XLOC_006014 (mRNA) -

Overview
NameXLOC_006014
Unique NameXLOC_006014
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000281_pilon:203659..212127-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>XLOC_006014 ID=XLOC_006014|Name=XLOC_006014|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8469bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:203659..212127- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTAGCGTAGTTTTGGCATACTATGGAATTTCTCTTGCATCCGATAATCT GGGTGGAAACATGTACCGCGATTTCGCTTTGACGACCATTGTCGAATTCC CAGCCAACATTTTATTAATGTACTTCTTGAATTTGTAAGTATCTGCTTTG TTCATTTTCAATACAGTACACTCTCATTTATTCGAACTTCTATTATTCGA ATTTGTATATTTAGAATTAATTTTCATGAGTCCCCGTAAAGAAAAAACTT TCGTAAAATCCTTTCTATAATTCGAATCTCTCCGTTATTCGAACAAATTA GATTCCCCATGCAAGTTCGAATTAGCGAGTATAGTCAATTGTATTTTCAA ACGATTCTCAAACTCGGTGCGTAACAAAGTGAAACAGATTTTTGTATAGT AAAATCGCCCCCGTTTGAAACACCTTGAAATTTCATGGCTAGTCGAAAAC TACACTGGACTTAACCAATTAATATTTAAAATATTGATTTCATCCTCACT TTTGACCCCAATGTCGAGAGAAAAATCAGTTCCTCGTAGAGGACAATTTT GGGGGAATTTATGAAAAAAGTGGGAAAACTTTGAGATCATTTTGGACATT CAGTCTCATTCAGGGTCACTTTTTTTGCAAATTTTGGCAAATTTAAAAAA GAGTCTCACGTCCATTTTTTAACCTCAGTGGAACACCCGCTTCGGTCAAC AAGAGTAGTGCCCCCCCCCATTGGGTGACGTCAATAGGTCACTGAAACAG GGGTGTAAAATTAATTTCCTTAGATCACGAGACTGAAATTCTACAAAAAC ACAAACGAATAAACTTGTGCAGGTTGTTACTATACTTTCAGATTCAGCAC GGTGTGCTTTTAAAAAGCGCTTAGTTTAATAGATATGAAATGCTTGTGTT TTTTATCATTTCACAGTTTAATAGATATGAAATGCTTGTGTTTTTTATCA TTTCACAGAATTGGCCGGCGCAACACGATTGGTGGAAGTATAATTGTGAG TGGAATCTCATGTCTAGCTGTTGCTTTTATACCAAAACAAGGAGGTAGGA ACATTACATTCAAAACACAGTTGTGAATACACGTTTTTTTATAAGAACAA ACTATATAAGAACATGAGTTTTCAATGGCGAAAATGCTAAGAACAAGCTA AGAACATTTTAAGGCTTTGCAGACCCTAAAACACCTATTTTCTTAGGAAA ATAGACAAAAAATAGACAATAAAAACGTGCATTAAACCCTTCCATTGCAT CCCACTGGCTGATATCTCACAGGGTTAATGAGACAGGGGTGTGCATAGCA CTACTTCGTCACATATCCTTACTTCGTCTCCTATTGTTATTTTCTTTTCT ACGTCATAATTTATGCTTAAAAATTAAACAGCTGAATATACATGGTTTCT ACTAGATTATTGTTAATCATTTAAATGACGTAATACATGCTATTATGCAA GCTAAGAAGTTGATTGACAGATATCTTTGAATGGGAAAATATGAAAAATT GATTGACAGATATATTTTTCTAGAATACATAAAATAATTACCGTTAGGTG TGAAAATGATGGGCGCAGAGGTAAATAAAAGACATATTTTGACATTGTAC ATTTTCTTAACTGACCAATCAAATCACTACTATACATGTAACATTTTGAA GAGTGAGTGCACGATGAACAATCGTGATTGAAATTCTAAAGAAATATCTC GAAGAAACCATAATACGCATGCACGGATGCTCTACACATGGTCACATGAC TTGAAAGTTAGATTTTGCAGATCAGTCAAAAAAATCTATCCTTACTTGGT CACGATGCATTGCGTAAGAGTTCTTTAAAAATTTCACAAAAATTTATATT CTCACTACACGGTCAAGTGATTTAAAAGTTAGATTTTACAGATTAGTCAA 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ATCTTTACTTGGTCACATGACTTGAAAGTAGGATTTTGCAGATTAGTCAA AAAAATTATCCTTACTTGGTCACATGACTTGAAAATTTAGATTTTGCAGA TCAGTCAAAAAGATTTATCCTTACTTGGTCACATGACTTGAAAGTTAGAT TTTGCAGATCAGTCAAAAACATTTATCCTTACTTGGTCACATGACTTTAA AATAAGATTTTTTAAAAAATTTATCCTTACTTGGTCACATGACTTGAAAG TTAGATTTTGCAGATAAGTCAAAAAAAATTTATCCTTACTTGGTCACATG ACTTGAAAGTAAGATTTTGCAGATTAGTCAAAAAAATTTATCTTTACTTG GTCACATTACTTGAAAGTTAGATTATGCCGATTAGTCAAAAAAATTTATC CTTACTTGGTCACATGACTTGAAAGTAAGATTTTTTAAAAAATTTATCCT TACTTGGTCACATGACTTGAAAGTAAGATTTTTTTTAAAATTTATCTTTA CTTGGTCACATGACTTGAAAGTTAGATTTTGTAGATTAGTCAAAAAAATT TATCCTTACTTGGTCACATGACTTGAAAGTAAGATTTTTTTTTAAATTTA TCCTTACTTGGTCACATGACTGGAAAGTTAGATTTCGCAGATTAGTCAAA AAAATTTATCTTTACTTGGTCACATGACTTGAAAGTAAGATTTTGCAGAT CAGACAAAAAATTTATCCTTAATTGGTCATGTTTACATCAAACACTACTT GGTCAAGTTTTTTCATTCACTAGAAATGTTAATAACTTGGACCAAAAATA CCAAACACTATACTTGGTCACGCCTTTTCACTCATAAGAAATGTTCATTA TTTGGATCATAAACCACGCCTTTTTACTCATAATTAGAAATCTTTATATT TCGGACCAAAAACATCAAACACTACTTCGTCATGCCTTTTTACTCATAAG 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TTTCATTTGTTTATTAACACCTTCACATGAAAGAACAATTTTTTTGTTTA ATTTTAACAGTTATAAAGGTGTTACAGAACAATACAATAAAAAAAAGCAA GTAGAAACCACCTCTAATCTCAAGATCAATCAGAAATAATTTATGCAATT ATTCATGCATATATTATGACGTAAAAGAGAAAATAACAATAGGAGACGAA GTAAGGATATGTGACGAAGTAGTGCTATGCACACAGGGGTGGCAAACGTT TTTGTATAAGACTCCATACAAAGAGCTTCGTGGACTATCATAATCTGTTG TGGTATAGGGTTGTTTTCTGAGAATTGGAAACCATTTAGATATAATTACC AATATTGGAAAATCGCAACAACAGATAAAGAAATTGAATTGGAAAACTTT TAAAACCTATAACACTAAAACTTTTGAAACAAATTTAACAAAAACATTTC AAAATTAAAAAAAGACCTAGTTAAAACATTCGCATGTTCAATTGGCTTGA AGTTGAACGATAATTCGAATCTATTAATTGAAGCTAAAATTTTCCTAAAG AACATTAACACCCTCACAGACCCACTGGGAAAATTGGCCAAAATATTGTT CCCGGTGGAAAATTACCCTCCAATATTTGACCCCACTGAAAATAATCAAA CAAACCGATCCTCACTGCGAAATACTATGCTATTTTTCCCACCCCGCCCC CTGAGTTTTCTGACTTGAAAACGAAAGAAATGAAATCCCCAGCCACAAAA AATATGGGAGTGCCAATCGCCATTGAGTTTCAGTCCGTTATTTTTATCCC CACTGGCTGAAAAATTCCACCGGGTCTGTGAGAAGGGGGTGTCATATACA ACTATAGACGCTGCGGAAAATGCTAGAAATTAATTTCAAATTTGTTTCAC TTTTAGTTTACAATTGGATCCGTGTAGCGATGGGAATGTTTGGCAAATTC TGGATCACTTTCGCTTTCAGTGGTGTGTACATTTGGTCCGCAGAACTCTA TCCAACGGTCATCAGGTATGTTACTTGTGAGTGTCTAGTACAAAACGTCG AAACAACCATTCAACGTCCATAACGTCCATATAACGTTATACGAACGTTG AAACAACGTTGTGTGCCAGCTGGGGAGTCTTGAAAGCAACTTTCTTTAAT TGTATTTGCACTTTATGGTCACAAAATTCTATCTGAACAAGTTTCGTAGG CTTCTGCTATAAAAAACTTTATGTAGGAAGTATATACCCTGAGTATCAGA GGTTGAGAATATTTCAACCTCTGACGACCAATAATAGAAACTTTATCGCG CATGTGTCAATCTAATCACTGTAGAAAAAAATCAAAGATGAAGAGCAAAT ATTACTATATTAATGTTTAGCAGACTGTATCAGTATGCAGTTTACTATTT ACGAATTCCCCAGAAACCTCCAAGTGTAATTGAAATGAGTTTCTTCAAAA GAAATCTTTTACATGATCCCCAAATGTATAACAGTAATTACTAAACTTTT AATTATTGAAATGTCACTTTAATTGAATCGAAATAATAGACAAACTTTAT GTTATGATTCTCTACACTGACTCTTTTTAAAAAGTATTGATAACATTTAT GAGTTGTGTTTTCAACGACGGGAATAAAAATATCAACTTTGAACTTCATC CAAGATCTTGGATGGTCGTCATGGTTACTTTTCTCTGCGCTGATTGCGCG CTGAATAGAATCTGGATTGGTCGGCACAGCGTCGATATATGATTTCGACC TGTGCTTTTCACGGTAGGGATTGTATCTATAGAGGTCTGCGATTCAGACT ATAAGTTTTGCGAGTTCAAACCGGGGATAAACATGAAAAAACGAGCTTCA CTGAAATACGTAAACTGCTTGTTAAAATAGATAGATCTTTCTCTTGTACT TGTACTTGTTGGTTTAGCTAAACCATCTGTTTGACAACTGTTGTCGGTTC GTCCAGTAGCGTAGACAAGAGGGGCGCCTGCTGTTGTCGGTTCGTCCAGT AGCGTAGACAAGAGGGGCGCCTGCTGTTGTCGGTTCGTCCAGTAGCGTAG ACAAGAGGGGCGCCTGCTGTTGTCGGTTCGTCCAGTAGCGTAGACAAGAG GGGCGCAAAATTTGTGTACGAGAGCAGCTTTTTATTACACGGTAATTATC TTTTTATATTATGAATAGATAATTACTGTGTCATAAAAATCTGCTCTCAC TACACAAATTTTGCGCCCCTCCTGTCTATGCTACTGGTCGTCTGAGATGA ACCATGTCCCTTGCGTTTCAGTGCCTCTTTGTAGAAATTGTTTTTCGTCA ACGCAGTAAATTTCGTCACTTTGTCTTCTAGTGTCTAATCTGATCTTATT TTTCCACTTTCCTAAGTTTTGTAATTTTTGATCAATTGTACACACCAATC CGCATACACTTGAGATGGTTTAAGAGGAATAAAAAATTTAAAGAAAATCG AACAAAACTTCCAAACATCATATCTCAGTATTCTGATTCCGAGCGTTATA TTTAGTACTCCTTATTCCTTCCGATGAGTCCTTCTTCCTATATCTGTTCG AGTTGTTAGGTATTTATATATATCTTCACACAGCACATTATAAAACACTT TTCTTGTAAGGAGAACCAATATTTTTAGAGATCAAGGAAATAATGCTAAA AAACAGAAAAGTTGTTATAATATTGTGCGCTAATGGCAATGTAGTGATTC AAAGACGGAAATTATTTTCATCCATAGAGCACAAGGACTTGGACTAATGA TGGTTGCCAGCCGCATCGGTGGTTCAGCAGCGCCCTGGGTGGCGCAATAT TTGAGCAAATATGGAGACTTTGTACCGTTTTTAGTAATGGGAACACTTTC ATTGGTCAGTGCTTTGTTATGCTTCAAATTGAAAGAAACAAATGGAAAAC CATTGGCTGATACTTTGGAAGAATTTTACGCAGTTAGTGAGTACGGCAAT CTATCTTTTTATGTATCTTCTCAATCATTTTGTTTTCCGACTGAGCTACT ATTACACGTTGTTTTATAAGAACAAACTAAATAAGAACATAAGGCTTCGA TCGTCAAAATCTTAAGAACAAGTTAAGAACATTTTAAGGCTTTGAGGACT CTAAAATACCTAATTTCTTAAGAAAATGGACAAAAAATGGAGAAATTAAG AACATGTTAAGAACATTTTTAGGCTTAAAACCAAAAAGTTAAGAACATCC GAAGGCTTCAAAAATTTTGGATGTTCTTATAAAAAAAAGTGTACTTTTCA CATGAATAATTATTTTCAGGGGGTACTAAATTATACTTGCTGATAGACGG GGGTTGTACCACCTAGGTTCAAATTTGGACCCTTTTCTGGAATTTAATTT AATTCTTTTGAATCTTGGCTGTACACTACCTGAGACTGGTTTTACAATTT TGTGTTTTCAACCATACCTTGGGCAACCTCGTTCCCTGCGTATTATCAGC TTTTGATGCTTACTGATAGCGCTAGATAATACGTCTCTGGCGTCAAATCA GTAGCGTAAATAAAACCTGGGATACACGGGGACGAGGCTGACCTTGGGAA GCTAAGAAAGTGACGCTTTATCCAGCGGAGCACCCGATTCCACTCTTGCT CTTTCTCAATTTTAATATTTTTTTACCAGATATCAAAGATTGTAAAGGAA AGTCAGCCATCGAGAAGGTTTCAACAAAAAGACTCAACAAAAACGCCGAA TCTGCTATCTGATGTGAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000281_pilon:203659..212127-

>XLOC_006014 ID=XLOC_006014|Name=XLOC_006014|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1248bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000281_pilon:203659..212127- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTTAGCGTAGTTTTGGCATACTATGGAATTTCTCTTGCATCCGATAATCT
GGGTGGAAACATGTACCGCGATTTCGCTTTGACGACCATTGTCGAATTCC
CAGCCAACATTTTATTAATGTACTTCTTGAATTTTTTAGCGTAGTTTTGG
CATACTATGGAATTTCTCTTGCATCCGATAATCTGGGTGGAAACATGTAC
CGCGATTTCGCTTTGACGACCATTGTCGAATTCCCAGCCAACATTTTATT
AATGTACTTCTTGAATTTAATTGGCCGGCGCAACACGATTGGTGGAAGTA
TAATTGTGAGTGGAATCTCATGTCTAGCTGTTGCTTTTATACCAAAACAA
GGAGAATTGGCCGGCGCAACACGATTGGTGGAAGTATAATTGTGAGTGGA
ATCTCATGTCTAGCTGTTGCTTTTATACCAAAACAAGGAGTTTACAATTG
GATCCGTGTAGCGATGGGAATGTTTGGCAAATTCTGGATCACTTTCGCTT
TCAGTGGTGTGTACATTTGGTCCGCAGAACTCTATCCAACGGTCATCAGT
TTACAATTGGATCCGTGTAGCGATGGGAATGTTTGGCAAATTCTGGATCA
CTTTCGCTTTCAGTGGTGTGTACATTTGGTCCGCAGAACTCTATCCAACG
GTCATCAGAGCACAAGGACTTGGACTAATGATGGTTGCCAGCCGCATCGG
TGGTTCAGCAGCGCCCTGGGTGGCGCAATATTTGAGCAAATATGGAGACT
TTGTACCGTTTTTAGTAATGGGAACACTTTCATTGGTCAGTGCTTTGTTA
TGCTTCAAATTGAAAGAAACAAATGGAAAACCATTGGCTGATACTTTGGA
AGAATTTTACGCAAGCACAAGGACTTGGACTAATGATGGTTGCCAGCCGC
ATCGGTGGTTCAGCAGCGCCCTGGGTGGCGCAATATTTGAGCAAATATGG
AGACTTTGTACCGTTTTTAGTAATGGGAACACTTTCATTGGTCAGTGCTT
TGTTATGCTTCAAATTGAAAGAAACAAATGGAAAACCATTGGCTGATACT
TTGGAAGAATTTTACGCAATATCAAAGATTGTAAAGGAAAGTCAGCCATC
GAGAAGGTTTCAACAAAAAGACTCAACAAAAACGCCGAATCTGCTATCTG
ATGTGAAAATATCAAAGATTGTAAAGGAAAGTCAGCCATCGAGAAGGTTT
CAACAAAAAGACTCAACAAAAACGCCGAATCTGCTATCTGATGTGAAA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_006014XLOC_006014-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000281_pilongenomesc0000281_pilon:203659..212127 -
Properties
Property NameValue
Aaloc571-612:43
Aaloc535-570:91
Aaloc331-534:992
Aaloc223-327:2812
Aaloc136-219:7511
Aaloc1-132:8470