|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000042_pilon:1170393..1179561+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >XLOC_037574 ID=XLOC_037574|Name=XLOC_037574|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=9169bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000042_pilon:1170393..1179561+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAGGTGATGCATGATGGCTCAGTAACTTGGTAAGAATTTTATACCTTGAC
TCAAACGTTGTTTCGCCGTTACCGCATTTACATGGTGATAAGTTCTCATT
GTTCGAGGTTCAGTATTTTGCCTCGTCTCGAAGTAAGCGAGTTAGAGATT
ATCGTCTTTGacccaaaaatttctttaatctATGTTccttctaccgggtg
cgccacaaaaaagtttctctctttaaaactgattttcccgaaatctaaaa
attttaaaagaaccatttcttttccattgaaaagaagaaagatatactta
aattttgatgggtcatttattacattcggttcattagatcgaaagttatg
ttcaattgaataaaaaagtaactTTCAGAAAGagcccgaaaacgttaaaa
atcgacctatcaaattaaacagaagtatgattacatgatgcatcagtatt
ttcgtttcagtcattaaaaatgataattagctgtctaaatgaccttttgt
tatataaaggaaggttgaatttcaataaaaggaagaaaattcgtcgaaaa
aagccaaaaaatctggtaaaactcataagaatacatcaaattatgggttt
cgaggtacatccagccttacatagactttatccagtctagaaccaaaaat
ctgattaaaatttcagtgaaagtaaattaaaatgattttgatgaagattc
taAACTCTTTCGAacccatcagtttcaaaatttatgtgtttaattactaa
aaaaatgctcttaatcatgtaaagcctattgcaattgccaattttaaaat
aatttgataggtcgatttttaacgtttgcGGGCTCTTTCTAAAAGTAAAt
tctttattcaattgagcataactttcgatctaatgaatcgaatttaataa
atgacccatcaaaatttaagtatatctttcttctttctaatggaacagga
atggttcttttgaaattcttagatttcgagaaaatcagtttcaaagagag
aaacttttttgtggcgcacccggtaggtCGTGAAACGCTCCACCAGtttt
tttATCAAGTTTATATTGCCAAAGTTGCGACTTTCTGTTCACCGTGTGTC
TAATTCATTTTTGAATTGTATTCTTTGCCAGGTGGGAGAGCTTGATAATG
GTGTGCATGTATATTGGCTACATTATTCTAATGAAGTAAGTCAATGCAAA
ACGAATTCATATTCATCAGTTGGATCTTTAACAAAAGCAAAAGAGTGCGA
CTTAAAGCCACTCTTTCTCTTCCtttattttataacattttttatcaatc
aaggtatttattttttcataagaaggtatatttGTGACTTGGTTGTGTTA
AGTTACCTTTCAAGCAATCAACCTTTTAAGTCAGATCTGTGTGAAACTTA
GTCTgaacatggaattattatagacactggaaaaacaacgggctgatttt
tgccaatttctcatgtacagtacaagccttgtccgcagtaattacattat
tgttcaccctccttccaccattaaatgatttttcgtagcattttattata
cgtcgttatgacgttttaaatttcgagaaagatgcaaaaacatgctatgt
ataagaaatggaatattgacaccagaaatttttaaacttcaacctcaaaa
aatccattgaatttgaagtttttgaaaatcagaaagaaaatttcaccaAA
TTTCTCACTAACTAGTTGTTTACAAAGAACCCCTTAGGTTATTTAAACTA
GACCTATAGGGCTTCACCGATAAAACCATAAAACTGATTCTGGCATcccc
ccccTgtcgaagttttttttcgctagaggatgagcagaagcctatgtGAA
ACTGTTCGATCCTCTTTAGATGCAATCCACGAATTGTCGATAAAATCAAT
TCACGAAAGAAGCGAGCGCAACCAGACGTATCATTTACAAATAACGGAGA
TAAAAGCTCTTGTCTAGTAGACAATGAAGAAGGTATTATTGATTAACTTT
GGAATGAATAActcccgggggtactaggtttgcgaagTCCAAGCGAAAAA
TCGAatatcgaccctttgagagaaaaatttatgacatttttgagACCCTA
TGAGAGATTTTAGCCAAGCTTTTGGGAGATTTTCCcaaagtttgattaat
tttttcataaaattttgttCAGAATTtccgtgaccctttgagagggAAAT
TCTCAATTTAAGTGATtctgggaccctttgagagactaacCTATGACTTT
TGAGGTATGAACAAGGATATCATTATGGTTCGCACATACCTTAATTTCCA
AACTATGAATTTCCTGCTTCCTTGTTATAAGTAGCAATTTCAAGGGACAC
CTCTGTTCCTTGCTACAGgttgtacacgctttttttataagaatagtgta
ctttggctgaggatGAGCATTTTTCTATTCTTCTAAACAATAGGCTTGTT
GCTCTAACTCTCActtgaaatctcaccctgatattcttattgaagttatt
cttataaaaaacaaacgtgtatgTGATTTAAGCGAAGGCTACACTGATGT
TCTTTCGGATCCGTTCTTTCCAGGCGACTGCTCTTCAATTGTTTCATTAC
AACCAGTTCGTAAATTGTTGCAGTCTAGCCTGCTAAGTGTAAAAAGGGAA
GTAAATtgagaagaaagaaaacattCGACTTAGATTTGAATTCAACATTC
GGATCATAAAATAAGTTCGAAAATTGAATGTCAAACGTTCGATTGCGTAA
TGATGTTAGAATATCTAACGCTCTATTGCATCATATAACTAaagaaattg
aattgaaaaatttcaggCGCTTTTTCGCAGGCACTTGCAATTttcttctg
caatatttttattgcgtTGCAGAAGGATTGCAGaaaaaaaCACGTTTGTT
ACATTTTGCAATTCCTCGCACGCGTGCGATGCAAAATAAATACATCGCAA
CTGCGCGAATAAAGAAACATCGGTGTATTCTTAGCTTTAAAGCAGCCATT
GAAAGTGTCATCTCTTACAAGGTTCTTTAATAAGGATGAAATATGGAATG
CTTTTCAATAATGTTATCACTAATTTTAGCTTTGAAAGGTTCATCAGCCA
AAGAAGAACTTCTACTTCCTAAAGGTATCATTGTCGCATATTAAACGTTA
Aacaaatacatcatatttacatacacaacacatacattatacatacacat
acatacacataACTCAAATGATATACCTAACCTTAAACAATGTTGCCTTC
TACAACCAGTCACATAAAACTACAGAAAACGTCATTCATAAActcttcgt
tcgttcgttcgttcatttaaaacttctgattaaaataaaaatacttaaaa
caaaaggatgcataaacagcttataaaataattttcccAATTAATGCAGA
CGTTTTTATACGATTATTTAACGAAGACgaaaagataaataaatacaaat
gtaacagaaagaagaaagttgataaaaatttaaatgagaaatataaaaac
tttgtaaatacGCTTAAAGCTTTACTTTACGCTCCACTTTCAAACAACCC
CATGTCCCAAACATGTCGAGACTCTACTTACTGAAAGAATCGGCTAAAGA
AAACGTGCCAAGTGACAAAAAATACCATTGATTTTATCATCCTACAGTAT
ATTTGGTGAAAATCCTTCTAGAAAAGCCTTCTAGAAAAgccttattttta
tttgaattggCAACAATGCAACTTATGAAAATAGGTAATGTTTTAACTTA
CTAGATGCTATTCACCTGGTCACTGAGAAATTGTTGTTTTCTAACAGAGT
ATCAACGGGCTTTATAGTCTGTTTTCCCTGTTTACAAATAGTACAGaaca
aaaatgtcaatttttctaattttgtaaatgtttttCAGTGGAATTCAGTC
CAGATGATGAAAGGGGACAACGGATGAATGATTTGCTTCCAGCCGGCAGT
AGAAGGTGAATATTTTCAAGCTCATTTAAAGCCTATAGTTATAGTGAACA
AGAAAGTGTTTACGGAATGACTTTGAAAACACGGCGAAAGAATAAACTTT
TCAACTGAATCAAAGAAACATATTTTTAAGACGTTTCTAGCTCTTTGTAG
TTCTAATAGTAGCTGACCATAGCACCTTGTTAGCTATTCGATTTGAGATT
TTCGTCAATTTCTTCAGACGCTTAACGTGGAAAGAATTGGGTATGATGAT
CATGATGACGGATAAATTCTCACCGACAACAAGATTCAGGGCGGCTTGTC
TTGTCGTCATTCTAAGAGGGGTAAGCTTAACATTCTCCCCGCCCCCGCCC
CGCAAACATCACAGATAACTGTGTATTGTTGACAAGCAGCCCTGTAACGA
GTTTGTGTGCGTATGATTTTCTACAAAGGGGGCGGCTAGCTTTtgatttg
actagatcctgatcaactgaggaGGACGGTAAACaagattttgcgggtca
aaactgcgagTTATACTAAATCTCTTCAGTCACTCCACCGTCCTCAGacg
tgcaaatacataaacttgcttgtGTGAACTCTACAGAAGTATAAAGTAGC
AACGTCAATAACTTACGACCTTGCGTGACATTGTGTTTTGTTTTAATTGG
ACTTCTCTTCTCACCTCCAGGAGCATAAAAGTGCAACAccggaagaaaaa
gaaaagatattgCGGAAGAACGAAGCTAACGATAATTACCAAACAGTGAA
TAATGGGTAAGTCGTTAATCATTAAGTGATGTTTTTGTGTCCGTTGGCTT
TTTAAAATTGAACATCGCTTCTTTTTTGCAAGTATTCACATCTTTTGGAA
AGATCTGTTCGTGCGAAATTTGATAAACCTACTTTAATTTGCGGCCTGTC
GGTCTGTTTCGGTTAAATTTTTTGTCTCTCTAGTACAAACTATCTAGtac
aaaatcattaaaaaacagGACGTAGAAGTGCTCATTCAGGCtcattgaaa
aaaacaaaggataCCATTGCATTGAGTTAATTAGTAACTTCACTTTAATC
GAAGTAACTCGCCCCTCAGAGGCAACATGAGACTCGCCTTAAAATCGTAA
CGAACCTATCTTTACCGAATAAAAGTTTAGGctacgtttttctttttgtg
catatctttatcggggaaaacttcgtcggggaaaattttcgtcgggaaaa
attttcgtcacttgctggtagttggtaaacgcattaaggccggtgaaaat
tttcgtcggggaaaaaatattcatcacttgtccaaaatgtcgtcactttt
ccccaacCAAGTTTTCCCCGTTAAGGTATTTCGCCACCGTCTCCTCCACA
TCATCATCCACTGATGGGTGATGTTTTTTGTTTCTCAGAGACATCGAAGG
ACGTGGCGGAGATGATGAACGCGAAGAATCGATCGAAGGAACGCCTTTCC
TCTATCCACGTAAGTGAACGGGGTGCTCGCTTTTCGTATCTCTCGATTAT
CTAGCGAATGATGAAATCTCTGTAGATACCAGTCCTTTTGCAAACAAGCA
CTAAAGCATCTTATTCTACTTCTACGATCTTGTCATAGAATAACATTATT
AGTTCACGGATTTGCTTCTTCTCGGATTCaagaattttctattttgctAT
TAGAAGATCGAAGACAGTACTTAGATGTTAAAGCGCCTAAAACTGTGACA
TAATTCAGTGAATAGATATTGTCGTaaaaaaaCAATAGCTgtatattttg
gtaatttttttttattgcagAGGGTTCCATCGTTCGCATCATCTTTTGGA
TTTTATCGTTACCGTTGGTTATCATTCTGTATTTTACCATACCTGACTGT
CGTAAACCAAAGTAAGTCATcgtagaaaaattgaatgtttttttatgcAT
GCTTTCTATGATATGaaaaaaaggcgaaaatttgaaaatgtactTGCGAA
TGTCTTACTACGCCTCTATGTCCAAAGTATTTACCCatttttggactgcc
ggaaaaactggttttttggcattttctcgagattttatcattagtttttt
ctgattttttgctcaaagatgcgtattaagaatgcccaaaacatggccga
gtccgatttttgagaaaaaaatttttccggccgaaaataccggaaatatg
ccggaaaaactggttttttggcattttctcgagattttatcattagtttt
ttctgattttttgctcaaagatgcgtattaacaatgcccaaatcattgcc
gagtccgatttttgagaaaaaaatttttccggccgaaaatgccggaaatc
gccgtttttgcagattttcattggactttttcctgatatttctttgattt
ttcacgcaaaatcattattgatatcaatgccaaccatcaagtatggttca
attgtcaataaaactgatttttgacgCCGGggctttctaaaaatcgccgg
aacagccgaatatcgccggaaaaacggtttttcttgaatttctcgagctg
tactttatattttttcatgaaattttgcacactgaagCAAAataacaata
cctaaaatgtgacggagcctgatttttgaagataaaaaatttcggccaaa
aatgccgataatatgccgtcaaaaccggtttgttgccattttgtcgagat
ttcattaatcgttttcctcgatttttgcacaaagatacgtgtatcagcaa
tgccctaagtgtggccgattcggatttttgagaatcatgtttttccggcc
gaaaatgccggaagtatgccggaaatcgccgtttttgcagatttgaattg
ggctttttccatatatttctttgttttttcacttgaaaaaattattgata
acaatgccaccatcaagcatgattcaattgtcaataaaacttttgcaatt
ttgcaaccggaactttctatttcttttttccctaaacccctccccccccc
catcaacaatcaacgatgaaatttaatgcattttcgctaagcgctatatt
ttcttaatgattgtttttctccttattgctatctaagtttcatcatcagg
taggtccattcagcatgttgcttgttgatAATATAGTTGCCTTTTACAAC
TctaattaaaaatttatcaacGATCTCCACtgagaaattaaaatgaaagg
CTTTTACAGTCCCTGGTCAATACTTCCACGAACTTGGTGAAACTGTTCAA
TCTATTTAAAAGTAATTTGCGTATCTCATTCTTTTTCAGGTGGGAAGCAT
GGTACATTTTGACCTTCATCCTCTCTATATTTTGGATTTGTATTTTCTCA
TATGTCATGGTGTGGATGGTAAGTGCAATGTTGACCAGTGCTGCATACTT
TTTGCTTAGTCTTCTGTAGAGGGGTCAATACCCTTCCATCTTGAGAATCA
ACCATCTTCTCTTTTTCTGGGGACTTTTTATGGATGTTGGTTTTTATCCC
TATCCCCCATCGAAGCCCTTTACTGTATTTCGTAAGATCAAGACGCTCAA
taaatgcttttcttgttttcttggaTTCGAATTTCGGTGTGTGATGACGC
ACTTGTGTCATTTGGTGACATTGGTGACTTGATAAGAAAAGATGCTTTTT
AAttattaattttcgattttctttctcacaggTATCCTTAATCGGGTTTA
CTTTCGGTATCCCTGACGTCATCATGGGGTTAGTCTTTCTAGCCGCGGGA
ACGAGCATACCAGACGCAATTTCAAGTCTGTTAGTTGCCAAAGAAGGTAT
GCCTTGTTAATTTTGATTGGATTTTCGTTATAATAGTTTTTATTATTCCA
ACCGAAAAAAGATCGCTTGGCAAAAGAAACGGTGTTCCCCGCTTTCAAAC
TTATGAATAAATGAAACGTCCACAGGTATTTATATGTGTCATAAGTGTGT
CCAACTACCAAAGTGCTCTGACAAACAGGCAAACATTCTTAGATTCCAGC
TGAATAGCTgaactaaatttgaaaaaaattgaaacgatGACCTAAAACTA
GCATTTTTTGCAAGTCCTAAAGGGAGTAAAACTAGTAGCATCGACTTCTT
CATCGCATGGCTTTCCATCACTAATGATTTCCGTTTATTTTCACAGGACT
TGGCGATATGGCAGTATCCAACTCAATTGGTTCAAATGTATtcgatattc
tgattggtttagcTGTTCCATGGTTTATTAGGACTGCCATGGTTAACCCG
GGTTCAACAGTATGTCGAAATTTTATCGTGTTATTGTCTCTTTTCTTAAG
ATAACGCCAATTTGTTCGCAATCTAAGGCTGAGACTTCATCAAAGCTCTT
CCCTAAGACACATGTTCATGTTTGATAAACAATGATATTTGCATGTAGCT
CATAGCTAGCTTGTTGATAAAaacaaatggggatgaaattttaagGTAGT
TTTGTCACCGGCGATGATTTTTCAGCCGATTTTCCGGTTGAAAGGACCTA
ACGGGTTTAGTTCTGCCTCGTGAGATCTGACGAAAAAACTGCTGAAAAAA
GCAGTAGCCACTCTTATTATGGGAGATGGAGTGATTACTTGTTTCCATTG
ACATTGTGCTGTACATTTGTAAACATGGATCATTTATGATGTTGTGATTA
ACACCATGCCACTAGAACGTAATACCCTCACTTTGTTTTTATAGGTTCAT
CTGAATAGCCGTGGAATGGTATTTTCAGTCGCACTTTTATTCGCTTCCGT
TTTATTCACAGTAAGTTTAGTGTTTGCCAACACATTTATTCTCTTATTCA
TTGCATACTGCTCGATAAATCCGCTACTGTACTATCATAGCTTTCAAACC
TATAAGCTATCTAAGAGGATATCCAataattctaaaattttgacaATAAA
TTAAATATTTAACGCCAGGGGACTTGCAGTGTATAGTAGTTTTTGTAGGG
TCAATTTGATGTCGAGGTTCAATAATTATTATCAAGGGGTGATAAATAGA
AATCACAAGGGGTAAATGATTTATTGATTGAAACAATATAATACCATTCT
CCCTTgctcaaaatattctttaaatacCCTATTAGTATTTGTAGCACTTT
CCTATTTTTTCTTTAGGTATTAGTAATTCACCTGAACAAATGGAAGTTAG
ACAAGAAGCTTGGTATTATTTTCTTCCTTGTTTATCTTGTGTTTATCACT
TTCTCATCCTTAATCGAATTCAATGTGTTTGGCTTCGTTAACTATCCCGT
CTGTGCATTCCATGGATAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000042_pilon:1170393..1179561+ >XLOC_037574 ID=XLOC_037574|Name=XLOC_037574|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2370bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000042_pilon:1170393..1179561+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAGGTGATGCATGATGGCTCAGTAACTTGCAGGTGATGCATGATGGCTCA
GTAACTTGGTGGGAGAGCTTGATAATGGTGTGCATGTATATTGGCTACAT
TATTCTAATGAAGTGGGAGAGCTTGATAATGGTGTGCATGTATATTGGCT
ACATTATTCTAATGAAATGCAATCCACGAATTGTCGATAAAATCAATTCA
CGAAAGAAGCGAGCGCAACCAGACGTATCATTTACAAATAACGGAGATAA
AAGCTCTTGTCTAGTAGACAATGAAGAAGATGCAATCCACGAATTGTCGA
TAAAATCAATTCACGAAAGAAGCGAGCGCAACCAGACGTATCATTTACAA
ATAACGGAGATAAAAGCTCTTGTCTAGTAGACAATGAAGAAGCTTTGAAA
GGTTCATCAGCCAAAGAAGAACTTCTACTTCCTAAAGCTTTGAAAGGTTC
ATCAGCCAAAGAAGAACTTCTACTTCCTAAAGTGGAATTCAGTCCAGATG
ATGAAAGGGGACAACGGATGAATGATTTGCTTCCAGCCGGCAGTAGAAGT
GGAATTCAGTCCAGATGATGAAAGGGGACAACGGATGAATGATTTGCTTC
CAGCCGGCAGTAGAAGACGCTTAACGTGGAAAGAATTGGGTATGATGATC
ATGATGACGGATAAATTCTCACCGACAACAAGATTCAGGGCGGCTTGTCT
TGTCGTCATTCTAAGAGGGACGCTTAACGTGGAAAGAATTGGGTATGATG
ATCATGATGACGGATAAATTCTCACCGACAACAAGATTCAGGGCGGCTTG
TCTTGTCGTCATTCTAAGAGGGGAGCATAAAAGTGCAACAccggaagaaa
aagaaaagatattgCGGAAGAACGAAGCTAACGATAATTACCAAACAGTG
AATAATGGGAGCATAAAAGTGCAACAccggaagaaaaagaaaagatattg
CGGAAGAACGAAGCTAACGATAATTACCAAACAGTGAATAATGGAGACAT
CGAAGGACGTGGCGGAGATGATGAACGCGAAGAATCGATCGAAGGAACGC
CTTTCCTCTATCCACAGACATCGAAGGACGTGGCGGAGATGATGAACGCG
AAGAATCGATCGAAGGAACGCCTTTCCTCTATCCACAGGGTTCCATCGTT
CGCATCATCTTTTGGATTTTATCGTTACCGTTGGTTATCATTCTGTATTT
TACCATACCTGACTGTCGTAAACCAAAAGGGTTCCATCGTTCGCATCATC
TTTTGGATTTTATCGTTACCGTTGGTTATCATTCTGTATTTTACCATACC
TGACTGTCGTAAACCAAAGTGGGAAGCATGGTACATTTTGACCTTCATCC
TCTCTATATTTTGGATTTGTATTTTCTCATATGTCATGGTGTGGATGGTG
GGAAGCATGGTACATTTTGACCTTCATCCTCTCTATATTTTGGATTTGTA
TTTTCTCATATGTCATGGTGTGGATGgTATCCTTAATCGGGTTTACTTTC
GGTATCCCTGACGTCATCATGGGGTTAGTCTTTCTAGCCGCGGGAACGAG
CATACCAGACGCAATTTCAAGTCTGTTAGTTGCCAAAGAAGgTATCCTTA
ATCGGGTTTACTTTCGGTATCCCTGACGTCATCATGGGGTTAGTCTTTCT
AGCCGCGGGAACGAGCATACCAGACGCAATTTCAAGTCTGTTAGTTGCCA
AAGAAGGACTTGGCGATATGGCAGTATCCAACTCAATTGGTTCAAATGTA
TtcgatattctgattggtttagcTGTTCCATGGTTTATTAGGACTGCCAT
GGTTAACCCGGGTTCAACAGACTTGGCGATATGGCAGTATCCAACTCAAT
TGGTTCAAATGTATtcgatattctgattggtttagcTGTTCCATGGTTTA
TTAGGACTGCCATGGTTAACCCGGGTTCAACAGTTCATCTGAATAGCCGT
GGAATGGTATTTTCAGTCGCACTTTTATTCGCTTCCGTTTTATTCACAGT
TCATCTGAATAGCCGTGGAATGGTATTTTCAGTCGCACTTTTATTCGCTT
CCGTTTTATTCACAGTATTAGTAATTCACCTGAACAAATGGAAGTTAGAC
AAGAAGCTTGGTATTATTTTCTTCCTTGTTTATCTTGTGTTTATCACTTT
CTCATCCTTAATCGAATTCAATGTGTTTGGCTTCGTTAACTATCCCGTCT
GTGCATTCCATGGATAAGTATTAGTAATTCACCTGAACAAATGGAAGTTA
GACAAGAAGCTTGGTATTATTTTCTTCCTTGTTTATCTTGTGTTTATCAC
TTTCTCATCCTTAATCGAATTCAATGTGTTTGGCTTCGTTAACTATCCCG
TCTGTGCATTCCATGGATAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000042_pilon | genome | sc0000042_pilon:1170393..1179561 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Aaloc | 1033-1185:9017 |
| Aaloc | 967-1032:8595 |
| Aaloc | 856-966:8049 |
| Aaloc | 739-852:7582 |
| Aaloc | 661-738:7191 |
| Aaloc | 571-657:5723 |
| Aaloc | 499-567:5340 |
| Aaloc | 412-495:4621 |
| Aaloc | 310-411:4169 |
| Aaloc | 244-306:3891 |
| Aaloc | 199-240:3082 |
| Aaloc | 85-195:1871 |
| Aaloc | 31-81:1133 |
| Aaloc | 1-27:1 |
|
