MSTRG.13473.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13473.1.p1
Unique NameMSTRG.13473.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000107_pilon:430379..442244+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13473.1.p1 ID=MSTRG.13473.1.p1|Name=MSTRG.13473.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=11866bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:430379..442244+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTGTATTTTGAATGGCGGCGGTAAATTCAGATAAAATTTCGACTGGTTCG CCATTTTTCTCAGCCAGAACGCTGCCAACGCCAACCAATTTTCCCTCGAA AACCCAAGTATTTTACAACAATATACACCATCATCATGAATGTTAGAAGA TCAAATGTGTCTCGAAGAGCAAACTCCAAGCAAAACTCAACACAAGATGT ATCAAATAGTAAAAACAGCTCAGTTACTAAGAGGTAAAAACCGTTCGTTG GTATTTCACTCCTACCTCTTTTTGGCTTCTGCTTGAACAGCTCATCCAAC TCGTTGAGTTCGATGCTTCGACATTTCCTTAGGCTGTTGGAGTCAGCTTG CCTAAGGTTGAAATAGTGGGCAAGCAGAGGTTCATCAGGAACAGTTGCGA GGAAGGTGTCTAAGtgtttttgaatacttctttggggcagtttgtcaaat ctcttattgGTCTGGGAAGAGTGTTGAATAATCAAGGGCCCTATTGGGAA AGACTTcccctccagatatttttgtgtttaatattgacagcttttagatG GCAAATTCTCCCCAATTTCTTGTTTATATGGCAGGAAATGCCTCCTTTAT TTTTGTCATAATCAAAATTCGGGAAGTTGCCTTCAAAGACGTTCCATGTT GTTGTCTTCTGTCCATTTATAGACAGTGTCTAGATCATTTTGTAAATGAT GAACATCCTCTGGTATTTCTTTCATCAATTGGGTGTCGTCTGCAAACAAT gccaaaatagaatgaaagATGTTGTTATCAATATCTTGAATCATGATTAT GAACAATAGTGGTCCCAGCACAGATCCTTGTGGCACACCAGAAATAACCT CTATTTCTGAGGACAAGGTTGAGTTTACTGAAACTCTCTGGGTTTGATGA GTCATAAAAGATTTGATCTATTCAAGGAGTTTACCGTTTATGCCACTTGA 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TTAAAAGCATAACACTATTAATTTGATCTTTAATTGTTCAGAAAGCTTTT GCTTTCCCTTGATATGCTAAACACTGTTTATTGGATCTTTAATAGTCTAG TTTAACTTCTTAAAAGCATGTACATTTTAATTACATTTTAATTATTCATG AGCTACTTATTAATCTTGTAATGCCCAAAAACTTCCCAAACAAACAGACT TTTTCGTTGCTTGTTTATTAGTATTTTTCTCAGCGCCcgtgtaaacaaaa aaaatcactttaaaaaaaatttaattcaaacCCTGTTATTTTAGAATGCT TCCTTTTTGTtcaacaaaattgaaatttaggACATTTCCTTAAATTACTT TCTAGGTATATATTATTGATAGCATTCTCTTCTTAATGCTGTACAATTTT AATGAATTTAGCTTTTTCCAATAGTTAAAATGTCGTAGAGGTATGGAGTT TCTGAACCTCTTCAAGTTGATGAACAAGGCTGAGTTTCTAGGGGAGACCA GAATTGTGAATAGTTATTCCCGGTGAGGGAGAGCTTTTTGATTTGAAGGT GCAGTAGATCCATACACTTATGCTTTTGACttcttttgaataattttgac aattttgtatCTAGGGGAACTATGGGTCTTTAACTTGGTCTTtacttttt attaaatttgtatTGTCAGAAAAGTATATGAACTTTGTTTCAGGAAGTCA TTTTCCCGTATAGACAACGTGCTGAAATTTAAGATAATTTAGCTGCATGT TGTTGTCTGTCCATTTATAGACAATGATAAGATAATTTGTAGATGAAAAA CCTCTGATTTTGACATTTCTTTATCACTCTGCAAATAATGTGAAAAAAGA ATCTTGTTTAACTTAAGCTGACAAAAATGCCTAAAGTAAAGTGCAAAAAG CAGGTTGCCTTAGGCATGGTCATTTGATGTCAAAAAAGCTTATTAGGATG TAGATTTCAGAAATCACTGTGAATAGTTGTAGGAGGCTTAAAGGCGTATT TTTGTAAATGTGAATTTTAACCAGCGCTGTATCCTACTAATGAAAGAATG TTGTCAGTCCATTTAAATATCAGTGTCAGATCAATTTATAGATGGACAAA ATCCTGATTTGAATGTTCGTTTCATCAATCAAGTGTTGTCTGCAAATAAT TCCAAACAGAATCTCTAGTAACTCTCGGCAAGTCCCTCAATAAAGCCTAA AAAACTTGGGTCTTTGGGCAATATTTCAGAAATCACTGTTAATAAGATTT TTAATAAGTATTTTATGAAGGATTTGAAAAAAGCTGTTTTATGAGGTCAT AATTGAAGACGTCGTAAATTTTATACGTATAGTCAAAAGATTATGAAATT ATTAATGGTATTGGTGATCTCCAAGACTTTTAGGAGTAGGCTTTTGAGAA TTGCCCTATTGGCACTGATTGTCATTATCAAGACGAAATACATTGGTTGC ATTATGAAACAGTTCATCGACAAAAAAGTTCAATCATAAATTCTACAAGC ACAGACTGAATATCCAAACAATTTTGGAATTTAAAACAAGTGAAGAAATC CAAACAGATCCTGGACTTTTTTAGAAGAGCCAGTGGATTCCAACGATAAA ATCTTTGTTGCATTGTTGGtttttttttACACATGATGAATActttgcct tttttaaactttgaaatattattcaaaactattttatctttatattttta GGTTGATGAAAGAACTCTCAGACATAATGGTGAGTACAAGTTAATtccaa tattttcttttacaaAAGCGAGTTTCCTCGGAATCAAACAATCTgcaaag tttattttttctacTTGTTGAAGAAAGTAGGAAAGTATTAAGTTCtaata tttttcttactttaGATGGCAAATGATAGCAATGTTACAGCTTTTCCAAT GGAAGATGATACATTTAAATGGACTGGTAAAATCAAAGGCCCTGAAGGTT CGGTGAGTGATATCTTaaccattttctaattttttattaccATACTAGCT GaaaaaaaCATGTCTCTTCATGGAAAAAGTCACCTTATGATAAACTAATC ATTTATCCTAAAATCATGgtttctgcccccccccccttaaaataaggggg gagCaaaaaaaaTAgccttttaaaaaaggggggatttttgtaattttttt aaaataagggGTATTCTTTATTAAGGGGTGCAAGAATctatcaaaacaag aaaaaaggggggactaaaatttgaaagttgGTGATTGATTTAGATGTAAT GTCTAAACAtgttttattgataataatttcctttatctaataatatcttc tttccTGTTTTCGTGCTCACAATCTCATGCCCACTTTTTTGCAGACCATG CTGAATTTTTATGTACATTAGAACAACTTTtaacagaccaaatcaaacca taaaaactattatCCTTCCCAATTAGATAACgtttttaaggtgttttgat ggtgtaaaacgtgaaaaaaaatcttgcccccccccACTCATAGTAGCTCG CCAGGGCCCATGAATCTACATCctctcttccctctctctctctattgtaa aaaattgtttgctgaAGGGTAATAGTTGGTCAACATTAATGATCTTACTT GTGTTTTACTGCCTAAATTCTCTAAGGAAGACCTCTTGTTTCTTGACCTA ACTTAAACTATGACTACAATCAGAAGACATTCCCAGTCCAAATCTAATAA TAAAGATAATTTACAAGGTCTAAGATAATAAGCAAAACACAACTGTTATA CCAGATACTGcatcttttgtttggttttattcatgataagttttatttgt atcatttgattataataggatccagtttatttccaatttctttttattga 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000107_pilon:430379..442244+

>MSTRG.13473.1.p1 ID=MSTRG.13473.1.p1|Name=MSTRG.13473.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3801bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107_pilon:430379..442244+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATGTTAGAAGATCAAATGTGTCTCGAAGAGCAAACTCCAAGCAAAA
CTCAACACAAGATGTATCAAATAGTAAAAACAGCTCAGTTACTAAGAGGT
TGATGAAAGAACTCTCAGACATAATGATGGCAAATGATAGCAATGTTACA
GCTTTTCCAATGGAAGATGATACATTTAAATGGACTGGTAAAATCAAAGG
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ATCAAATGTGTCTCGAAGAGCAAACTCCAAGCAAAACTCAACACAAGATG
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TCAGACATAATGATGGCAAATGATAGCAATGTTACAGCTTTTCCAATGGA
AGATGATACATTTAAATGGACTGGTAAAATCAAAGGCCCTGAAGGTTCGG
TGTACAGCGGAAAGGCATACAAGATGAGTTTAAAATTTCCAGCAACCTAT
CCATACGAAGCACCAACCATCACATTTGCCACTCCTTGTTTTCATCCGAA
CGTTGATATGGCTGGAAATATTTGTCTAGATACCCTCAAGGAGAGATGGT
CATCCTGCAACAGCGTTCACTCCATATTGGTTTCGATTCAAAGTTTATTA
CaagATCCCAATGTTTCAAGTCCACTCAACGCAAGAGCAGCGACGCTTTG
GGAAAATCAAACAGCGTATAAAGAGGAATTGGACAAACATTCCAAAGAAG
CATTCGAAGTTTACAAAGAATGGCAGTAAATGAATGTTAGAAGATCAAAT
GTGTCTCGAAGAGCAAACTCCAAGCAAAACTCAACACAAGATGTATCAAA
TAGTAAAAACAGCTCAGTTACTAAGAGGTTGATGAAAGAACTCTCAGACA
TAATGATGGCAAATGATAGCAATGTTACAGCTTTTCCAATGGAAGATGAT
ACATTTAAATGGACTGGTAAAATCAAAGGCCCTGAAGGTTCGGTGTACAG
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AAGCACCAACCATCACATTTGCCACTCCTTGTTTTCATCCGAACGTTGAT
ATGGCTGGAAATATTTGTCTAGATACCCTCAAGGAGAGATGGTCATCCTG
CAACAGCGTTCACTCCATATTGGTTTCGATTCAAAGTTTATTACaagATC
CCAATGTTTCAAGTCCACTCAACGCAAGAGCAGCGACGCTTTGGGAAAAT
CAAACAGCGTATAAAGAGGAATTGGACAAACATTCCAAAGAAGCATTCGA
AGTTTACAAAGAATGGCAGTAAATGAATGTTAGAAGATCAAATGTGTCTC
GAAGAGCAAACTCCAAGCAAAACTCAACACAAGATGTATCAAATAGTAAA
AACAGCTCAGTTACTAAGAGGTTGATGAAAGAACTCTCAGACATAATGAT
GGCAAATGATAGCAATGTTACAGCTTTTCCAATGGAAGATGATACATTTA
AATGGACTGGTAAAATCAAAGGCCCTGAAGGTTCGGTGTACAGCGGAAAG
GCATACAAGATGAGTTTAAAATTTCCAGCAACCTATCCATACGAAGCACC
AACCATCACATTTGCCACTCCTTGTTTTCATCCGAACGTTGATATGGCTG
GAAATATTTGTCTAGATACCCTCAAGGAGAGATGGTCATCCTGCAACAGC
GTTCACTCCATATTGGTTTCGATTCAAAGTTTATTACaagATCCCAATGT
TTCAAGTCCACTCAACGCAAGAGCAGCGACGCTTTGGGAAAATCAAACAG
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AAAGAATGGCAGTAAATGAATGTTAGAAGATCAAATGTGTCTCGAAGAGC
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CAGTTACTAAGAGGTTGATGAAAGAACTCTCAGACATAATGATGGCAAAT
GATAGCAATGTTACAGCTTTTCCAATGGAAGATGATACATTTAAATGGAC
TGGTAAAATCAAAGGCCCTGAAGGTTCGGTGTACAGCGGAAAGGCATACA
AGATGAGTTTAAAATTTCCAGCAACCTATCCATACGAAGCACCAACCATC
ACATTTGCCACTCCTTGTTTTCATCCGAACGTTGATATGGCTGGAAATAT
TTGTCTAGATACCCTCAAGGAGAGATGGTCATCCTGCAACAGCGTTCACT
CCATATTGGTTTCGATTCAAAGTTTATTACaagATCCCAATGTTTCAAGT
CCACTCAACGCAAGAGCAGCGACGCTTTGGGAAAATCAAACAGCGTATAA
AGAGGAATTGGACAAACATTCCAAAGAAGCATTCGAAGTTTACAAAGAAT
GGCAGTAAATGAATGTTAGAAGATCAAATGTGTCTCGAAGAGCAAACTCC
AAGCAAAACTCAACACAAGATGTATCAAATAGTAAAAACAGCTCAGTTAC
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ATGTTACAGCTTTTCCAATGGAAGATGATACATTTAAATGGACTGGTAAA
ATCAAAGGCCCTGAAGGTTCGGTGTACAGCGGAAAGGCATACAAGATGAG
TTTAAAATTTCCAGCAACCTATCCATACGAAGCACCAACCATCACATTTG
CCACTCCTTGTTTTCATCCGAACGTTGATATGGCTGGAAATATTTGTCTA
GATACCCTCAAGGAGAGATGGTCATCCTGCAACAGCGTTCACTCCATATT
GGTTTCGATTCAAAGTTTATTACaagATCCCAATGTTTCAAGTCCACTCA
ACGCAAGAGCAGCGACGCTTTGGGAAAATCAAACAGCGTATAAAGAGGAA
TTGGACAAACATTCCAAAGAAGCATTCGAAGTTTACAAAGAATGGCAGTA
A
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13473MSTRG.13473Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13473.1.p1MSTRG.13473.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13473.1.p1.exon1MSTRG.13473.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon2MSTRG.13473.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon3MSTRG.13473.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon4MSTRG.13473.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon5MSTRG.13473.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon6MSTRG.13473.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13473.1.p1.exon7MSTRG.13473.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000107_pilongenomesc0000107_pilon:430379..442244 +