MSTRG.10161.5.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10161.5.p1
Unique NameMSTRG.10161.5.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000070_pilon:88632..107318-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10161.5.p1 ID=MSTRG.10161.5.p1|Name=MSTRG.10161.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=18687bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:88632..107318- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AATTAAAAGTTAGGAATTTACAGAAAATTTCATGGCAAAAGCTCTATTAT TTCAGGAGCTATTACCAATAATTTGACCTCCGAACAGAAACAGCCCCCCC CCTAGGCCAAATAGGGTTAAGAGTTGATAGGGATAGGTGTATTGTAAACA GGAGAATCATTTGATCGTTTTCCTTTTTCAGGTCAACAGACCACCGTGGA CCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGCAATCTAGCATGCACCGG TGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATAAACAACATGTGTAAAAT ATCAAAACCCAATAAGAAAATATCACATTTCCAGCTTGACCACAACGTTT TTTCAAGATTCGTATTACGTCCATGTTAGATCATTGAAAGAACGTTGTGT GGTAAGTTGAAGACATCACCATTTGTACAGTATATGAAATAGCTACAAAT AGATTGAGCTGCAATGGGAAAGTTTTTTTAGTTTGGAAACCAAACTTCAG ATCAAACAGGAGTAAAGCCTTTTTCGATTGGTTATCATGGATCTTTGGTT GGAAACAAGTGAATATCTAGAACTTAAGTTACTTTTGTGTGAGTTATTTT GTACATATGTAAATTCTAATCGTGAAGAATAAAAAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000070_pilon:88632..107318-

>MSTRG.10161.5.p1 ID=MSTRG.10161.5.p1|Name=MSTRG.10161.5.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=7992bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:88632..107318- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AAAGGCCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAG
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CCGTCCACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAA
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AGGTGGAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACC
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TCTTGTGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGT
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AGTCGCCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGG
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AAGCATTGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAA
GACGGCTCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAA
AAGGCCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGT
GCTCGTTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATG
TGTCAAAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAG
ATGCTAAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAG
AGAAATATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATC
GTGACGTCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGC
CGTCCACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAAT
ATTTGTTGACGACTTCAGCAGACACTCACTGTCGTGTTTGGACCATCAGA
GGTGGAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCG
GACAATGTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGT
TCGTTCGGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCAT
CTTGTGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTG
CTTGACATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGA
AGAACACACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAG
GACAAGCAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACA
GTCGCCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGT
CAACAGACCACCGTGGACCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGC
AATCTAGCATGCACCGGTGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATA
AGCATTGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAAG
ACGGCTCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAAA
AGGCCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGTG
CTCGTTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGT
GTCAAAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGA
TGCTAAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGA
GAAATATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCG
TGACGTCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGCC
GTCCACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAATA
TTTGTTGACGACTTCAGCAGACACTCACTGTCGTGTTTGGACCATCAGAG
GTGGAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCGG
ACAATGTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGTT
CGTTCGGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCATC
TTGTGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGC
TTGACATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAA
GAACACACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAGG
ACAAGCAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACAG
TCGCCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGTC
AACAGACCACCGTGGACCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGCA
ATCTAGCATGCACCGGTGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATAA
GCATTGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAAGA
CGGCTCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAAAA
GGCCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGTGC
TCGTTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGTG
TCAAAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGAT
GCTAAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGAG
AAATATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCGT
GACGTCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGCCG
TCCACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAATAT
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TGGAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCGGA
CAATGTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGTTC
GTTCGGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCATCT
TGTGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGCT
TGACATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAAG
AACACACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAGGA
CAAGCAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACAGT
CGCCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGTCA
ACAGACCACCGTGGACCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGCAA
TCTAGCATGCACCGGTGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATAAG
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GGCTCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAAAAG
GCCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGTGCT
CGTTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGTGT
CAAAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGATG
CTAAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGAGA
AATATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCGTG
ACGTCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGCCGT
CCACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAATATT
TGTTGACGACTTCAGCAGACACTCACTGTCGTGTTTGGACCATCAGAGGT
GGAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCGGAC
AATGTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGTTCG
TTCGGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCATCTT
GTGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGCTT
GACATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAAGA
ACACACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAGGAC
AAGCAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACAGTC
GCCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGTCAA
CAGACCACCGTGGACCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGCAAT
CTAGCATGCACCGGTGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATAAGC
ATTGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAAGACG
GCTCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAAAAGG
CCAAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGTGCTC
GTTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGTGTC
AAAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGATGC
TAAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGAGAA
ATATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCGTGA
CGTCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGCCGTC
CACTCAACAGAAATCACGTCATGTACCATTTCGCCAAACCACAAATATTT
GTTGACGACTTCAGCAGACACTCACTGTCGTGTTTGGACCATCAGAGGTG
GAAATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCGGACA
ATGTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGTTCGT
TCGGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCATCTTG
TGGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGCTTG
ACATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAAGAA
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CCAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGTCAAC
AGACCACCGTGGACCAGTTCTCTCCTGTAATTTCTCACCCAGTGGCAATC
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TTGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAAGACGG
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TTTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGTGTCA
AAATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGATGCT
AAGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGAGAAA
TATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCGTGAC
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GGAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGCTTGA
CATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAAGAAC
ACACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAGGACAA
GCAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACAGTCGC
CAGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAGGTCAACA
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AGCATGCACCGGTGGTATTGATGGAAAACTACTTGTCTGGTTATAAGCAT
TGGCATCACATTCAACAGAGAATATGTTCATTCTGATTGCTCAAGACGGC
TCCATTTCAGGATATGACATCACTCACAAGCAAGAACTATTCAAAAGGCC
AAAAGCTTTTAGACTTGTGCTCAGACGAAGGTGAAATCTTAAGTGCTCGT
TTTTCATCGGATGGCAAATACTTGATTACCATGGTCAAAAAATGTGTCAA
AATATGGAATATCGCCAAGAAGAAAGTGTCGTGGTCGATCGAAGATGCTA
AGGGATTTCAGGGCCAAAATTTATCGAGTTGTTTCATGAAGGAGAGAAAT
ATAAATTTAGTGATGCGTCATTTTCAAGTGATTCATGTGCCATCGTGACG
TCATCAACTGATGGACAAGTCAAATTGTGGGATTCAGAAAATGCCGTCCA
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TGACGACTTCAGCAGACACTCACTGTCGTGTTTGGACCATCAGAGGTGGA
AATGGTGAATTCATACAAGGTCTTACTATGGGATGTAAATACCGGACAAT
GTCAAGGGTCATTAGACGGACACGCTTCGGACGTAACGCGATGTTCGTTC
GGAAAAGAGATTCTAGCTACAGGTTCTCGTGATGGCACAGTCATCTTGTG
GAGATACGCTGACAATAAAAGGTGTTCCAAAATAAGTTGGAGTGCTTGAC
ATACGTAAAAAACGATATCATCATATTGGAGTAATGGGTAACGAAGAACA
CACGACGAGCTTTCAAGGGAAATTAACCAAAACACTTCATTTAGGACAAG
CAGGTGCCATTCTTGGATGTGGAATATCCTACGATGACGAGACAGTCGCC
AGCTGTGCCACAGATAACAAGATGGATTTCATCTTTGATAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10161MSTRG.10161Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10161.5.p1MSTRG.10161.5.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10161.5.p1.exon9MSTRG.10161.5.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.10161.5.p1.exon7MSTRG.10161.5.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10161.5.p1.exon6MSTRG.10161.5.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10161.5.p1.exon5MSTRG.10161.5.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.10161.5.p1.exon3MSTRG.10161.5.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10161.5.p1.exon2MSTRG.10161.5.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10161.5.p1.exon1MSTRG.10161.5.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000070_pilongenomesc0000070_pilon:88632..107318 -