MSTRG.11871.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11871.3.p1
Unique NameMSTRG.11871.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:1016260..1053509-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11871.3.p1 ID=MSTRG.11871.3.p1|Name=MSTRG.11871.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=37250bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1016260..1053509- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CCCACTTTAAAATGGTTCGTTGAAACTGTGGATGGTGCAGTAAGGATATC GTAGTTTTGTTTGTACAAAATTGAGTTTTTCTCAGTGTTCATTCCAGAAA TCATTTTGCATTACAAAGACTAACGCTGTTACTACATTTTGTTGGGTTGG ATTTATATCGGCCAACTATTATTATTAAAAATTTGACATTTTTTGGTCAA ATATTGAGAAAAAAAGCCGAACTTTGGGAGGCTTCGAGGCTTTTACTCCA AATTTATCCGCTCAATTCATAAATAAAACTGATTTGGTATATTCTCCTTT TTTCAAAGTGGCATGGCAGTACCGTCATTTTGGTACGTTGGATTGTTGAG CGAATATTTGGATTGTTAACGGTAAGTACGGTAAATATTTTTACCGCGAG TCATACCGAGTTGTTATTATCGAGCTAGTTTTGAATACTACATGAAAAAC CGGGTTGAAGTAATACGAGAAAAGCAGACTTCGCATTATCTTTCGGGCGG TATTAGGGTTGGCAAATGAGGGGTATGCGTGACGTTACCTCCAAAAACCG ACCACGAGAGAGAGACCAAATTTTTAGTGAAAAAGCGCCCCTTAGAGAGA CTTTTTTACAATTTTTTCTCTTGTTGTGTTGAAATCAGAAAGATTTCCTT AAAGTCGTGAATTTTCTGAGCCTTAGAGATACTACTTTTAAATTTTCTGA TTTTTGTAACCCTTAGAAGAGACTTTGGAAGGTGAAAAAACCGACTCTTA TTGTCTGCCCATACCCAGCACACATTTTTGCCTAAGTACCCCCTCCCCGG GAATTCATCCAAAGGAACTAAAAAGAGATTAGGCAGAGAGAAAAAGCCCC GGGAGAAGCATTCCAGGTAAACGAGCGACCGTACGTGCGGCCATTTAGGG TCCTTTTTCCAAGCTTCCCAAAGTGCAATGTAAGGTTAAAAATGAACTTA 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CAAAGAAAATTCCCACTGATGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCT GACGTCAGCGATGTGATTACGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAG CGAAGAAAGAATTATGAAAATGCTGACTTGTAAGAAATCGGGTATGTCTG TTTTTGGGTCAAGCTGGAGTTTTTACAAGTTCTTTGATGACTCTGTTGGT CGTTAAATGTTGAGACAAACGATTTTATTACTTTTTCTAAAGAACGCGTC ATCCCTATTGTTAGAAAATAACCATTCAGTTAAACATCTTGTAAAAACTC CAGCTTATCCCCTGTTTTTATACCACTCATTTCCTAAAATAAGCTCTGAA GCCTGCTTGTTTTTCGCACGATTCTTGGATTGAAGGTAATATTTGGTGCC ATATTACGAGAAAATGTGCAGTACAGTAAGAATCTTGAGGGAGGGCATCA CTTTTTCTTTTACCATGGAAATTTTACCATGGCTTGGAAAATTCTCTTTA TACGTGATGACAGAAAACACAGGCACTTAAAGTCGCTACAAACGATCATT GCTGATGTGGATTTTGTCAAAAACAATTATCAAATTGAATAGCGTCTTAT GTTGATTAGAAGGTGCAAATTTTCTTTGTCGCCCAACCATGGTTATTGGC GGCAATTCTTTTTCCAAGATTTTCTTTTCAAACGGCTCTCACGGGCCGGC GTGTCATCATAATTATTGACATTTTGAATCCAACATTTTCTTATTATAGG CACTGAAAGCGAAGGCTCGGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTCAAAACA ATATTTCACCTCAAAAATTACAACAACAACCTCTACCTGCCAACAATCCA GTAAACACTACTGATGACTCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGATGACTT TATGTCTCATAAATCTGCGAAAACGACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCC GGAAGAGATCTAAAACAAGCGGGCGTCGCCGGACACGCGTTGTGGAATCG GACGAAGAAATATGTGTTAAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAA GTCAAAATCTTCGATAAGCGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATA GTAAGCGCTTTTTTACCTTTATTTACCGCACTCGTCAATGTTGAGGTTGG TTAAATAGGTGGTATGACCACTGACCTTTATAAAATAGGGGCAGCATGAC AGGTTAATCCATGGTACTATTTGTCACACAGTTCTGACGTCATCCTGTTG CAAAGAATACAAATTAAGAATGGATTTTCATTTTATTCTTTAATTTCCTT TTCAGCCACTGCAACTATTGAAGAAACGGACAAAGAAAATTCGCCCGTTA AACGTCCGATTAAGCGCTCTACAAAAACTAAGAAGGATACACCGTTCACC AAAGTCTCGAAATTCTTGGGCTCAGCACCGTTATCTGACAAAGAAGACAA TGTGTCACCGCTTAAAAGAAATGGTATGTATAAGATATTCTTTATTACCG CTGTTGTTATTACCTGCAAGGGGCCTTAAAATATAATTTCAATAGGACTA ATTTGAATAGATTTCATGTTTTTTTTCCTTCGGTGATTTTTTCTTACCGG TAGAAGATCAGGAGGATTTCAAGCGGCTATACCAGATGATATAATGGTTG ATTTCTACTTGCCCTTTCCATTTATTTATTATACAGTAATTTTACTTTGA TATTAGAGTATCTATAATGCGTTAGCATGCATGGGGAACACAAATTTGTT CGAGTTAAGGAAAATTCGAGTTACGGAGTAAGGTTTATAAGGCATTTTTA ACTGAAGGGACGACAAAACTTGTTTATTCAATCCATTTCTCTTTTGTTTG CATCCTCAGAGACTTCTGCTCAAAAGGGACAACATTTCAACAAGTTTCGA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:1016260..1053509-

>MSTRG.11871.3.p1 ID=MSTRG.11871.3.p1|Name=MSTRG.11871.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=7833bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:1016260..1053509- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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ACACGCGTTGTGGAATCGGACGAAGAAATATGTGTTAAGGATGAAGAGAT
TATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCGATAAGCGTTGAAAAGGAGA
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AATTAAACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAAAATTCCCACTGATGGAAAC
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AAAAATGTTTTAGTAGAGCCACTGCGAAAGAACGACAGCCAAGGAGTTCG
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CAAGTTTCGAGTGGTGCCAAACAATGTGACACCAATGTCTCGATTGAGGT
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TCTTTTAAATTTGTATAACCACTGCAACTATTGAAGAAACGGACAAAGAA
AATTCGCCCGTTAAACGTCCGATTAAGCGCTCTACAAAAACTAAGAAGGA
TACACCGTTCACCAAAGTCTCGAAATTCTTGGGCTCAGCACCGTTATCTG
ACAAAGAAGACAATGTGTCACCGCTTAAAAGAAATGGCACTGAAAGCGAA
GGCTCGGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTCAAAACAATATTTCACCTCA
AAAATTACAACAACAACCTCTACCTGCCAACAATCCAGTAAACACTACTG
ATGACTCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGATGACTTTATGTCTCATAAA
TCTGCGAAAACGACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCCGGAAGAGATCTAA
AACAAGCGGGCGTCGCCGGACACGCGTTGTGGAATCGGACGAAGAAATAT
GTGTTAAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCG
ATAAGCGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATAGACATCCAACGCG
GAACGCATCTACGAAGAAGAATTAAACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAA
AATTCCCACTGATGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCTGACGTCA
GCGATGTGATTACGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAGCGAAGAA
AGAATTATGAAAATGCTGACTTGTAAGAAATCGGATGACGATTTTGAATG
TTCTGCTCCACCAATAAAAAAGCTTAAAGAAAAGGACACTGCAACTAAAA
ACAACATTAAGAAAGGTGAAAAAGTAACGAAGAAGAAACAAGAAAAGAAG
ACTCCAAATCAACAAACAGAAAAATGTTTTAGTAGAGCCACTGCGAAAGA
ACGACAGCCAAGGAGTTCGAGGTCTGTCAAGAAGATAGATTACAGCAAGT
TTGCAACGAGTGGTAGCTCTTCTGATGATGACTAGAAGAGACTTCTGCTC
AAAAGGGACAACATTTCAACAAGTTTCGAGTGGTGCCAAACAATGTGACA
CCAATGTCTCGATTGAGGTTGGGTTTATCACGGAACCGGAAGATCAATAA
GCCGTTACACCAAAATGTTTCTTTTAAATTTGTATAACCACTGCAACTAT
TGAAGAAACGGACAAAGAAAATTCGCCCGTTAAACGTCCGATTAAGCGCT
CTACAAAAACTAAGAAGGATACACCGTTCACCAAAGTCTCGAAATTCTTG
GGCTCAGCACCGTTATCTGACAAAGAAGACAATGTGTCACCGCTTAAAAG
AAATGGCACTGAAAGCGAAGGCTCGGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTC
AAAACAATATTTCACCTCAAAAATTACAACAACAACCTCTACCTGCCAAC
AATCCAGTAAACACTACTGATGACTCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGA
TGACTTTATGTCTCATAAATCTGCGAAAACGACAGATTCCGAAGATGACC
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GAATCGGACGAAGAAATATGTGTTAAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAA
ATTGAAGTCAAAATCTTCGATAAGCGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCT
GTGATAGACATCCAACGCGGAACGCATCTACGAAGAAGAATTAAACGCTG
CATTGCAAGAATCAAAGAAAATTCCCACTGATGGAAACACTAATCATAAA
GCAAATAATGCTGACGTCAGCGATGTGATTACGATCGATGACGATGATGA
TGTTGATAGCAGCGAAGAAAGAATTATGAAAATGCTGACTTGTAAGAAAT
CGGATGACGATTTTGAATGTTCTGCTCCACCAATAAAAAAGCTTAAAGAA
AAGGACACTGCAACTAAAAACAACATTAAGAAAGGTGAAAAAGTAACGAA
GAAGAAACAAGAAAAGAAGACTCCAAATCAACAAACAGAAAAATGTTTTA
GTAGAGCCACTGCGAAAGAACGACAGCCAAGGAGTTCGAGGTCTGTCAAG
AAGATAGATTACAGCAAGTTTGCAACGAGTGGTAGCTCTTCTGATGATGA
CTAGAAGAGACTTCTGCTCAAAAGGGACAACATTTCAACAAGTTTCGAGT
GGTGCCAAACAATGTGACACCAATGTCTCGATTGAGGTTGGGTTTATCAC
GGAACCGGAAGATCAATAAGCCGTTACACCAAAATGTTTCTTTTAAATTT
GTATAACCACTGCAACTATTGAAGAAACGGACAAAGAAAATTCGCCCGTT
AAACGTCCGATTAAGCGCTCTACAAAAACTAAGAAGGATACACCGTTCAC
CAAAGTCTCGAAATTCTTGGGCTCAGCACCGTTATCTGACAAAGAAGACA
ATGTGTCACCGCTTAAAAGAAATGGCACTGAAAGCGAAGGCTCGGCGTTT
GCGGACACACTGCCTATTCAAAACAATATTTCACCTCAAAAATTACAACA
ACAACCTCTACCTGCCAACAATCCAGTAAACACTACTGATGACTCTTCAC
AACAAGCTAATGACGAGGATGACTTTATGTCTCATAAATCTGCGAAAACG
ACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCCGGAAGAGATCTAAAACAAGCGGGCG
TCGCCGGACACGCGTTGTGGAATCGGACGAAGAAATATGTGTTAAGGATG
AAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCGATAAGCGTTGAA
AAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATAGACATCCAACGCGGAACGCATCTAC
GAAGAAGAATTAAACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAAAATTCCCACTGA
TGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCTGACGTCAGCGATGTGATTA
CGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAGCGAAGAAAGAATTATGAAA
ATGCTGACTTGTAAGAAATCGGATGACGATTTTGAATGTTCTGCTCCACC
AATAAAAAAGCTTAAAGAAAAGGACACTGCAACTAAAAACAACATTAAGA
AAGGTGAAAAAGTAACGAAGAAGAAACAAGAAAAGAAGACTCCAAATCAA
CAAACAGAAAAATGTTTTAGTAGAGCCACTGCGAAAGAACGACAGCCAAG
GAGTTCGAGGTCTGTCAAGAAGATAGATTACAGCAAGTTTGCAACGAGTG
GTAGCTCTTCTGATGATGACTAGAAGAGACTTCTGCTCAAAAGGGACAAC
ATTTCAACAAGTTTCGAGTGGTGCCAAACAATGTGACACCAATGTCTCGA
TTGAGGTTGGGTTTATCACGGAACCGGAAGATCAATAAGCCGTTACACCA
AAATGTTTCTTTTAAATTTGTATAACCACTGCAACTATTGAAGAAACGGA
CAAAGAAAATTCGCCCGTTAAACGTCCGATTAAGCGCTCTACAAAAACTA
AGAAGGATACACCGTTCACCAAAGTCTCGAAATTCTTGGGCTCAGCACCG
TTATCTGACAAAGAAGACAATGTGTCACCGCTTAAAAGAAATGGCACTGA
AAGCGAAGGCTCGGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTCAAAACAATATTT
CACCTCAAAAATTACAACAACAACCTCTACCTGCCAACAATCCAGTAAAC
ACTACTGATGACTCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGATGACTTTATGTC
TCATAAATCTGCGAAAACGACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCCGGAAGA
GATCTAAAACAAGCGGGCGTCGCCGGACACGCGTTGTGGAATCGGACGAA
GAAATATGTGTTAAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAA
ATCTTCGATAAGCGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATAGACATC
CAACGCGGAACGCATCTACGAAGAAGAATTAAACGCTGCATTGCAAGAAT
CAAAGAAAATTCCCACTGATGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCT
GACGTCAGCGATGTGATTACGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAG
CGAAGAAAGAATTATGAAAATGCTGACTTGTAAGAAATCGGATGACGATT
TTGAATGTTCTGCTCCACCAATAAAAAAGCTTAAAGAAAAGGACACTGCA
ACTAAAAACAACATTAAGAAAGGTGAAAAAGTAACGAAGAAGAAACAAGA
AAAGAAGACTCCAAATCAACAAACAGAAAAATGTTTTAGTAGAGCCACTG
CGAAAGAACGACAGCCAAGGAGTTCGAGGTCTGTCAAGAAGATAGATTAC
AGCAAGTTTGCAACGAGTGGTAGCTCTTCTGATGATGACTAGAAGAGACT
TCTGCTCAAAAGGGACAACATTTCAACAAGTTTCGAGTGGTGCCAAACAA
TGTGACACCAATGTCTCGATTGAGGTTGGGTTTATCACGGAACCGGAAGA
TCAATAAGCCGTTACACCAAAATGTTTCTTTTAAATTTGTATAACCACTG
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ACGAGGATGACTTTATGTCTCATAAATCTGCGAAAACGACAGATTCCGAA
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CGTTGTGGAATCGGACGAAGAAATATGTGTTAAGGATGAAGAGATTATGG
AAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCGATAAGCGTTGAAAAGGAGAATGGA
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AACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAAAATTCCCACTGATGGAAACACTAA
TCATAAAGCAAATAATGCTGACGTCAGCGATGTGATTACGATCGATGACG
ATGATGATGTTGATAGCAGCGAAGAAAGAATTATGAAAATGCTGACTTGT
AAGAAATCGGATGACGATTTTGAATGTTCTGCTCCACCAATAAAAAAGCT
TAAAGAAAAGGACACTGCAACTAAAAACAACATTAAGAAAGGTGAAAAAG
TAACGAAGAAGAAACAAGAAAAGAAGACTCCAAATCAACAAACAGAAAAA
TGTTTTAGTAGAGCCACTGCGAAAGAACGACAGCCAAGGAGTTCGAGGTC
TGTCAAGAAGATAGATTACAGCAAGTTTGCAACGAGTGGTAGCTCTTCTG
ATGATGACTAGAAGAGACTTCTGCTCAAAAGGGACAACATTTCAACAAGT
TTCGAGTGGTGCCAAACAATGTGACACCAATGTCTCGATTGAGGTTGGGT
TTATCACGGAACCGGAAGATCAATAAGCCGTTACACCAAAATGTTTCTTT
TAAATTTGTATAACCACTGCAACTATTGAAGAAACGGACAAAGAAAATTC
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GAAGACAATGTGTCACCGCTTAAAAGAAATGGCACTGAAAGCGAAGGCTC
GGCGTTTGCGGACACACTGCCTATTCAAAACAATATTTCACCTCAAAAAT
TACAACAACAACCTCTACCTGCCAACAATCCAGTAAACACTACTGATGAC
TCTTCACAACAAGCTAATGACGAGGATGACTTTATGTCTCATAAATCTGC
GAAAACGACAGATTCCGAAGATGACCCTGTCCGGAAGAGATCTAAAACAA
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AAGGATGAAGAGATTATGGAAAAGAAATTGAAGTCAAAATCTTCGATAAG
CGTTGAAAAGGAGAATGGACAGTCCTGTGATAGACATCCAACGCGGAACG
CATCTACGAAGAAGAATTAAACGCTGCATTGCAAGAATCAAAGAAAATTC
CCACTGATGGAAACACTAATCATAAAGCAAATAATGCTGACGTCAGCGAT
GTGATTACGATCGATGACGATGATGATGTTGATAGCAGCGAAGAAAGAAT
TATGAAAATGCTGACTTGTAAGAAATCGGATGACGATTTTGAATGTTCTG
CTCCACCAATAAAAAAGCTTAAAGAAAAGGACACTGCAACTAAAAACAAC
ATTAAGAAAGGTGAAAAAGTAACGAAGAAGAAACAAGAAAAGAAGACTCC
AAATCAACAAACAGAAAAATGTTTTAGTAGAGCCACTGCGAAAGAACGAC
AGCCAAGGAGTTCGAGGTCTGTCAAGAAGATAGATTACAGCAAGTTTGCA
ACGAGTGGTAGCTCTTCTGATGATGACTAGAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871MSTRG.11871Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871.3.p1MSTRG.11871.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11871.3.p1.exon8MSTRG.11871.3.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon7MSTRG.11871.3.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon6MSTRG.11871.3.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon5MSTRG.11871.3.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon4MSTRG.11871.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon3MSTRG.11871.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon2MSTRG.11871.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11871.3.p1.exon1MSTRG.11871.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:1016260..1053509 -