TCONS_00063797 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00063797
Unique Name	TCONS_00063797
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3070

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_400:204826..225984+
coding sequence from alignment at scaffold_400:204826..225984+

transcript sequence

>TCONS_00063797 ID=TCONS_00063797|Name=TCONS_00063797|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3070bp
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AATAGgtatTAAATAGTACTGATTGAAGCAAGTGTGCGATGGATTCAATA
TTATGTTTGGTNATAATTCACTAGAAAGTTCTTGAATCTTCACTTTTTGG
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ACAGAAAACCATTTTCCTTGCCtgcgaaatcaaaacaaacgctGAACTCA
AATGGTATTATAACGATACTGAAATCACCAAAAATCCACCACCTTATGTG
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GAAGTGTCACAGACCGTTGTTAAAGATGATATGTTTTGTTCGAATTTGAA
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TATTTCAGCTCCAAAAAATATTACAGAATATCCAGGAATCGTCAAACATA
CTTCTATCCATCGATCTTGTTCTGGTTCCGAAAAGATGATTATCCGGTGG
TCAGAACCGGAATACGcATCACATGTATTGTATTATAAAATCTCGATCAT
GGGAGAATTCGAAGAACATTCTAGATGTTACCTAGTTTCAAAGGATAAAT
TGACGTTCGATTTGAACAAAGACAGAAGGTTTTACGCGAATTGTTCATAT
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GTTGACAGTACAGCAACTCTACAAGTGTCCTTaTGATGGTGTATGGAGTG
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GGCGTCTGCTATACTAAAAAAACAAGAACGAAAGATTGCTTAGTTCCTTC
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GGTACACTTGCTTGTACTGTAGCTATCATCTTCATCATAAGGCGTAACAA
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TTGAACTTGGTTGCCAGTCTCTCGAACTATGGAATCAATTTCAAGATGGA
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AATGAAAAAAGTTGGTGGTAGTTATCGTTAATTCAAGGTGTCGAAGGTGG
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GACCTAGATTGCActtaaaaatgttgttttccGAAGTCCATGGATGTTTT
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ATAGACCAATATGGAAGTAATAAAATTTAGATGTAAAATCTAGAAAAGTC
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GAGACACCTGATTGAAAAAAAACCATACGTTAAGGAGACTTTGATTCAAC
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GGATATTATAGTTCGGGATATAAAAAACTTCATAAACATGATCACAGTTC
TAGCGTCCTCTGCATCTAAG

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00063797-protein

>TCONS_00063797-protein ID=TCONS_00063797-protein|Name=TCONS_00063797-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=674bp
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FLACEIKTNAELKWYYNDTEITKNPPPYVLDWNKGTAGEKGSILMIRQPR
DGKYDCEAQTSSFLIKATVHIIVKQRHLLPDGFPKIEVHPINVYTRRDSV
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SVSVGFYQCVIMNKIGQVVTKDAKIAFNGDHRRKRREVIDKLKCNSISAP
KNITEYPGIVKHTSIHRSCSGSEKMIIRWSEPEYASHVLYYKISIMGEFE
EHSRCYLVSKDKLTFDLNKDRRFYANCSYTVVVRTIPELPEISRQALTVQ
QLYKCPYDGVWSEWSSWSTCICKEKCVGSGVCYTKKTRTKDCLVPSVYNE
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DTDEAFNTLVGMLLDTEPVQVHIQ

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_400:204826..225984+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00063797 ID=TCONS_00063797|Name=TCONS_00063797|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21159bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_400:204826..225984+ (Clytia hemisphaerica)
AAAATGGTGTTGCTTTTtgctggaaaaaatttgatacaGGATTCTAATCT
AATAGGTGCTGATCAGCTTTTCGATTTTCAGAGTGAGATTAATTGTGTGA
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TCTTGAATCTTCACTTTTTGGTGTGTTGAGTAAAAGTATTTATTACAACA
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TGAGATGATTTAGTTTTTAAGCTCCTTATTTATTTATCATGAAGTCTATA
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GAATAtgcgatttaaaaaattttgtgatggatttaatttcgcgaatcagg
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GAGCTAGAACCCATAGATAGATTGATAGATAAATCAGTGGGTCACAATGG
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CCGACAAACCACAGACCATCCACGTTGATGAGCAACAGAAAACCATTTTC
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GAACTGCCGGCGAGAAAGGTAGCATCTTGATGATCAGACAGCCCAGAGAC
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AGTTCATATTATTGTCAAACAAAGTAAGTAGACTTTCTGCTTAAGTTTGA
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TTGTTATAATATCATTTGACCTAAACGTTTGACTGTTATTCCATGTAATG
CAGTAATACGAGAGTTGTATGATAACACGATAATTATTATGGGATAATAC
CAGTTTGTATAAACAATTTACCCCTTctattattttttgcttatgttcga
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CGCCCATATTTAAATGTTAGGGGTCAGTTCTACAAAAGCCCATGCAGTAA
CAATTTTTTGACAAAGTGAATGTGGTAACTCCAGGGAAAGAGTTTTTAAT
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AGCCATGTTTATGTCTAAAGTTGTGGTAAAAGAGCAGACTCTGTCCTCTT
TGATTCCAAATCCATTCAAAGATTTGCCTCCCTAgttttaacttttaaat
ttttccatTTACCTATGTCTTTGGTCAGGGATGGAAACCAAATGAAAGCT
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ATGGCTTTCAAAGGATTTTTTCAACCCAGTTATGTACAACATAAATCTTG
GATATCATGACAAGACCGCACAGctggaaaaaagattttaaaaagaaGCT
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AAAGTAGCCTATCCTGTCGGCTGGTCAAAATCTCTTTTTGCATGAACATT
CAAATCCTGACAAAACTATTTCATtataaaaagtcataaaaaaatccTTT
TGGAAGGCGACagatattaaaaaatatagAGAAAGCATAAACAATCCTAC
TTTCGTGCTCTAACGTGCTGAAGTGCAATGTTTTTAACCTattctatata
tttttttggtGTTGAGTTAGCTAAACCTTTCGACAAAGAAAAGTACATGT
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ATAACACACTTCGATTTCATTCAGTGCACTACTAATTCTGTAACATCGAT
CAAAAGTagaagaaaaatacaaagatgAACTTTAGACCAGCTGTTAGCAG
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>TCONS_00063797 ID=TCONS_00063797|Name=TCONS_00063797|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=28350bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_400:204826..225984+ (Clytia hemisphaerica)
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TGTCTGCAGTTCACTTCACCACCAATATGGCATGGAACTCGTTCACATGG
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CAAAGATCGAAGTTCATCCTATAAACGTTTACACCAGACGAGATTCTGTT
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CCAGTCTCTCGAACTATGGAATCAATTTCAAGATGGATATTTTATGTCAA
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TCTGAATATAAGTTGATAAACAATTTCATGTACCAATCATGTCAACGTAC
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CTCCAACATATAGGAACCTTTATCATTGTTCATATCCTAAACAGTACAAA
GACACTGATGAAGCTTTTAATACTCTGGTTGGTATGTTACTGGATACAGA
GCCTGTTCAAGTTCATATTCAATGAATGGATTCAATATTATGTTTGGTTC
TGGTGATAGTGAGCCTTTGTCACAATGTCTGCAGTTCACTTCACCACCAA
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GACCGGATTCATGAAGTGTCACAGACCGTTGTTAAAGATGATATGTTTTG
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GCTTTCAATGGGGATCACAGAAGGAAAAGACGAGAAGTTATTGATAAACT
CAAATGCAACAGTATTTCAGCTCCAAAAAATATTACAGAATATCCAGGAA
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GTGTATGGAGTGAGTGGTCTAGCTGGTCAACTTGTATATGTAAAGAAAAG
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GACTTGTGCCTATACAGCTAAAACATGCAGATCTTTGAGTAGTATTTCGT
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ACCTAAAGTTGTCATCATGATCGAATCTGGCATCACTGGTGATTTAATTC
CTCCAACATATAGGAACCTTTATCATTGTTCATATCCTAAACAGTACAAA
GACACTGATGAAGCTTTTAATACTCTGGTTGGTATGTTACTGGATACAGA
GCCTGTTCAAGTTCATATTCAATGAATGGATTCAATATTATGTTTGGTTC
TGGTGATAGTGAGCCTTTGTCACAATGTCTGCAGTTCACTTCACCACCAA
TATGGCATGGAACTCGTTCACATGGTGGCCGACAAACCACAGACCATCCA
CGTTGATGAGCAACAGAAAACCATTTTCCTTGCCtgcgaaatcaaaacaa
acgctGAACTCAAATGGTATTATAACGATACTGAAATCACCAAAAATCCA
CCACCTTATGTGTTAGACTGGAACAAAGGAACTGCCGGCGAGAAAGGTAG
CATCTTGATGATCAGACAGCCCAGAGACGGAAAATATGATTGTGAAGCGC
AGACCTCTTCATTTTTGATCAAGGCTACAGTTCATATTATTGTCAAACAA
AGGCATTTATTACCAGACGGTTTTCCAAAGATCGAAGTTCATCCTATAAA
CGTTTACACCAGACGAGATTCTGTTGATTTCAATTGTTGCGTCACCGGTC
AACCACCGTTCCGCTTCAAATGGTATTATAACCGAAATCCAATCGGAAGT
GACCGGATTCATGAAGTGTCACAGACCGTTGTTAAAGATGATATGTTTTG
TTCGAATTTGAAAGTAACCAATGTTTCGGTTTCCGTCGGTTTTTACCAAT
GCGTCATCATGAATAAGATTGGTCAAGTTGTGACTAAAGATGCAAAGATC
GCTTTCAATGGGGATCACAGAAGGAAAAGACGAGAAGTTATTGATAAACT
CAAATGCAACAGTATTTCAGCTCCAAAAAATATTACAGAATATCCAGGAA
TCGTCAAACATACTTCTATCCATCGATCTTGTTCTGGTTCCGAAAAGATG
ATTATCCGGTGGTCAGAACCGGAATACGcATCACATGTATTGTATTATAA
AATCTCGATCATGGGAGAATTCGAAGAACATTCTAGATGTTACCTAGTTT
CAAAGGATAAATTGACGTTCGATTTGAACAAAGACAGAAGGTTTTACGCG
AATTGTTCATATACTGTTGTCGTCAGAACTATTCCAGAATTACCAGAGAT
CTCCAGACAGGCGTTGACAGTACAGCAACTCTACAAGTGTCCTTaTGATG
GTGTATGGAGTGAGTGGTCTAGCTGGTCAACTTGTATATGTAAAGAAAAG
TGTGTCGGTTCTGGCGTCTGCTATACTAAAAAAACAAGAACGAAAGATTG
CTTAGTTCCTTCAGTATACAACGAATCAGTCAGGATCCCTGGAAACAAGG
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TGTGCCTATACANCAGCCGGTGAACTACACGATCAATCGTCTCAAGATGG
GACTTGTGCCTATACAGCTAAAACATGCAGATCTTTGAGTAGTATTTCGT
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GCAGGAATCATCGGTACACTTGCTTGTACTGTAGCTATCATCTTCATCAT
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GAGGATTGTATTTTGAACTTGGTTGCCAGTCTCTCGAACTATGGAATCAA
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TCATGTACCAATCATGTCAACGTACACCTAAAGTTGTCATCATGATCGAA
TCTGGCATCACTGGTGATTTAATTCCTCCAACATATAGGAACCTTTATCA
TTGTTCATATCCTAAACAGTACAAAGACACTGATGAAGCTTTTAATACTC
TGGTTGGTATGTTACTGGATACAGAGCCTGTTCAAGTTCATATTCAATGA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_039995	XLOC_039995	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00063797-protein	TCONS_00063797-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_400	supercontig	scaffold_400:204826..225984 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.558	0.799381	2.04972	1.90194	0.434138	2.47859e-08	4.99975	2.74715	1.31286	8.51611e-08	0.866306	0.562685	2.06487	6.77141	0.474512	0.130862	5.74726e-07	0.0260591	4.55619	2.71723	0.0304696	2.47328	0.0576797	2.71268	4.65604	5.23192	5.05402e-07	1.67717	3.23282	2.50014

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR013098	Ig_I-set
IPR000157	TIR_dom
IPR013783	Ig-like_fold
IPR013568	SEFIR_dom
IPR007110	Ig-like_dom

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005515	protein binding

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0007165	signal transduction

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0007165	signal transduction
molecular_function	GO:0005515	protein binding

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00063797 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00063797 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00063797 (transcript) - C. hemisphaerica