XLOC_041642 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_041642
Unique NameXLOC_041642
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000006_pilon:2232408..2237566-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_041642 ID=XLOC_041642|Name=XLOC_041642|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=5159bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2232408..2237566- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATGTACTAATTAATCAAATAATAGGGATAACACTATTTCCTTCCGC AATTTTATTTAGAAAAATTTATCATAATAAACAAAAAATGACAACAAAAA AGAAAGTGAATCTTGATGATATGGTGGATGACTGGGATTCATATATTATG ATTGAGACTAGTAAAGACGGTACTGTATGCACAACATCTGGATTACCGAC TCCTAAAAGTTGTAACAAAATGCTGGTATTGGAACTAAATCATGAGCTGG CTAGTGAGGTACTTTACGCACGTGGACATAATATACCTTGTGATGTTTAC CTTAAATGTGATGACGGGACAATCTTTTCAGCACATAAAAATGTTTTATC GGTAACTAGCCTGTATTTTAATGCTATGTTTCAGACTAACATGATCGAGA AATCACAAGCTATAATTGACATTCGATGCGTGACGTCAGAAGCTTTGAAA TATTTAATCGATTTTGCCTATTCGTCAACTTTGTATGTCTCGTTTTACCA GATTTACGATTTACTGATGGCATCAAATATGTTATGTGTTGAACAGGTTG AGCATCAATGCGTTGCTTTTCTTGGTCAAAATTTGGATATTGAGAACTGT ATAGAAATATGGAGTCTAGCAGAAATGATCAATTGCGAACCATTGTATAA TGCTTCTTTCAATTTTGTACAAAATAACTTCAGACGGGTTTCTCAAGAAC TAGATTTTCTACAACTATCTTTCCAACAAATGGAATTAATATTAAGCAAT GATTATATAGATGTCTCATCCGAATCTGATGTTTTTGAGGCAATTATAAA TTGGGTAAGCTATGACTCAATGGCTCGACTACCATGTTTGGCTCGCTTAC TCCAGTATGTGCGATTTATGCTATTGAGCCGTAAATACTTGGCTGATCGA GTTTTAAGAGAAAATTTGGTCATGTCAGACGAGAATTCAAGGAACATTGT TCTTCAAATTTTGGACAGATATATTTTACCGGAAAGGACTTGCTCATTAA ATACAAATCAATCTTCAACTTCCCCAAGGCAAGCATCGAATCGAAAAATA TACGTCATTGGCGGAAAAGGTAGGCCAAACTAAACATATTTCATAGGAGA ACGTCAAGTTATTTTATACACCCCTGTCTTAGTGACCCGGCGAAGTTTTG ACCCGGCACCTCAATACCCAATGGAAATTAAAATTAGGCCATTTTGGGCA TTCTTTTTTCCAGGTTATCCAACGGGGTGGATCTCATGGGGTCACTGATA CAGTGGTATATTTACTGTCAATTCATAAATTATGAAGAACACTAAGATCC TGCTCATCCTCTAGCGAAAAAAAGTTTCTTATAGAATATATAGGAAGTAT ATCTAAAGAGGTCTGCGATTCAGACTAGAAGAACACACCCCTGTCTCGGT GACTTATGGTTTTTTTTCACCTGATCGGAGAAGAAGGGAGTTTGATACCA ACAGCTGTGAAAATCTATGAATGAGTTTTGCTGGAATAGTTCAGTGGGTC TGGTTTAACAAAAAAACATTGTCATTTTTTTGCAAACAAATCTTGGCTGT AACTTATAGTTAACTATATCCAGTGTCCGCAGAACATCCTACGGATCTCT TTAGAAGGTCCATTTCGGACGAAAAGGACGTCTGTTGGACGTTATACGGA CGTTCAAACTGAAGCGTTCTCCGTCTCAAGGAAGTTGTGATTAGACTGAG ACGGTCTATGGACGAACTGAAATGATTTGCACGTCATAAAGATGTCCACT GAACTTTCTGTGTTCAAAGGGTGTTGACTGGTGAGGTTAATTCTCTCGCT AATCGTTTGAAAATATATGAAAATATATTCTTTTTTCACTACGGTTACCA CATTTCCATTTAGCAAGTGGAAAATGTAAATCGTCAATGGAATGCTACAA CTTCAAAACCAACTCATGGCGCACGTTATCACGTATGAAGTATCCACGTT ATAACGCCGTAGCTGTAACACTCGACGGGAACCTCTACGTTTTGGGCGGA TATTATAGAGGTAAAGATTTGAAAGTTGTGGAAAGGTACAACCCGATTAC AGATGAATGGAGAGTGGTTTCCAGTCTACGTAAATGCAAAGGTAAAGTAT GATATATGTTAATTTCGTCTACGTTGTTATCATTGCAAGCAGCCATTGAA TTTAATAATCAACCCCTTGTTTCTTTAATCCAGTAAATTTTTTCGAATGA TTTAAAATCTGCCTTGTTTGACTATGCGGTCAAGTTGTCGACATCTCTAC AGCCGGTGTACTTAATCCATTTTGGACATATTAGAGCAGCAACAATCTGA TTACATATCTTATAGTGTGAATAATCTTCTTCATATTGAAAATGTTTTCC ACTCGTCGATTTCTTTGCAACAAGTTATAACATTTTTCATTTTACAGTAT CATTTTCTTTTCATACAGGACTTGAAATGAAATAAAAATGTTTTTGTTAT AGACTTCGAAAAATCATTTATTTACTTCAGGTGCTTTATCAGCAGTTTCC ATCGACGGTTGGATATATGCTGTAGGTGGATCAGAGGGTCACCAAGAATC ATTAAGACACGCAGAACAGTATGACCCTGTCTGTGATACTTGGACACAAC TACCTGATATGTTAACACCAAGAAGTCATTTCGGTATCGGACAAATGTTT GGACAGCTTCACGTTATTGGTGAGTGTACTAACACATTCAAAGTTCTCTA ATTCTATATTTTTGAGGGATCAAGGAGCTCTCTTTGAATTAGAGAAAAAT AATGTTGGGAAACAAACATTATCGACTATTTCTATGTCATTAGGCCTTCA TGCTGCTTCGGTTTTTTGTTAAGATAAAGTATCAATCTCATTTTCTGGAT TTCTACCTTGGTTAGTTACAAATTCCCAAAAATTCAGGATGCGAAAGTGA TTTTCAAGTATTGGGTAACACCATAATAACATAGGGTCCTTGTTATCGCA TTTTAAGGATAAATGTCGGTGTTTTTTACACTTTTGGCAAAAACGTGAAG TTTTTTAAACAGGTTTTAAAATAAATACAAAATGCACCTTTTCTTAATAT GATATCCTAGGGGGATTGGCAAAGAATTGAAGATTCCATTCCATTTTCCC CGAGCCTTCTAGAGAAACTAAACCAGTACTTATAACCTCTTACAGTTAGG AGCACGTTAGGATTAAACGATTCCATAATGAAAATGGATTATGGATTCCA TGAGCAATAACTTTTGATCTAATGAGGCTTTAGAACTGAAATTTGGCAGG ATGGAGCATTTATGTATTTTCTATTCCCAAATAAAAAATCTTCCAGCTGG GAGCAGTTTGGGATCACTTATTCGTAATTTTTCTTTGAGTTCAAGCCTTT TTAAACTGAGGATTGTAGTATGTTTATTTGATATAAAGAAGCTCAAATTT AACTATTTGGAAGGTTCAGGCTCTTAAGAACAAGAAAATAGGATTTTCCA CTAGAATAGAGCATCTAAGGATTATCAAATCCTTCATTGAAAGTAACATA CTTTGCCTTATCCGAAATGAGCGTTTTAGTCTGGAATGAAATATCCTACA AGGCTCTAAACTGATTTTTTACGTTATGCGATATGTCGTTATGTTAATGA CCTAAAATTTAAGCTCAGATAGAGCCCCGAAGGATTAACAATTCCATTTT ACGACAAGTTGGGGTTGGGGTAGGTTCACCACTTTGAAATTAAAGTTTTA AAAAACCACACTTTTTGGTATCTAAGAATGTTTTAAAGTTAAGTGGAAGT GACTTTTGATTAATTTTAGATTGTGATCAGTCCATTTTAACGATGAAATG CATCTTTTATAATTGTTCAAGTTCAGGGATGTTTTTCGGATGGAATTTCG GATCCAAAAGTGCTTTTCATCATTGTTTCATGAAATATAGAGATCATGTA ACAAGTTCAGACCATCAGAATCAATCCAAGAGCCACTTAACTCTCATAAT TCCAAAATTCTAAAAATCTAATATTTTGGAATATTGGATCCTTCTTCGCT CCTGGGACCAAAACCAAAAGTTCTAAGCACGTGTTTTACACTTTTTTGGA AGATTTCATCCCAAAATGCTCGTTCATTTTATTCAAGAAAAACCGTTTTT TAGAAAATTTAATGTCACGTTTTTGCCAAAAGTGTAAAAAACACCGACAA ATGCACTTCGTTAGTTAACTATTGTTGCACTTCTACTGGCTGGTAACTCA GGCCAACTCATAATACTAGATTTCACTGATGAACATAGGGGACCATTCAA AAAGTACTTACGCTCAAAATCGGTGAAAATTGACCACCCCCTCCCCCCTT TGACATTACCCCCCCCCCATTTCGCGTACGTACGCTTTTTTAATGACCCC CCCCCCCTCAAAAAATTTTTAGATCGTATTAAACAGTCTATACAAAGGTA AATTAGGGGATTTTGAGAAAAATTAAAATAAGTTCAACTTCTGTTTGTCT TTGTTGAGGATATAATCAGAAGATCTAACCAAACTTTGACTGAAATTTCG TTGTATTGAAAAATGTCAAAGCGTACGTACCTTTCTACCTGACCTCCCCC TCCCCCTCGTACGCTTTCGTACGCTTTTGGTAGTACCCTCCCCCTCTCCC TCAGAGCGTACGTACTTTTGGAATGGTCCCTAATACAATTGATTTGTTCC CGTTCTCCGAATCAAAAATGTGAGGTAAGCTTTTTGCGCAAATTCCAAAA TCTCTTTACAATTTGTTAATACTCTTAGGTGGTTTCTCAGGAATATGCGC GCTCGACCAGTGTGAATGTTTTGATCCTTCTCAGCGTGAATGGAGAAGAT TCAACAGTTTGAATACTTCAAGAATGAATCATAGCATTACTACTTTCAAC AACCGGTTTTACGCTTTTGGTGGGAAAAACTCAACTGGACTCGTTCATTC AGTTGAAAAATATAACCCTGAGCTTAACATGTGGTTAATAATCAAGACTA ATCTTGACGTTAAGCTTGGTATGGTTTGTGTTGGCAGATCGAACGGCACC GGAAATAGTGTTTTCATTATTGGCGGGAAAAAGGAGAATGGTGAGGAGTC AAACTCTTCAACCGTCTTGACGTTTAAGCCAATCGGATCAGATCTGAATA ATGAACAAATTGTTCCAATGAAGGAAAAAAGAACTTACTCTGCTATAGCT TATCTTTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000006_pilon:2232408..2237566-

>XLOC_041642 ID=XLOC_041642|Name=XLOC_041642|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3834bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000006_pilon:2232408..2237566- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATGTACTAATTAATCAAATAATAGGGATAACACTATTTCCTTCCGC
AATTTTATTTAGAAAAATTTATCATAATAAACAAAAAATGACAACAAAAA
AGAAAGTGAATCTTGATGATATGGTGGATGACTGGGATTCATATATTATG
ATTGAGACTAGTAAAGACGGTACTGTATGCACAACATCTGGATTACCGAC
TCCTAAAAGTTGTAACAAAATGCTGGTATTGGAACTAAATCATGAGCTGG
CTAGTGAGGTACTTTACGCACGTGGACATAATATACCTTGTGATGTTTAC
CTTAAATGTGATGACGGGACAATCTTTTCAGCACATAAAAATGTTTTATC
GGTAACTAGCCTGTATTTTAATGCTATGTTTCAGACTAACATGATCGAGA
AATCACAAGCTATAATTGACATTCGATGCGTGACGTCAGAAGCTTTGAAA
TATTTAATCGATTTTGCCTATTCGTCAACTTTGTATGTCTCGTTTTACCA
GATTTACGATTTACTGATGGCATCAAATATGTTATGTGTTGAACAGGTTG
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ATAGAAATATGGAGTCTAGCAGAAATGATCAATTGCGAACCATTGTATAA
TGCTTCTTTCAATTTTGTACAAAATAACTTCAGACGGGTTTCTCAAGAAC
TAGATTTTCTACAACTATCTTTCCAACAAATGGAATTAATATTAAGCAAT
GATTATATAGATGTCTCATCCGAATCTGATGTTTTTGAGGCAATTATAAA
TTGGGTAAGCTATGACTCAATGGCTCGACTACCATGTTTGGCTCGCTTAC
TCCAGTATGTGCGATTTATGCTATTGAGCCGTAAATACTTGGCTGATCGA
GTTTTAAGAGAAAATTTGGTCATGTCAGACGAGAATTCAAGGAACATTGT
TCTTCAAATTTTGGACAGATATATTTTACCGGAAAGGACTTGCTCATTAA
ATACAAATCAATCTTCAACTTCCCCAAGGCAAGCATCGAATCGAAAAATA
TACGTCATTGGCGGAAAAGATGAATGTACTAATTAATCAAATAATAGGGA
TAACACTATTTCCTTCCGCAATTTTATTTAGAAAAATTTATCATAATAAA
CAAAAAATGACAACAAAAAAGAAAGTGAATCTTGATGATATGGTGGATGA
CTGGGATTCATATATTATGATTGAGACTAGTAAAGACGGTACTGTATGCA
CAACATCTGGATTACCGACTCCTAAAAGTTGTAACAAAATGCTGGTATTG
GAACTAAATCATGAGCTGGCTAGTGAGGTACTTTACGCACGTGGACATAA
TATACCTTGTGATGTTTACCTTAAATGTGATGACGGGACAATCTTTTCAG
CACATAAAAATGTTTTATCGGTAACTAGCCTGTATTTTAATGCTATGTTT
CAGACTAACATGATCGAGAAATCACAAGCTATAATTGACATTCGATGCGT
GACGTCAGAAGCTTTGAAATATTTAATCGATTTTGCCTATTCGTCAACTT
TGTATGTCTCGTTTTACCAGATTTACGATTTACTGATGGCATCAAATATG
TTATGTGTTGAACAGGTTGAGCATCAATGCGTTGCTTTTCTTGGTCAAAA
TTTGGATATTGAGAACTGTATAGAAATATGGAGTCTAGCAGAAATGATCA
ATTGCGAACCATTGTATAATGCTTCTTTCAATTTTGTACAAAATAACTTC
AGACGGGTTTCTCAAGAACTAGATTTTCTACAACTATCTTTCCAACAAAT
GGAATTAATATTAAGCAATGATTATATAGATGTCTCATCCGAATCTGATG
TTTTTGAGGCAATTATAAATTGGGTAAGCTATGACTCAATGGCTCGACTA
CCATGTTTGGCTCGCTTACTCCAGTATGTGCGATTTATGCTATTGAGCCG
TAAATACTTGGCTGATCGAGTTTTAAGAGAAAATTTGGTCATGTCAGACG
AGAATTCAAGGAACATTGTTCTTCAAATTTTGGACAGATATATTTTACCG
GAAAGGACTTGCTCATTAAATACAAATCAATCTTCAACTTCCCCAAGGCA
AGCATCGAATCGAAAAATATACGTCATTGGCGGAAAAGCAAGTGGAAAAT
GTAAATCGTCAATGGAATGCTACAACTTCAAAACCAACTCATGGCGCACG
TTATCACGTATGAAGTATCCACGTTATAACGCCGTAGCTGTAACACTCGA
CGGGAACCTCTACGTTTTGGGCGGATATTATAGAGGTAAAGATTTGAAAG
TTGTGGAAAGGTACAACCCGATTACAGATGAATGGAGAGTGGTTTCCAGT
CTACGTAAATGCAAAGCAAGTGGAAAATGTAAATCGTCAATGGAATGCTA
CAACTTCAAAACCAACTCATGGCGCACGTTATCACGTATGAAGTATCCAC
GTTATAACGCCGTAGCTGTAACACTCGACGGGAACCTCTACGTTTTGGGC
GGATATTATAGAGGTAAAGATTTGAAAGTTGTGGAAAGGTACAACCCGAT
TACAGATGAATGGAGAGTGGTTTCCAGTCTACGTAAATGCAAAGGTGCTT
TATCAGCAGTTTCCATCGACGGTTGGATATATGCTGTAGGTGGATCAGAG
GGTCACCAAGAATCATTAAGACACGCAGAACAGTATGACCCTGTCTGTGA
TACTTGGACACAACTACCTGATATGTTAACACCAAGAAGTCATTTCGGTA
TCGGACAAATGTTTGGACAGCTTCACGTTATTGGTGCTTTATCAGCAGTT
TCCATCGACGGTTGGATATATGCTGTAGGTGGATCAGAGGGTCACCAAGA
ATCATTAAGACACGCAGAACAGTATGACCCTGTCTGTGATACTTGGACAC
AACTACCTGATATGTTAACACCAAGAAGTCATTTCGGTATCGGACAAATG
TTTGGACAGCTTCACGTTATTGGTGGTTTCTCAGGAATATGCGCGCTCGA
CCAGTGTGAATGTTTTGATCCTTCTCAGCGTGAATGGAGAAGATTCAACA
GTTTGAATACTTCAAGAATGAATCATAGCATTACTACTTTCAACAACCGG
TTTTACGCTTTTGGTGGGAAAAACTCAACTGGACTCGTTCATTCAGTTGA
AAAATATAACCCTGAGCTTAACATGTGGTTAATAATCAAGACTAATCTTG
ACGTTAAGCTTGGTATGGTTTGTGTTGGCAGATCGAACGGCACCGGAAAT
AGTGTTTTCATTATTGGCGGGAAAAAGGAGAATGGTGAGGAGTCAAACTC
TTCAACCGTCTTGACGTTTAAGCCAATCGGATCAGATCTGAATAATGAAC
AAATTGTTCCAATGAAGGAAAAAAGAACTTACTCTGCTATAGCTTATCTT
TGAGTGGTTTCTCAGGAATATGCGCGCTCGACCAGTGTGAATGTTTTGAT
CCTTCTCAGCGTGAATGGAGAAGATTCAACAGTTTGAATACTTCAAGAAT
GAATCATAGCATTACTACTTTCAACAACCGGTTTTACGCTTTTGGTGGGA
AAAACTCAACTGGACTCGTTCATTCAGTTGAAAAATATAACCCTGAGCTT
AACATGTGGTTAATAATCAAGACTAATCTTGACGTTAAGCTTGGTATGGT
TTGTGTTGGCAGATCGAACGGCACCGGAAATAGTGTTTTCATTATTGGCG
GGAAAAAGGAGAATGGTGAGGAGTCAAACTCTTCAACCGTCTTGACGTTT
AAGCCAATCGGATCAGATCTGAATAATGAACAAATTGTTCCAATGAAGGA
AAAAAGAACTTACTCTGCTATAGCTTATCTTTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041642XLOC_041642-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000006_pilongenomesc0000006_pilon:2232408..2237566 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1489-1917:430
Aaloc1300-1485:2678
Aaloc1072-1296:3295
Aaloc1-1068:5160