XLOC_039287 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_039287
Unique NameXLOC_039287
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000368_pilon:208886..217776+

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_039287 ID=XLOC_039287|Name=XLOC_039287|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8891bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000368_pilon:208886..217776+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAGCTGATATTCTTGGCTGTATCACTTATAGTGGTTACACTTGATGC TTTACCAAAACACggtatgatatttttttagTATCTGTTGACTAATCTGG gtttaactaaggctccagtacagcgcTATAAGACCTTTTGATAGACTGGG TGATTAGTAACTTAAGTGGACTCAGCgtcatgaaaaattataaattttca ttaattttgcggatttggggGCGCCATGCGCGAAATTAAGTCTcgatgga aatttggaaagtccTTATCCACGAAGAATGTTTAAGCTAAACTCAAAACT TGTAAATTTATAGTAAATTCATACTTGCCTTTACCAACTCTTAGCCTTCT AGTCTCTATCTAGTTACAACCGGTCTCAGTATTTTTAATGAACATCATAT TTTTTATACGCTACATATATATTTATCATACTCAATATCCAGGTGAAGAG CCAATTGTAAAACTTtggatatacacgtttttttttttaagaaactagtt ttaccaagcaggctcaatgtttcttaagaaatcggccttttgagccttaa atgtttcttacatgtttctaaactttgtcaagcttaaaggacgcatttcg ataatacaatagtctaattgactacacgcttctttttttttataagaata cactttataagaatgtccatgatgaaaatggccaaaaaactaagaatatg ctaagaatatcaccatcatggaattttgctactaaaagctaagaatgcca ttttaagagcattttcaattataaattatcaattatccccaagttaggct cactccttttacaaaagtgccattttatgcttgagacgtatgtactaaat gttaaatctagtatgaataaGGATGAAtgaatgtgctgtaagaatatttt aggatgattttcccaaaaaagttaagaatattaatgatgaaatggattta 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CAAGTTCTTGCTAACCCAATAAAAAACGGATATTCGAACATCTCGTTCTA ACCAGGTTATTTTTTCCGCTTTAGATCTGACTATCCAAATAGACTTCGAC CATACGTTGAGAAAGCCATAAAATCCATGAATCAACATTTGAGATGTGGT TACGATGTTTGGGTACCTTACAGTAACCAAGCTCATCGTGTTGAGTTTAT CAAGGATGGAGGGTTTGTTATTCGACTTACTATTATTTATTTCCGAGTAG ATTCTGATTACTCTGCGTTGGCACGTATTCACTATAAAGGTTGGTACTCT gggagaaaatccataaaatggggggtcaaTATTAAGTGATTTTGGGGTGA CTTTCCCAAAAAACCCTAGGAAAATTTATGGTCATTATAAAATTCTATTG GAGTGTGTTTTCCGACAAAAATGCAAAGTGACCCCctcccctacaattaa gcacaaataAGGAGTTAGCGCACCGCTTTGATCTTTTCCAGTCAaatttg ggatgaatattaaataagttgaaatatttttatgggACAAGAGATTTTCC TGAAATTGTGATCAATGCTTAAGCAAATACTAGTGAAACTTCTCGGGATA TTCATTTTTGAATGACGGGGGATTTTTCAATTGtcgaaacaaaaagtttt ttctcttttcagttGTTACAGTTTATTGGGCAAAGACACCAGTGAAGGGA ATAAACAACCAATCAGTATCGATGATGGATGCGAAGCAAAACGTGAGTGA TATGCACTTTTTTCGACTGTAACCACCAATTGcattttatttttcgtttt tttccactaaaaccgtcccagtccttttttcgcacctataaacaatagaa aaatgtatcaaaaaaggattggatcgagtttagggggtaattaaagggac attaaagtagtaaaatgtccttttttcgcacctataaacaatagaaaaat 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000368_pilon:208886..217776+

>XLOC_039287 ID=XLOC_039287|Name=XLOC_039287|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2502bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000368_pilon:208886..217776+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAAGCTGATATTCTTGGCTGTATCACTTATAGTGGTTACACTTGATGC
TTTACCAAAACACgATGAAGCTGATATTCTTGGCTGTATCACTTATAGTG
GTTACACTTGATGCTTTACCAAAACACgGCGTCTTTCGACCCCCGACGGA
AATTGAAGTCAACGAGAAATTTTATCGCGTCTTTCGACCCCCGACGGAAA
TTGAAGTCAACGAGAAATTTTATCATCGACATGGAGATATTGAGCGAATC
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AAGCTCATCGTGTTGAGTTTATCAAGGATGGAGGATCTGACTATCCAAAT
AGACTTCGACCATACGTTGAGAAAGCCATAAAATCCATGAATCAACATTT
GAGATGTGGTTACGATGTTTGGGTACCTTACAGTAACCAAGCTCATCGTG
TTGAGTTTATCAAGGATGGAGGttGTTACAGTTTATTGGGCAAAGACACC
AGTGAAGGGAATAAACAACCAATCAGTATCGATGATGGATGCGAAGCAAA
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AATCAGTATCGATGATGGATGCGAAGCAAAACATATTGTTTTGCACGAAA
TGATGCATGCAATGGGATTCTATCATGAACAGAATCGCTTCGATCGTGAT
CAATTCATCAAAATCAACTGGAACAATATTCAAGACGATATTGTTTTGCA
CGAAATGATGCATGCAATGGGATTCTATCATGAACAGAATCGCTTCGATC
GTGATCAATTCATCAAAATCAACTGGAACAATATTCAAGACGGTATGGCA
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ATGGCAAGTCAGTTCGACAAAGCATCAAATAACAACATCTTCCAAACTAG
CGTGCCATATGATTACATGAGTGTTATGCACTACTCTTTGTCATCATTct
ctaaaaatggtcaaaacacCATGACGATCTTGAAAAATGCTCAGAGTGCA
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TGCAGAGGATTTACAAGAAGTTAGAGCTTATTTCAACTCCATATGATTAC
ATGAGTGTTATGCACTACTCTTTGTCATCATTctctaaaaatggtcaaaa
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TACTGATGCTACAGAATCATATGGCACAGAATCATATGGTACGGAGGCTA
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GAATTTTATTGAGTAATTCTGCCGGTGGCCGAACAACAGCACGACCAGCA
CCACGAACAACAGCACGACCAGCGCCACGAACAACCCGAAGACCTGCAAC
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CATGGTCATGGGTATCTGACGGATCAACAGAATCATATGGTACTGATGCT
ACAGAATCATATGGCACAGAATCATATGGTACGGAGGCTACAGAAATTTA
TGGTACAGAGGCTACAGACATTTATGGTACTGAGGGTACAGAATTTTATT
GA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039287XLOC_039287-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000368_pilongenomesc0000368_pilon:208886..217776 +
Properties
Property NameValue
Aaloc964-1251:8604
Aaloc778-960:7822
Aaloc724-777:6970
Aaloc619-720:6532
Aaloc538-615:5414
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Aaloc154-243:3719
Aaloc115-150:3370
Aaloc67-111:2628
Aaloc1-63:1