MSTRG.11818.4.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11818.4.p1
Unique NameMSTRG.11818.4.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000087_pilon:208486..227947-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11818.4.p1 ID=MSTRG.11818.4.p1|Name=MSTRG.11818.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19462bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:208486..227947- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAGAAAAGAAGGGAAAAAAGAGAGGGGTTAAATGATCTAACACAGCTGTG CCATATTCTGCCAATGTTAAGATACTTCCATCATTCCCTTAATGTCAGGG AACTTCCCCATGGAATTTCCCTATCCACCAGTATCCACAAAAAACTAACT AAATTATATAACTCTTTGTGTACACAGTGGATTTTCTTCATTTTTTTTTC TTCTTTTGTAATCGCTTTTATTTAAAGTCCTTTAATGTGATTCAAGAGTA GATATAAAAATAGGCATATATACCAGAAAAGTGGGATGGGGGAACCTAAG GGTGAACCCTAAATGGGAACCTATAACAACAGATAAAAAAATTCACTCCA TTAAGAATTAGTGAATAAGGTTTAAACATTACCGTGAGATCGGGTAGGTC AGATAAAAAAAAATCACTCCATTAAGAATTAGTGAATAAGGAAAATAAAT AAAAAAGGAAGAACAAGAAGAAAAACAAAACAATTAATAAAACGAAATCT GACAATTCCAATTCCAATAAATTATACACAAAGCTCCTGACAATCTATAT GACGCCTCCCTAAGTGCAGCATCGAGCTAAGTCACTTTATTTTTCTTCTT TCTTCTGATTGCACAAGAATCCCTGCCCCGCACACGTTATTCCCACAAGC TTCAAAAGGATTGTCAACTCTTAAACTGTAGGATCAGCTGCACATGACAG AGTTTGGAATTCCATGTGCAGCTGAGCAGGTAACAATCCTTACACTTTCA CCTCCATACGTCAACCCTATTCGTAACTATGTCTGACAATGTTGAACGGC AAAACAAGGTTGAAGCTGCAGAGAATCTGATTGCTGAATTGTGCATTTCT GCTCCAAATGATGAAGTTAAGTCTTGCCTTAGATGTTATGAATACGGCAA ATCCCTCGATCAACTTACTAAAGACATTGGCAAATCCAACAAACCTGTTT 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CATGGAATTTTGCGATCAAGCTAAGAATGCCATTTTTAGAGCATTTTCAA TTATGAATTGTCAATTACCCCCAAGTAATGCTCACTATTTTCACAAAAAT GCCATTTTATGCTTGAGGCGTATGTACTAAATGTTAAATCTAGTTTGAAT TAGGATCCTAACTTAAGAATGCTGCAAGATTATTTTAGGATGATATTCCC AAAAAAGAATACCCATGATGAAATGGATTTACACCATTCTTATAAAAAAG CGTTTATTTCCCCATTTCCACGATTGAATAATTACAATGAACAGGTTTCT CTTTCTTGGCAATGATAGATTCTTTTTAAGAAAAATGTATCTCTGCATTC TGTTTTACTTTGTAAAAAAGTAGAGTTTGTAAAATAGTAGTGGCTTTTGA GTATTCATTCAGCAAGTTTTCTTTTATTTTTATTTTTAGTATACGGTGGT TTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAACGGG TGAGACTTTTCACTGACCAAAACAAAATTCCAAAAAATTAGAAAAATCAA TGTCCTATACACATAATAGTTCCTTTGATTATCTAGATTCATGTAAAAAT ATAGAATATCGGAAATACAGCGGAGTCTCCATAACTCGAACCCGCACGGG AAACACAACTTTTTTCGATTTAAGGAAAATTTCGACTTATGGAACTTAGT TTACAAGACATTGCTAAGTGAAGGACGAGAAAACTTGTTCGAGTTAAGAA GACATTTTAGTTATAGAGGTTCGAGTTAAAGAGACTCCTACTGTATAAAA AAATCGACTCACCATCTTTCCTTTTTTTGGGCAGGTTTATTAAGTGCATT GGATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCC ACAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAA CATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGA AGAATCATCGTAAAGTCGCATATAACTTGTATGAAAATTTATATACTACG TATTCTGGTAATGTTGCACTTGAAAGTGATTGGACCAATGTGCATCACCC TGGATGAGTGATGCATTGTTGCCTAGTGGACAAAGCTGTTTGCAATGTGC TGTGTGTATTTCGTTCAACGTTCATATTTTTAATTGCTAACGTAACGTAT AGATAGACCCATGTGTAATGATAAAGACACTTTCTTTATGGAAAGGCGAG AATTTATTTACAAATCTTGCCAGAACCTGATTCAGTTATTAATCCTTATT TTATTTTTCTATATTTTTTTTACAAAACTATTTATATTTTACGGTTTCAT AAATCATGTACATTTTTCTTCTGGATAATTTTATTGATAATATTCCCCAA ATTGCACTTCAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000087_pilon:208486..227947-

>MSTRG.11818.4.p1 ID=MSTRG.11818.4.p1|Name=MSTRG.11818.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=7830bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000087_pilon:208486..227947- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GTTTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACT
AGTGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGA
AGCGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCA
AATATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTAC
GTGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGAC
CGATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCG
AGCACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTT
TCAATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGC
TATAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTG
GTTTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACG
AATGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGA
CTTCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAA
GGTTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTC
GTGGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTG
AAAAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAA
AACGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTG
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CAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAAC
ATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAA
GAATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATC
GGTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTAT
GATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGT
TCAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGA
TCGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATC
CTAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGAC
CCTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGA
TTGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAAT
ATGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTG
CAACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTA
CTATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGC
ACTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGG
AAAAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAA
CCCTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAG
CTCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTC
GCTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATAC
GGTGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAA
AACGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGA
TCCTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACT
TGGTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAA
CTGTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTC
GATATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAA
GACATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGAT
ATCAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCT
GTCTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATG
GGACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGA
AGTTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTG
ACCATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATG
TTTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTA
GTGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAA
GCGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAA
ATATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACG
TGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACC
GATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGA
GCACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTT
CAATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCT
ATAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGG
TTTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGA
ATGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGAC
TTCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAG
GTTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCG
TGGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGA
AAAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAA
ACGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTGG
ATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCCAC
AAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAACA
TCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAAG
AATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCG
GTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTATG
ATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGTT
CAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGAT
CGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATCC
TAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGACC
CTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGAT
TGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAATA
TGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTGC
AACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTAC
TATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGCA
CTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGGA
AAAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAAC
CCTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGC
TCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCG
CTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACG
GTGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAA
ACGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGAT
CCTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTT
GGTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAAC
TGTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCG
ATATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAG
ACATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATA
TCAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTG
TCTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGG
GACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAA
GTTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGA
CCATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATGT
TTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTAG
TGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAG
CGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAA
TATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACGT
GAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACCG
ATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGAG
CACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTTC
AATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCTA
TAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGGT
TTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGAA
TGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGACT
TCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAGG
TTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCGT
GGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGAA
AAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAAA
CGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTGGA
TATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCCACA
AAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAACAT
CGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAAGA
ATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCGG
TGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTATGA
TATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGTTC
AATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGATC
GTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATCCT
AGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGACCC
TGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGATT
GATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAATAT
GCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTGCA
ACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTACT
ATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGCAC
TCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGGAA
AAGTGTCTGAGAATGTTTATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAACC
CTTACCTGGGAACTAGTGAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGCT
CTCCGAATTACTGAAGCGTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCGC
TAAACGGAAGTTCAAATATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACGG
TGGTTTGACATTACGTGAAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAA
CGGACTTGATCGACCGATTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGATC
CTATTCATTCACCGAGCACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTTG
GTATACTGACATTTTCAATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAACT
GTTGTTGAAAGAGCTATAGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCGA
TATTGCATATATTGGTTTAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAGA
CATGCCTGGATACGAATGGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATAT
CAACACTTACGAGACTTCTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTGT
CTCATTTAGTCAAAGGTTTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGGG
ACATCAAAGAGCTCGTGGTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAAG
TTGAAAAAGCAGTGAAAAATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGAC
CATAGATGCTGAAAAACGTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAATGTT
TATTAAGTGCATTGGATATCGTGGAGGTGAACCCTTACCTGGGAACTAGT
GAAGAAGATGCCCACAAAACAGTGCAAACAGCTCTCCGAATTACTGAAGC
GTGTCTCGGAAAACATCGCTCCGGATATGTCGCTAAACGGAAGTTCAAAT
ATGCTGCTCCTGAAGAATCATCGTAATATACGGTGGTTTGACATTACGTG
AAGGGTTATATATCGGTGAACACATTAATAAAACGGACTTGATCGACCGA
TTCATTTGAGTTATGATATTGATTCACTGGATCCTATTCATTCACCGAGC
ACCGGGACTGCAGTTCAATCACACATGAACTTGGTATACTGACATTTTCA
ATGCACGAAGTTGATCGTTATGGAATTGCAACTGTTGTTGAAAGAGCTAT
AGAATCTATTAATCCTAGCTTGACACCTTTCGATATTGCATATATTGGTT
TAAGAGATACTGACCCTGGTGAATAGTGCAAGACATGCCTGGATACGAAT
GGGCACAACCTTGATTGATGCACACAATGATATCAACACTTACGAGACTT
CTGGCTCGAAAAATATGCATGGCATGTGTCTGTCTCATTTAGTCAAAGGT
TTGCCTAATTATTGCAACAGGAACAATAATGGGACATCAAAGAGCTCGTG
GTAACATTTGTTTACTATGGATTGCTAATGAAGTTGAAAAAGCAGTGAAA
AATGAACACATTGCACTCACTGTTGGTGGTGACCATAGATGCTGAAAAAC
GTTGAAGTTTGTGGAAAAGTGTCTGAGAAT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11818MSTRG.11818Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11818.4.p1.exon11MSTRG.11818.4.p1.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon10MSTRG.11818.4.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon9MSTRG.11818.4.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.11818.4.p1.exon7MSTRG.11818.4.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon6MSTRG.11818.4.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon5MSTRG.11818.4.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon4MSTRG.11818.4.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon3MSTRG.11818.4.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon2MSTRG.11818.4.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11818.4.p1.exon1MSTRG.11818.4.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11818.4.p1MSTRG.11818.4.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000087_pilongenomesc0000087_pilon:208486..227947 -