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Sequence
The following sequences are available for this feature:
mRNA from alignment at sc0000078_pilon:1273125..1290994+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >MSTRG.11027.4.p1 ID=MSTRG.11027.4.p1|Name=MSTRG.11027.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=17870bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1273125..1290994+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
aattcaaatatACAAAAGATGGAAGACAAAGGCAGAATGGAAGAAATCCC
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TTTGGTTTGCTTTTTAGGGGGGATACCAAGTATTCCCTATAAAACTGGAG
GGATGGGAATGTAGAGGgggtttgtttgtttgtttgtaattgtaatttat
cGTTGACATAAAAATAAATAGCTACCAGGCAAATACAAGTCAACCTATTT
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AGGATGTCGAAATTCTTGGGGAACTAATTCCCATATTTTTGGGCCCTGAT
AAGATAGAGACTCCTCACCATGGAACACTGTTCTGATGTTTCTAGgttta
aaaaacatttgatgTCGTGTGTTCGTAGACTTTTCATTATATGAACAAAT
ATTCCATCATTTAGCTTTGAAATGTTTGATTTGCATTTGAATAGCTCTGT
TGCCAGAAGCTGAATATTACGATGGTGGAAGGTTACTGAATTGTCTTTCT
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CATCTAAACTAACGGACAATAGTTAAactgacttttgaaaaatgcattCA
TTAGTTTTTGTCGTTTAGCTTGATTCATATGAGGGACTATTCTCGCTAGA
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GAATGTGAGATGGTTGTCAAAAGTCATTCCTAATATCTTAGATGTGTTGC
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TATGCCAAGTACTATAGCTGTCTCCTATTCTAGTCCTTTGTTTTCTATTC
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TAttattctttcaaaaacttttgagagCACAGAATAGTCATAGTCAAATA
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GTAGGATCGCAAAAATTGATTTAGATTGCCTTattcagcaaaatttgcaa
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TGTTCTATATGATaggtattttttaaattttggttatAAACATACTTGTT
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GGAATGAGTCATATTGTTTTAAAACTTCAATTCTCTCTTGTTTAGCTTTG
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taaaatttggtctctctaagggtcggttttcggaggtcccgtccgcacat
acccctcattcactaaccctagtaccccccccccgggtctttAACTTTGA
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AGAACAACAAAAACTTTATAGTAAATTCATACCTCCTGTGTGTTTTCATA
ATCTTTAAGCACTTTTGAATATTTGAGCTCGTAAGCATCACACAATGTTG
AATGCTGACTTGTGGTAGCTGCATTACAATCACCATCACTGTCCTCTTGA
ACGGCTTTTTGCGCAGCTGCTTTTTGAAGATCGATTGCGATAGTACTGTT
AACTAGAACTGCAGCACTGTTTACTAGAACTGCTTTTGCTAAACTTCCTG
GCGAGCCGACGCTTAATTGAACAGTACTGGGTTGTTGACTGTCCATTATT
CTATTTTATTTCGTTGTAAGTATAGTTTCTTGACTTGGATAACCGATTCT
CCTACTGTGAAATCTTGAACTGACTTCTTCTCTTTTAACTGCGTTTTGAA
TGAAtgtctttttggaaaaatatttacttcgtactttgtatttttatttg
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TCATTCCCCGTGACACTGTTGAACCAGTCTGATAACTAATTAAAGTAGGT
aaaaaaaTGGGTATCGTCGCCCATTTAATGTAACATGCGCAAGATATCTT
TAATGATCCTAACGGATGTTTTTGTAAAAGATGGAaaaatacagtagact
ctcCCTTATTCGAACCTTTCTCATTCGAATGAGCAAGAGTCAACAGTAGG
AGGATGTTGCTCGAAAGGTTGAGAACATCTGGATTCAATCTTGATTTCTT
TCGTtgcatattttctttttatagctCTCGGAGATGTCATTCAAAAATCA
CTATGTTTACAAATTCACTGTTAAAGGGGGGACAAAATCAGGTAACTTTC
TcgaacattttttgaaacaataaataTATTAGTCCAAATGTAACTCATGA
CGATTATGAAGACTCCTCAGTGGTTTACATGAATACTCGAATGACCAGCC
CGAGGGcaacttatagctttttgatagtcTGGATGTCGCTTATAGGTGGG
CCGATGTAATATTCTAGATTCCTATTTTTGTTCTTGAGCACGCAGCAATT
CCATAAAGATAAGTCCCTTTTGCGTCAATGCTTGAAATTATCCTTACAAC
AGTGGCTTTTCTTGATCTAGGCTTATGTCTCTCGAATCTTTCAAAACTTA
ATGTGAATCTGAATAAAAAGAGAGGATGTTCTACCCCTTAgttaagaaac
tttttgaacttgtatcatgaattttattttatccattttctttttatagg
aGATTTCATAACGCtggttcaaaatcaaaatcttatgAACATTCCACACT
CAGCCGCTGAAGCACAAAGTCACCATCGAGTATCGCTCGTaaaaaaaGTA
TGTTCTTCGTCATACTTAACAcgcttttttctttataagaatattcatga
tgaaattggccaaaaaataaagaatatgctaagaatactATCTATCGCCA
ATTATCCCCTAGCAATgccaaaagctttcaaaaaaggccaatacgctaag
aatattttggatgcttttccccaaaaagttaagaatatcaatGATGATTG
GGAAAAAAGACCATTTAGAAGcgtgtatgtgtgttttttcttGTTGACTG
TCAATTGTCAATCGATAGAGAGAAGTCGATGTTTGTGTAGCTATTGAGCA
AAGCACCAGTGATTTCCAAACCCCAGCCAAAATATCCAATCAAAGATTGA
TGAAACGATTACCGAATTTGTCTAAGGCGCCAGCGTAACAATCCCCGGTT
CGATTTCCTGCTctttccaatgttccgttcagttcctACATTCCCAAGCC
AGCTGACCGTGgtcccgtgaaaacaatcgaaagactgccgaaagttctag
attactgggctaaaAGTTCCACGTATTCTGCGTTTTCGACATCGAGTGtg
ttttaataataataactagccggtacccagcgtcgcacgccggttaagat
gtagctgaacgcactaaaagtcctttggatgttgaagctggcttgaaaaa
cgatcaaatgaataaaaagatatcttcaaagtttgactaaactttcttgg
taccgttggaagcAGGATTTTATGTAGATGATCATACTCAGAGCCTCTTG
ATGAGGCtcttggggaaaacttttggtaaaatcaagtCTGAAGTGTACTT
CTTTGCCCCAAAATAGATACGTTTTTGAGCAGTGCACTGGTCATCAGCTA
CACTAAAAACCTATCAAAGCCTTTGAAAGTCAGCGCTATCCCCATGGGCT
TTCGCCTTGCACTTGACCCATTTCATATCATGGATGACACTGTTTAATTG
CTTGTGGTCTACAGAAATGTTGTTGGGAAatccccccccaaaaaaaaaat
tctttaagaGTCTTTTAAAAGGTACCTACCATTGCAAGGATAGCACTTTT
CAAGGCACTTTATATCGAAAATGGgtctttattgttttatttcaccaatt
tttttccCCCAAGGGCCTCAacgtgaggctctgagtatgttaGAACTTGT
AAAATTCCgcttccaacgataccaagaaagtttccgcggaatttttttca
aggtcaacctttatttctgccagactattaaatttcaaaacaaaggctga
ataaagtctaaaccaggctttatttgatctgtcaatcaaaagaaacttat
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cagaaaacagaaaaaagacatacagactacgactattaatatatagatgc
tatacaagttcgcaggccaccgtgtgagcacatgggcctctatgaaccgc
tctATGTTCGGCTTACAATTTTCTTGAAGTTTTTATTACTTCTGAGAACA
CAAAAGTAATCTGccctaaatttttttaatcaaattttctcTCTTCATAG
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CCAGCCATCACCTCGATGGCAAACATTTCGGTTGGACGATATCAAATTCT
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attgattttgatttaacGCCTGAATTCCGGTTCACCATTTAATTCGGCGC
TTACAGGGCCCAGATAATgtcattttggaaaattattagCTATGTGAGAA
GTGAAATCCCTACGATGGTCAATTTGCATTAGGCTTTCCGATTAGGAGTT
CAGGTGTTCTACACACTCGACAAGCGCTTCCTACTAAATTTCATGTTATA
AAGATGCAGTCCTCATTGCTATCAAGTCATCCCAGTTTGGAAATATTCAG
GCCTGAGTCAAAGCCAGAATCTTTAGACCGGCTGAGTTACTAGTCCAACC
ACGCCCAACTCATCGaaaaaatacaacatttttATTATAGAAAGATGATG
AAGATCATGTGGACaaggaagaaaagaaaacagtCAACGAGGTAATGTCT
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ATTCCCTGTCCTCGCCCACTGAAAATACTTTCGAACAATTAGATTCTCCG
TTCAAATCCGAATTAGTAGAGACACAActgattttgttttaattttcctt
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CATGTGCGTTTTTGCATACATTATAGTTGTTtaacatttgaatttcagta
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TTCTGAACCAATGTGACTGGATGAGCGAAGAAAATGTTGTCAAGCCGTTT
GAGGTAAATACGCAAACTATTTTACAgttggcgctctctaattcgacgtt
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CCCCCTGAAAATCGAATAAGACAGCGTCAACTTTACTACGCttttttttt
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TAAACGCAGGAAAGTATAATATGCGCAAAGTTTACAGCAATCACAGCGGT
TTAGTATAGTATAGTTTGGGACACTGTAAGCCCCTCCGCCACTGGTAACT
CCGCCCTGGGCTTAactccgttttcaaatttatcccgcctcctaatttta
tttcctttttggTGACCTTGTGTTTCATCCACTAAGAAAGTGACtcgatt
ttcttttattttacccTCTTTTCTTGCCAGGTTGACGGAAGTTATGatat
caatttgctttcttaTTCGTCACCCGCAACTACTCATTCTTGACTGAAAG
AATTAATGAGATGGAGGAAAGTCGATAAATGGCAAAATGTGCAAATAATA
TGAATCCACATCAAATTAAAGGAATACAGTttcctctctaattcgatctt
taagggcTAAAgcttttcttcgaattaaagaaagatgaGAAagacagagt
agctctatctagtgttagTGGTTAGAATATCTTCATGTTAGGGTGAGTGC
AAAATACAATTCAATTCGTCTCGTTTTAACGCGAAATTCTAACGCTATTT
TTGCTGTAGTTTTTTATTGTAACATTTTTCAAGCTTAGAGAAGCTGGGAT
TTCTTCTCAGAATTAGCAATCTATAAcatatttaaaaatgaaacaaatgc
cTGTTTTCCTTCGTTTAATTCTCGTCTTTGTAGGCGGCGGATATAGGCGG
ATATAGGCCACCAGACCGCGGTGGAATAAGTTAGTATGAGTTGATTATCT
AGgaaatgttttgatgaaaaattttgaaaattcggaTCCACTCATGTTTG
AAAATCAACCCATAACTATTCTTGGGATCAAAACTATCATCAgaataata
gcgagtttatgtattggaGTATATCGAGGGCAACTGTAAGTGAAGTCGAC
GCAAAataaagtcgatagttgatgtacgatTATATATTGCCTTCGCTCAC
CTAagcagacgacggtattttggtgtttttatcgtcttcgagcaaagtgg
acggcgattttgGCTACATG Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000078_pilon:1273125..1290994+ >MSTRG.11027.4.p1 ID=MSTRG.11027.4.p1|Name=MSTRG.11027.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4515bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:1273125..1290994+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atgGAAGACAAAGGCAGAATGGAAGAAATCCCGTGCATTATACATCCGTT
GAAATTAATGTATATGGAAGGTGAAAAGTTGAGTGGATGTGCTGTCATTG
AAGCTGTGTTTTCCACTCCGACAGGTGTCAAGctCTCGGAGATGTCATTC
AAAAATCACTATGTTTACAAATTCACTGTTAAAGGGGGGACAAAATCAGg
aGATTTCATAACGCtggttcaaaatcaaaatcttatgAACATTCCACACT
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aaggaagaaaagaaaacagtCAACGAGtattcaacaAAGCTTAAAAGATT
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atcaatttgctttcttaTTCGTCACCCGCAACTACTCATTCTTGAatgGA
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TCATAACGCtggttcaaaatcaaaatcttatgAACATTCCACACTCAGCC
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AACGTCCAATCATCTTTTCACGTCATTACGATTTATATTACACCAGCCAT
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TACAAATTCACTGTTAAAGGGGGGACAAAATCAGgaGATTTCATAACGCt
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GGAAGAAATCCCGTGCATTATACATCCGTTGAAATTAATGTATATGGAAG
GTGAAAAGTTGAGTGGATGTGCTGTCATTGAAGCTGTGTTTTCCACTCCG
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aaaatcaaaatcttatgAACATTCCACACTCAGCCGCTGAAGCACAAAGT
CACCATCGAGTATCGCTCGTaaaaaaaCACTCAGAAACGTCCAATCATCT
TTTCACGTCATTACGATTTATATTACACCAGCCATCACCTCGATGGCAAA
CATTTCGGTTGGACGATATCAAATTCTACAAAATAGTCAAATCAGACAGT
GAAACCAAAGATGATGAAGATCATGTGGACaaggaagaaaagaaaacagt
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GTCACCCGCAACTACTCATTCTTGAatgGAAGACAAAGGCAGAATGGAAG
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AAGTTGAGTGGATGTGCTGTCATTGAAGCTGTGTTTTCCACTCCGACAGG
TGTCAAGctCTCGGAGATGTCATTCAAAAATCACTATGTTTACAAATTCA
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GAGGTTCTGAACCAATGTGACTGGATGAGCGAAGAAAATGTTGTCAAGCC
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GAGTGGATGTGCTGTCATTGAAGCTGTGTTTTCCACTCCGACAGGTGTCA
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TTACGATTTATATTACACCAGCCATCACCTCGATGGCAAACATTTCGGTT
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ATGATGAAGATCATGTGGACaaggaagaaaagaaaacagtCAACGAGtat
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TCTGAACCAATGTGACTGGATGAGCGAAGAAAATGTTGTCAAGCCGTTTG
AGGTTGACGGAAGTTATGatatcaatttgctttcttaTTCGTCACCCGCA
ACTACTCATTCTTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000078_pilon | genome | sc0000078_pilon:1273125..1290994 + |
|
