XLOC_039540 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039540
Unique NameXLOC_039540
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000043_pilon:1311765..1324899-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039540 ID=XLOC_039540|Name=XLOC_039540|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=13135bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000043_pilon:1311765..1324899- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GTAGATATGGATAATTGAAGATGACTTACAAAATTTTGGCTCGGCCACAT GTCTGCTTGGTATTTTAAAGACCAGAATGTAAACTTGATCAAAATCATAT ATTGACGTTAGACTCGTCCGATTTGACTGAAATTTGTTCCTGAAGCCTGA TTTGTCAAATAAAAGAGACTAGTAACAGAAAGAATTCGTTCCCATGAGTA TTTGGCATTTTGCAGACCGGTCTGTAAATTCACGTTGACCACCTACCGGA AGTCAGGAACTAATGGAGCTTTTGATATGAAATTTTCACCAGTGATAGAT ATTGACCATCGCAGACAGTGTGCGAAATTTCAATTTAGTCACGTGAGTTG TTGGTATATTACAGACCGGTCCGTTTTTTTACCTAAAATGCTCACTTTTA GCATAACCACTCGTCCGATTTTCCTGGAATTTTGGCTGCAAGCTTGTATA ATCAATACCTAACACTTGTCAAAATTTCAAGGCAATAGCTTTTTCCAATC ATCAGGTACAGTATCCTAGGGCTGTTTAGGCAAAAAAGAGCAATTTTGCG GTCTTTAAAATACAAGATATCAGCAAAGGGGCAAAAAATTTACCCCCGAC CCAAAATATACGTAATGTGGAGTTCGTGTGAATGATGGTTTCTACTCCTT TTGGAGTAAGAATTCCTACTTTTTAATAGAGGGAAAAAGGGAGGGAAAAC AGCACACCATGTTACTGCCATGTCACCCACACTCTTGAATTATTATACCA TATCCCACTCACATGACATGGATTTTATCCTTACCATCGAACTCGGACTT CCTACGAGGTAGACAAGGACGGTGACCACCATACCACTATACCTTGCTAT AATTGCTTTCATTGAATTATTTTTTTCCTTCAGAATCCTCGTTTGAATCC AATGAAGATGAAAGTGAGGCCACCAATTCCTGAAGATATTGTCAAAACGC 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AAGTCAAGTCTAAAAAAGTAAGAATACGTTAAGAATATTTCGCCCTCAAT TTTGGCACTTTCTTAAGAATACTCGACCCTCATCCAAAATACACTATTCT TATAAAAAAAGCGTGTACTTCCCAGTTTCAGTGCCAAAACATGAAGGTTT ATATTATTTCTTACTCCAACTTTTAGAAAGCTTTTAGTTTTATTTTCTCA CACGAAGAAGGTGCATATGAGAGCTTTGGCACGAAAAGTATAACACGGAA AGGGTCGTGGAAAAAACAGAATGTTAATCATGTATATTATAAGCCTTGCA AAGACATATAAGGTTATAAACATAATGAGATTCTGGGAGCAAAAAAAGTA GTTTATATTCCCACGCGTTCTCTTTTAAAAAAAACTCCAGACTTTCCGCG CGTGTGGGATACCGGAAAACAAAAATGAAAAAGATAAATAAATCAATTTC TCAAAACAAATCTGTTTTTTTTACTGACAGAAACTTGGATGACTCATAGC CTTGTCTGGTTCTGATTTTCTTAACCTTGTCATTACAATGTGACGTCACT CTTATGCTCAGCATCACAAGCCTGCTTTTACATTATTTTTTAATAGTTAA TGACCCTTAATTAATCTGCTATATAATTAACAATTAATTAATTACCCATC AAAAGGCTCATTTGAGATTGCCGATTAAGAGTCATTGATATTAAAAAAAA ACTACCCTAGACGTCCTAACAAACTTCACCCTACATAATGAATAACACTT TTCGATTTTAAGTTAATCTCTGAAAAGTTGCTTCAAGCTACTGTAATGAA ACTGAAAAGTTCTACCCAAGTAAAGAAGACTTTTCCTCAGTAGAAATTAT AGAAAAAAAAGACTACGTGGATAGCCCAGTAATCTAGGACTTTTTAGACA GTCAATCTATTGTTTTCATGCGGTCCACGGCCAGATGGCTCGGATATCTA TGAACTGAATGGAGCATTTAAAGAAGCGGGAATTCGAAGCCCTAGCGCCA TCGCCACTTGGTCATCGCTCCTTATGATAGCCGTGTAAAATTCACTTACC ACCGAAAAATCCGGTTCCCATGACGGTCATTCATAATGAATCTTTTCCTT TCATGATTTCTTTCAGACAAGTGGAGAAGTGTTGAACCAAGGGTTTGCAG TTATTGAAGATTTCTTTGAAGATCTGGTAGAGGATCATCATCAAGGTATA GTATTGAGTTTTTTCTCCAATATAACGAAATTTTTAAAAGAGGTACAATT TCATGGAAATTTAATTTTGGTTGGACTACGCAGTTTCACCGTATATCATT TCGGCAGAGCAAAACTTTTTTCCGTAAGCGGCAGCCCTAATTTATCAGCC CAAGACCTGAACAACCAGCCCAAGACCTGGGAAACTTTGCGACTTTTGAG ACTTTGGCCCGGTGATTCAGGTCTTCCTTCGCTAAATCAGGGCTTACGGA GAAAATACTTTCTTCGGTAGACCTAATTTTGTGAATTACACCCAAATTTA ATCAGCGTGAGATGGTGGTACTCCCTTTTGTTCTAAATAACTTTTGGTTA TAGTACTAAAAAGATATGGCTAAACTTTTTGACTCTGGGCTCCACAGATT TATAAAACCCGAAGGGCTATGGCGTGCTTTGGCTGAAAAGTGTGCCGTAT TTCGGTAGGAAATTCAACGAGGTCACGTGACATTACAATAGAATTTCAGC GATTGACCAATTAGAAACTTCGCGGATTTTCGAAAACAATAGCAACTATT TTTTTTGCGATATTCACTTTTTTTTTGCTTGGAAAATTTTAGAGCATCTA GCTTTTCGCGCTTTACATAAATCTGTGCTTGGCTCCACTAGATTAGAAAA CCTTTTGATAAGAAAACATTGGGTGCGGCATCCTTTTTGTCACAGCCTTA 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GAGCTATATAGTGGTTCAAGTTTATTAGAATGACAGAAATTCGGGATATT TCTCAATCGTCACTACACCTTAGTCATCTTCTAATTCCTCTTCATCCTCA TCTCAACATTCAAATTCAACTGGGTTAATAACTTCCCCGCCCTTTTTTCG CCGGGTTTTGTGATCCTGCAAAAACGTGACTCGGACTCGAAATAAGTCAG CATATTGCAATGGCATGGCCGGGCCCCTTTGGGAAACATAGGCAAAGAAC GGCTTGTTTTCTACTCCTAAACCTTAAATCTACTCTCGGGTACTTAATAG CCGCCTCCCCCCCGCTAATTAATTTTTAGAACATTTTCCACCCAGGGCAT TCTTACTCCAACCTCCCCATCACCCGCTTATTAATTTTTGGAAAAATGTT TTTGAAATGTCTTAATTCTGCAGTTATTTGCCTCCTTTCTAAAAACCTTC CACCCAGGACATTTACTTATTAAGTTTTGTGATTTTTTCCAACCCTCCTG CTTATTCCAACCCCCCGGCTATTAGGTACCCGAGAGTATCTAAATGTTGG CTGTGGAATGTAAAGTCTGTACCTGCTGAATATGATCAACTGCCGTACCG TACGTGGTAGCATCCTAAAACATTCGCGAGTCTGCTAACAATCACGTTTG AATGATAACTTTAATTATGTCAAAAGGAGAGCCTACTGCGTACCATTAAA TGTAACTTTTTTGCTTTCTGTTTTATATTTAGAACAACTGAGAAGCCAAC AAGGGGAATCGAGCAAAGAAAAAGACGAATTATAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000043_pilon:1311765..1324899-

>XLOC_039540 ID=XLOC_039540|Name=XLOC_039540|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2802bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000043_pilon:1311765..1324899- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAGAAGCATAAAATAAAAAACGAAATTAATAAAATTGAAAAAATGCAGAA
GATAGCTGGATTGGTATGTTGGTGTTTGACAATCCAGTTATTAGTGGCAA
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CTACAGCCTTTTGGTGCCAAGCAAACGACAGTTGAAGTCGAACAAATTGA
CTATTGGCCTGAACCTATAGCAGAAGCATAAAATAAAAAACGAAATTAAT
AAAATTGAAAAAATGCAGAAGATAGCTGGATTGGTATGTTGGTGTTTGAC
AATCCAGTTATTAGTGGCAACTTCACTAGATGAGTTACGTCAACAAGATC
CAACATTATGGCCTGGTCATCTACAGCCTTTTGGTGCCAAGCAAACGACA
GTTGAAGTCGAACAAATTGACTATTGGCCTGAACCTATAGATTTCTTCAA
AGAATATGTCGAAAAGAATCGACCAGTAGTTTTCAAAGGTTTAGCCAAAC
GTTCGCCAGCATATAAACTCTTTACTGATGAATTTCTCAAAGACTTTCCA
GGTTCAAAGGAGTTTCAAGTGTCAGCTGAACCTCACAAGAAAGAAATAAG
AAAAACTCAACCGCTTTATATGTCTTTTCATGACTTTGTGAGTCGTTATC
ATAATGAATCTTTGTATATGGTGAATGCCTTGCCAGAAGAACTCAGATTT
CTTCAAAGAATATGTCGAAAAGAATCGACCAGTAGTTTTCAAAGGTTTAG
CCAAACGTTCGCCAGCATATAAACTCTTTACTGATGAATTTCTCAAAGAC
TTTCCAGGTTCAAAGGAGTTTCAAGTGTCAGCTGAACCTCACAAGAAAGA
AATAAGAAAAACTCAACCGCTTTATATGTCTTTTCATGACTTTGTGAGTC
GTTATCATAATGAATCTTTGTATATGGTGAATGCCTTGCCAGAAGAACTC
AGGAAACATGTGTTAATGCCAGCTCCACTACGCTGCGAAGAAACTAAAGA
ATTACTATCCTCACAGGAAACATGTGTTAATGCCAGCTCCACTACGCTGC
GAAGAAACTAAAGAATTACTATCCTCACAGGTAACGTGGTTCAGCAGCGG
AGGTACCAAGTCAGTTCTGCACAACGATGACGTGGATAATATTAATTGTT
TATATCGTGGCTCTAAAGAACTCCTATTCATAGAGTATAACAAAAACAAG
AAACACGTTCCACTTGATCATCCAGAAGGAGGCTACTCTTCATTAGATGT
CGACAGTGTAGACTACACCAAGTAACGTGGTTCAGCAGCGGAGGTACCAA
GTCAGTTCTGCACAACGATGACGTGGATAATATTAATTGTTTATATCGTG
GCTCTAAAGAACTCCTATTCATAGAGTATAACAAAAACAAGAAACACGTT
CCACTTGATCATCCAGAAGGAGGCTACTCTTCATTAGATGTCGACAGTGT
AGACTACACCAAGTATCCAGCGTTGCGGTTTGTTGACCAGTACCATCACG
TGACCATGGAAGAAGGTGATTGTCTTTTCATTCCTTATCATTGGTTCCAT
CAAGTCAATTCTATTGCCAGTGACGGTGGACAAAATCTGGCTGTTAATGT
ATCCAGCGTTGCGGTTTGTTGACCAGTACCATCACGTGACCATGGAAGAA
GGTGATTGTCTTTTCATTCCTTATCATTGGTTCCATCAAGTCAATTCTAT
TGCCAGTGACGGTGGACAAAATCTGGCTGTTAATGTATGGTTTCAACACG
TGTTTGGACATCGACCGCAGCAATGTGATATTGCACCAATCAACGCTACT
CTTGATAAATATAAATTCGCTGAAGATGAACCAGACAATGCAGAAGATGG
CCAAAATGAAATGAATGAGGAAGACACTGAGAAATTTCCATTGTATGGTT
TCAACACGTGTTTGGACATCGACCGCAGCAATGTGATATTGCACCAATCA
ACGCTACTCTTGATAAATATAAATTCGCTGAAGATGAACCAGACAATGCA
GAAGATGGCCAAAATGAAATGAATGAGGAAGACACTGAGAAATTTCCATT
GCTGTCGACTATCGAATATATTTTGGAGAAGAAGAAATCAATTTCGTTAA
AATTGTTCGTGAAAATGCTGTTCAAGGCTGTCGACTATCGAATATATTTT
GGAGAAGAAGAAATCAATTTCGTTAAAATTGTTCGTGAAAATGCTGTTCA
AGAATCCTCGTTTGAATCCAATGAAGATGAAAGTGAGGCCACCAATTCCT
GAAGATATTGTCAAAACGCTCAAAGAGAATCCTCGTTTGAATCCAATGAA
GATGAAAGTGAGGCCACCAATTCCTGAAGATATTGTCAAAACGCTCAAAG
AGATGTTTGCTGTTTTGGATATCACGAAAGATGGTGCTATCAAAAGTGAA
GATTTAGACAAAATTGAAAAAATCGATGATGAACAGCAAATAAAGATGTT
TGCTGTTTTGGATATCACGAAAGATGGTGCTATCAAAAGTGAAGATTTAG
ACAAAATTGAAAAAATCGATGATGAACAGCAAATAAAGACAAGTGGAGAA
GTGTTGAACCAAGGGTTTGCAGTTATTGAAGATTTCTTTGAAGATCTGGT
AGAGGATCATCATCAAGACAAGTGGAGAAGTGTTGAACCAAGGGTTTGCA
GTTATTGAAGATTTCTTTGAAGATCTGGTAGAGGATCATCATCAAGAACA
ACTGAGAAGCCAACAAGGGGAATCGAGCAAAGAAAAAGACGAATTATAAA
ACAACTGAGAAGCCAACAAGGGGAATCGAGCAAAGAAAAAGACGAATTAT
AA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039540XLOC_039540-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000043_pilongenomesc0000043_pilon:1311765..1324899 -
Properties
Property NameValue
Aaloc1351-1401:52
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Aaloc1-219:13136