XLOC_014554 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_014554
Unique NameXLOC_014554
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000018_pilon:1608002..1616681-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_014554 ID=XLOC_014554|Name=XLOC_014554|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8680bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000018_pilon:1608002..1616681- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GCTTTTTTATGCTTTTTTAGGTATATCAAGAAACCTTTGCTTATCAACGG TTTCAAATTTGACATTCGAGTCTACATGTTAATTGCTTCGACTTGTCCGT ATATTGCATTCTATCATAAAGGTTACGTCCGCTTATCTTGTGTACCGTAT ACTGTTGATGATTTAGATATACACGCACATCTTACAAATCAGGTAAATTA ATTTTAATCTCTCTTCTTTGTCATAAAGAAACCTCAATACGCCTTTTCGA CCGTAGCCGCCAATTGCCGCGCGGGCATTTTTTTGTCCGTTTTACCACCC TAAATCGATCCAATTCTTTTTTAACATTTTTTCTATTGTATTTAGGTGTG AAAAAAAGACTGGGTCGGTTTTAGGTTGGTAAAACGGACAGAAAAATGCC CGCAAGGCAATAGACGATATCGGCTTAACGTGAAAACTCATACTTGACCC CCGAGAATTGCCCACAGTTCTTTGTGCGGAAAAAAGTTCACGGTGAAATT ATTTTCGCACAAAGCATTGTGGGCAATTCTCGTGGGTTAAATCTGAGTTT TCATGTGAAGCCGATATCGTCTATTGGCGGCTACGGTCGAAAAGGTGTAT ACACAGGTTGAAAAATTAAAGTCTGTAGACAAATCACGTTTTTACTCAAA AATTTTATGTGCTTGTTACATGATATTTAATTCTGATTGGTTCGAATTTA TTGACACTAATATAAGTTATCAACTGTATATTGTAAAGCAAGTAACATGG GAATAAAAACACGTTAACTTTTTCGAGTAATCACATTTTTTGACTGGATT GATGTAATTTTGCAATCCGTGTATTCTGTGTGTTTAATAATTCTTAATAC ATTTTTGTCTCGTTATCATAATTTTTGGGGAATGTGATATACTTTAAGGG CAGAAACTTTCGCGAGACCGAAAAGTCGCGAAATTGAAGAAAATTTACGG AAGAAACTTTCGCGGTTTTTTGTGAATGTTCAATTTTAGTAGCAATAACT ATCGCGAGTGGCTAGGGAAAGTGAATGAAAAATTATTTCAAATCTCATTT TTTTCTTCAATCAAAAGAGTGATATGCTAATAAATGAAAAATAAACTATT TGCACTTCTTCCTCTCATTCCGAATCCTAGTCACTGCGATAATATCGATA ATATCGACTCTCCTCGGCTTTTAAAACTTGGAAAAAACTTTCGCGATTTT AGGAAAATTTCATTTTTCGCGAAATTAACTTTCGCGAATTTCTTGTTTAA TTTCTTACATTCGCGAAAAAATGCCAAAAACGCGAAAAACGCGAAAGTTT CTGCCCGCGAAAGTTTCTGCCCTTAAAGTATCTCCTATCTACTTATATTT CCCTAGAATTACCGTTCTAACCCTTAATGTATCCTTATCCTTATCCTTAT CCTTATAAATCAGCCATTGGAGACTAAGATCTTATTCTATAAATAACTTG TAGTTTTTTAAGTATTGATGCTCATCTTAAAGGGACATAAAGTAGTAAAA TGTAAACATTGTGCGAACCACGTTTCATTAAAGAGAACAATTAAACTCAC GTGTCCAAAACAAACTTGTCAAACAATTGAAACAATTATTTTTTTTATTT TGACATGTGACATTTGTTTTGATTTTGTTTCCCGCTGCATACGGTTTGTT TACAAATTTCGTGACTACTTTTATGTCCCTTTAACTGGTGTTAAAAAAGT CCAATAAAACGTCCCAATTTCTCATAATCTCATACCAGATAACGGTTTTT GCGCATTAACCCTTTAAGTGCCATGAAAATCGCTAGTTCAAACTTCAAAG GTTTACCGGGTGGTCCAAAAAAAACTTCCATAAGTTTCAAATTTTGACGT AGAGCGCTCTTATTGTGTATTTCTCCGGATCTAGAAGGACCTGCCTGAAC GACGGAAAGATGCCCAATAGTAAAACTTCAAATTAATTCACTACAAGACA GAATCAAGTAAGGCAGGGCCAAATTTGGAGGTTCTTGGATCACTCGGTCA AAATCTCAAAAAAGTGGATTTTTGTCAAATATTTGCATTTTTTTGACTTT TTAGCATAAAATCTTTCGACACAAATAATTGGACACAAATTCAATTTTTA AGGTTTTTGACTTTTAAAGAAATATAGTCTGCAAAAAAGTGGGGCCAATG GTCACGGGCTAATATCCATGAATCGGTATTTTAAAGGTTTTTTTTTCTAA ACAAGAGTGAAATCGTTTGCTTACTCATCAATTTTAATTTACAGGCTTTT TCACATTGCATTGACACCGAACAAGATTGGCCAGAAAGTATGGAGAAAAA AACATTTTTTGCTTATATCAGCACAATATAACAATAGGCAGACACTTTCC TGATATCAAATACGTGTCTGATATGAAACGGGAACACTTGTGTAAAAAAT ATCTTTAAAATCAATCTTAAATTTTATTTTTAGTTTGTACAGAGAAAGCA TCCTTCATATAAAGAGAAGAAAGAAGAATCTGTCATGGATTTCAACCAAT TTAATGAGTATATCAATCATCATGTTGGTGAAGACAAATCCATATCACAT GATTGGGTCTTTAATGAATTTACTGTAAGTAGCTACTTTAGGATTTAAAA TGTAAGCTCCTGCTCTTTTATACTCTTTACCATAGTGTATCTCGTGTTTA TTGCTTCGTAGTATACTCCGTGCACATTGTCTGCTTGATAAAAAAGTTCC CGTACAGAACACTCTGTGATGAAGTATAATTATGATTTATAAATAGCAAC ATTTCTCTTACCGTCTCCCCTTTCTCACCAACACTCCATCGCAGCGGTCG GTTTGAAAAATTTCAAATCGGAAAAGACAATAACAACAGACCCTCTACGG CAATGAATTTTGAAATTAGCCGTAGATACTGGGTCTGTATACAGACAAGC TCTTTTATCGACCGTAGTGCAAAGGTAGCGTTCGGATACGATGTGCAAGC TTGTTGGTTCAATCCCCGGCTGGGTCACACCAAAGACTACGTACTTAGTA CAAAATGGCACTTGATGCCTCTCTGCTTTGATGCTCAGCAATTAATGGAT CAAGGAGAAGTGGAGCAATCCAGGGAGAAGGAGTGGCGTCTACCTTTGGG TAGATAGCTATGAAAAGAGGAGACTTCGACTGCAGACTTAATTATGAGCT CCTTGGAGCAGGCGTTTAGACCAACCTTTTAGCTCACTCTTTAACTTACT AAGATTTCAAAAAAAATTCTTATTTGTCAAGTTTTAATCAGGAATAAAAA AATCGAGTAAAAGTTTTGGTTGGGTGATAAAATTACCCCCTCAAAATTTT CGCCACTTTCCCCGATATTTCTTTCCCCGATATTTCTTTCCCCGAATAGG TATCGAAACAATTTTGACATTACTATGGACTTGTGAAGTAGGCTCTGTTT TAAATTCGACGTTCTGTTTGGACGTTAATGTCAAGCAAAAAAAGTCAAAA ATTCAATAATTTAAATCATGTTTTCGTGTTTTTATCCTTACTTTAAACGA ATCGGACATCCTTGAAAAAGATGTAAACAAAGTTTAAAATTTATTATAAA CAATTTCAAAAATCTATTTTGATTCCGTTTGATGCTGTCAGCAAGGTAAT GTAAACAATCAAGGAAGCTAATGGTCTCATCCAGTAGCGTAGACATGAGG GGCGCAAAATTTGTGTAGGAGAGCTGATTTTTATGACAGTAAATTATCCT TTTATATGACGAGTGGATAATAATAGTGTCATAAAAATCTGCTCTCCTAC ACAAATTTTGCTCTCCTCCTGTCTACGGTACTGGATACTGCTTTATTTTG ATTGGTTTAAATTCGAACTTCTAAAAATAAATTTTCTTTTGAAACAAATT TGATTTAACAAAATATATAACTTTGTCAAGATCGAAAAATTTTTCGTTGG ATTTTGATATATAAAACTAAAGACTATATTGCCATCTAGTTTTATAAGTA GTGATTCCTCTAGGATGGTGAATATCAAAATCATAATCTACATAATATTG AAATTTCAAACATTTGTTTCCGGGCAAAGAGTTTTTGAATTAGTTTCCAC TGGTAAAACAATCAATGCTACGCCTTACAATACAATTCAAGAAACACCCT ACCCAAGATGCATCAGTATTTGTTCTTTAACCCCAGAATGCCGTTCGTTT GATTATACTCTCTCGCTGCAAAGAAGTGGAATTTATGGAGAATGTCATTT TTATGATATTGATTTCGAATTCTATCAAGATCAACAAGTTAGAGAATTGA AAGCAAGCAGCACAACAAAATATTATTCGATTTTGATGCTCAAAGATTGC GCCGCTTGGTTCAATTATGGTGCACGGGAAGACGGCATTTACGATGTTTT TCTATTGGGGAAATACCGACGCCGTGTTTTTTGTTTGATGCAACACGCTG GTGGCGGATGGATGGCCTTTCAGCGCCGTTTTGATGGATCTGTCAGATTC ATGAATCGTAACTGGAGAGAATTCAAAGAGGGGTTTGGGAACGAGGAAGG AGAATATTACCTTGGAAACGAGCTTCTCAATTTGTTGACAACGGATGAAG GACATGATTGGTTGGTGAGAGGAACCAATTGGGATGGAATTACTCAAATG AAAATGATTCATAATGTCATAGTCGAAAGTGAAACTGATTGGTATCGACT AAACTACGATGCATCTGATATTGACTCGACCTTTTCTACCGTGTGGTATG GTGAAGTCATGAGAGGGATGAAATTTTCTACATTTGACGAGGATCACGAT ATAGCATCTACAAAGAATTGTGCCGCTAAACATGGTGGATGGTGGCATAA GGAATGTCATGGGGTAGCAATGAACGGTCCATACTGGGCCAACGAACATT ACCGCCCTTCTAACGATGCAAATGGTATTATATGGTGGAAATTCGATAAT AACGGAAATAAGGAATACGCAAATTTACAAAGCAGTTTGATCATGATTCG ACCCTCCTCTTTCTAACCATAAAGACTTTTTTCAGTGCACTAGCAGGAGT TGTATTGCCTGACGATTAGCGCTGTTACTTCCAAAATGAACTGGAATTGA CAAAGCGCGTGTATTTAAAGAAACCGGACATACAGCAGCATGGGTAGTAT TATGCTTAAAGAAAGGCTGGGCCAATGAATCACCTTTAATTTTAAAACAA AGGCTGTCATTTAAATAACAGCCTAATCGAAAAATTGAGAACAATTCGAA ACGATCTCGTTGAAAATTTTGACATTGACATTTTTTCTGATGTGTTTTTT ATTTTGAAAGTTGGACCATTTGCAAGCTCATGCTATCAAACACATTTAAC CATTGAGATTTGGATTTTTGCATCGTGAATGATTCAAAAAGTTTGCAATC TTCGTTAAATTGATTGAATGTATAATTATTTAGTAGATTAAAAATTTGTC CCTCATTTTCGTAAATATTGTATATTATCAAATATTTATTAACTATTATA TCTTATAACGACAAATCAGAAATTGGAAAATATAATGTGTCATGAAATGA AACAATCTAATCATGTGTCAATAGAAATTCTTGAAACAATATAAACAATT CAGTTAGATTTTGCAGTACGGGGCCGTCCACATAGTACGTACGCACTAAA ATGTCGAAAATCGAGTACCCCCTACCCCCCTGTACGCAAGCGTACGCAAA TGACTATACCTCGCTCTGGTAAGTACGTACTTTTTCATTCACCCCCCCCC CTCGGTTGAAGAAAATTTCGAATTCAAGCCGTTTGGTTCGGACCTTTATT TCATACATGAAACTCAATGTTTATCAAGAAACTTTTTCTTTTCCTTGATG CGTATAACAAGCGTAAAAGTTGACAAAAAAACAAAATGGCTATGAAAAAA TTTTCTCCGCGTACGTCCATTTTCCTTTGACACATCCTTAGTGCGTACGT ATTATGTGGACGGCCCCTACGCTGCATACAGTTTGTTTTCTAAGGGCCCG TTTACATGGTTTTTTGGTACGGTCTACGGTCTGAAGTCTCATATCGTTTA CATGCCGGATTGGTCTGAGATTTCAGTACGCCCTAACTTTCGGTTCGGTC AAAACCACCGAACCGAAATTTCAGTATGGTCCAGAAAATCTATGTAAATA CAAAGAAATTTCAGTTCGGGGTGTTCGTAGTTCTTTTTACAGGCTGATTA TTGACAGAACTCAAAATATATTTACTGGAACGGCATTTTCAAAAGTTTTT CGACCACGACTGAGATTTTTAAGTATGTGGTAAACATTCCATAGGCGGTT TTAGACCATGTCAAACTTATGAGAGGAAGATATTTGTAATTGTATTTTCA TTGTCTTTTAACGAGCGTTGCACTCCTTTGCATGTTTCCGACGTACAATC AAGGTCATAATATTTGAAAATAAAGGGAAATTCACCGGGAAGTTTTGCAA CCACAATCGATTTGTAAGTGGTCTAAAGTAGGTTCGAAGAGTAGAGTTTT AACTCTGAGTTTTAACGCTAAACTTTAAATCTTGAAAACCGGAATTCTCG ATATATTTCAACCATGATTGTACTTGCTCTATTGTCTTAAACCCGCCAGT GGACTCGGCCCACTAAAGTACGACGACCACCCCGAACCGAAACCGAAAAT TCAGTCCGTACACCGAAGCACCTAAACATGTAAACTCAGGTCGGTCTGGA TCTCAGACCGTACCGAAAATCCATGTTAATGGACCCTAATACAGTAACTA CCTTTTTTGTAGATCTTGTTTTTGATGGTATACGACTGGGACGGTTTTAG GGTGGTAAAACGGACAAAAAAGGGCCGCGCGGCAATTGGTGGCTACGGTC GAAAAGGTGTATATCTTTTGAGTCTCCCGGTACTTAATAGTAAATTTGTT TTCACAAACTTCTCTTCTTCTCTTAGATACAAAATAACCTCCCTGTCAAT CAGAATAATTCAATCTTTTCAAAAACTCCCGGCTTGTATAGAAAGATTGA GAAATTGAGAAATTAATTTTTGATTTTTATTCATTATTTTTAGGACAAAA TGAAATCCATCATGTTGACATGTTTGAAAGGTTGTATGGGGAAGTTAGAT GAAAAACCTTCAACTTTTGAATTACTTGGATTTGATTTCATGATTGATGA AAATATGAAGGTGAGATATACAGAAAATGGCGACCGTAGCATGGGTCATG CCAAAGATTCCCAAAATGGTACTTGATGCCTCTCTGCTTGATGCTCAGCA AATAAAGAGACGAAGAAATACAGGGAAAAGAGTGGCGCCCTCCCCTACCT TCGGGTAGACAGCTATACGAAAAGGGAGCCTTCGGGTTGTCCTCGACTGC GGTCTCAAACTTACTTACTATACGGAAAGTATTGTATATAATTTACAGAC CAGAGCAGAGCTAGAAAGATGTCTTAAGACATTTCAGACAATCGCAAATC TATGACATCTGTTACACTTGACACTCCTAGGTGACGAAAAGTATCATCCT TTTCCCTCCCTGCAAGTTTATTAGGTGACCAAATCATATTTCTAGCCTCG TCACATTTTTAGCGAAGTACACTATTTCTCTTCTTTCGCTAGAAAATTTT AACTTATGCAAGTCCTCATTCCCTCTCTCCACTTTTGGAATTGTGTATTC ATCCATGTGTAAATCCAGCCTTTTAGGTGTATCAGCCTCTACTTACTTAT TTGCGGAATTAAAAAATCAAGTGTTTTTAAGGTATATTTTTTGAGAAAAG TGGTGTGCACTAAAACCTTTGGGGTAGGTTGTAGACTTCAAAAAATTGAT CATGCGATTGCGCCCTACTAAAAATGCTACGAATCCTAAGAGTTTGCCCC CTACAATGGTAGATTATGCTTTCAAATAGAAACGTGTATATATTCTATAA ATTCACTTTGACCTTACTTTAAAGGTGTGGCTAATTGAAGTAAACATCAA TCCAGCGCTTCATACAAATTGTCACGTGCTAAAAGAAACTATTCCACCAG TTGTTCATCAGACTCTCGGTAAGTTCCATACTCCTTTTCTGGGTATTTAT AATCTCCAACTGGCTTATAGCATCTTATTTAACGATAAAATGGACAAGAA TAACAAGCCGGGGGGGGGGGGGTACTTAGGAAAAAATGGGCGCTGGGTAT GTGGGGAAAGCAAGGTAATGGTCGGTTTTCTCACCTTTCAAAGTCTCTCT AAGGGTCGGAAAAATCACGATTTATTGAAAATTCTTTTTTATTTAGAGTG AAAAAATTGTAAAAAAGTCTCTCTAAGGGTAGAGAATCTTTCCAAAATCG AAGAAAATGTTTCAAAAAGGTCTCTCTAAGGGTGACCTTTTCTTTTAAAT CAGTCTCTTTAAGGGTCGGTTTTCGGAGATCGCATCCGCACATACCCCTC AACTGTCAACCGTAGTACCCCTCCCCGGGAATAACAACCAATTTCACAAT TTCAATATCTTAAATTTCTAAAGTACTCTTTAGTTTTACCCAAAGATTAA AAAATTCATCAGCAAATTTAACGAAAAAATAACTTAGTGACGAATTTTTT TACAGGTGAATCTTTTTACCGATTATATCAGTACGGTATTAGACATATTT TGATCAATCATTTTCTATATTGTTAGATATCGAATTGGAGATATTCAACA AACGTAAGAAACGAACGAAACTTGGTCAACTAGACTGTGTAACTACAATG GAACCTCTTTACAACGGTTTCACTGGGGCT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000018_pilon:1608002..1616681-

>XLOC_014554 ID=XLOC_014554|Name=XLOC_014554|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1296bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000018_pilon:1608002..1616681- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GCTTTTTTATGCTTTTTTAGGTATATCAAGAAACCTTTGCTTATCAACGG
TTTCAAATTTGACATTCGAGTCTACATGTTAATTGCTTCGACTTGTCCGT
ATATTGCATTCTATCATAAAGGTTACGTCCGCTTATCTTGTGTACCGTAT
ACTGTTGATGATTTAGATATACACGCACATCTTACAAATCAGGCTTTTTT
ATGCTTTTTTAGGTATATCAAGAAACCTTTGCTTATCAACGGTTTCAAAT
TTGACATTCGAGTCTACATGTTAATTGCTTCGACTTGTCCGTATATTGCA
TTCTATCATAAAGGTTACGTCCGCTTATCTTGTGTACCGTATACTGTTGA
TGATTTAGATATACACGCACATCTTACAAATCAGTTTGTACAGAGAAAGC
ATCCTTCATATAAAGAGAAGAAAGAAGAATCTGTCATGGATTTCAACCAA
TTTAATGAGTATATCAATCATCATGTTGGTGAAGACAAATCCATATCACA
TGATTGGGTCTTTAATGAATTTACTTTTGTACAGAGAAAGCATCCTTCAT
ATAAAGAGAAGAAAGAAGAATCTGTCATGGATTTCAACCAATTTAATGAG
TATATCAATCATCATGTTGGTGAAGACAAATCCATATCACATGATTGGGT
CTTTAATGAATTTACTGACAAAATGAAATCCATCATGTTGACATGTTTGA
AAGGTTGTATGGGGAAGTTAGATGAAAAACCTTCAACTTTTGAATTACTT
GGATTTGATTTCATGATTGATGAAAATATGAAGGACAAAATGAAATCCAT
CATGTTGACATGTTTGAAAGGTTGTATGGGGAAGTTAGATGAAAAACCTT
CAACTTTTGAATTACTTGGATTTGATTTCATGATTGATGAAAATATGAAG
GTGTGGCTAATTGAAGTAAACATCAATCCAGCGCTTCATACAAATTGTCA
CGTGCTAAAAGAAACTATTCCACCAGTTGTTCATCAGACTCTCGGTGTGG
CTAATTGAAGTAAACATCAATCCAGCGCTTCATACAAATTGTCACGTGCT
AAAAGAAACTATTCCACCAGTTGTTCATCAGACTCTCGATATCGAATTGG
AGATATTCAACAAACGTAAGAAACGAACGAAACTTGGTCAACTAGACTGT
GTAACTACAATGGAACCTCTTTACAACGGTTTCACTGGGGCTATATCGAA
TTGGAGATATTCAACAAACGTAAGAAACGAACGAAACTTGGTCAACTAGA
CTGTGTAACTACAATGGAACCTCTTTACAACGGTTTCACTGGGGCT
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_014554XLOC_014554-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000018_pilongenomesc0000018_pilon:1608002..1616681 -
Properties
Property NameValue
Aaloc550-651:103
Aaloc454-546:807
Aaloc337-453:1688
Aaloc196-336:6248
Aaloc4-195:8681