MSTRG.11003.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11003.1.p1
Unique NameMSTRG.11003.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000078_pilon:823858..875276-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11003.1.p1 ID=MSTRG.11003.1.p1|Name=MSTRG.11003.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=51419bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:823858..875276- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
TGCTATAAAATGTTTTGAAAATTATATTTTCCTTTTTAGTTAAATAATAA GATTAACAGAATAAAAAAATGATTAACAAAAGGTGCTGGAGCTAACAAGA TTGAATGCTATTGGTGGAAATGTGGACAAAAACGTAATGAGAAATCAGAT CAAAAGGTAAGATTGACTTTCAATATTTACTACCAAACAAATTTTAGGAA GGTTTTAATGTTCGCGTTTACGATTGAAGCAATAAAAAATTTACGGGATT CTTAAAATGTCCATACTTTCCTTATTGAACATGGTTAGATTAGGCTCAAT TAAATGCAATCTTGTTATCTGTTCTGGCATCAGAAAACCTCTCCTTTATT GCAAATTTATAAAAATGGAAATAATCATTACATCTGTGATATCAGTCTGG AATTTGACAATGTTCTGTTTCGCATCCAGTGAGCACAACTTTAAAGTGGT ACCCAAAAAGAAGTCTTTGAAGTGTTTGTTAAAAAGGTTTGCCTAACGGA GAACGACGTTATAACACATATTGATAAAATTAAATCTAGATATTAAAAAA ATTCAAATTAATTATTTTAGACGATTCGTCCATATTATGTAGTTTTATAG TAGGCCGTAGTATATACAGCAACATGAAGCAACCCTACAGATCCTTCCAA TTCCAATGTATCATAACATATCATAAATTGGAAAGGTACGACTTTATAGA CGACGATTCACTTCCTTGTGGCTCCAGTCGTTTGGAAAGTAATGGTAACT GTTTATGATGATATTCTATCATGGAAGACTCTCGTAGATGATATAAAGCA TTCCTACGGTCTTTCTCCAGTTCGATTAACTTTTGTTGCAGTAAATCGTA ATGTTCGTTGATTTCTTTCTCCTTTTCTTTCACGCCGCGCTGAACTTTTT TATCAAACATCCACTCGTCATAGGTTTTCGCTCGCATTAACCCTTTTGGA 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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCCGGA AATCGCCTTTTTTGCAGATTTGAATTGGGCTTTTTCCATACATTTCTTTG TTTTTTCACTTAAAAAAAATATTGATAACAATGCCACCATCAAGCATGAT TCAATTGTCAATAAAACTTTTGCAATTTTGCAACCGGAACTTTCTATTTC TTTTTTCCCTAAACCCCTCCCCCCCATCAACAATCAATGATGACATTTAA TGCATTTTCGCTAAGCGCTATATTTTCTTAATGAATTTTTTTCTCCTTAT TGCTATCTAAGTTTCATCATCAGGTAGGTCCATTCAGCATGTTGCTTGTT 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GGATCACATCTTGATGCCCAACATTGCTTTAGCTGCCAAAGTTAAGAAGA CGTATACGTTTTAAAGAAGGACTAGAGTTTATCGCCGTTCAGAGAGTTTT CAACCAATATGATGGGTATGAGAGCTTCATTGAGTTTCAAGCCGAAGGTT AGAGTCAAATCTCCAATCTTCTCCAAGCTAAAAACAAAGTGAAGTCTCAA AATTTACGGCGTGTTTTTGGTTGACGGATTGAATATTAAAACTTTCTTTG TTTTCATGTTTTACAATTTTTCGAATTTTGGTGGAAAATTATACTTCCAA TCCACTGTTTGTATGAAAACTACGCGGGCCGCGCAACTTATGTAGAGAAC ACGTCAAATACTATATACGAGCTTCAACTCTAGCCTTCGGTTGCACCTTA TTGGAGAGCTTTACTTTGTTGTCCTCATTCTATTCATGATATGCACCATT GCAATATCTTCTGACATTACATCACGGACCCAACAGCTGATTGGTTATAA GTGACGTAAAATCAGTTAATACGTCACTTTCAACAAATAAGCTGTTGGTT CCGTAGAATACATTGTAGTGGTACATATCGTGAATTGACCTAGATGATTA AGTATATCCATGGTTATGGAACACAAAGATCAGTTTTTAAAATGTTTTTT CGTGCATTGCGTTTGGAACTATGGTTTTATGCGAAAACTTATCAACTTTA TATTGATGCGATTGCAAATGTATAATTGCATTGAATTATTGTGGTTGCTG GCTCCATGTTTTGGGAACGTTTTGCTATTTGGGTAATTAATCCAATACGA AAATACGCACCGTGGTTACGAATTTCAAGGGAATGGCTATGACTGTAATC CTGTTAAAATCTCGAGAGTTATTTATTGTGAATTTTACAACTTTAAACAA TGTTGGCCATATATACTGACCATTTTATCACTTCACGACAAAAAAAACGG AAAGAGATATATTTCACAATGAATAAACAAAAACTGACTTTATGATAAAG CAAATTTATTAGTGATGGACAGTGTGCTATTTATTTAGTATGCCGATCTT GGCATTTTGGATAGTTAAGAAATTAATACTACGAAATGTTACGTAATTCT ATTTTTAAGTATTCCTTTTTATTCAATAAGAAATTACTGGTCCACTTTCG AATAAAAACGCCTCTTCGCTCAAACAAAATTCCGACAAGATTACATTCCT ACAGTCTATTCGCAATTTTTTTTATTTTGCTTGCTATTTTCCTCAAAGTT TTTCGAAAATTTTCTAGAACTCAAAAACTGACGTCACAAGCAAATCCCCT TGACTCCGCCCTACTCTTGTCTCCCGAATAGACGGGGGGGGGGGTCCGAA TAGGCAGGGGGTAGGAAAATTTTCTAAATTCTAATAAGAGGGGGGTGGGT AATTTGAAGACAGATTTTTTAAATTGATATCAATTTCAACAAAACAAAGA AACTTTAACAAATGAACACGTAAAATAAAAACCAATACTAACAAAAAGGA AAATTTTAACAAGTTTAAGGTCTATCTACACTGTAGTAAAATATTGAATT ATTCGAGTTTAATTAGCGGGGGTGGATTTTTTTTCTCTTAACAATTAGCG GGGGGACATCTATTCGGGAGACAAGAGTAAAATCAAATCAAATCAAAATC CATCAAACCCAAAACCACTTATACCAATCGAAAGCTCTCAAAAAACGAAG TAAAGGACTTTTAAGTGGGTATAGTTGATTTCTCGAGAAAATTAACGTCA AATTATGTTTTGAGGTCATTTCCGGTCGATTTACTCAAGCTACATTGGGA AATCAACTACATGTATGTTCACTTAAAAGTCCTCTATATCGTTTTTGAGA GCTTTCGTTTGGTATAAGTGTTAGTGAAAAAACTCCCTCATGAAAAACTC 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000078_pilon:823858..875276-

>MSTRG.11003.1.p1 ID=MSTRG.11003.1.p1|Name=MSTRG.11003.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2868bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:823858..875276- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TCCGATTTTAATCACCATCTGTGGTCCGGTGAATTTTGAATTGTACGCTG
GTGTACGTCTGGAAGATGATAATTTTCCCTTTATTATCGTTGGATTTTTA
TGGCTTCTTGGAAGTGTGTTATCTTATTTCGTGGTATGTGATTTATCGAA
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TTTATGTTCCCATCATTGCAAACCGATTTTATGAAATCGCACTCAAGTAT
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ATAATGACTCAATTTCATTTATTTGGTATTTTAATGTTGATAACATTTGC
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CGCCGTACTGTTGGTAACACGGCTCATATTATCGGCGAGTTTTTAGCACC
AAATTTACAAGATTGCATGGCAGAACATTGCTTGGTGATTTCAGTGGTGT
ATTTTGGGTTCATTGGTTACGCTATAATTTACAGAAGAAGATTCACTACG
GCCAAAATGATAGGATATAGGACCTGAATGATGGCGATGGCCAATGAAGA
TACCAGCAGACGTAAAAACCTAAATTCGCCAATATTGCGTGGAAGCGAAA
AGAACAGTATTGAATCTAATACAGGTCTTGAGAAATGGAAAGTCCAGCGT
CGGCGAACCTTCCTCGCCTTCTGTCTAATCATCAGTATAAATGGCTTAGA
ATGTGGTATCGCTCTACCAACACTGTTCACTTACTTAAAAGAGAATCTCA
AAACACCACATTTGAATATCTGGTATGGTTTGATTGCCAGTTCGTACTTC
ATAACCTCCAATATAGGCTGCTTAACAGTCTCCAGGTATGCTGATCAAAC
TAAAAATATCCGTTTAGTGCTTATTGCGACATGTCTTTTTGTATCGCTCG
GAAATCTCATTTACGCCACATCAAAATACGCTTTCGTGCTACTTATCGGT
CGTTTAATGCAAGGTTTCGGCGATTCTTTAGTATCTACCTTATCCGGAGA
AACGATGCGCATTTACCGTAAAGAAGAAGTGGTTCCTAAAATTTCAACAT
TCATGACAGCTTTCTTCGTATCTTATATTATCAGTCCGATTTTAATCACC
ATCTGTGGTCCGGTGAATTTTGAATTGTACGCTGGTGTACGTCTGGAAGA
TGATAATTTTCCCTTTATTATCGTTGGATTTTTATGGCTTCTTGGAAGTG
TGTTATCTTATTTCGTGGTATGTGATTTATCGAAAAATAATTCATTGGTT
CAAAACGAATGTGATATCCAAGATGGTAGACGAAGAGGTGAAACCGAATC
AGAAATTCAATCAAATGTGGAACAAGCTAATGATAAAATGCTACCACTAA
GGAAACTTATATTCAATCGTGATTTAGCGTTTATATATAGCATAACATTC
GTGGTAAATTATTTTTCAGGTGTTTTTAACGCTATTTATGTTCCCATCAT
TGCAAACCGATTTTATGAAATCGCACTCAAGTATGTTGGTATGATTTATA
CAATGAATGCTGTATTCTTTTCACTGACAATGTATTTAGTGACGAAATTA
AATTATTTTAACAATGAGATTTATTTTATTGTGTTTGGATCATCAGCCAT
GGTGATTGCCCTACAAGCCATGACTATGTCAGTGATAATGACTCAATTTC
ATTTATTTGGTATTTTAATGTTGATAACATTTGCTATCTGTACTGGTGTT
GGCTGGTCAGTCGAGCAAGTGCTATTAACTGCATTATCGGGTAAATTCGT
ACCCCTAAATATGCAAAGCTATGCCGCGGGCGTACGCCGTACTGTTGGTA
ACACGGCTCATATTATCGGCGAGTTTTTAGCACCAAATTTACAAGATTGC
ATGGCAGAACATTGCTTGGTGATTTCAGTGGTGTATTTTGGGTTCATTGG
TTACGCTATAATTTACAGAAGAAGATTCACTACGGCCAAAATGATAGGAT
ATAGGACCTGAATGATGG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11003MSTRG.11003Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11003.1.p1MSTRG.11003.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11003.1.p1.exon6MSTRG.11003.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11003.1.p1.exon5MSTRG.11003.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11003.1.p1.exon4MSTRG.11003.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11003.1.p1.exon3MSTRG.11003.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11003.1.p1.exon2MSTRG.11003.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11003.1.p1.exon1MSTRG.11003.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000078_pilongenomesc0000078_pilon:823858..875276 -