MSTRG.13038.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.13038.1.p1
Unique NameMSTRG.13038.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000101_pilon:611809..626394-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.13038.1.p1 ID=MSTRG.13038.1.p1|Name=MSTRG.13038.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14586bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000101_pilon:611809..626394- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AAATATTCTTCGAGATTAATAAACGGGGGGTCCTAATAAGGTCCGGGGGG GTTGGAAAATTTTTGAAAAATTAACAAGCAGGGGGGCCTGTTTATTTGGA ACCTAAGAGTACTTAACATGAAAAGTATTTGCTTGATTGTCAGCCAATTA ATTCGCTACAAAGAATTCCCATGAAAAATGGTTGCAAGAATAAATTATCA AAATTTTTTTACTATGTTTTAAATGAAACTGAAGTGTGTAAAGTATTTAA TATTACACATTGTCTTATTTTTTCTTCAAACTTTTCCTCAAAACCATTTA TTTGCTCTTTTATCCATGGCTTTCTCAAAAACACTTTCTGCAAGAACCAT GAGTATATAAAGAATATACACAAACAAGCAGTTTTGAGCATGATCTGGGT GTCTGTTTCATCAAAATAGAAGCTCAAACCAAAGAAATATAAGAAATATA ATACTCTTATATTTCTTTGCTCAAACTACTTTTCCGTTTTATGAACGTTT TGTGTGATAAGATTGAAGAGAAGAAACTAGATGTGCGCAATTGCAGTTAG GGAATTTCCCAATGGATATTATGAATATCACCACAAACGATTGTTACACG TTCAGCCTCTGGCTGTTCAAGCCGGGTCAAAATTTTATCCGGACAATCAA ATCAACGGCGCATCATGGCTTCGCTATTGGCAAGTTTAGAAAAAAATAAA TTTATAAGAACTTGAAAATATTCACTTCTAAATGTTTATCTCCTTTAGCT CCAATTTTGAACTTGTTAGTCGAGGATGAGTGGGTGGGGGGTGGGGATGG TTCTTTAGGCAAGAAAGTGCATGTGTAATCATTTAGAAGAGCTAAACTTC CAGCTGGTTTATTTATTTGTTAAGATTATTTTTCATACTCGCTCTGCAAT AGAATTATTTCTTTGCTTTCTGATCTGTTCTGATTAGTAGTTTGCGGGCA ACGTTCTAACACAACTAACTCAACAAGCTCATCTTTCACATCTTTTAATC TCTTAAGCCGGAGCTTCCAGCGCAGCTGGTTTATTATATGAGCAAAATAG TGCATGACATCAAAAATTTCACAAAACAGGGGTTTACTTTTGATTAGCAT TGACAGCTAAAATACAGCCAAATATTTGAGAGGGCCTGATATGTTTTGGG GGGGCTGGAATTTCAATGGTAAGGCTGGGGGCTGACTATTTCTTCTAATT ATTTTTCTTTATATCACTACATTTTTTATCCAAAAACCTTTCATTTTACA GTCTGTTGATTCTGTTTGTTTTCCCTTGTCTATTATCTTGAATTAACCAT ATAGTATTATAACCAATATTATGTTATGTTGAAAATATCTCTAATTGCCT CTATTTTTTCTCCAAAGCCACTCCAAAAACCGTTAAAATTTTGAGAATGA CAAAAGAAATAGAAATGTGATTTTCCTAAAAACAATATTAAATCAACAAA TATTTTATACTAGGTATAGGACTGGGGGCTGCTTAAAAAACTTTTGATAT TTAGGGGGAACTACCGGGTGCACCAAATAAAGTATACAGGTTTGTCAAGA AATTGTGAGCTTCATGATTTAAATTTTTTGTTCATTCTTTCTTTATCGTA TAGAGGATGCTCTAACTTGAATTTTGAGCTACCATACATTAAATTTGAAA AAGTTGTTTCAAAAAAACTGACTTTTTCCATGTCAAAATTTCAAAAAATC ATCAATCGGGGGTTAACCCGTTATCGGAAGTCATTTCCGGGTTTAAATCC CAATTTGGCTTTGAAAACAGAAGCTGATATCATGTGATGGGCAGGAACTT GTTGAACAAAAATGGGTTATCAAATCGATCGAACCACAATTCAATAATCA AACTTGATCAAACACTCACAATTCTTTGAAACATCTGATTCCATAATCGA ACTTTAATCGTTTGATGGAGTACTGTAGTTCGATTGTTCCATTGTTTCGA AAAGTTTGATTGATCAAGTCTGTATATGGCGCAGTATTCGGCATACTGTG CACCATTTCCACTATGGTCTACTGATTGCTTCCCGACCCTCCTTTGCAGA CTGTTTATCAAATTTCCACCAATGAGATTGCCACATTTCATACGGCCCTT CTTTTTGGTGTTTATGGCCTCTCAGTGCCTTACACGACGGGCAGCTCCAG AATCCGCCTCTTTTATTTGTTTCAATCCGTGATCCTAAGGCGTAAGCTTG TTCTAATCTTCAAACTTCTGAAGAAAGCGTGATTTTGATGTGAAAATTAG ATTGTCAACAAAGTGCTGTAAAAAAATCATTGAATAAAAGAAGAACTTTA AAAATCTTAAATATTTTCATTTTGAAGAGTTTGTGCAAAAAAGTGAAACA TTGAAAAGTTTCAATTTTTATTTGTTTAATCAAAATTTACTATGTCTGGC TTTTTTACACAAACCCCTGTAACTATGGACGAGCACCCTGTTGCTATTTT ACTGAAGATTGCCATCCTGTATGGCATGAAATTATGAGTATGAAATTATA ACTTTACTCATTCCCTGAATTAAAGTGGACAAGGCAAGCCTGCAAAGAAA AGAGTTTCAATCAATAATTCGATTTTAGATGTCTATCCTTATAGGTCTTA CTGGAAAAAAGCAGCATTTTTTATTTGAATTTTCTTTATTTTCAGGTGAT TGCATTTGATGACTTGCGCACAGACTACAAAAATCCAATAGACTTATGTA ATTCTTTAAACCCGGTAGGTATCAATCAAAAAAAGATTATTAATCTTTTC CTTCAAATGATAAAAGATCATACTATTTTCGGCCTTTTTTTAAGTTTCAA AATTATTGTTACAGCATTAACTTTCACCTGGACTAGATTGTGCGAATTGA GAATATGAAATTTTTGCTCGGATTATATTTCGCAAATCATCCTCTTTTCC ACCTGAAAACTCAAACAAAATCTCCGATAAGATCTATTATTTCTCATTCT TAGTTGGTGTTGCCAGAGTATGGAATTCACGCCTTTCTTTGTGTCATGTT CTTGTTTGGTGGATTTTGGGTCATGTTTTTGTTGAATCTTCCGTTATTGG CGTACCACGTACATAGGTAAGTCTGCAAATCACTCTTTTATCCGGGGTTT AATTTTTATGACAGACAGTCCCTCTACCGTAAATCAGTACTGACAGATTT CAAAAACAGTATTTCATTGCATTTCGAGTTTTTCTTTATTCGAGTTTCGA AGCAGCAGATGAAAGTATTACTACTTTGAAGTAAATCATTTTCCATCATT GCTCCTGTTTCTAGATTGAAAATAACAATCAATGAATCAGTTTTCTGCTT CTGCTATTTTCACCCTTTCTCCTCTTTTTTGGACCTACCTCCGGGTACCC CGGTGGAGGTCCTATGAATTAACCGTTGTCCGTCCGTCCGTCTGTCCGTC CGTTCGTTCGTTCGTTCGTCCGCTCGTCTGTTACCAGCTTTTCTCGAGAT TGGCTCATTAGTTTTTTCTGATTTTTAGCACAAAGATGCGTATTTTTAAC AATGCCCAAAACATGGCCAAAATTTCCGGCCGAAAATGCCGGAGATCGCC GTTTTTCTGGGTTTTCATTGGACTTTTTCCTTATAATTGGTTGTTTTTCC ATTCAAAAACATTATTATTAGCAATGCCCACCATCAAGCATGTTTCAATT TTCAATAAAATTGATTTTTGAAGCCGGAACTATTTATAAATCGCCGGAAC AACCTATTTTCGCCGGAAAGGCAGTATCTCTTGAATTTCTCGAGCTGCAC TTTATATTTTTTTATGAAATTTTGCACACTGATGCAAAATGACAATACCT AAAATGTGACGGAGCCTGATTTTCGAAAAACATTTTTTCCGGCCGAAAAT ACCGGAAATATTCCGGAAAACCGGTTTATTGACTTTTTCTCGAATTTTCA TCATCAGTTTTTTTGCAGAAAGATGCGTATTCGCAATGCTCAAAACATGG CAGAGTTCGATTTTTGAGAAAAACATTTTTCCGGTTGAAGATGCCGGAAA TCGCCGTTTTTGCAGATTTTCATTGGATTTTTTTCCTTATATTTCTATGT TTTTCACACAAAAACATTAAACATAACAATGCTCACCATCAACATTGATT TTTGCGACCAGAACTTTCTATTTATTTTTTCCCTACAACCCTTCCCTCTC CCCCTATCAACAATCAATGATGAATTTATTGCGTTATGCATTTTCGCTAA ACACTATATTTTCTGACTGATTTTTTTCATTTTTCTCCTCGTCCTCGCAT TGCTATCTAACTTTCATCATCAGGTAGGTCTATTCGGCATTTAGCTTGTT ACACAAAGAGGTAATTATTTTCTCTTATCTTTTCTCTCGTTCTCTTAGGT ACATGACGAGACCAGTGATGAGTAACGTGGGTGTTTATGATCCTACTCAA GTCATGAATTCATCCGAATTGAATCGTTGTCAACGCGAGGGATGGGTCAA ATTGGCCTTTTTCCTCATCTCCTTCTTCATCTATTTGTACCGGTATGTTC TTCACCCTGTTTTTTCGCCTTGTGTTCATCATCACTGTTTTGTTTTGTTT CTTAAGTTTCCTTCAATGCACGGGTTAAATTGTTTTTTGATTTATTCTTA CTTTTTAGAGACTTGACTTTCAGACAAACACGAGAAATGATCAATTTGAT TAAAATTACATTTCTGCCTCGAGGGTATTTTTAGGGTATTCTAACGATTT GGCCAATTTTTACCCTGATATTCTTAAAGAAGATATTCTTAAAAAAAAGT GTGTAGAGCATAATTTTATGGACCCACTAACTTTACTGAACAATGAGATC TATAAACTAATCAACCAATCTAATTTTCGACAAACCCGTGCACCTATTAT AGGCCATGAACAAATAGACCATGGAACACATGTAATTTGCTACACTCGAA AATAGTATTAGTCTAGCAAGCTAGACGACTAATTCATACATAGTAGAAAT AAAGCAAAAAGTAATAAAGGGAACAATTTTAGTCGTCTAGAAACCTTTGT GCACTAATTCCAAACAAAAGAAAAGTGTCAATATTTGCAATTATAATTTT TTCCTGCTCAAAATAATTCTTGAGAAAAAAGAATATGTGTGGACTTGTGT ATTGAAAGTTTTTCATTTGAGTTGATTTTGTTTTGAGAGTTTGTTATTGC TTGATAAATTGTTTTTTCGCTACGCAAGTTTCTGCGTAGCTAGCGGGGTA TCTATAAGGCTGGAACACCGGATTCATCCAGTGGTTTATACAAACTAAAT TCTGTATTATTATTATTAGTATTACACGCATTATAAACGACTCCAGTGGG AAATTTGTTCGTTTTTTTAAGGTCGCTCGATTTTTTTAGTCAAAGCATTT GTTATACATTTTCGGAAAGCTAAGGGGTAGGGAATCAAAATAACTTGGGT GCCAATTTTTTTTCGGACACTTTGGTGTGATTTTCGGACAAATACGACGG TCTCAAGCAAAAATCATAGGGTGAAAAATTAATGAAAATTTTGGCTTGAG AATATGAGTATATAAGTATATTTTTGGAAAGGTCTCAAAAAATTAAGATT AGTGATATATTGCGAGTATAGGTGATTTCTTTACCTAACTCGAGATATTA ATCCTTAAAAACGTGTTTTTCAGTGTTTTTCAGCCAGAAACAGCTGTTTT GTCCAGTTTTTGCGCTTTCGGAAGCTCAATATCTTGAGTTATGTACTGAA ATCACCTATACTCGCAATATGTCATTAATCTTAATTTTTTGAGAGCTTTC CAAAAATATACAACAGGTCTCCGTTTTCTCAAGCTAAAATTTTCATTAAT TTTTCACCCTATGCTTTGACTAAAAAATTCGAGCGATTTTACAAATTTCC CCCTACTAAATGTCAAAAAGTTGATTTGACGTTCAAATGTCAAAAGTTTC TTTTGATATTCAATGAAAAGAAAAAAATAATCGTCTAATTTTACGCTAAA CCAGCTTGAAGAACGAGAAAATTGATTTTCTGCATAATATGTCTGAGCAT ATTGGAAGTTTTTATCTAAATGGCAATAAGGCGAGACCAATTTGATTAGT TGTTTATTCAGAAAATCCGAAAATCGAAATGAAAATAAAATTGATTTTGG TAATAAATTTTTATTTTCATTGCTTTACAGACTGCCAAATTTTCAAAATT TTGTTGTTTTTCCAAGGTTTTGAGAATTTTATGTTCAATTTTTCATTTTA TCCATGAATTCGACCTTTTTATGTCTTTTTATTTTCTATTTTACATTTTT GCCAAGATGTAGTAGTTTTTGCTGCATTTTTTAGGAGATTTTATAGGTTT AATTCTACTTTTATTTTTATTTTTTTGCCGGCCGTCCGACCGAACTTCTT TTTTGGGTAGCTTGGCCCGTAAAACAACAAATTAAATTGGCCTCGCCTAA GAGATTTCATTTAAAGCAAGCGAACTTTTCTGCTTCTTTTACATTTGATA TTTTACTTTTTCAGTTTACTTTTTTGTTCTATTTTCCACTTGCAGGGATG AGAATGTTACAATACTTTTTCATCAATAGTCTGATGGTATCCTTCTTCCA TCTTTTTCCTTCACTGATACTGTGTTTACAATGAAAAGTTAATGCTTTGT TTTATTTTTAGCATGTTATATGCTCTACTTTCGTAACGGATTCTCGTATG CTGCAAAACCAGTTCCATCGAAACATGAAGAAAACATTTCGACCAACGTG ACAGTCAACTAATACTTATATTTATGAAGAGGATTCAGACTTTCTCACCT CCAGGTTACCTAAGGGAGGTCAACCATGTAATAATATTAGTTAGGTTTAT TGTGTAATATTGAATTTTTTTATTGTTTAGTTTTTCCTCTATTTCCTTTT TTTTCCTAAATAAAATTTCTTCTTGTCAAAGACAGCGAATTTTTAACAAA AATATTTTGATGTTGACATTTTTGATCAAGTTAGGTCCCCCCCCTACCTC AAATGAGATCATAATAGCGGCTTGAAATTTATGGAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000101_pilon:611809..626394-

>MSTRG.13038.1.p1 ID=MSTRG.13038.1.p1|Name=MSTRG.13038.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2130bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000101_pilon:611809..626394- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CATGTTATATGCTCTACTTTCGTAAGTACATGACGAGACCAGTGATGAGT
AACGTGGGTGTTTATGATCCTACTCAAGTCATGAATTCATCCGAATTGAA
TCGTTGTCAACGCGAGGGATGGGTCAAATTGGCCTTTTTCCTCATCTCCT
TCTTCATCTATTTGTACCGTTGGTGTTGCCAGAGTATGGAATTCACGCCT
TTCTTTGTGTCATGTTCTTGTTTGGTGGATTTTGGGTCATGTTTTTGTTG
AATCTTCCGTTATTGGCGTACCACGTACATAGGTGATTGCATTTGATGAC
TTGCGCACAGACTACAAAAATCCAATAGACTTATGTAATTCTTTAAACCC
GATGTCTTTTGAAGTCCTTTGCTTCATCCTAGCTCTTCTCATTTCAATTG
GTCTAATTTTCATGGTGATATGGAACCATGTTATATGCTCTACTTTCGTA
AGTACATGACGAGACCAGTGATGAGTAACGTGGGTGTTTATGATCCTACT
CAAGTCATGAATTCATCCGAATTGAATCGTTGTCAACGCGAGGGATGGGT
CAAATTGGCCTTTTTCCTCATCTCCTTCTTCATCTATTTGTACCGTTGGT
GTTGCCAGAGTATGGAATTCACGCCTTTCTTTGTGTCATGTTCTTGTTTG
GTGGATTTTGGGTCATGTTTTTGTTGAATCTTCCGTTATTGGCGTACCAC
GTACATAGGTGATTGCATTTGATGACTTGCGCACAGACTACAAAAATCCA
ATAGACTTATGTAATTCTTTAAACCCGATGTCTTTTGAAGTCCTTTGCTT
CATCCTAGCTCTTCTCATTTCAATTGGTCTAATTTTCATGGTGATATGGA
ACCATGTTATATGCTCTACTTTCGTAAGTACATGACGAGACCAGTGATGA
GTAACGTGGGTGTTTATGATCCTACTCAAGTCATGAATTCATCCGAATTG
AATCGTTGTCAACGCGAGGGATGGGTCAAATTGGCCTTTTTCCTCATCTC
CTTCTTCATCTATTTGTACCGTTGGTGTTGCCAGAGTATGGAATTCACGC
CTTTCTTTGTGTCATGTTCTTGTTTGGTGGATTTTGGGTCATGTTTTTGT
TGAATCTTCCGTTATTGGCGTACCACGTACATAGGTGATTGCATTTGATG
ACTTGCGCACAGACTACAAAAATCCAATAGACTTATGTAATTCTTTAAAC
CCGATGTCTTTTGAAGTCCTTTGCTTCATCCTAGCTCTTCTCATTTCAAT
TGGTCTAATTTTCATGGTGATATGGAACCATGTTATATGCTCTACTTTCG
TAAGTACATGACGAGACCAGTGATGAGTAACGTGGGTGTTTATGATCCTA
CTCAAGTCATGAATTCATCCGAATTGAATCGTTGTCAACGCGAGGGATGG
GTCAAATTGGCCTTTTTCCTCATCTCCTTCTTCATCTATTTGTACCGTTG
GTGTTGCCAGAGTATGGAATTCACGCCTTTCTTTGTGTCATGTTCTTGTT
TGGTGGATTTTGGGTCATGTTTTTGTTGAATCTTCCGTTATTGGCGTACC
ACGTACATAGGTGATTGCATTTGATGACTTGCGCACAGACTACAAAAATC
CAATAGACTTATGTAATTCTTTAAACCCGATGTCTTTTGAAGTCCTTTGC
TTCATCCTAGCTCTTCTCATTTCAATTGGTCTAATTTTCATGGTGATATG
GAACCATGTTATATGCTCTACTTTCGTAAGTACATGACGAGACCAGTGAT
GAGTAACGTGGGTGTTTATGATCCTACTCAAGTCATGAATTCATCCGAAT
TGAATCGTTGTCAACGCGAGGGATGGGTCAAATTGGCCTTTTTCCTCATC
TCCTTCTTCATCTATTTGTACCGTTGGTGTTGCCAGAGTATGGAATTCAC
GCCTTTCTTTGTGTCATGTTCTTGTTTGGTGGATTTTGGGTCATGTTTTT
GTTGAATCTTCCGTTATTGGCGTACCACGTACATAGGTGATTGCATTTGA
TGACTTGCGCACAGACTACAAAAATCCAATAGACTTATGTAATTCTTTAA
ACCCGATGTCTTTTGAAGTCCTTTGCTTCATCCTAGCTCTTCTCATTTCA
ATTGGTCTAATTTTCATGGTGATATGGAAC
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13038MSTRG.13038Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13038.1.p1MSTRG.13038.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.13038.1.p1.exon5MSTRG.13038.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13038.1.p1.exon4MSTRG.13038.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13038.1.p1.exon3MSTRG.13038.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13038.1.p1.exon2MSTRG.13038.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.13038.1.p1.exon1MSTRG.13038.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000101_pilongenomesc0000101_pilon:611809..626394 -