MSTRG.13820.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13820.1.p1
Unique NameMSTRG.13820.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000112_pilon:589857..615327-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13820.1.p1 ID=MSTRG.13820.1.p1|Name=MSTRG.13820.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=25471bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000112_pilon:589857..615327- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ACTCCATTAGTTTTATCTTAGTACATTCAACCTCGCAACATAAACAAAGT GTTGTCGGAAATTTTCAGCGAAAACAAAAGTGAAAACATCAAAAATTTTC AGCAACCGAAGAGTATTTTGTACATATTTTGACAGTTTGAAGATTATTTG TCTGTTTCTTCACCATTATTCTCAAGGAGTAAAGCTCAAATGAGGCAAAT TTAGTCAGAAATACTAAAAAACAACAAATTTGTGTCAAGAAGCCTCCATG AATTTGGCTGCAAATGGATCTGATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAA TTTCAACCAGGATAGAACGTAAGTATTTCTGTTGTTAAATGACAATAAAT AGGCAAAGTATTCTTCACTTCTTTTACAATCAGTCTAGGAAAATGATTTC TTAAATGTATTGTGTTGTCTAGGAGAAGGCAACACACAGTAGGCCATTCC AGAAAAAAAAAATTACCCCCTTTAATGGATGACATCAATTTTTGAAATAA ATTTTGGCACGGCAAACTTTAAAGAGAAAGTATCGGAATTCCATGAATTT TACTTAATTTTGCATTAAAGTATTGGAATTCCATGATTTTTTTAGGTCAA GGTAACGGAATTCCACTGTTTTGATAGGTATTTTGTAAATTTGTTACAGA AATTCCGGACTTTCTTGAAAGCAATTTGCTACGGAACTTCCATGTCGTCC ATTGGGGGGTAAGGAATGAAAACTGGAATGGCCCATTTATTGATAGACCT TTTTTTACATTATGTTAGATAGATGTGATGCCATTGTGTTAGATAATTAA AAACTCCAGCACTAAAACAATAACCTTTTACATTTTGCTAGATAAATGTG ATGTCATCATGATGTTAGATAATTAAAAACTAACACTAAAACAATACAAC ACTTTCTAGTCTGACACTTCCGAATTCCAGAAAAAATGGAATCAGCCAGG 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AATATTGTTTTTTTAATATAAGCTTTTCGTTCAATTAAGCACCATCAAGT ACTTTACTTGCAGAAACTTAGCGTATTATGAAAAGACGATTTTCTTCACC ATTTGGATTCAAAATAAACAACTTACACACTCCAGCTATCTGCCTTGTAA CCATCATACGCTTGGCCTTTATCGAGGTAGCCCAGTACGACTTCGGGGGC CATGTACGATGATGTGCCGATGAATGTGTCAAGGAGACCATCGGGATAGT GATCGGGAAATTCGGCCGATCCGAAATCTAAAATGAATAGAAACGGAATT GTAAATGCTTGTGGTAAATTGTCCAAACGATGTATTTGGCCATTTCAAAA AAAAATTAACCCTTTAAATTCGGTGAAAGCTTGACCTTCTTAACATACGG AGGGCTGAATTTTTAATATGGAATAGCTCTTCGATGGATCGATAGATAAA CAAAATTTCGAAAAGAGTGAAGTTGAGTTTTCAAAGAATTTTACCTGCAA GCTTTACAACTCCATATCGGTCAACTAAGACGTTCTCAAATTTGAGATCG CTAAAATAGAATCGGGAAAAGAAATGATATTTAAAATTACTGCAATCGTA ACATGTACTGTATCACAACTCCTATGGGTGAATTTTTGTATTTTGGTTTT GGTTAGAGGTTGTTGTAGGCTTGTTTGAAGTCCTAGAACAGATTTCCTTT TCTTTGCCAGTATAAACTATAACACCGAATTGTCTGGATAGAGAAATGAT AAATTGTCTGAATAGACAAATACTAATAGAAAGTCAAATTACTCTTGGAT AAAATATTTTAAAAGGACCGATTGGTGTAACTATTGTGCAATTTTGGTTT AGGTCTAAATCGTTAATACTACCCTAAAAGTTTTCGAAAAATTTTAAAGA ATACTTTTGAGGGGGTACAGCTGAGTTTTTTGTACTAACGGAAGTTATTT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000112_pilon:589857..615327-

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ATGATGCACCTGTGGCTGCACTCACTTTCAATACTAATGCAACGTTGCTG
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TGTTATATTGCCTACCCTGGAAATAATCAGGTATTGCATACGATACGAGA
TACTCCGCCAAATCTTGCAGAGGCTACTTGTTGTTTTAGAAGAAAGCTTG
TATATTCACAATATAAGAGATATGAAGAAAGGAACAGAAATCTGCAACTA
CAGTTATCCAAACACTATTCTGTCAGTTCGCCTGAATCGAATGATAAAGG
AGATGTTTGCATTGTGGAAAGACTCTTTTCCAGCAGTCTTGTTGCACTGG
TCAGCCTATCTTCACCAAGAAAGCTAAAAGTCTGCCATTTTAAGATCCTT
GGCAGTTGGAAGCAGATTAGGCTACAAATTATTTTCACTAGCAAACATAG
AGAGGCTTGAAGAAATTCATGATTATGATGAATTTGGCTGCAAATGGATC
TGATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAATTTCAACCAGGATAGAACAT
TGATACCAAACGATGACGATTCCATACCATCCAATGCAGACGGCCAAGGC
TTCTCTGCTGGTCTTGCAGTTTCCGATCAACAACGAAACACGCCCTCCCC
TCAATCTGCCTCTTCGCCCATTCGCACGCCTCAAACGCCAGATCATTTTC
CAACGAGTTCTTCGGAACAAAATTTACGGCTAAGCGATGACGGCGAATAC
CCTCCGTTGACCGTACGTAACGAGTAGGGCCACGTAATACTTGTACTCTG
GCTACAATCAATAAGTTACCACGCATCTTGGTAGCAAGTGCTGATGGATA
CCTTTATATATACAACGTCGATCCCGCGGAAGGCCAAGAGTGCACGCTGC
TAAGACAATTCCCATCTCCAAGCAGTAACAAGGAAGAACAGAAAGACCAA
TCATGGATGGGATATTTCGGAAAAGCATTGATGACACCCGCAAGTTATTT
ACCTTCACAGATGACTGAGGTTTTCTCACAGGGAAGAGCTTTTGCAATCG
CAAAACTTCCAAACGCTGGTGTGCTCAAATCAATTCACTTTCGTTCAGTC
AAGATTTGATGTACCTCGCTTGCTCTAGTAATACGGAAACTATTCATGTC
TTCAAACTAGAAGCTGAAACAGACAAAGAAAAGGTACAGTCATTAGGGTG
TTTTCCATACCAGAGGGTGTGAAACTTTTCGAATTCCGTCGTGGTATGAA
GAGAGGGCGGTAACAATGATAGCAGCTCATGATGCACCTGTGGCTGCACT
CACTTTCAATACTAATGCAACGTTGCTGGCAACTGCTTCCGAAAAAATTG
GTGAAGTACAGATATTCGATGGCATCAACTTGGGTTGTGTGCTTTATCAG
ACAATTCAGATAATTGTTATATTGCCTACCCTGGAAATAATCAGGTATTG
CATACGATACGAGATACTCCGCCAAATCTTGCAGAGGCTACTTGTTGTTT
TAGAAGAAAGCTTGTATATTCACAATATAAGAGATATGAAGAAAGGAACA
GAAATCTGCAACTACAGTTATCCAAACACTATTCTGTCAGTTCGCCTGAA
TCGAATGATAAAGGAGATGTTTGCATTGTGGAAAGACTCTTTTCCAGCAG
TCTTGTTGCACTGGTCAGCCTATCTTCACCAAGAAAGCTAAAAGTCTGCC
ATTTTAAGATCCTTGGCAGTTGGAAGCAGATTAGGCTACAAATTATTTTC
ACTAGCAAACATAGAGAGGCTTGAAGAAATTCATGATTATGATGAATTTG
GCTGCAAATGGATCTGATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAATTTCAA
CCAGGATAGAACATTGATACCAAACGATGACGATTCCATACCATCCAATG
CAGACGGCCAAGGCTTCTCTGCTGGTCTTGCAGTTTCCGATCAACAACGA
AACACGCCCTCCCCTCAATCTGCCTCTTCGCCCATTCGCACGCCTCAAAC
GCCAGATCATTTTCCAACGAGTTCTTCGGAACAAAATTTACGGCTAAGCG
ATGACGGCGAATACCCTCCGTTGACCGTACGTAACGAGTAGGGCCACGTA
ATACTTGTACTCTGGCTACAATCAATAAGTTACCACGCATCTTGGTAGCA
AGTGCTGATGGATACCTTTATATATACAACGTCGATCCCGCGGAAGGCCA
AGAGTGCACGCTGCTAAGACAATTCCCATCTCCAAGCAGTAACAAGGAAG
AACAGAAAGACCAATCATGGATGGGATATTTCGGAAAAGCATTGATGACA
CCCGCAAGTTATTTACCTTCACAGATGACTGAGGTTTTCTCACAGGGAAG
AGCTTTTGCAATCGCAAAACTTCCAAACGCTGGTGTGCTCAAATCAATTC
ACTTTCGTTCAGTCAAGATTTGATGTACCTCGCTTGCTCTAGTAATACGG
AAACTATTCATGTCTTCAAACTAGAAGCTGAAACAGACAAAGAAAAGGTA
CAGTCATTAGGGTGTTTTCCATACCAGAGGGTGTGAAACTTTTCGAATTC
CGTCGTGGTATGAAGAGAGGGCGGTAACAATGATAGCAGCTCATGATGCA
CCTGTGGCTGCACTCACTTTCAATACTAATGCAACGTTGCTGGCAACTGC
TTCCGAAAAAATTGGTGAAGTACAGATATTCGATGGCATCAACTTGGGTT
GTGTGCTTTATCAGACAATTCAGATAATTGTTATATTGCCTACCCTGGAA
ATAATCAGGTATTGCATACGATACGAGATACTCCGCCAAATCTTGCAGAG
GCTACTTGTTGTTTTAGAAGAAAGCTTGTATATTCACAATATAAGAGATA
TGAAGAAAGGAACAGAAATCTGCAACTACAGTTATCCAAACACTATTCTG
TCAGTTCGCCTGAATCGAATGATAAAGGAGATGTTTGCATTGTGGAAAGA
CTCTTTTCCAGCAGTCTTGTTGCACTGGTCAGCCTATCTTCACCAAGAAA
GCTAAAAGTCTGCCATTTTAAGATCCTTGGCAGTTGGAAGCAGATTAGGC
TACAAATTATTTTCACTAGCAAACATAGAGAGGCTTGAAGAAATTCATGA
TTATGATGAATTTGGCTGCAAATGGATCTGATCCCTCTGGAGAGCTCTTG
TTTGTCAATTTCAACCAGGATAGAACATTGATACCAAACGATGACGATTC
CATACCATCCAATGCAGACGGCCAAGGCTTCTCTGCTGGTCTTGCAGTTT
CCGATCAACAACGAAACACGCCCTCCCCTCAATCTGCCTCTTCGCCCATT
CGCACGCCTCAAACGCCAGATCATTTTCCAACGAGTTCTTCGGAACAAAA
TTTACGGCTAAGCGATGACGGCGAATACCCTCCGTTGACCGTACGTAACG
AGTAGGGCCACGTAATACTTGTACTCTGGCTACAATCAATAAGTTACCAC
GCATCTTGGTAGCAAGTGCTGATGGATACCTTTATATATACAACGTCGAT
CCCGCGGAAGGCCAAGAGTGCACGCTGCTAAGACAATTCCCATCTCCAAG
CAGTAACAAGGAAGAACAGAAAGACCAATCATGGATGGGATATTTCGGAA
AAGCATTGATGACACCCGCAAGTTATTTACCTTCACAGATGACTGAGGTT
TTCTCACAGGGAAGAGCTTTTGCAATCGCAAAACTTCCAAACGCTGGTGT
GCTCAAATCAATTCACTTTCGTTCAGTCAAGATTTGATGTACCTCGCTTG
CTCTAGTAATACGGAAACTATTCATGTCTTCAAACTAGAAGCTGAAACAG
ACAAAGAAAAGGTACAGTCATTAGGGTGTTTTCCATACCAGAGGGTGTGA
AACTTTTCGAATTCCGTCGTGGTATGAAGAGAGGGCGGTAACAATGATAG
CAGCTCATGATGCACCTGTGGCTGCACTCACTTTCAATACTAATGCAACG
TTGCTGGCAACTGCTTCCGAAAAAATTGGTGAAGTACAGATATTCGATGG
CATCAACTTGGGTTGTGTGCTTTATCAGACAATTCAGATAATTGTTATAT
TGCCTACCCTGGAAATAATCAGGTATTGCATACGATACGAGATACTCCGC
CAAATCTTGCAGAGGCTACTTGTTGTTTTAGAAGAAAGCTTGTATATTCA
CAATATAAGAGATATGAAGAAAGGAACAGAAATCTGCAACTACAGTTATC
CAAACACTATTCTGTCAGTTCGCCTGAATCGAATGATAAAGGAGATGTTT
GCATTGTGGAAAGACTCTTTTCCAGCAGTCTTGTTGCACTGGTCAGCCTA
TCTTCACCAAGAAAGCTAAAAGTCTGCCATTTTAAGATCCTTGGCAGTTG
GAAGCAGATTAGGCTACAAATTATTTTCACTAGCAAACATAGAGAGGCTT
GAAGAAATTCATGATTATGATGAATTTGGCTGCAAATGGATCTGATCCCT
CTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAATTTCAACCAGGATAGAACATTGATACCA
AACGATGACGATTCCATACCATCCAATGCAGACGGCCAAGGCTTCTCTGC
TGGTCTTGCAGTTTCCGATCAACAACGAAACACGCCCTCCCCTCAATCTG
CCTCTTCGCCCATTCGCACGCCTCAAACGCCAGATCATTTTCCAACGAGT
TCTTCGGAACAAAATTTACGGCTAAGCGATGACGGCGAATACCCTCCGTT
GACCGTACGTAACGAGTAGGGCCACGTAATACTTGTACTCTGGCTACAAT
CAATAAGTTACCACGCATCTTGGTAGCAAGTGCTGATGGATACCTTTATA
TATACAACGTCGATCCCGCGGAAGGCCAAGAGTGCACGCTGCTAAGACAA
TTCCCATCTCCAAGCAGTAACAAGGAAGAACAGAAAGACCAATCATGGAT
GGGATATTTCGGAAAAGCATTGATGACACCCGCAAGTTATTTACCTTCAC
AGATGACTGAGGTTTTCTCACAGGGAAGAGCTTTTGCAATCGCAAAACTT
CCAAACGCTGGTGTGCTCAAATCAATTCACTTTCGTTCAGTCAAGATTTG
ATGTACCTCGCTTGCTCTAGTAATACGGAAACTATTCATGTCTTCAAACT
AGAAGCTGAAACAGACAAAGAAAAGGTACAGTCATTAGGGTGTTTTCCAT
ACCAGAGGGTGTGAAACTTTTCGAATTCCGTCGTGGTATGAAGAGAGGGC
GGTAACAATGATAGCAGCTCATGATGCACCTGTGGCTGCACTCACTTTCA
ATACTAATGCAACGTTGCTGGCAACTGCTTCCGAAAAAATTGGTGAAGTA
CAGATATTCGATGGCATCAACTTGGGTTGTGTGCTTTATCAGACAATTCA
GATAATTGTTATATTGCCTACCCTGGAAATAATCAGGTATTGCATACGAT
ACGAGATACTCCGCCAAATCTTGCAGAGGCTACTTGTTGTTTTAGAAGAA
AGCTTGTATATTCACAATATAAGAGATATGAAGAAAGGAACAGAAATCTG
CAACTACAGTTATCCAAACACTATTCTGTCAGTTCGCCTGAATCGAATGA
TAAAGGAGATGTTTGCATTGTGGAAAGACTCTTTTCCAGCAGTCTTGTTG
CACTGGTCAGCCTATCTTCACCAAGAAAGCTAAAAGTCTGCCATTTTAAG
ATCCTTGGCAGTTGGAAGCAGATTAGGCTACAAATTATTTTCACTAGCAA
ACATAGAGAGGCTTGAAGAAATTCATGATTATGATGAATTTGGCTGCAAA
TGGATCTGATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAATTTCAACCAGGATA
GAACATTGATACCAAACGATGACGATTCCATACCATCCAATGCAGACGGC
CAAGGCTTCTCTGCTGGTCTTGCAGTTTCCGATCAACAACGAAACACGCC
CTCCCCTCAATCTGCCTCTTCGCCCATTCGCACGCCTCAAACGCCAGATC
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GAATACCCTCCGTTGACCGTACGTAACGAGTAGGGCCACGTAATACTTGT
ACTCTGGCTACAATCAATAAGTTACCACGCATCTTGGTAGCAAGTGCTGA
TGGATACCTTTATATATACAACGTCGATCCCGCGGAAGGCCAAGAGTGCA
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GACCAATCATGGATGGGATATTTCGGAAAAGCATTGATGACACCCGCAAG
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CAATCGCAAAACTTCCAAACGCTGGTGTGCTCAAATCAATTCACTTTCGT
TCAGTCAAGATTTGATGTACCTCGCTTGCTCTAGTAATACGGAAACTATT
CATGTCTTCAAACTAGAAGCTGAAACAGACAAAGAAAAGGTACAGTCATT
AGGGTGTTTTCCATACCAGAGGGTGTGAAACTTTTCGAATTCCGTCGTGG
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TGCACTCACTTTCAATACTAATGCAACGTTGCTGGCAACTGCTTCCGAAA
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TATCAGACAATTCAGATAATTGTTATATTGCCTACCCTGGAAATAATCAG
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TCTGCCATTTTAAGATCCTTGGCAGTTGGAAGCAGATTAGGCTACAAATT
ATTTTCACTAGCAAACATAGAGAGGCTTGAAGAAATTCATGATTATGATG
AATTTGGCTGCAAATGGATCTGATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAA
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CACGTAATACTTGTACTCTGGCTACAATCAATAAGTTACCACGCATCTTG
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GTAACGAGTAGGGCCACGTAATACTTGTACTCTGGCTACAATCAATAAGT
TACCACGCATCTTGGTAGCAAGTGCTGATGGATACCTTTATATATACAAC
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TCCAAGCAGTAACAAGGAAGAACAGAAAGACCAATCATGGATGGGATATT
TCGGAAAAGCATTGATGACACCCGCAAGTTATTTACCTTCACAGATGACT
GAGGTTTTCTCACAGGGAAGAGCTTTTGCAATCGCAAAACTTCCAAACGC
TGGTGTGCTCAAATCAATTCACTTTCGTTCAGTCAAGATTTGATGTACCT
CGCTTGCTCTAGTAATACGGAAACTATTCATGTCTTCAAACTAGAAGCTG
AAACAGACAAAGAAAAGGTACAGTCATTAGGGTGTTTTCCATACCAGAGG
GTGTGAAACTTTTCGAATTCCGTCGTGGTATGAAGAGAGGGCGGTAACAA
TGATAGCAGCTCATGATGCACCTGTGGCTGCACTCACTTTCAATACTAAT
GCAACGTTGCTGGCAACTGCTTCCGAAAAAATTGGTGAAGTACAGATATT
CGATGGCATCAACTTGGGTTGTGTGCTTTATCAGACAATTCAGATAATTG
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CTCCGCCAAATCTTGCAGAGGCTACTTGTTGTTTTAGAAGAAAGCTTGTA
TATTCACAATATAAGAGATATGAAGAAAGGAACAGAAATCTGCAACTACA
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ATGTTTGCATTGTGGAAAGACTCTTTTCCAGCAGTCTTGTTGCACTGGTC
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CAGTTGGAAGCAGATTAGGCTACAAATTATTTTCACTAGCAAACATAGAG
AGGCTTGAAGAAATTCATGATTATGATGAATTTGGCTGCAAATGGATCTG
ATCCCTCTGGAGAGCTCTTGTTTGTCAATTTCAACCAGGATAGAAC
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13820MSTRG.13820Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13820.1.p1MSTRG.13820.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13820.1.p1.exon14MSTRG.13820.1.p1.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.13820.1.p1.exon5MSTRG.13820.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13820.1.p1.exon4MSTRG.13820.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13820.1.p1.exon3MSTRG.13820.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13820.1.p1.exon2MSTRG.13820.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13820.1.p1.exon1MSTRG.13820.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000112_pilongenomesc0000112_pilon:589857..615327 -