MSTRG.16641.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.16641.1.p1
Unique NameMSTRG.16641.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000159_pilon:324104..336823-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.16641.1.p1 ID=MSTRG.16641.1.p1|Name=MSTRG.16641.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12720bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000159_pilon:324104..336823- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TGATTCTGGAATTTCATTTCCACAAAACTAGAAGGCCATATAAATGTTAT AGCTTCACAGAAATAGTTCTAGCGTCATAGAAGAGTTAGTCTTATATCGT CATTTTACATAACGTTTCGCTTCCCGCACTACGATCCGACTTTTATTTCC GGAAATTTTTCGCTATTTTCCCCGGGGAGCCGGAATGAGCATTTTTCAAC TATCAACAACCCGGAGCCCTCGTCTTTTACAGCTAGAAAAAGTGGGATCT TAGAACGGGAATGGAATCATATGCGAAACGACGGTAGTACTAAGCATCTA AAACGAGAGGATTTACTTCGCAAAAATAGGGGAATTTCTTTCTGCAGTGA CTGCAAATCATTCGGGTTATTGGTTGTTGAGTTGTAGAAGCCTTTTGATG GATTATCATACTGCCAACAGGGCCCACGCCTTGAATTTGAAAGTGGGGGG GGGGGTGAATAGTCTTAGGTGCAACTATGGATTTCTACTTTGCATAAAAG GTGAAGGGGAGATCGCCCCATGGCCCCCGGTGGAGTAGGCCCTGCAAATT CAAGTCTTTTATTTTAATTTTTGAGTGGTATCGGAATAAGGAATATCCAT ACCTGCGGAAACAAAGAAAAAAGGATCAAGTAGATATTTAGAAAAACAGA GGATCATGGATAAATTAATGTATACATTATCACATCAGGAATGTAAAAAG AGCTAACACTATGACTTAGTATTGCTATAACAGCTTGAGAATTTAAAGCT GACCTTGATGGTGCACAGTGTTTTGAAAAATGATGTTATTGCAAAGATTA TTCTCAGCATCCCTGAGAATCTGGTATTCCTATTAAAATCATTTAAAGTC AATTATAAGAACAATTTTATTCTCGAAGATCAGGATCCACCTTAGATCAG GTTTCTGATAAAGGTAAATTTTCAAGACTAGAGAGTCAGATATCTCATTT 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TTGCTGAAGTGAATTTCTGACTAAATTACAGTATTTAATATTCAGTTTCA AAGACAAGAAACAAAATTTGACATACAAAACACTTTTTCCAGTCAATGAA TCAGCTCATCATCATAACCAGTCTGCCATTTTGTTTGTTTTGATTTACAC AAGTAATATTGTAATTCGTGTTATGATGTAATCACTATACTTTTTCTATA ATTTGCATTTATAACACTCGCTTCAGCTTTTCAATGCTAAATCAAAACTA ATAAAATATAATACGCAATACGTAATAATGGTAATAGCATATAACGTAAT ATGAAAATATGAATACTACGGAAGAGACTAACTACGGGGATGCTTGCGCG ACAACAAACAACAAAATTTCGAGATTCCAGTCCAATATCTATGCGTGAAG CTATGAGTGCCTCCTCGTCGCTACGCTCCTGCGGGGGCAATTAAGAATAA ATTAATAGCCAGTATATATACTTCAGACAAAAACCTTAAAGGGAAAATAG GTCTTTTCCGAGAAATTTAAACGTGGGAGGAGGAAAATTCATGCTACAGG CAGTGACAAGATTTTTATCAGTTTCGTTGAGTGGGTCAAGTATTTAATCG TAAAGAAAGCAAACAAATGGATCAAATTTTCTCCTTACCATTAGCATTTA GATTACACGTTTATTTTATAAGAAAAACTATATAAGAACATCTTCGATGG CTTCGATGGCAAAAATGTTAAGAACATGTTAAGAACATTTTAAGAACATT TTAAGGCTTCAGAGACTCTAAAGCACCCGATTTCTTAAGAATATGGACAA AAATATAAAATAAAATAAAAACAAAAATAAGAAAATAAGAACATGTTAAG AACATTTTTAGGCTTAAAACTCAAAAAGTTAAGAACATCCGAAGGCTTCA AAAATTTTGGATGTTCTTATAAAAAAACGTGTGCATCATAGTAGTAATCC 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TCAGTTCATAATTGGATTTTCATCGTTTTAATCAAAATTGAAAGTTAATT GTTTAGTGAATTGCACAGAAACTGTGATGTAATGAAAAGAAAAATTTACC TCGTTACCCTTAAATATTGGATTAACCCTTTTTTCTACCTTTATGGCATT TATCAATTACTATGTACACATGATTTTGTCTTTCATCGAAGTCATTTTCA TTGGATTCAATTACTATATATACATGATTTTGTCTGTCATTTCATTGGAT TAAAAGTACTAGAGTAAATATGGAAGTTGTACGAGCTTTTTTCGGGCTTT TTTATAAGAGTAAACAGTAAACTTTTGATCCGGGGGGGGGGGACACTCAT ATGGTTCGACCCACGGCATGTGCCGCCCTTAAGGGTAAGTTTTTCGAGAC CTTAAAAATACACTGCAAGGGTGTACCTTTGATAAAGTGCACTACAAGGG TCTTCTTTTAGCTTTATACACTGTAAGGGTGTGTCTGGGGACTGCTGAAT TGCAAATCAGACAGTAAAAATCTGATGTATCCTTGGCTATTTTTGACTCG CACCCATTTTGATTTGTTTTGAAAATTGTGTTTGCCACATTTTAGGTGAC TTCGGAAGAATAAGATATGAAATCAAACTACACTGTAAGGGTCAGAAATG TTCGTTAAGATGCACTGTAAGGGTGCCTTTTCACTGCCCATGGGCTGCAT AAGGGTGCATCGTTTAGAAATCGAGTTCCCCCCCCCCCCCCCCCGGGATG TGACTCCACTGGTTTTAATTTTTGGCACTTTATGTCAGTTTTTATTTTTA GGCCAAAATTGAGGTTTTTTAGGTTTAAAACCCTATTTTTACTTTACTAC TAATTTTTCATAAACTTTTCTCTTTTTTTGGGCAGTTTTGAGCCTCTTTA TATCGTTCTTATAGAAAATGAGTGTATAGATAAAGCTACCGTAGTTTCTA TAAATCAGCAACTCAATATCATATCTTTCGATCAGGTTTAATTAACCTGA GATTAGATTGTGATCGTTTTCTGCCCATCACGCTGAAGCTCTAAAGGGAT GGGTGAAAACATAACAATCTGACTAATATGCAATCTCAAAATCGTAAGGA CTGCGCTCGTCTAAAAGGACTGTCAATGACAACTAAGTGGCGTGATTGTG TTTGAAAATAGGGCACCATCTCAGGAAAATTTGTTTTTTTGCCTTTCCGG CGCATCGCAAAATTCTTGTTGTAGTCGCAAAAATCTTGTTGTAGAATTTT CCGCTGAAGGACTATTTTCCTCAAATGGTTAATTTTCAAACGCCTTCAGA GGTTTACCGTGCGCGTGAAGAAAATTATGACCAGCTGTTATCAGGTTAAG TTTAATTAGATGTCGAATTTTTGTCACTTAGATGATAGGGTATAATTTCG ATTGTTCTAAAAACGGGATCGATAAAACATTATTTGAGCAATGATAATGC GTTTTAAAAAGCTTGTTTGCTTTTAAAGATCTGCTTTTACATGAGACATA TACTACAATTGGGTCTTTTTAACTTGAAAGGGAAACGCAAATTCATTCGA TATATAGAAGTTTGATTTTGAGCTGTTTGTTTCACTTACTGTAAGGGCTT GCTTACTCAAGGGACTCAACTTGTTCGAGGCATTGGGTTGAAGAGGCATC TGAGTTATGGAGACTCCACTCTAACAGGTTTGAAGCAAAAGAGGATTTTT TAACCACTCAGCCTGCGCTATGTGATGACCGATATACATACAAGACAACC TAATGGCTCGATTAAAGTCAATATTTAATTATAAAAGATTACAATTATGT TTGTCATGTAATGTACAAAATATACATGATGATTTGACATTTTCGTTCAT TTTCGTTAAGTAAGTTGATTTGAATCTTAGATTGTTGAGGAAAATAGGTT TGTGTTGTTGTGTAGGCGTGGTGTGTAAAGATGGTTAGGACACGGACATT TAAAAAGACAAGAATTCAGGGTGAGGTTCACAGATTTCTTTAAAGCCCGA AGGGTTCAATGCTTTAAGCTTTTCCAAAAAATCGAATATCACAAAAAATA TTGTTTTCGAAGAGCTGTGTAGCTTCTGATTGGTCAAGCGCTGAGATTCT GTTAAAATGTCACTGGCCTAGGTAGGATTTCCTACCAAAATACGGTACAC TTTTCAACCAAAGCACGCCATTTAGCCTCGGACTTTAGAATTCTATGGCG AGGTTTGGTTGACGGATGAATTTGAGACTTCATTTTTAAAGAGTTGCACA TTCAAGAAGAAGAATCTATTTTTTCACCCAATGAGAGCTTAATTTTCTCC TTACTGTTTCACAACTGAAACTATTCGATATGAGAAGACGTATAAATTAG ACTTTCTTTAGACGTAATTCAAAGTGCCAGTAAGTGTTTCAGGTAATTTT CAGAACAGTCAATTAGAAGATCAATTCTTGATATGTCAAGATGACGTCAT ATTTTAACGGAAGCACTCGAAAAAAGCCGGATTTTGACCTCCGTGTTTCT ATTTTTAGTAACAGAGAGGGGTCAAATCCCGGATTTTTTAGGGTGTTTCC GCTAGAAAAATGACTTACGCATATCAAGAATTACGATTTCGCAAACAAAA TTGGCAGTATTTATACTTAATTGATTCCCTAAGCGTTTTGATTTCGCAAA GCAGGTTATTCTTCGTAATTAAAAGAAGTAAAAAAGTTGGTTCTATTTTT TTACCTGTTGGGAACCCAAGAAAGCTGAATAACACCGGAAGAATTTTTCT TTTTATCTGAGGAGTGGAATCACGAAGGATAATTTTTTCTTTCCAGATAA GTAGGTATTGACATTATAGTGCTGCTATTTGCTATGAAATCACAGTTTAT CAATAAACGTATTTGCACGAGATAGAATGTAACATGATGTTTGCGGCTAA CGTATAGCTGTTGTTTCTAATTTCTAATTGATAAATAGGTAAAGCTACTT ATAGCTTCCCTGCGGTAATATTGGTATTACTACACAACAACAGGTAATTA CAAGATTAACATCATACAATAGTGAATTTAAAGGTGATGATTACTGTCGG AAGTAATTGACACGTTTTGACACTGTCATTTGACCCTTTTTGGTAAGGTT TAGGCGGACCGTTACTGTATGGTACGTTAATAAAAGCCTAGCCTCTTTTA GACTTACTCTAAGTGTAATTACCAAGATGAGATTGAAAACGTTAACCTTA TCTGATATTCCGATGGCGGATTGGCGCAGCCGCCTACGCTAAAGCTCTGA AGGAACGGGCCAATTTCCCATCGGAGAGGAATGATAGTCGACCTTTGGTG TGCCGCATCCCAGTCGGGTTCAGCTACCATTTAGCGTAAGGCTAATAATA TTTCGGTTGGACCCGCCCATCTGCGAAAACGAGAGCTAGTTTACCAGACC TCCCGCTGCAAAATCCTTGACGTGGTCTTACATAATTCCGCAATCTAAAG CTTTCAGATGCTGAAAATTTTTACGACCTTCATAGCTTTAGCGTGTTGCA AGAAAATTTCTGCACCTGAGTGCCAGATAAACGTTAACCTGATTTTCACT GTCTTAGACGACTTAGTAGAGGTCATGCTTTTTTTTTTATAAGAATGGTA TATTTCATTTCATCGTGCATATTCTTATCTTTTGGGGGAAAATTGTCCCA AAATATTCTTACGGTATTCTTGTTAGATTATGGTCGACATTGAACCTAAA TGTAACATTGATACATACCTGAAGTATAAAATGGCTTTTTTATGAAAGCA TTGAGCCTTACTTGGGGATAATTGACAATTTACAGTCAAAAATGCTCTAA AAATAGCATTCTTAGGTTCTGTTGCCAAATTCCAATTTTTTGGTAAATTT TACCATGAATATTCTTATAAAGTATATTCTTATAAAAAAGGGTGTATTAG TTTGAATTTTATATAATTGCAACATTTAAGGAACTAAAATTTTAGAATTA GCGTGGTGATTGCTTTTCTTTTGTTTATGTTTGATTTTGCATACTGGTAC TTGATAAAAGTTTTTTTAAAGCTTTCTATAATCGATTTTCCTCAATTCTT AGTGCCTTTCGAATTATGAGCGGAAATCTGGTTATACTTGTCAGACTTTC CTTGCGATAATTGTCTACTTTGAAAGGATAAGTAAATATTGTTGAAGACA TTTTTATTTTGATACGAGGAAACAATACTGCTGATAGAAAGTTGTTTTTT TCTTTTGGTTGGTTTCGTCCTGGCTTTACTAAAGATAAACCAATCATTTT GTTCTTGAGTTGACGGGTAGTTGTGTTTATCTGTCTCTTGGGTGGGTTGG GATAGTTTTGGGAGCCAGTTTCTCGTTTCACAATGATTTTCGTTCCAAAC GTTTTTAGGGGTTTTAAGCCATATTGAAGGGAGGAACTTAAAAATCATAT TTCTTATTTTATTTTTTTAGTGAATAGATAGGAATAATAAGCACACACCA TGCTGGATGGATGTTTCTGATTGGTCAGAATGAGACTTCAAAACAATCCT TCACTTTATCCAATCATTTTTCTTCTTCTCTCTACACCACCTGATGTTTC TTCCAAAAAATGTAAGTCGAAATCATTAACACAGCCTTGTCTCAGTGACT TGGTGAGGGTGGTGCTCACACGTTCTTTTATAAGAACATCCAATATTTTT GAAGCCTTGGTTGTTCTTAACATTTTTTAGTTTTAAGCCTAAAAATGCTC TTAACATGTTTTTATTTTCGCCATTTTTTGAATAATTTTTTTATCGGTAT TTTAGAGTCCGCAAAGCCTTAAAATGTTTTTAACTTGTTCTTACATAATT GACCATCTAAGCCTTGCGTTCTTATATAGTTTGTTCTTATAAAGAAAAAA CGTGTAATAGAGGGGGCAATGTCAGTACTCTTTTGCTTTTATAACAAGTG AGATGAAACGAAGGAACTAAATGCTGTGACGGAACTAGAAAATCTCTTAC TTTTAGTGGTTTGGGTTTTATATTTCATTGTTTACGGATCAGAAATCAAG TGGAAATTCTGAAACTTTCCTTATCTTCAAAGTGAGGAGCTCGGTGTTAG TTTCGAAGAGAAATAAAATGTGTTGCATTTAGAATGTCGATGTTCGGCCA ATTAAAGCTTATACGTTTATGCTTGTAAAACGTGTGTCGGACAAAGTCCC CTTCTCTACGAAACCTCTGGAAACCTTTCTTTCTTAATGTCTTTCGTTAA TAATATATTTTATTCTATTTTTCAGTTCCCAAACTGGATTTATCAGCACT GTGTTCAGACAAGATGAAGAATAAGATCGTCAACCAGAGGAAACTTTGTC TATTTTACGAAAAAACAACATCAAAGACAATCATGGAAACTCCAAAGACA TCACAAATCAGATCAACAGAGATTCTACCGACCATCAAAACCGTTAAACC TGAAATTTCAACCAAAAAATACATTATAACTGAAAAACCATTAATAAATA CACGGCAAAGCACTAAAATGGCAACAAATTCTAACGAAGAGACTTTCACA TTGCCTACACCAGTGGAAAATTCTATATATAAAACTCCAACACCAAAAAC TTCTAAAATAAGCACTTCAACAAAAAGTGCTGATAGTTTAAAAGCAAAAA ATAGACTATCTACTCGAAGCACTTCAAGCTCAACGGCAAAACTGAGAACT AAACCGCAAGAAAAGCCTACCAGGACTACTCCTGATGATGGGCTATTGAA TAATGAAGTCGAGCAGACTTCAAATGCAAATATCAAGCGATCCGCATCGT ACAACTCAAGCGGGACAACGCTGAGATTCTCGGTAGCACAGCTCACAAGT TATGTTTTCTTACTGATATTTTGTTTGACCTTATTTATGTAAATATTATG TTTCCTATTGTGCTGTTGTTGTATATTTTTGATGTTTTGTTATCTGAAGA AGAATCACATGTTTTATATGTAAAGTAAAGACACCAAAGTAAAATTTATT ATCGCTGCAAATTTTGCTTCAACTTTTCAGCGCTTTCGTATTTAACGATG TAATTTTTTCCACTGCTCTAATACTTACACGTTTTTTTATAAAAATATCC AATATTTTTGAAGCTTTAGA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000159_pilon:324104..336823-

>MSTRG.16641.1.p1 ID=MSTRG.16641.1.p1|Name=MSTRG.16641.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1398bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000159_pilon:324104..336823- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TTCCCAAACTGGATTTATCAGCACTGTGTTCAGACAAGATGAAGAATAAG
ATCGTCAACCAGAGGAAACTTTGTCTATTTTACGAAAAAACAACATCAAA
GACAATCATGGAAACTCCAAAGACATCACAAATCAGATCAACAGAGATTC
TACCGACCATCAAAACCGTTAAACCTGAAATTTCAACCAAAAAATACATT
ATAACTGAAAAACCATTAATAAATACACGGCAAAGCACTAAAATGGCAAC
AAATTCTAACGAAGAGACTTTCACATTGCCTACACCAGTGGAAAATTCTA
TATATAAAACTCCAACACCAAAAACTTCTAAAATAAGCACTTCAACAAAA
AGTGCTGATAGTTTAAAAGCAAAAAATAGACTATCTACTCGAAGCACTTC
AAGCTCAACGGCAAAACTGAGAACTAAACCGCAAGAAAAGCCTACCAGGA
CTACTCCTGATGATGGGCTATTGAATAATGAAGTCGAGCAGACTTCAAAT
GCAAATATCAAGCGATCCGCATCGTACAACTCAAGCGGGACAACGCTGAG
ATTCTCGGTAGCACAGCTCACAAGTTATGTTTTCTTACTGATATTTTGTT
TGACCTTATTTATGTAAATGAGACTTCAAAACAATCCTTCACTTTATCCA
ATCATTTTTCTTCTTCTCTCTACACCACCTGATGTTTCTTCCAAAAAATT
TCCCAAACTGGATTTATCAGCACTGTGTTCAGACAAGATGAAGAATAAGA
TCGTCAACCAGAGGAAACTTTGTCTATTTTACGAAAAAACAACATCAAAG
ACAATCATGGAAACTCCAAAGACATCACAAATCAGATCAACAGAGATTCT
ACCGACCATCAAAACCGTTAAACCTGAAATTTCAACCAAAAAATACATTA
TAACTGAAAAACCATTAATAAATACACGGCAAAGCACTAAAATGGCAACA
AATTCTAACGAAGAGACTTTCACATTGCCTACACCAGTGGAAAATTCTAT
ATATAAAACTCCAACACCAAAAACTTCTAAAATAAGCACTTCAACAAAAA
GTGCTGATAGTTTAAAAGCAAAAAATAGACTATCTACTCGAAGCACTTCA
AGCTCAACGGCAAAACTGAGAACTAAACCGCAAGAAAAGCCTACCAGGAC
TACTCCTGATGATGGGCTATTGAATAATGAAGTCGAGCAGACTTCAAATG
CAAATATCAAGCGATCCGCATCGTACAACTCAAGCGGGACAACGCTGAGA
TTCTCGGTAGCACAGCTCACAAGTTATGTTTTCTTACTGATATTTTGTTT
GACCTTATTTATGTAAATGAGACTTCAAAACAATCCTTCACTTTATCCAA
TCATTTTTCTTCTTCTCTCTACACCACCTGATGTTTCTTCCAAAAAAT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16641MSTRG.16641Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16641.1.p1MSTRG.16641.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.16641.1.p1.exon3MSTRG.16641.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16641.1.p1.exon2MSTRG.16641.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.16641.1.p1.exon1MSTRG.16641.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000159_pilongenomesc0000159_pilon:324104..336823 -