGACAAACTATTAGAATC
AGAAGAAGGTTCTAAATGGAGTAACATTATTAAAAGAGACATCCCTCGCA
CATTTCGTCATCACACCATGTTTAAAGAAGACAAAGGGTTAGGTGCAGGT
CAACTTTATCAAGTTTTATTAGCGTTCAGTGCGCATGTACCTACTATAGG
ATATAACCAAGCGTTAGCTCCTCTTGCAGCTGTGATGTTAATGCATATGC
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CCTGGATATTACGGAGATAAAATGGAAGCTATGAGACTTGACGGTCTCAT
TTTCGAGCGCTTATTACGTAAATATTTACCGTACATTTACAGACACATGA
AATCGTATAATATTGATCCTTTGATGTATATTGTCGAATGGTTTGTATGT
GTTTTTGCAAGGTGTCTACCTTTCCAGACAGTTCTACGTGTATGGGATGT
GTTCTTTTGTGAAGGTGTGAAAGTACTGTTCAAAGTTGGGCTAGCTATAC
TAAAGCTAGTGTTCCCTAGCGCCAGTTCACTATCTGATAAAGACGATTTC
CAAACGACGCAGATTTTATTAGATTTACCTAAAGACGTGACAATAGACAC
CATTTTGATTCCAGAGGTTTTGAAATATAATATTGAGGAAAGAGAATTTC
AAAAGTTTCATCAAGACGTTTATCGGGAAAATCCAGAATTGAGTTTGAGT
CGATATTTTTCCTTAAATGTCAAATTGGATGAACAGGACGAAGAATCGGA
TTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042295XLOC_042295-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000007_pilongenomesc0000007_pilon:446681..456680 -
Properties
Property NameValue
Aaloc130-1224:1096
Aaloc28-129:1201
Aaloc1-27:10001