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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000143_pilon:324987..331558+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_038219 ID=XLOC_038219|Name=XLOC_038219|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6572bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000143_pilon:324987..331558+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGTCGCAAGTAATCCGTACCATCTTCCTATAAAAGGTAATTGATTTAG
ATTCTGATTTCTGACCgcagtgcagtggtagagcatctggctacggtgcg
caaggttgtgggttcagaCCCtagctgggtcataccaaagattctcaaaa
tggtacttgatacctatctgcttgatgctcagcaattaagagaaggatcc
atgttaagtggagcaatccagggagaaagagtggcgccctcccctacctt
cgggtagatagctatcaaaagaggagccttcgggtcgcctccgactgcgg
tcgcagacttacttacttagatTCTGATTTAGTTTGCATGAACTCTAAGC
ACTTTGATCTGGggccgttttttgtttttgtaaatttagatTGAGTTTCT
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AAtgtgcttttccagaaaaaattaaataggggggggggggggggtggagg
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ccccggacactatatcctccacctccccccccTTATGtacagacattttc
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acaccttttttttttaataagaacgtcaaaaattttcgaagccttcggat
gttcttagttttttgaatttgaagcctaaaaatgttcttaaaatgttctt
attttcagcattttttgagcattttgatgtaatttcttaagaaattgcat
gtttttaagtctccaaagcctaagtatgttcttagaatgttcttaaactt
tgggcctcgaagccttatgttcttatatagtttgttcttataaaaaaaaa
acgtgtaacgcTTCAACCTGATTCTATCTCGTTCATGTTCATTTTGGTAA
TCGTTAAACGACTTTGAacggttttatttttacataagtgttcccgtttc
atatcagacacatatttcatatcaggacaatgTCTCCCTATCAATATAAT
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aaaccagtcaaaaccagtcgaaaccagtcaaaatcagtcaaaatcagtca
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CAATCACTCAATTAAGTCATTTAAAAAGTCgtttaaaaggggacaaccag
gCAACTGGgtcatttaaaaggggacaaccagtcaactgagtcatttaaaa
ggggacaaccagtcaaaagagtcatttaaaaggggacaatCAGTCAATTa
agtcatttaaaaggggacaaccagtcaaaagagtcatttaaaaggggaca
aaCAGTCAATTgagtcatttaaaaggggacaaccagtcaaaaaagtcatt
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ggacaaacagtcaaaaccagtcaaaaccagtcaaaactagtcaaaatcag
tcaaaaccagtcaCTTCCAGGCAAACTGAATCGCTTTTTGGCAAAAGGAG
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ATATCTAGTACATATATTTGTCAAGTTGAAAGGAGTTGAATAAAAACCAG
ATCTAAAATCCTCAGGTCACTTTTGacattgttttttgtttggaaTATTG
TTAGGGGTCCTTTTACTGCCCGTTATTATTGCTCCTTCGGTAACTGACGT
GTGTCAGTTCCATAAGCTTAGGTTCCATTTTAAATGACTCCTTTCATGGT
TACactttttatttaatgactttttttgactggttgtccccttttaaatg
actttttttgactggttgtctCCTTTTAAATGACTCctttgactggttgt
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CCAAAAAGCGATTCAATTTGCCTGGAAGtgactggttttgactgattttg
actagttttgactggttttgactggttttgactgtttgtcccctttgaaa
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ggttgtcccctttgaaatgacttttttgactgattgtccccttttaaatg
actcttttgactggttgtccccttttaaatgacCCAGTTGcctggttgtc
cccttttaaacGACTTTTTAAATGACTTAATTGAGTGATTGTCACCTCCA
TTGACTCCTTTAGCCAAAAAGCGATTCAGTTTGCCTGGAAGtgactgatt
ttgactgattttgactggtttcgactggtttcgactggtttcgactggtt
ttgactggttttgactggttttgactggttttgactggttttgactggtt
ttgactggttgTGCAAAATGATAATGCCCATATAATATGCTGATATAAGT
aaaaaaaCgcgtttttcttttcctccttctgaccaatcttgcacCACATc
cttgtcaatccaatgtgtaaaagcttgtgaattaaaattgatgagtaagc
aaacgatatcactcttatttaaaaataaaaccttataatgaaataaaatg
CCTTTTTGTATGTTTGAGTACAGCGCTTGTcgtagtatactttttttgct
cagaatatCACCTCCATCCGATGGAATCaatcatttttcttgaattcgac
attgaaaataatcaattttttattcattttaggtGTTAAAGGACTTTTAC
CTGTAACGTCTGTCTTTCAGTCATAAAACAAGTTGCCAGGCCTTATTCGT
GGGCCCTCTCCcaaaaaaagtctcaaaattctatctactttcaaaaaaat
aacatacAGTTACGTTCCACAGAAGATGCTAAGATCCTAAGGGCTTGCCC
CTTTATGATGAGTGACAGTAGCGttaaggtagagcatccagctacggtgc
gcgaGGTTGTAGATTTGATCCCCAGATCCCCAtctggtacttgatgcctc
tctgcttgatgctcagcaactaaagataCAGGTTAAGGGTAATTGAAGAA
ATCCAGTGAAGGGAGTGGCGCCCTGGAAAACAGCTAGAGAGAAGAGGAGT
CTTCGGTTCGCCCTGGACtacggtcgcagacttacttactttactttATG
ATATTAATTgcatttcttctattttttcagCTCGTGCGCCATCACCTTTG
CCGGCACCGAAAAGTCCAACTTCTCCAGCTTTCAAAATGACATTGGCCAA
GGGGGAAAGTCCTTTTGCAGGTATTAAAACAAACTTTTGTTCGAAGCTCT
TTAGATAGAAGGACTGaaactaggctacgtcatatcttccttcgtttcga
gcgtaaaactcctatgcgcactgctcttgttttgaatattataCACCATA
GACAGTTCCAGCCTTTTTAGGTCTTCCTCCTTTACTCTCGAAACAAAGAA
TGGTATGACATAACCTAAAGGAGGGATAGTTTTTGAAGAGCTTTATTTTA
AGGAAGGTGGATAGTTAGTAAAAGGAAAACAATTTGCAAAGAATGCCTTG
ACATTTATCGATATAACGGGTGGGCTGGATAGCTCACTCGGTTGAGCAGT
TGCTCTAGTAATGCGAAAGACATAAGTTCGAATTTTACTTCAGTCCTCAA
ACAGTTAGTTTTTTATCCTGAGGCGTGTTGGTACAATATGTTGACACTCT
CCATaaaaaaaGACGTCAATATCGCCATTGACAATTcaaaggtccaatct
caaaattattgcctgagaaaactaagaatttttctgtttgtctGAGCATA
AACTTTGAGGAGATTGACCCCCTGTTTCATGTAGAATGGACCCTCCCCAT
TATTATCCAAAACCTCAAATTTAAGGTTAGCTAGACAGAAAGATAAACTC
TTAGCtttctcagacactaattttgtgATTGGCCCTTTTGATTTATCAAC
GGCGATATATAGTCaatcttttttccttttcattacAGCGGGCGCTGAAT
CGAACGTTCTAATGGCGAGTCTTAAAAACACCATCGAAGGTGATCGAATG
ACCCTGGGTTTACGACAAACACGTGGTATGGCTGCTGGCTCCCATTCTCC
CAGCATGCAACGCATGAAAACAGCTTTCCATGAGGATGATAAAAGTAAgt
tcgaattttttttatgtttcttttttagaagaaaacaaatcaaaaagcTG
GATTTATGCATGGTTATCAGTAAACTTGTTTCTTAATATATCGAAGTACG
GTTGACTCTAAGctaaaacaaacttttattcTATTCGAATTTTTCGTTAC
CTTTCAAGAAGACGTAAAATACTTTCTAGAATAAAAGTTTGGGATAGTTC
AAAtctctccgtaactcgaacaaattagattcgcctttcgaattcgaatt
agagagagtcaactttaGTTCTCTTTAAGCCCGTCAATGTAGAGATATAT
TTCAGTTTAAGAAAACCCTACGAAATACtttaaattaaaggttttgtttt
tacataagtgttcccgtttcatatcagacacatatatcatatcgggacag
tgtcttcctattgctatatcatgctgatataagcaaaaaaatgtttttct
tttcctttttctgactaatcttgctccacattcttgtcaatccaatatga
aaaagcttctaaattaaaattgatgagtaagcaaacgatatcattcttat
ttaaaatcaaaacctttaagataGCTTTTATACGATAATAGTGTGCACGA
GTTTTGTATGTTTCACCCAATTTTCCAATCAATAAAGCatatgtataatt
ttcaacagGGAATAACATAACACTACGAAATGATGGATACTGTAACGTAC
TCCCTCCTGATCAGTCCTCTTTTCCTGTTGCTATGGCTACCAACTCGAAT
TATAACTCGGTCCAGGTTGAAAATCCGAATAACTCAACTCAGGGCTATCA
CAGACAACCTATTAACTCGGCCCAACAAGAGTACAATAACTCGTCTCAAG
CACATTATAGACAATTGTCTTTTGAAAAACAGCAAAGTAACTCGTTAACT
CATAAAATGAACTCGGTACCGAGTTACCAACGCGAATTAGCCGAAGCACA
TGCTAACTACCATCGACCACCAACCAGTCCTGGCCTTAGCCATCAGAGAC
AATCGAGTAACCCGGCTTTAAGTTATAATCGACAACCGAGTAACTCGGCT
TCAAATCATCAGCGGAGTAACTCAAGTCCGAGTTATCAATACTATCGTGA
ACCGAGTAACTCGACAACAATATCCCAAACTCAAAGATCGAAATCAGTCA
CAGCTCAGCAAGCACTTTCTCTAGCGGAACAAATTCTAAATGCACATAGT
AGTAAAATGCAAAATAGTAAGTGTAAACGCACACTTAACAATATGgttat
aaaatgtaaactgcACCTTAAgtatatttttttcctttttacatAAATTG
CACAcgatatttcttttaaattctttcaattttctaaattgcaCCAAATT
CTTAAAACCAATAATCACGTgggattgaaattgaaaatgacgaGACCAAA
TTAAGTTTTGTATTCGTGTCAATAATCCGGTTCTATGGTCCAGGCCCCTT
CCAATACTGTAAATAATATGatttcggttttccttaacattttaattttt
cattctgtttttctttttgcttcaGGTCCTTCAGCTTCGCGAAAAACAAG
CTCAAACTCTGCTCCTGTTGGT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000143_pilon:324987..331558+ >XLOC_038219 ID=XLOC_038219|Name=XLOC_038219|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2088bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000143_pilon:324987..331558+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGTCGCAAGTAATCCGTACCATCTTCCTATAAAAGATGGTCGCAAGTA
ATCCGTACCATCTTCCTATAAAAGctgTGGTATCGAACGAAGGTGGTAAC
CCAATTATGGATTCTTTAAAGtccaaaatgaaagaaatgaacATCAACAA
AGAAAGACTGGATCGAACATCAAGCGTCTccaatgaaaaaaaaggaaatt
ttctcTCACAAAGCTCACGTGAATCTGCAGctgTGGTATCGAACGAAGGT
GGTAACCCAATTATGGATTCTTTAAAGtccaaaatgaaagaaatgaacAT
CAACAAAGAAAGACTGGATCGAACATCAAGCGTCTccaatgaaaaaaaag
gaaattttctcTCACAAAGCTCACGTGAATCTGCAGCTCGTGCGCCATCA
CCTTTGCCGGCACCGAAAAGTCCAACTTCTCCAGCTTTCAAAATGACATT
GGCCAAGGGGGAAAGTCCTTTTGCAGCTCGTGCGCCATCACCTTTGCCGG
CACCGAAAAGTCCAACTTCTCCAGCTTTCAAAATGACATTGGCCAAGGGG
GAAAGTCCTTTTGCAGCGGGCGCTGAATCGAACGTTCTAATGGCGAGTCT
TAAAAACACCATCGAAGGTGATCGAATGACCCTGGGTTTACGACAAACAC
GTGGTATGGCTGCTGGCTCCCATTCTCCCAGCATGCAACGCATGAAAACA
GCTTTCCATGAGGATGATAAAACGGGCGCTGAATCGAACGTTCTAATGGC
GAGTCTTAAAAACACCATCGAAGGTGATCGAATGACCCTGGGTTTACGAC
AAACACGTGGTATGGCTGCTGGCTCCCATTCTCCCAGCATGCAACGCATG
AAAACAGCTTTCCATGAGGATGATAAAAGGAATAACATAACACTACGAAA
TGATGGATACTGTAACGTACTCCCTCCTGATCAGTCCTCTTTTCCTGTTG
CTATGGCTACCAACTCGAATTATAACTCGGTCCAGGTTGAAAATCCGAAT
AACTCAACTCAGGGCTATCACAGACAACCTATTAACTCGGCCCAACAAGA
GTACAATAACTCGTCTCAAGCACATTATAGACAATTGTCTTTTGAAAAAC
AGCAAAGTAACTCGTTAACTCATAAAATGAACTCGGTACCGAGTTACCAA
CGCGAATTAGCCGAAGCACATGCTAACTACCATCGACCACCAACCAGTCC
TGGCCTTAGCCATCAGAGACAATCGAGTAACCCGGCTTTAAGTTATAATC
GACAACCGAGTAACTCGGCTTCAAATCATCAGCGGAGTAACTCAAGTCCG
AGTTATCAATACTATCGTGAACCGAGTAACTCGACAACAATATCCCAAAC
TCAAAGATCGAAATCAGTCACAGCTCAGCAAGCACTTTCTCTAGCGGAAC
AAATTCTAAATGCACATAGTAGTAAAATGCAAAATAGGAATAACATAACA
CTACGAAATGATGGATACTGTAACGTACTCCCTCCTGATCAGTCCTCTTT
TCCTGTTGCTATGGCTACCAACTCGAATTATAACTCGGTCCAGGTTGAAA
ATCCGAATAACTCAACTCAGGGCTATCACAGACAACCTATTAACTCGGCC
CAACAAGAGTACAATAACTCGTCTCAAGCACATTATAGACAATTGTCTTT
TGAAAAACAGCAAAGTAACTCGTTAACTCATAAAATGAACTCGGTACCGA
GTTACCAACGCGAATTAGCCGAAGCACATGCTAACTACCATCGACCACCA
ACCAGTCCTGGCCTTAGCCATCAGAGACAATCGAGTAACCCGGCTTTAAG
TTATAATCGACAACCGAGTAACTCGGCTTCAAATCATCAGCGGAGTAACT
CAAGTCCGAGTTATCAATACTATCGTGAACCGAGTAACTCGACAACAATA
TCCCAAACTCAAAGATCGAAATCAGTCACAGCTCAGCAAGCACTTTCTCT
AGCGGAACAAATTCTAAATGCACATAGTAGTAAAATGCAAAATAGTCCTT
CAGCTTCGCGAAAAACAAGCTCAAACTCTGCTCCTGTTGGTGTCCTTCAG
CTTCGCGAAAAACAAGCTCAAACTCTGCTCCTGTTGGT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000143_pilon | genome | sc0000143_pilon:324987..331558 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 1000-1044:6528 |
| Aaloc | 442-996:5661 |
| Aaloc | 286-438:4841 |
| Aaloc | 196-282:4033 |
| Aaloc | 40-192:844 |
| Aaloc | 1-36:1 |
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