MSTRG.12853.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.12853.5.p1
Unique NameMSTRG.12853.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000099_pilon:615498..634326-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.12853.5.p1 ID=MSTRG.12853.5.p1|Name=MSTRG.12853.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18829bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:615498..634326- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TCTTGAATTTTCTGACTTTGCCCCAAAAATGACTGTTGACGCCCTACCCT AATATTGGTCCATAGATATATAATGCTAACCAAATCCTGTACAGAAGGAA GCAATAAAAAAACAAACAAAGAATCTCTTTCTAAATTAACTAGAATAACT ACCTCTAGCCGATCATCCAACCATTTTGATTGATGTAAGTGTGAGATTGA TTGTGATAGTCTCAATTCGTTAATGGATATCAATAAAGTAGACTACTCTG TGGTAAGTTCTTTATGTTCTTTATTGTCATATGATTTTTTCATTCGTTTA TTAATATGCTACATTTCTATAAAGAAAGTTTTGGGCATTTTTCTAATTAT GATGATTTTTAATAGTTGCAGATAATAAATCAAAGATTTATACTAACTAA ATTTAAAATTGTTAGTTTGCTGATGATGATCAACGCAGAAGAAGGTTGTG AAAGTATTGGTAAAAAAACTGTTTTTGTTTTTTCTGTTTCGTATATATAC TAACTAAATTTAAAAAATGGCACAATTTTCTACTTTTCTTTTTACACCAA GATTGATACGCAGAAGAAGTGGAATGAAACTGCCAGTAGCCGAATAAATA TTTGCCTTTTCTACTTCTGTACTAGATATTTTCTACATTAAGAAGAAATT TCAAAGATGGTTATATAGCAAAATATGAGAAACGATTAGAGCAACTGCAA GCAATTTATGGACTGGTTGTGGATCATCAAGAAGAATTTCATGATGCTGG ATACAAAGATTTGAGAAAAGTATCATTTTTTGAAAAACTCTCTCACATTT TTTTGCATAAGCGAAATAATGTTTGCAGTCTTAATGATTTGCCTTAACAT ATATATAATAAACATTTCATTTTTGGCTTACTTTGACGTACAAAATATGG TAAAATGGGTTTGGAAACAAATTTAGCTATAAGATAATAGATAACATTCT 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ATTTCACTCCGCTTATCTTGACATCAAGTTTTCCTAAACATCAAGAACTA CGGCAAATATAACACGAGCGAAGCGAGAAAAAAAATATAATTGCAGAGCC GTCTCGGACGTCGCTGGTCGCCGGTATGGTGTAATTTGGGAATGACGCCC TTTCTGCTTTCTGATCATTTTTGCCACAAAAATCTTTTTCAAAATATGGT TAAAAGATACGTCACCCGGGAGGGATAGAGTCAAACTTTGAAGAGAATCC TTCCCTTTAATTTTGATTTCATCGTGTTTAAGCCACCTTCCCAAAATCCA AAGGACTTCAAATGCGTTCAGAAAACAGCTAAACCGGCGTGCGACGCCGG GTACCGGCTAGTTTACTTTAATAATCGTTTTACGGCTAAAGGTTGAAAAC TAGTTGGATATGCCCAGATGCAGAGTTTGGTTTATTCCGTGATTAGGTTT AAATATTACTCAACAATATCTGTATCAGTAAACCGTTGATTCCAGCGGAT TTGTGGCTGGCATGTGCGTGTGTAGGATTTGAAGAATCGCTTGTCCGCTG TTTAGAATAGAAGAAAGAGGGTGTTTGCTCTTTATAGTTACTGTAAAAAA AGTCCCCTCTTTCGATAGCTACCCACCCGAAGGTAGGGTACCACTTTTTC TCCCTGGGTTGCTCCACTTACCCTCGATCCTTCTCTTAATTGCTGAGCAT CAAGCACAGAGGCACCAAGTACCATATTTTTACAAAGTAGGAAGTCTTTG GTATTATGACCCTTGCGCGAATGCTTTCCAACTATACTACGGTCGCTCGA AAGAGGAGTCTTCGGGTCAAAACTATAAGAAAGATTAAGCCAATGGCGCC AATGGAAAACAAAGTAGGAATAGACCCATTTTGAAGCTGAAGTAGAATTA AAGGGATATTGTTCGTTTATAGAGCAAACACAACGGGTTCCATTGGTTTA CGATGAACAGGAATTTATTCGTTTAACATTCCCTTTGAAGAGGTACAAGA AAAATCAACGAAAAAATATTTCAAAGGCTTAATAAAAGATGAGAAACAAG AATAAATATGTGCCACGGGCCCTGGTTACTGAAGTTATGAAAAAAGGGGT ATATTTGCTGTTCAGATTATGTTTCAACGTGTTTTAAAGGGAACATACCT TTTTTTTAATGTTTGCTTAGAGGGGTCGTTTTTTCAAATTTGTTTATTTT TCAAAGACGTTTCAAATATAAAGTTTATAAGAATCGATCATTCTGTAAGG ACCCTTTAAATGATCACAGCTGACTGTTTAGAGCCCTAGCTGTGTTCATT TTTATTACGATAGAGAATTGTCTTTGGCATTTACCAGTTAAAAAGAAATA AGTCAGTCTATGGACTAAGCTATGTAATTCGCATTTTTCGTTATTTTAAT TACGTTCCGTCCTGTTCTTACGTAATTTCAAGTTTACTTTCTAATATGTT TGTTATTTGAAAACATGCATGACATTCAACCGTGACTTTTTTGCAGATTT TGTAATTCTTTATGAAGTGTTGCATGTACCGTTTTAGTTTTGTGGATCAG ATGTGTAAATGTGAAACAAATTGGGCTTGGCCTTTCGTCTCAACCATAAT ACCAGGGGTTTGATTTGGTTGATTTCTTTGATAAGATATCTTTTTGCTTC CTCGAAGACTTGCCAGCCGCTAGACTTGCAAGCTAGTTGCCTTTTTTGGT ATACGTAATATAATAGTGAAATCATGTTTACTAAATTAGTTGAGATACTC TAATACTATGTTTACTAAACAAGTCTAATGAAGAATTGTCTTAAAGGTTA TTTCTTGAACGATATTTATGTTAGTTCTAGTAATATAGGAAACAACGTTG CAATTTCCTTTATTCTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCATG AGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACACA CCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAGT GAGTACAAATCCCTCCCCCCCTCTTATGAGAAGAGAAATTGTTATTTTAA CCTTATTGGTTTCATTTTGAATTCTCAACAAAATCTCTGTCTAAGTGACC TAGTGAGAACCTCAAAAATAGATGCTGGGTCAAACAGAAATAATCTCATA ACAGATAATTTATTCTGCGCATCCACGTTCTGCTCTAAAGGGATATGGCG AATGTGACGACCTGACCTGGTTAATTAAGGTGATTAAGGCAAAGCATTCA AAGTAGAGATTCTCTCTAAGGGTAAGAAATGTTTTTAAAAAGCGTTTCTT GCGCTTAACTTTTCCCAAATTTAGTCTTTTTAAAAGAGTCTTGTAAGTTC GGTCAGCACATACCCGACTTTCTTTAATGCCAGTACCCCGCCCCCTTCCT CCGCCTGAGATGGCATATTCCTATTTTTCTGCTTCAGATTTCGATATCCG CCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGAC ACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTA CCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAAT GTTTAGCCTTGTACATGATTTATTGTCTTACCCTTTTACATTTCTCATCA TAAACATTAAGGGCTTCCCCTAGCGAGAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000099_pilon:615498..634326-

>MSTRG.12853.5.p1 ID=MSTRG.12853.5.p1|Name=MSTRG.12853.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5418bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000099_pilon:615498..634326- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAGTTA
AATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCTGTA
ACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTATAA
GTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGGCAT
GAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCACAC
ACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAACAAA
CGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCACCT
GGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAATGTTTCAT
CCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCAGTC
CTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAACGA
AAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGAACG
ACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGATTGTGTG
TTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCATTAGTG
ATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTGGATGGA
TTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCTTAA
CCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGCGATATGCAGC
TCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAGATG
AAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATTAGGTGGCAA
ATGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCATAG
TTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGGTCT
GTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGTGTA
TAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGTGGG
CATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGTTCA
CACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATGAAC
AAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAACCA
CCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAATGTTT
CATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTTCCA
GTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGAGAA
CGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTGTGA
ACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGATTGT
GTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCATTA
GTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTGGAT
GGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTATTCT
TAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGCGATATGC
AGCTCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCTGGCCAG
ATGAAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATTAGGTGG
CAAATGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGCGCA
TAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGCTGG
TCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTCTGT
GTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGGAGT
GGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACGCGT
TCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCTATG
AACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGGGAA
CCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAAATG
TTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATTCTT
CCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCAAGA
GAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATGTTG
TGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAATGAT
TGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTATGCA
TTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACACTG
GATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACGTAT
TCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGCGATA
TGCAGCTCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCTGGC
CAGATGAAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATTAGG
TGGCAAATGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCATGC
GCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATAAGC
TGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGCTTC
TGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGGGGG
AGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACGACG
CGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAATCT
ATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTACGG
GAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGAAAA
ATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCGATT
CTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGTTCA
AGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACGATG
TTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTCAAT
GATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTATTAT
GCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAAACA
CTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGGACG
TATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACATGCG
ATATGCAGCTCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACCAATGCT
GGCCAGATGAAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGAATT
AGGTGGCAAATGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAGCCA
TGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGTATA
AGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATTAGC
TTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATTCGG
GGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACATACG
ACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAACGAA
TCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGTCTA
CGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTATGA
AAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGCCCG
ATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTTTGT
TCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAAACG
ATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGTGTC
AATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACGTAT
TATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAGAAA
ACACTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTTTGG
ACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGACAT
GCGATATGCAGCTCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACCAAT
GCTGGCCAGATGAAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTTGGA
ATTAGGTGGCAAATGATTTCGATATCCGCCATATGACTATAATGGAAGAG
CCATGCGCATAGTTAAATGGTTGCTGACACCCAATGGAAAACCCGCTGGT
ATAAGCTGGTCTGTAACATTACTTCTTACCTCACTCACTCTAGGTATATT
AGCTTCTGTGTATAAGTACCTGCTCAATGTTTAGTCACCAATCTCCCATT
CGGGGGAGTGGGCATGAGCGGTATGGGTTGTTACCATGGCAAATATACAT
ACGACGCGTTCACACACCGAAAGAGCTGTCTTTTCACTAAGCAAAAGAAC
GAATCTATGAACAAACGACTTCAGAAACTGATCGATCCATCTAAAGTAGT
CTACGGGAACCACCTGGATGAGAAAGATCTTTACATCTCACCCACCATTA
TGAAAAATGTTTCATCCGACGACCCGGTCATGCAAGAAGAGATCTTCGGC
CCGATTCTTCCAGTCCTTTCTGTTGCCAACGTCGACGAGGCTGTGGAGTT
TGTTCAAGAGAACGAAAAGCCGTTAGCCCTTTATGTTTTTTCGAAGAAAA
ACGATGTTGTGAACGACATCTTGGCAAGGACATCCTCAGGAACTGTCTGT
GTCAATGATTGTGTGTTGCAGGTTGGAACTTTGTATTGCAACTGATTACG
TATTATGCATTAGTGATAACGTACAAGACCGATTGATCGAATGTCTGAAG
AAAACACTGGATGGATTTTATGGTGAAAATGCACAAGAATCTCCTGATTT
TGGACGTATTCTTAACCTCCGGAATTTCAATCCAGCCATTGTTGATGAGA
CATGCGATATGCAGCTCGTAGCAAACCGCATTTCATGGGCTAGATATACC
AATGCTGGCCAGATGAAGGCTGCCTCTCAATATTTAACTCCTGTTGATTT
GGAATTAGGTGGCAAATG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853MSTRG.12853Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.5.p1.exon11MSTRG.12853.5.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon10MSTRG.12853.5.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon9MSTRG.12853.5.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon8MSTRG.12853.5.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon7MSTRG.12853.5.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon6MSTRG.12853.5.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon5MSTRG.12853.5.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon4MSTRG.12853.5.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon3MSTRG.12853.5.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon2MSTRG.12853.5.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.12853.5.p1.exon1MSTRG.12853.5.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.12853.5.p1MSTRG.12853.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000099_pilongenomesc0000099_pilon:615498..634326 -