MSTRG.13346.3.p1 (mRNA) -

Overview


Name	MSTRG.13346.3.p1
Unique Name	MSTRG.13346.3.p1
Type	mRNA
Organism	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+
coding sequence from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+

mRNA from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

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>MSTRG.13346.3.p1 ID=MSTRG.13346.3.p1|Name=MSTRG.13346.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=46079bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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CGTAGCTTTTATGAGTTATTTAAGTTTTAACTCCATGAGTTATTTAAGTT
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AACCCTACAAACATCGAAACCCTATAAACCATACCATTATCAGGTAGTAC
GTGTCAAGGTTTACCTTTTGAGCCTGGTTTGAAAATCTTACTGAGGAGCT
TATGACGACACCAGATGACGGATTTTCGGTTATTGGGACCATTACACGGG
GGTCTAATAGACAAATACCAAAACAAACACCATTTTCGTTTTCtcctttt
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ATGGAGTTGTTGTGTTTGACGGGTGTCGAAGATAAACTACAACAGGATGT
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CTAGCTTGTTATAATGCACTTCAAAGTGTCTCGGCCTCAATACGTAGTTG
CAGAAAGCTTTGACTTTTTTAATACTTAAatcttattaaattttttttcg
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GCAATCTGCATCGCTCAGTCCTCCCGACTTGTCGCAAAAACACAAAGCAT
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AAGATCGATGGGTAGCAATGTTCATTCAAGCGAATGAAAAGGAATCAAAG
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TCGACAGCAGCCACAATGTTCCAACCATTCTTTCGCAACGTAGTGTCTTG
CATCTTGCATTACTTCACCCACAATCCTTTGCTTGGATTCCATATTGTCC
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TTAGAGGAATTTTCGAATCAACTGAGGTCTTGTAATACAATAGGAAGTTA
CTAtagaacaatttcatttcaagatttcgaaaagaattttcaatggAAAG
GGTGCTTCATTGTTTCAAAAAGCAAGATTTTCATCGTTGTATAATGACTT
ACATAAAAAGTGTCTCCAAACAAGAGTCAGCCGTTTTCCAAAAagacttt
gtttttctttccacCAATCGATATAAAATGCACTTCAACGCGAACGTACa
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TTGACTAAACTTTGTGCATTCTGATTGTCCTGGAgagaaagatgacattt
tatatTTGGTTGCattaaaaattacattttttaaaagtgctgatttctaa
ggccggtctccacttgcgcgcgctgcgatcacaccttttggcttcaatcc
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tttttgggaatttttcaTAGTGATGATATGTTCTAAGATTGAGAGGAAAC
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GAAGATTCACCAACTATGATGTACAGCCTTGTGAAGACTTTATGTTATGT
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GTCGGCCGGCAAGAGAAACCGAAAAGTATCAACACAATACAATACCTGTT
GACTTGAAAAACTTTGCTTATTTTTACCGCCATCTTAgttttgactgtta
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ttctcgaagaaatgacgtcttcatcCCCGTATGAAAAACACCCTAATGTA
GgctttttttcccgcgcttttgccaaaagaatcgcaCTCGTTCGCTGCGC
TAGCTCGGCCGGCCGGCAAGAGCAGCATCCCCCGGGATGATATCCATTTC
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GAAATGTATGGTGTACGAGGAATGAGATTTCTCATGAATTTGTTTGGGGA
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GCCAAAATTCACCATAATTCAATTGACGCGAATCGGGGAGGGAGCttttt
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AAGTAAATGGCACCttttttctttgacatttttttcaaattcgtaGGGTT
GATATGTAAACTGTGTTCGGACTCGTTCTCGTTTTCTTGGTCAAAATCAT
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AAGACTTTATGTTATGTATAATATACGTAACCGGGTTGCCGCTGATttgg
gtaccttttttcacctccgcgagtcccaggtagggtcgccaaaataaaaa
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ACAATACAATACCTGTTGACTTGAAAAACTTTGCTTATTTTTACCGCCAT
CTTAgttttgactgttagaaagcagtatggttcgatcaacaatacgcttc
cgaactgGGCGACGTTTCCCGAGTGGGAAGGAGGATAGAGCGCCCTACCC
TTATTTTCCCccgacgtttctcgaagaaatgacgtcttcatcCCCGTATG
AAAAACACCCTAATGTAGgctttttttcccgcgcttttgccaaaagaatc
gcaCTCGTTCGCTGCGCTAGCTCGGCCGGCCGGCAAGAGCAGCATCCCCC
GGGATGATATCCATTTCTTCTCATGATGTGGTCATTCTAATGCTTTGGAA
TTCAAGCAAAGCTCTCTCAAAGATTCACTAATATGTGGGCTAAGTAATAC
GTAGCAATCgatatcttaagaaaataatgatttttgttttgttaatatGA
TATTATAGATTAAAATTACAGTATGTAAAATCAACCAAATATTGTATTCT
GCTAGTAGATATATTTTACCAAACAAAGAAATTATGAATTTTGGGACGGG
ATCttatattttgttatatttgATATATCCCAACTTTAATTTGTCCCACT
CGGGCCATTTTTTAACATCTTAGCTAGCC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+

>MSTRG.13346.3.p1 ID=MSTRG.13346.3.p1|Name=MSTRG.13346.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=95928bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000105_pilon:592719..638797+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGCACAGTTCTTCCAATGCACACACAGACTTGAGGATTAattcaaaata
taaattatTAGTGGACACACCAGCACAAAATCGCACTGCAGGcacaaaaa
ataaaagcaagAAAGTTAGACATTATTCTTTGGCCATAGAAAACGACAAA
GAAGAAGAGATGGCATCAGATAATGCACCTTTACTAAATTCTCAATCAGA
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ATGGTCTCTATTCTGGTGACAGCAGTGGTAAGAAGAAGGATGATGGCTGC
TGTGGAAAATTTATTTGGTGTATATGTGGTGGGTGTTTTCAAGTGTGTGG
AAGGGGGTTTGTAAAATTGTTCTCAAGTGAACCTGAATATGAACCAAGAA
GAGTCAGatttggacaaaagCCATCAGGGAATTTCTCGCGGAATATCATT
CGTAACCAGAAATATTCTGTCATCACCTTCATCCCTCTGgTACTATTTCA
tcaattcaaatatttcttgaatctGTTTTTCTTGTGTGTTGCATTGACAC
AATTCGTACCTTCGTTGCGTGTTGGACCATTGTATGCATACTGGGCACCT
TTGGGTTTTGTGTTGTTTGTGACTTTGATGAAAGAAGCTTATGACGATAT
CAAGCGATATTTACGCGACAAGAaagaaaatgcacaaaaatacaagaaaa
ttaCTTCCAACGGTGTCAAAACTGTGGCAAGTTCGGATATTGAaattgga
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TCTGAGGACTACAGATAAAACTGGGACGAATTTCATTCGAACTGATCAGA
TGGATGGGGAGACTGACTGGAAACTTCGCATTGCAGTGCCCACGTGCCAA
CGTCTTCCTACAGATGAGGATTTGCTTCACATCAATGCGTTTGTGTATGC
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ATAACGGAGAACGTGAAGACGTTTCGCTTAATGTGGAAAATACTTTGTGG
GCAAACACCGTTGTCGCTACTGGAGAAGCTATCGGCGTGGTGATCTACAC
TGGCAATGAAACGAGAAGTGTCATGAACACATCTTATCCAAAAACTAAGT
TTGGTTTGCTCGATTCGGAGTTAAATAATCTGACGAAAGTTCTATTTTGT
TTGGTATTGGCATTATCGCTTACACTCGTTTGCCTTAAGGGTTTCGAAGG
AGCTTGGTATAAATCTCTCATCCGATTCACCATTCTCTTCTCTTACATCA
TTCCAATCAGTTTGAGGATCAATCTGGACATGGCGAAACTGGTCTACTCT
TGGTTCATATCTCGAGATGATGAGATACCGGACACAGTTGTCCGGACAAG
CACCATACCGGAAGAGTTAGGCCGGATATCGTACCTTCTGACCGACAAAA
CGGGGACGTTGACGCAGAACGAAATGGTGTTCAAGAAACTTCATTTGGGA
ACCGTCTCTTTTGGTCAAGACTCGATGGATGAAGTTCGCACCTATTTACA
TTCTGTTTATGCGAATCCCACCAAAACGGAATCGTCCACTTCGAAGAAAA
CTATCAAACGCACTGTGGTGACACGAGTATACGAAGCCGTGAAAGCGCTT
GCTTTATGTCACAACGTCACACCCGTGGTTGATGAGAACACACCAAGAAG
TGCCACACCTGAAATCAATGGTCATATCGAACTGAAAGAGACCGGTGGAA
CGTCCGATATCGTTTACCAAGCATCCAGTCCTGATGAGGTGGCGCTTGTG
ACATGGACGGAGAGCATTGGCTTGACTCTCATCCACCGTGATTTGAATGA
AATCCACCTCCGATCGCCTGTCGGTGATACGTTGAAATATAGAGTTCTTC
AAGTGTTTCCTTTCACTTCGGAAACCAAACGTATGGGTATCATTGTAAAA
GATCTGGACACTGGCGAAATCTTGTTTTACATGAAGGGAGCAGACGCAGT
CATGCAAAACCACGTCAATTACAACGATTGGTTGGAAGAAGAGTGTGGAA
ACATGGCCAGAGAAGGGTTGCGTACCCTGGTTGTCGCCAAAAAATCGTTG
ACTGAAGAACAATTTCAAGACTTTGAATATCGTTACAATCAAGCGAAGTT
ATCAGTTGAAGATCGGGCAGTGAAAGTGTTGAAAGTTGAAGAAAGTCTCA
TCTATGATATGGAGTTGTTGTGTTTGACGGGTGTCGAAGATAAACTACAA
CAGGATGTCAAACCCACCCTCGAATTGCTGAGAAATGCTGGAATTAAGAT
TTGGATGTTGACGGGTGACAAGATGGAAACTGCAATCTGCATCGCTCAGT
CCTCCCGACTTGTCGCAAAAACACAAAGCATCTATCAATTTAAATTGGTG
ACGAATCGAGCGGAGGCGCATTTGGAATTGAACAGTTTTCGTCGGAAATG
CGATCACGCACTCGTCATCAAAGGCGACTCCTTAGAGACGGTGATCAAAC
ACTACGAGCACGAGTTCATGGAATTAGCCATTCAATGTCCATCAGTGGTT
GTCTGTCGATGCACACCTACACAGAAAGCTGACATCGTCCAATTATTGAA
GACACACACTGGTAAACGGACATGCGCGATAGGAGATGGTGGGAACGATG
TCTCCATGATCCAAATGGCCGATGCTGGGATTGGTCTCGTTGGAAAGGAA
GGGAAGCAAGCATCGTTGGCAGCCGACTTTTCAATGACCCAATTCAGCCA
TCTTGGAAGGCTCTTGATTTGGCATGGTCGAAACAGCTATAAGCGATCGG
CAGCTCTTGGGCAGTTCGTTATTCATCGTGGTTTGATCATCTCAGTCATT
CAAgCTGTGTTTTCGTGCGCTTTCTTCTACATATCAGTTCCACTCTACCA
TGGCATGTTGCAAGTTGGatATTCGACAGTTTACACGACAGCCCCCGTCT
TTTCACTGGTGTTAGATGTGGACGTTCGTGACGACATTGCGATGACCTAC
CCTGAGCTCTATAAAGACTTGGTCAAAGGAAGACATCTTTCGTATAAAAC
ATTCTTCGTTTGGTTGCTCGTCAGTATCTATCAAGGTGGTATCATTATGT
TTGGAGCATTATTTCTTTTCGAAGACGACTTCATTCACATTGTCTCTATC
TCATTCACTACGCTCATTCTAACTGAATTAATAATGGTAGCCTTAAGTGT
GCGCACGTGGCATTGGTTGATGCTGTTTGCAGAGTTTTTATCGCTATTGA
TTTATGTGGTATCAGTTGTCATTCTCAAGAACGAATTCGACGAGCAGTTT
ATCACCAGTGTTCCATTCTACTGGAAGACATTGGTTATCACGCTGGTCAG
TTGTCTTCCTCTCTATATCCTGAAATTGCTCAGGAAACGATTCGCACCAC
CCAACTACTCCAAATTGACCGAATAAATGCACAGTTCTTCCAATGCACAC
ACAGACTTGAGGATTAattcaaaatataaattatTAGTGGACACACCAGC
ACAAAATCGCACTGCAGGcacaaaaaataaaagcaagAAAGTTAGACATT
ATTCTTTGGCCATAGAAAACGACAAAGAAGAAGAGATGGCATCAGATAAT
GCACCTTTACTAAATTCTCAATCAGACAGCAACTTTGATGAAGATGATTA
TCTATCAGAGAGGAACCGTAAAAATTATGGTCTCTATTCTGGTGACAGCA
GTGGTAAGAAGAAGGATGATGGCTGCTGTGGAAAATTTATTTGGTGTATA
TGTGGTGGGTGTTTTCAAGTGTGTGGAAGGGGGTTTGTAAAATTGTTCTC
AAGTGAACCTGAATATGAACCAAGAAGAGTCAGatttggacaaaagCCAT
CAGGGAATTTCTCGCGGAATATCATTCGTAACCAGAAATATTCTGTCATC
ACCTTCATCCCTCTGgTACTATTTCAtcaattcaaatatttcttgaatct
GTTTTTCTTGTGTGTTGCATTGACACAATTCGTACCTTCGTTGCGTGTTG
GACCATTGTATGCATACTGGGCACCTTTGGGTTTTGTGTTGTTTGTGACT
TTGATGAAAGAAGCTTATGACGATATCAAGCGATATTTACGCGACAAGAa
agaaaatgcacaaaaatacaagaaaattaCTTCCAACGGTGTCAAAACTG
TGGCAAGTTCGGATATTGAaattggagatttgatattggTCGAAAAGAAT
CAAAGAGTTCCAGCTGACATGATTTTTCTGAGGACTACAGATAAAACTGG
GACGAATTTCATTCGAACTGATCAGATGGATGGGGAGACTGACTGGAAAC
TTCGCATTGCAGTGCCCACGTGCCAACGTCTTCCTACAGATGAGGATTTG
CTTCACATCAATGCGTTTGTGTATGCGGAGAAACCTGAGAAAGATATTTA
CAACTTCATTGGTACATTTTGTAAgGATAACGGAGAACGTGAAGACGTTT
CGCTTAATGTGGAAAATACTTTGTGGGCAAACACCGTTGTCGCTACTGGA
GAAGCTATCGGCGTGGTGATCTACACTGGCAATGAAACGAGAAGTGTCAT
GAACACATCTTATCCAAAAACTAAGTTTGGTTTGCTCGATTCGGAGTTAA
ATAATCTGACGAAAGTTCTATTTTGTTTGGTATTGGCATTATCGCTTACA
CTCGTTTGCCTTAAGGGTTTCGAAGGAGCTTGGTATAAATCTCTCATCCG
ATTCACCATTCTCTTCTCTTACATCATTCCAATCAGTTTGAGGATCAATC
TGGACATGGCGAAACTGGTCTACTCTTGGTTCATATCTCGAGATGATGAG
ATACCGGACACAGTTGTCCGGACAAGCACCATACCGGAAGAGTTAGGCCG
GATATCGTACCTTCTGACCGACAAAACGGGGACGTTGACGCAGAACGAAA
TGGTGTTCAAGAAACTTCATTTGGGAACCGTCTCTTTTGGTCAAGACTCG
ATGGATGAAGTTCGCACCTATTTACATTCTGTTTATGCGAATCCCACCAA
AACGGAATCGTCCACTTCGAAGAAAACTATCAAACGCACTGTGGTGACAC
GAGTATACGAAGCCGTGAAAGCGCTTGCTTTATGTCACAACGTCACACCC
GTGGTTGATGAGAACACACCAAGAAGTGCCACACCTGAAATCAATGGTCA
TATCGAACTGAAAGAGACCGGTGGAACGTCCGATATCGTTTACCAAGCAT
CCAGTCCTGATGAGGTGGCGCTTGTGACATGGACGGAGAGCATTGGCTTG
ACTCTCATCCACCGTGATTTGAATGAAATCCACCTCCGATCGCCTGTCGG
TGATACGTTGAAATATAGAGTTCTTCAAGTGTTTCCTTTCACTTCGGAAA
CCAAACGTATGGGTATCATTGTAAAAGATCTGGACACTGGCGAAATCTTG
TTTTACATGAAGGGAGCAGACGCAGTCATGCAAAACCACGTCAATTACAA
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Gene-mRNA-Prot

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13346	MSTRG.13346	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13346.3.p1	MSTRG.13346.3.p1-protein	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
MSTRG.13346.3.p1.exon1	MSTRG.13346.3.p1.exon1	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13346.3.p1.exon2	MSTRG.13346.3.p1.exon2	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
MSTRG.13346.3.p1.exon3	MSTRG.13346.3.p1.exon3	Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon	exon
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Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000105_pilon	genome	sc0000105_pilon:592719..638797 +

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MSTRG.13346.3.p1 (mRNA) -