MSTRG.15412.2.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.15412.2.p1
Unique Name	MSTRG.15412.2.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000136_pilon:59704..96175+
coding sequence from alignment at sc0000136_pilon:59704..96175+

mRNA from alignment at sc0000136_pilon:59704..96175+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.15412.2.p1 ID=MSTRG.15412.2.p1|Name=MSTRG.15412.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=36472bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000136_pilon:59704..96175+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAGTATTAGACAACCCACGGCTACCTTGgcgaaagtgaaatcgaaaTCAT
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CTgtataccgtaacttggtctaatgtcgacacccctcctctaattccgac
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GTAGTTGCGGTAAAAATAGATAGACTATGGAGCTTTTAGATATCATTTGC
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AACCATTCAGCGTTAGTTTAAACTAGGTTTGGTATAGACTAAGCTTAAAT
GGCCCTTTTTAGGACAATCTTTTTGTCTGGACaacaaattagccatattt
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ggcaagttattacaaaaaccttattttaagccatttttggcATGGTGCAT
GATTTGTACCATTTAAATGACAGTGTCCATTTACACAATTCATGTCttgt
ttttgcctctaggtatataataaaacataataTGCAATAGGTTTTAGTTG
GTTATTGGATTcattaaccctcggtgatgtataATCAATATGAATATTAC
ATagcctcgggttaataaatctcaataaccaacttttatcTATTGAATAT
CGGCTTATTAAAATTACTGGCTAAAATACTTTTATTCGTATAAATAAATG
GGATATTGGTTCAAAAAATGTTAGATAGTGCCAGTTCAGGAATCAAAATA
ATAtgctgatatattttttttattatcataGGGGTGAAACATATAAAAGC
AAAACCTCCCTGAtgtatagactggagtcgtttataatgcgtgtaatact
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AACCACACacagtttctttttcaagaactttttttgagcgcagttgagcg
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CGTCTAACTTGCTTGACTACCTGACGTATCATTTCAATCGtctagaaaag
tttttttgaatgtCACTTTTACATAATTATTTAATCTTTTTAGATCCACA
ACCAGTATCTACAAAATTTATCAAAGAATgtatttcaaaaagtgaaatat
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TCTGTTTTAGCAAAGTGCATATCCCCATACGTTCTATTTTCCTAGCTTTA
ACTTGGTCTGTTAAGGCCGGTATCCACTTTCGcacgaaatgggcgacagt
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ACAGCACAGATTAACTTTGAACGGCAGAACAATGAAGTtttgttattttc
catttttagtgTTTAGGGCAAGCGTCCGATAATTCAACCCGATATATTCT
CCTCAAAGCACTTTCTGCACTATCAGACTCGAGTAAGTGTAAATGACTTG
CATAACTATCTCCCAGTAAGATTTCcacaacaaaaaattgaaaaagactC
AATGTTGACTTTTCAAccaattcaaacagaaaattgtgatgatttaaata
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TTATAGATAGCTTTAtcccttaaagggacataaaagtagtaaaatgtaaa
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TTATTCActaatttcgtcagtacttttatgccCCTTTAAGATGTCATTAT
GTTTTTATCTCACTAGAATTGACATGTGATGGTATGCTACTTGTTGGAGG
TGCATCTAATATTTGTTTGCACTTGAGCCAGGATGTCAATGATTATAAGT
TCGTAATTTTCTTGTATATTTATTTTACCCCGTCTCGATCTGCTCTATTT
TCCTTAACATTTTTGGTGGGTTTTTTAGTACAGAGTGTAATTGCAATGTT
TAAATGTTGaagcttaaaggttttatttttacttaagtgttcccgtttca
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tgctgatataaactaaaaaatgttattcttttcctctttctgaccaatct
tgctccacatacgtgtcaatccaatgtgaaaaaggttATGAATTaagatt
gatgagtaagcaaacgatatcactctattcaaaaacaaaaacttcgAAAT
ATTCGAAATTTGCTTTATCATTCTTATTATTCGATTCAATTGTTTTACTC
TTACAGGTTGCTTTTCCTTGGTGTTGAAACTTTATGGAATATTCTGGAAT
ATGGTTCAGTTGAACAGGTACTGTGCAAACAATTTTATTATATAAAtacc
agtgccgtagcaactgagGGGCGatggggggctatgccccccccatataa
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CCAGCTTACTACGTCGCAATGTTACAATTATAATCTCTTTTGCATATCat
attttgattatattttgataGACTTTTTCGGTGTTCTTTTGAAGTTCTCC
TTAGTAATCTTTTTTCACTCACAGGATaacatttccttttttttgctttt
agatCCAAAATCAGCTATCCAATCTTGAATGTTTGCTGTAAGTTTTGATT
GATCTTCTCATTAACTATAGTTGTGCCGTTTTTCATGGAATTTTGTGGTA
TTGTCACACTTGAGAATAATACAATCAataaggtcataatatttgagaaa
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acttaagacttgggaagttaggatctgaggatccaaaagttcagaAATAG
TCCAAAAAGGCTCAGAACATAGCCtagaagtctgccaacccctcccaaat
ttaaatattcgattaaattaaagagatagcccaaaatcgactttctcgcc
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AATGGAAATCAAAACTATATACacgcgttttttttataagaatatattct
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ggatTAGTTTTAATCAGTCAATAAGaataaaactgtcatttttcaaaaaa
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TAGATACATTCTTTTGTGCATGTATACGTATATTAGAATTACTCACATAT
AAGCTGTCTAGAAAGgaaatttttctctgaaatgataagaatacgttaag
aatatttcaccctcaatttcttaagaatacttgaccctcagtcTTTTCTT
TTTACAGAGCTTTAAAACATACATTTCTGACACACATTTGGCAATGTCAC
AGTCACGCAGATCGCCAATTACGTAACGATATATTCGTTATCATTACTCT
GGTCATATCAAAATGTCCTGACGCACCTCTTCTGGAAAGTGGGCTTGTTC
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TCTATGCAGTTGCTTAaattctcaaagcatccagaaGATTTTGagttaaa
gaaattatttttcaatgctATCAATATTCTCTGTGTGCATCCAGAAGCGA
AGACAATGGTAAAAGCATTAAAGAGAAGTCAAGTGATGCTTGCTTTGTAT
TCCTATGTTATTCCTATTAAAGAACCCATGCCAAAGGTAGATTTATATTT
ATCAGAACCTAACTATCAGGCTTCTAGAAAGAGTTTACTTTATATAGACC
GATtccgtgtgacgtcattttcaccaactatcagctattttttattagaa
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TGAAGATAGCGCCTAACTGGATTTTGCTGAATCGGTCTATCACTCATCTT
CACAAACTTATAAGTGAATTAATATTTATGCGCCGATCTTTTTTAACACA
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TCCATTGCATTAGAAGATCATGTTGAATTGCAAGGAAATGCTCGTGTTTT
GGCCATGCTTGATTGGTGTGTTAACGCAGGTTAGTGTATTTACGTACGgg
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000136_pilon:59704..96175+

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ATGGCGGCGGCCTTGACTGTTCAATCTTCTGGATTTTTTCCAGACTATTC
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CATTGAAACACTTGGGTATATGGCGTGGTGATGAGAACAAGACGATCGGT
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ATTCTCCAAAATTGGATTTCAGAATGTAGAAGGATTACAAGCAAAAGACT
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GACTTGGAGGTTCTGGAAGAGCTGGATTTCTATAGCAAGATCAAAGAAAG
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CATATTCAACAATCACGTACGTTCCATGGAAGTGATAAAGATCTGGAAGA
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CAAAACTGCAGACTACGGTGTTTTGCGGTCGAAATGTTATTGTTCAAAGC
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TATATTCGTTATCATTACTCTGGTCATATCAAAATGTCCTGACGCACCTC
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GAAGTACCCACTCGTGATCAATCTATGCAGTTGCTTAaattctcaaagca
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TGTAACACTGGTGATGAAGAGATCCTACAGGATTTGACTGATCAAGGGAT
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TACATTGTGGTATCTATCATTGAACACTACTTGGACTTCAAGACGTTAGA
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TGTCGACAGACAAAGAATGCATAAGTACCATCATTCATATTCTTCAACAC
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ACAGTCACGCAGATCGCCAATTACGTAACGATATATTCGTTATCATTACT
CTGGTCATATCAAAATGTCCTGACGCACCTCTTCTGGAAAGTGGGCTTGT
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AATCTATGCAGTTGCTTAaattctcaaagcatccagaaGATTTTGagtta
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GttatttgaatgaaatttgtttGTTGGAAAAAGAGGGTGCTTTTTTGTTA
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TATGGCGTGGTGATGAGAACAAGACGATCGGTAAACTGTTGGTTGATTTG
TGGACTGGTGAAGAGAAACGATTGAATGTACAAAGAGATGACAAGGGTGT
CGTCACAGATTTTGTTAACCCATTAAAGACGAACTTTCAGTCCCTTCACG
AATACATCATTGTACCAATGCATTTTGCAAGTCCAGCTATCGTCGACATC
CCTGACAATCTACGGGCTAAGATATATAGCCTATTCTCCAAAATTGGATT
TCAGAATGTAGAAGGATTACAAGCAAAAGACTACATTGTGGTATCTATCA
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CATAAGTACCATCATTCATATTCTTCAACACAAAGCCAAAGAGGTTGCCA
GGAAACAGaCAGCTCTCATTGATCACCATGGAGACTTGGAGGTTCTGGAA
GAGCTGGATTTCTATAGCAAGATCAAAGAAAGTTataaacaagaagaaaa
acgaTACCAAGATTTCGTCCATTTTGTTGAACGAACTTCTAATCACGCCG
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CGAGTCTTCTAGTGGAGCTGAAATACTGgAATTGTGA

Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412	MSTRG.15412	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412.2.p1.exon1	MSTRG.15412.2.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.2.p1.exon4	MSTRG.15412.2.p1.exon4	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.2.p1.exon6	MSTRG.15412.2.p1.exon6	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon7	MSTRG.15412.2.p1.exon7	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon8	MSTRG.15412.2.p1.exon8	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon9	MSTRG.15412.2.p1.exon9	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon10	MSTRG.15412.2.p1.exon10	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.2.p1.exon12	MSTRG.15412.2.p1.exon12	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon13	MSTRG.15412.2.p1.exon13	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon14	MSTRG.15412.2.p1.exon14	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.2.p1.exon21	MSTRG.15412.2.p1.exon21	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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MSTRG.15412.2.p1.exon23	MSTRG.15412.2.p1.exon23	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon24	MSTRG.15412.2.p1.exon24	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon25	MSTRG.15412.2.p1.exon25	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon26	MSTRG.15412.2.p1.exon26	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.15412.2.p1.exon27	MSTRG.15412.2.p1.exon27	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.15412.2.p1	MSTRG.15412.2.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000136_pilon	genome	sc0000136_pilon:59704..96175 +

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MSTRG.15412.2.p1 (mRNA) -