XLOC_031574 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_031574
Unique NameXLOC_031574
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000112_pilon:780501..789151+

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_031574 ID=XLOC_031574|Name=XLOC_031574|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8651bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:780501..789151+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACACGAGTAATTACCCAAGATTCCGTGGAAACTTTTGCATGGGTTTT CTTACACAAGAGAAACTTCTTTCGTCGAAAATTGATCTCACTCGTGGGAT GGAGGTATgagtcatttttttatttggtaaTTTATAACTTAACTCAAATC CAggggatagaccttttcataaactaCGTCAGCAGCAACGCTTACTTCGT TTTCATAATagttgctatggtaattgaggCGCCCAATTTTGTGGTTGGGG ttaattttcgttttttctttGTAGTATTACCAAAACTTCTTTTCCGTCTC GAAGAATCTTTGGTAATACTTTAGAACACGCTTAAGTACgttcctccact ctgtttgcgtTGCAAATAATATTGAGGTAATCCAGGATAATCCACTGACC Ttcatataaccctggaccaagcaatatctgccatctttgattggagtttt tttagaattggtacccatgGAGGAGAAGCCATTgtaatgctaaaaattaa cgtctaacgccgctacatcatcaaaataatttgaggaaaagtagacctag cgctctcgatgcatttacaccgttatcgagtagtgccgacattagggtac caatcactgacctttatataaccctggaccaaacaatatctgccatcttt gattggagtttttttagaattggtacccaaggagaagccattgcaatgct aaaaattaacgtctaacgccgctatatcatcaaaagaatttgaggaaaag tagacctagctctctcgatgcatttacaccgctatcgagtagtgccgaca ttagggtaccaattttcaaaaaactccgatcaaagattttgcttggctgg gattgagaagctttgtccagggttatataaaggtcagtggtaccaatata taaaggtcagtgggataatcacgacgatcGACGATCGGCGAAAAATttaa 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GGCTGCTAATCGAAGGTAAGTTTTAAGGCATCGGGCAAATTGTCCGGGAG TAATTGTTGAAGGGGAAATTGTCTTAGAAGAATGATCCAGGGTGGGGCAA CTTTCCGGAGAGAAATCGTCCCTGGGACAATTCTCTTTTCACGGTTTTAA GGCCTCATAAGTGCAGTAGGCTCACAAGAGTTTGAGAAAACTCATCTCCA TAAACGACTGTCAACATCAACGTCGTAGTCGTTGTTATTGGTCTTGAGTT AAGTGGATTGGTCTTTCTCTCAATGATACTCTAGCTGTTAATAGAAGGTA GGTTTAAGGCCTCGTTATTTAGAAGGTTCACCCAAGTTTCTTGGTTCACC AGAGCTTAAAATGCTGAGCTCGACTGTTAACTTCGTAGTGGTTGTCATTG ATGCTATCTAGGCTTTTCCATGTTGataacaacgttgtttcaacgctcTT ATAGCGTTATATATGGACTTTACAGTCCGTGCAACTTTTAAAAAGACTCT CTCTACAAATCGAAGATTCTATTATCGGACCAAGATATCTTTTAAATTTA GAACACATCTCTCCATAGCTCAAACATTCCTCATTAAAGAGGAACTTGAT TTCTAGGATATATATTTTGCCCAGAAATCAAATCTTAATATCATACAATT CATCACCAAAATATACTTCAATGTCTTATCATTGATGTTTGTATCATAAA TACACACTCTTTGATAACCATTCCTTATGAATGATCGTCTTTCTATATTC AGCAAATTTCCAGAATTCTACATTCCGACGACGTCAGTAGACTATGTTTG TCATCTTCCACATGATTTTGGTTCAAGGTCATGTGATCAAATACCCAAAC ACTACGATTTCAAACTTTGTCAGgtaaatattataaaatgaatttttttt tttgattttactattCTTGATAtacatgacgtaatattttctaTGGAAAC ACCCTGGTTTTTGCTGTAGTGGCAAATATACAtaagaacacccccttctc acagacccactgggaacccttatCAATGGAAAActtagccaaaatatcgt tcctAGTGGAAAAATGTCCTCCATTTTTGTAATAATCaaaaaaaCCTGCC CTCGCTACAAAATATGATGCCctctgaattttctgacttgtaAACAAAAG TATTGAAGTCCcaagccataaaaaaacatggaaatatcaatccctatcga gttttagtccgttgTTTTTAtttccactggctgaaaaaatccttcatggt ctgtgaaaagggggtgtacaagagaaaaattgttcaaagtTTACCACTAC TGGCGAAACCGGGGTGTGTCCGTAGAACATGATAACGTCATGTTATCATG AATTTCTCGTATCAGACCTTCGGATATTTACtgaattttcagaatacttt aaCATTTGAGGTTGGACGAGATGTAAATCTCCTACATACTGAGGGATAAA CTCTGGGATAAAGTAAAGTGCTTTTGCAATTTCtagagaaaattagaaaa tctagCAAGGTTACAGActttctttatcttttgaatATTAACAAGATATT CACCCCAACGCAATCGCCAAGAAGTGGCACTCGGAAATATTGAGTTTTTA TTTGTGTGTGGTTTTTAATAGTCGAGGCagcttttttttgtttacagaaG TCCCAACTTTAATTGTCAAGAACCAACCTCGCTCATTATCTGTTTCTGAT GGTTACTGATAGCGCCAGATGATATAATCTCTGGCgtctatcagtaacgt aaataaagcctgggatacacaggGACGAGGTTGGTCAAGaacgtttcttt tttttcttttatccacAGACGTACTACAATCTATATgaccaaaagtttga aaatgccACCGCTAACAACTCGTGTTTAGATGCACGCCGGTATTACCGTT CTTGTCGACAAGATGGACCTAATCCGTATTACGGTAGTGTTTCTTTTGAT AATATCGCACTGGCTTTTGTTTTCATATATCAGGTATGTACTCCCCTTTG ATATTGAGCTCTCTAAATATAATAACCATAATGCGGGGGTAAAacttaaa ttttacttttaccGGGAAAAAGTCgagttaaaagttttttttttaaataa gagtgccattgtttgcttactcatccattttaattcacaagctttttcac tatggattgacacggatgtggaacaagattggtcaggaagaagaaatgga aaacttttttttttgcttacatcAGAATAATATAACCATAGGCAGACACT atcccgatatgaaatatgtgcctaatatgaaacgggaacacttttgtaaa aataaaaaagaacatccgaaggcttaaaaaattttgggtgttcttataaa aaaacgtgtagtgtaatttccactgacctttatataccctggaccaagcc tctcaatcccagccaagcaaaatctttgatcggagttttttgaaaattgg taccctaatggcggcactactcgatagcggtgtaaatgcatcgagagcgc taggtctacttttcctcaaaatcttttgatgatgtagcggcgttagacgt taatttttaacatcgcaatggcttctcctcgggtaccaaattccaataaa actccaatcaaagatggcagatattgcttgatccagggttatataaaggt cagtggtaatTTCCTTAGAAGGCATAAACGCTCTTATTCGTGATAAGCag cattgcaatgtcttccacggacccaacagctgattggttgaaagtgacgt attgacttattttacgttacttgcaaccaatcagctgtcggGTCCGTCAT GTAATGTCAGAATACCTTCCaatggcgcatatcatgaattctattCTGAA CTTTCTAGGTGGTGACATTAGAAGGATGGAGTGATCTGATGTACCTAGTA CAAGATTCTTACAGCTCGTATGCCTGGATCTACTTCATCACTTTAATTTC A

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000112_pilon:780501..789151+

>XLOC_031574 ID=XLOC_031574|Name=XLOC_031574|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2040bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:780501..789151+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGACACGAGTAATTACCCAAGATTCCGTGGAAACTTTTGCATGGGTTTT
CTTACACAAGAGAAACTTCTTTCGTCGAAAATTGATCTCACTCGTGGGAT
GGAGATGACACGAGTAATTACCCAAGATTCCGTGGAAACTTTTGCATGGG
TTTTCTTACACAAGAGAAACTTCTTTCGTCGAAAATTGATCTCACTCGTG
GGATGGAGATGGTTTGAACGTATCGTCATTCTTGTCATCATACTAAACTG
CATCATGTTAGCGCTATACAACCCTATGGATAAGTATTGCCAAACCAGTC
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ATATTTTACTGACCGGTGGAATTTGTTTGATTTCCTGATTGTGGTTACAG
GATGGTTTGAACGTATCGTCATTCTTGTCATCATACTAAACTGCATCATG
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GTATTCTTCGGCCTCTTCGCGCCATCAACCGCGTTCCTAGATTGTTGAAA
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CTTCGGCCTCTTCGCGCCATCAACCGCGTTCCTAATATTCGGATCCTGGT
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cgTTCCTTGTTTTCGCTTGTTTTGGAATCCTCGGTGTACAGTTGTTTCAA
GGGAAACTTCGAAGCCGTTGCTATTGGTCAGGTGATACGAACGTAGATCA
TTCTCTCAATGATACTCTGGCTGTTAATAGAAgATATTCGGATCCTGGTT
AATCTCCTCATGGATACAATCCCAATGCTTGGCaacgttttgattttggc
gTTCCTTGTTTTCGCTTGTTTTGGAATCCTCGGTGTACAGTTGTTTCAAG
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TCTCTCAATGATACTCTGGCTGTTAATAGAAgCAAATTTCCAGAATTCTA
CATTCCGACGACGTCAGTAGACTATGTTTGTCATCTTCCACATGATTTTG
GTTCAAGGTCATGTGATCAAATACCCAAACACTACGATTTCAAACTTTGT
CAGCAAATTTCCAGAATTCTACATTCCGACGACGTCAGTAGACTATGTTT
GTCATCTTCCACATGATTTTGGTTCAAGGTCATGTGATCAAATACCCAAA
CACTACGATTTCAAACTTTGTCAGACGTACTACAATCTATATgaccaaaa
gtttgaaaatgccACCGCTAACAACTCGTGTTTAGATGCACGCCGGTATT
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TTTGATAATATCGCACTGGCTTTTGTTTTCATATATCAGACGTACTACAA
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ATGCACGCCGGTATTACCGTTCTTGTCGACAAGATGGACCTAATCCGTAT
TACGGTAGTGTTTCTTTTGATAATATCGCACTGGCTTTTGTTTTCATATA
TCAGGTGGTGACATTAGAAGGATGGAGTGATCTGATGTACCTAGTACAAG
ATTCTTACAGCTCGTATGCCTGGATCTACTTCATCACTTTAATTTCAGTG
GTGACATTAGAAGGATGGAGTGATCTGATGTACCTAGTACAAGATTCTTA
CAGCTCGTATGCCTGGATCTACTTCATCACTTTAATTTCA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_031574XLOC_031574-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000112_pilongenomesc0000112_pilon:780501..789151 +
Properties
Property NameValue
Aaloc928-1020:8559
Aaloc763-927:7519
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Aaloc1-102:1