MSTRG.10965.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10965.1.p1
Unique NameMSTRG.10965.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000078_pilon:179052..198310-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10965.1.p1 ID=MSTRG.10965.1.p1|Name=MSTRG.10965.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19259bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:179052..198310- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CTCGTTTTCAAATGAAAAAAAGCGTAGCCTGAGGATGGTCGGAAAAATGA CTTTAAGAAAATTCAAATTTCGAGAGCCTGAGGTTGATAGTGGGTACTGT TGGCCCATGTTAGCCATGTCTTCGATTATCTATTTCCTCCTGTTCGGAAC GTTTTATTCATATGGTGTTTGGCTTCCAAGAGTTATGGAAGAATTTAATT GCAATCAAGAACAAGCTGGTAAGTATAATATCTCTCCATTGTTGAAAAGA TATTTCAGTCTGGTCTATTAGGAGGTTGAAAAGAAAAAGTAAGACTCAAT GGCAATAGTGTGCAAAAATTTTAATCAAAACCTACCCCCTCCTTTAGTAG GCTGCCCACATCCCCTCTGATAAGTTTTGATATAGGGGATGCGAATCAGG CTCACAAAACCGTTCCGAACTTAGCAAAAAATCTGCTAACCAAAAAAAGA GTTGAATGATAGAGAACTTTGATTGACAGTTTGTCGTCTTTTGTTATCTT GAGAGTTTTGTTTGCTAATTCAATTAATTTCGATAAACAAAAAGAAATAG AGGGAGTTTCTAAACATCGACCAGAAATGGCGACCACGACCAGCGACCAC GACCGGCGACCAGATAAATTTGGGTTATCGAGTTTACCTGCTTTCTCCAC CGTAGAGAACATCCAAATCGAGCCCTGATGTGGTTTTCAAATGAACCACT GAGCACGTGGCTGAGACTTTTGACGTTACCAGTCATTTTCTAGACAAAGT GACACTTTTTGACAACAATATTGACAGGGCAATTAAGTGTGATGCCTGTA AACTTTATTACACCAAATATTTTAATTGTACCGAATGAGATGCCTTTAGT ATGAATAGATAGAAATCGTCAGTAGGAAAATGCTGGGAAGGCCAGTTTTA GAGATATCAATCTCATCAATTACTCTATTGTCCTTATATTGTCAAAATGA 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TGACGAGCTTGGTGTGCGCTGCGGCCTTTTTCGCTGAAACCGCCTGGAGT CTTTTCCTCTATTGCTTCATATATGGGGTATGCGAGGGCGCTATAGTTGG TATAGCCAGTATTCTAACCATTGATTTAACTTGTTTACGAGATTTGGGAG CAGCTTGGGGTATACAACAAACTATCAATGGCATTCCAACCATTGCTGGC CCTGTTCTGATTGGTAAGTGATTGTGTTATTATACTGTGTTGTGCGAAGT GAGAAGGGGTTGTGGGTAGTAGGTTTTTGAGGTGATTGGGTATGCCTGAG CTAAAAAATCGAAAATTGACTCTTTAAGAGAAATAAAATAGAACCTTAGT GTGCTTAAGTATGACTTTCTGAGAGATTTTTCTCAAAGTTTGTTTAACAA TAAATCTTGGTCTAAAAATTACTGAAATCGTAGCCAGAGTGTCAGGCATG ATGTATAACCTCCGTTCAACAGGTTTTCGCTACACCTATATAAACATGAA TAAATACCATAACACATATTTTTCATTCTCTCAAGAACTTTATATCAAAG ACCACATACGGCATTAATAAAATATTTTTCTCTTTTAAATAGGTGCAATG AACGATGCCAATTTGTTCCGTCCAAATTTCATGTTTATCTTTACCGGTGG TACGTTTCTTGTCAGTACTGTATTCATGCATTTAGCAAGAACTATTCACA ATAGAAGAAATAAAATATCTAAAGAAGAAGAACATCAATCACAAATCGAA TGAAATTGCGTAAGTATTCCCTTGTTCGGTAGAGGTGCATTTCTATTCAA TTTTAGTGAAATTTCATGAGGAAAATATATTTTTTTAAATCCTAAAGAAA ACTGATAATCCAAGTTCGGATTCGAAGGGAAGTATCGACGTACTGAAGAT TGAACCTCCTCAAAAGGTGGTATAGGATTATTTCAGTACAAGAAAACAAA TACATTGACAAAGATTTTATAAGGAACACTCGTAAACCTATCAACATTCT GCAATATTTGAACTTTTGCACCTATTATCTTTAGGATAAGCAAGAACATC AACGAATAAGAACTCAGAAAACAAAACCAGCTGATTCCTTGCTGAGAAAA AGGCCCAATTTTTTATTTTTTTAATAGTAAAATATAGTAAAACATAGTAA CTTTTTGAATATCTTAACTTGTTATTCACTGAAAAAGCATAATAAAAAAA CACGAAAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000078_pilon:179052..198310-

>MSTRG.10965.1.p1 ID=MSTRG.10965.1.p1|Name=MSTRG.10965.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=5424bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000078_pilon:179052..198310- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GCCAGTATCATGTTAGCTGTTTGGTCTGGAAGTAATTTCATTGGTCGATT
AGGATTTGGTATTTTTGCTTCCAAATACCGCTCAAAGGTCCCTATCACCT
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ATTCCAACCATTGCTGGCCCTGTTCTGATTGCCTGGGTTGCTTCGATTGC
AACTGGTCTACTTGTACTATTGGCACTACCTTCAGACCTGGCATGTCATT
ACTTTGGTGTATTCAACATGTCAATATGCGGATCATTGTTGTGTGGCATT
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ATTTGGGGTTTTGATGGGGATTGGCTCCTCATTATTGTATACACCAACCT
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ATTGTAATGGTTGGAGCACCATCAGGATCTTTAGTATTCAATATCATCAC
AGAGAAAATCATGCAGAATTTCAAACTACGTTCGGTTATGGTTGTCTATG
GGATATGTTTGATGTGTATTACACTTGTCTGTTCGTTCGGATATATGCCG
TTTAGTCCAACTTTCATAGAAAAGAGGTCAAATATTGAGAACAAAGAAGA
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CGTCGCTGTTAAAGAATGAAGCATATTGGCTTTACAATGTATCTCGATTC
TTCTCAGTTCTCGCCCACTACGTTCCAATGTTTCACCTTTCGTTTTCAAA
TGAAAAAAAGCGTAGCCTGAGGATGGTCGGAAAAATGACTTTAAGAAAAT
TCAAATTTCGAGAGCCTGAGGTTGATAGTGGGTACTGTTGGCCCATGTTA
GCCATGTCTTCGATTATCTATTTCCTCCTGTTCGGAACGTTTTATTCATA
TGGTGTTTGGCTTCCAAGAGTTATGGAAGAATTTAATTGCAATCAAGAAC
AAGCTGGTGCAATGAACGATGCCAATTTGTTCCGTCCAAATTTCATGTTT
ATCTTTACCGGTGGTACGTTTCTTGTCAGTACTGTATTCATGCATTTAGC
AAGAACTATTCACAATAGAAGAAATAAAATATCTAAAGAAGAAGAACATC
AATCACAAATCGAATGAATCAAATATGCGATGACGATGGGGATTAGTAGT
TCAACAGCCAGTATCATGTTAGCTGTTTGGTCTGGAAGTAATTTCATTGG
TCGATTAGGATTTGGTATTTTTGCTTCCAAATACCGCTCAAAGGTCCCTA
TCACCTATCAGATAGTGCTATTTATGACGAGCTTGGTGTGCGCTGCGGCC
TTTTTCGCTGAAACCGCCTGGAGTCTTTTCCTCTATTGCTTCATATATGG
GGTATGCGAGGGCGCTATAGTTGGTATAGCCAGTATTCTAACCATTGATT
TAACTTGTTTACGAGATTTGGGAGCAGCTTGGGGTATACAACAAACTATC
AATGGCATTCCAACCATTGCTGGCCCTGTTCTGATTGCCTGGGTTGCTTC
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GTCATTACTTTGGTGTATTCAACATGTCAATATGCGGATCATTGTTGTGT
GGCATTGGCATGATCATATCATCTTATCTCCAGAACATTTATCATCTCTA
TTTATCATTTGGGGTTTTGATGGGGATTGGCTCCTCATTATTGTATACAC
CAACCTTGGTGATGATGGGTAGATGGTTCCACAAATATCAAGCTCTGTCA
ACAACTATTGTAATGGTTGGAGCACCATCAGGATCTTTAGTATTCAATAT
CATCACAGAGAAAATCATGCAGAATTTCAAACTACGTTCGGTTATGGTTG
TCTATGGGATATGTTTGATGTGTATTACACTTGTCTGTTCGTTCGGATAT
ATGCCGTTTAGTCCAACTTTCATAGAAAAGAGGTCAAATATTGAGAACAA
AGAAGAGGCAAAAGGACAAGACTCATTGGAAATTGGCAGTGGATTTGAAT
TCAGAGCGTCGCTGTTAAAGAATGAAGCATATTGGCTTTACAATGTATCT
CGATTCTTCTCAGTTCTCGCCCACTACGTTCCAATGTTTCACCTTTCGTT
TTCAAATGAAAAAAAGCGTAGCCTGAGGATGGTCGGAAAAATGACTTTAA
GAAAATTCAAATTTCGAGAGCCTGAGGTTGATAGTGGGTACTGTTGGCCC
ATGTTAGCCATGTCTTCGATTATCTATTTCCTCCTGTTCGGAACGTTTTA
TTCATATGGTGTTTGGCTTCCAAGAGTTATGGAAGAATTTAATTGCAATC
AAGAACAAGCTGGTGCAATGAACGATGCCAATTTGTTCCGTCCAAATTTC
ATGTTTATCTTTACCGGTGGTACGTTTCTTGTCAGTACTGTATTCATGCA
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AACATCAATCACAAATCGAATGAATCAAATATGCGATGACGATGGGGATT
AGTAGTTCAACAGCCAGTATCATGTTAGCTGTTTGGTCTGGAAGTAATTT
CATTGGTCGATTAGGATTTGGTATTTTTGCTTCCAAATACCGCTCAAAGG
TCCCTATCACCTATCAGATAGTGCTATTTATGACGAGCTTGGTGTGCGCT
GCGGCCTTTTTCGCTGAAACCGCCTGGAGTCTTTTCCTCTATTGCTTCAT
ATATGGGGTATGCGAGGGCGCTATAGTTGGTATAGCCAGTATTCTAACCA
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TGGCATGTCATTACTTTGGTGTATTCAACATGTCAATATGCGGATCATTG
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TCTCTATTTATCATTTGGGGTTTTGATGGGGATTGGCTCCTCATTATTGT
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CAATATCATCACAGAGAAAATCATGCAGAATTTCAAACTACGTTCGGTTA
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GGATATATGCCGTTTAGTCCAACTTTCATAGAAAAGAGGTCAAATATTGA
GAACAAAGAAGAGGCAAAAGGACAAGACTCATTGGAAATTGGCAGTGGAT
TTGAATTCAGAGCGTCGCTGTTAAAGAATGAAGCATATTGGCTTTACAAT
GTATCTCGATTCTTCTCAGTTCTCGCCCACTACGTTCCAATGTTTCACCT
TTCGTTTTCAAATGAAAAAAAGCGTAGCCTGAGGATGGTCGGAAAAATGA
CTTTAAGAAAATTCAAATTTCGAGAGCCTGAGGTTGATAGTGGGTACTGT
TGGCCCATGTTAGCCATGTCTTCGATTATCTATTTCCTCCTGTTCGGAAC
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GCAATCAAGAACAAGCTGGTGCAATGAACGATGCCAATTTGTTCCGTCCA
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CATGCATTTAGCAAGAACTATTCACAATAGAAGAAATAAAATATCTAAAG
AAGAAGAACATCAATCACAAATCGAATGAATCAAATATGCGATGACGATG
GGGATTAGTAGTTCAACAGCCAGTATCATGTTAGCTGTTTGGTCTGGAAG
TAATTTCATTGGTCGATTAGGATTTGGTATTTTTGCTTCCAAATACCGCT
CAAAGGTCCCTATCACCTATCAGATAGTGCTATTTATGACGAGCTTGGTG
TGCGCTGCGGCCTTTTTCGCTGAAACCGCCTGGAGTCTTTTCCTCTATTG
CTTCATATATGGGGTATGCGAGGGCGCTATAGTTGGTATAGCCAGTATTC
TAACCATTGATTTAACTTGTTTACGAGATTTGGGAGCAGCTTGGGGTATA
CAACAAACTATCAATGGCATTCCAACCATTGCTGGCCCTGTTCTGATTGC
CTGGGTTGCTTCGATTGCAACTGGTCTACTTGTACTATTGGCACTACCTT
CAGACCTGGCATGTCATTACTTTGGTGTATTCAACATGTCAATATGCGGA
TCATTGTTGTGTGGCATTGGCATGATCATATCATCTTATCTCCAGAACAT
TTATCATCTCTATTTATCATTTGGGGTTTTGATGGGGATTGGCTCCTCAT
TATTGTATACACCAACCTTGGTGATGATGGGTAGATGGTTCCACAAATAT
CAAGCTCTGTCAACAACTATTGTAATGGTTGGAGCACCATCAGGATCTTT
AGTATTCAATATCATCACAGAGAAAATCATGCAGAATTTCAAACTACGTT
CGGTTATGGTTGTCTATGGGATATGTTTGATGTGTATTACACTTGTCTGT
TCGTTCGGATATATGCCGTTTAGTCCAACTTTCATAGAAAAGAGGTCAAA
TATTGAGAACAAAGAAGAGGCAAAAGGACAAGACTCATTGGAAATTGGCA
GTGGATTTGAATTCAGAGCGTCGCTGTTAAAGAATGAAGCATATTGGCTT
TACAATGTATCTCGATTCTTCTCAGTTCTCGCCCACTACGTTCCAATGTT
TCACCTTTCGTTTTCAAATGAAAAAAAGCGTAGCCTGAGGATGGTCGGAA
AAATGACTTTAAGAAAATTCAAATTTCGAGAGCCTGAGGTTGATAGTGGG
TACTGTTGGCCCATGTTAGCCATGTCTTCGATTATCTATTTCCTCCTGTT
CGGAACGTTTTATTCATATGGTGTTTGGCTTCCAAGAGTTATGGAAGAAT
TTAATTGCAATCAAGAACAAGCTG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10965MSTRG.10965Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10965.1.p1MSTRG.10965.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10965.1.p1.exon5MSTRG.10965.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10965.1.p1.exon4MSTRG.10965.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10965.1.p1.exon3MSTRG.10965.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10965.1.p1.exon2MSTRG.10965.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10965.1.p1.exon1MSTRG.10965.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000078_pilongenomesc0000078_pilon:179052..198310 -