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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00054776 ID=TCONS_00054776|Name=TCONS_00054776|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1188bp
GTTGGAAGGACCTATCTCGCAGTTATGAAATACTACGATTTGATTGGTGC
GAATTTGATTGTGTACATACGGTCCGAAATCGAGACCAAATCTATATGAA
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TGAGGCTAAATTGTCATTCATATACCATGACCAATACCTACGATAACTAT
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TGTATATCAAATAACTCGGttcagaaatattttatttttagtaaatggAT
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tctttctattttatcaaagttttagtgaacatataaacgactggacatct
atcttttattgtctctttgaagcgagcttcgttgccgc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_245:315560..325010+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00054776 ID=TCONS_00054776|Name=TCONS_00054776|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9451bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_245:315560..325010+ (Clytia hemisphaerica)
GTTGGAAGGACCTATCTCGCAGTTATGAAATACTACGATTTGATTGGTGC
GAATTTGATTGTGTACATACGGTCCGAAATCGAGACCAAATCTATATGAA
AATGGTAGACCAAGCTGCGTAAAAATTTCTAAGCTGGGCTGGATCAGATT
TGACTATTGACTTTTCTTGACCATTCGTTTAACTGACTGCGCAATTCAAG
TGAGGCTAAATTGTCATTCATATACCATGACCAATACCTACGATAACTAT
GCTGCTTTTCATAATCTAGCAAAACCAATCTGATAGGGTAAGTTTGTATG
TTTACTACACTGACTGCTTTGCTGGCATGGCTGTGCATACTgcactgtaa
ttttttttatccaCATGCGCCATGGCACCTTTTCACCTCTCCTCTGGTGT
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GGCCTGGGCCTTTTTGTAGACCCGGCGGCAGATTCAGGCTCAGTCCTCAG
AGGGGGCATGGCAGGGTGTACGTGTGTGTGTTGTGGGACATTCATCACCA
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AGTATCTGGCTTGCGTTTCCGAACAGCCTGCCAGTGAGCTGAACAGTGGA
CTGGGCTGCAGGGGGTAAGAAGCACAGTAGATCGATTTGATTTGTTCAGT
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GTTAGATCgatttgattgaatttgttCGGTAGATCgatttgattgaattt
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AGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGATTTGTTCGGTA
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CGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTTGTTTGGTAGATCGATTG
GATTTGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTGG
TTCGGTAGATCGATTGGATTTGTTTGGTAGATCGATTGGATTTGTTCGGT
AGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGATTGGTTCCGTA
GATCGATTGGATTGGATTTGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGATTTGTTC
GGTAGATCGATTGGATTTGTTTGGTAgatcaattggatttgtttggTAGA
TCGATTGGATTGGTTTGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAgatcaatt
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GGTAGATTGATGGGATTGGATTTGTTCGGTAGATTGATTGGATTGGATTT
GTTCGGTAGATTGATTGGATTTGTTTGGTAGATTGATTGGATTTGTTTGG
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ATTTGTTTGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATTGATTGGATTGGT
TTGGTAGATCGATTGGACTGGTTCAGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTA
GATCGATTGGATTTGTTCGGTAGATCGATTGGATTTGTTCGGTAGATTGA
TTGGATTGGTTTGGTAGATCGATTGGACTTGTTCGGTAGATCGATTGGAT
TTGTTTGGTAgatcaattggatttgtttggTAGATCGATTGGATTGGTTC
GGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATTGATTGGATTTGTTTGGTAGA
TCGATTGGATTGGTTCGGTAGATTGATTGGATTGGTTTGGTAGATCGATT
GGACTGGTTCAGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTG
GTTCGGTAGATCAATTGGATTGGTTCGGTAGATCAATTGGATTTGTTCGG
TAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTTGATTGGATTGGTTATGT
AGATCGATTTGATTGGATTGGTTATGTAGATCGATTTGATTGGATTTGTT
CGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTTGATTGGATTGGTTC
GGTAGATCGATTTGATTGGATTTGTTCGGTAGATCGATTGGATTTGTTCG
GTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTTGTTCGGTAGAT
TGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATGGGATTGGTTTGGTAGATCGATTG
GATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGGTAGATCGATTGGATTGG
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CAGTAGATTGATTGGATTTGTTCGGTAGATCGATTGGATTGGTTCGTTAG
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GGATCAACAGTAGATCGATTTGATCAACAGTAGATTGATCCGAACCAATC
GATCGATAGATTGATCGATTTGGTTTAGTAGATTGCTCGGATCGGTTGAT
AATCAATAGCAGCCAGCCAATAGTCAACAGCCAGTAAAAAATGGATAGCC
GCTAGTCAATGGTCAGTAGGGGTTGTTAGAATCAGCCAGCCAACATTCAA
CAGCAACCATTCAATAATGGATAGCAACCAGCAACTGTTAAAGAGGAACT
TTTTTAAGAGACCCTTTAGGGTATGTATATGAAAAATGAGGGAGAAGAAA
ACTTTACACGAACGTCTATAAAGATCTCTCTGCTCTGTTATGAGTCTTCA
AAGTTGGCTTTCTCCCCTTCATTAAACAACTCACTTTCAGCTGTGTTGTT
GAGAGATTGTGACCTCACTGTTTCGAAGCTATATCTTTTGTATTGTAAAT
TAGAGGGAAAATGTAGTGAATATAGCCAAATATTTTGGGTGAGATTcata
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gaatctaaaatactttaataaaGGTTAATCAGTCAATAAATTGCTAGTAG
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AAAGGTTTGATACTAAAAACAGAAAGCATCCTCTGCAAGACCATTAATCT
AAACAACAACATTTCAATAATGTATCTACTAATTGGATGGATTTATACCT
CTGCACTAAAAGATACCATGAGTAAACAACCTGTTTAAAACTTCCACACT
GGTGGTCAGTGAAAAGGCTCCTGGTTTATAAAAagtattttcactgaaat
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AAGTAAGGCAAGGTTGAAGGTCTTACAAGTATTACTTTTTCCCCTAATTC
TTTTGCGTGCAGAAGAGACTAAATATATCGATAAAAGTTTcgttaaaaat
aatttatttaaaaaattatcgTTCCAGGGTTTAAAAGAAGTAATATTTTA
TACGTCATGCCACTAGAGATACAACTTTTATCATTTTGATTATAAttggt
tgcataattttttcattaattaggCTTGTGAATGGAATGTATATTGCAAG
ACTGCCTAAATTCTCAAAGGATATTCTAATTTCACAGGTACCGCTCTATT
TGATCTTCTCGGGTTTTGACTTTATGATTACCTTAGATATCAGAATGTTT
TCTGCCAATGGGAGCCTCAATTTCCCTCTATAAAGTGGCTAGCTAAAAGT
CTATCCAGGGTATATATGTACTCTTTTTATTTTGGGGTTAGCTTTTCATA
GAATTTATCAATCTTAATAAACTTACAGATCATAGCACTTGTCTACaaga
ttttcattgttttcttcttcattttcacctAAATTCTTTATTGATTTCAa
agtgtttttcatttgaaacCAACAAAAGAGCCTTTGAAGAAGGAAAGAAA
ATCATTACAACTCTTATAACTCTTTTAGCTGCGAAgaagaaaacaagaaa
agcaAGTAAAGCTGAAGGAAAAGAAAACAGCAACCCTTACGAAACAGGTG
AATTTATTTTCATCGTATTGAGTATTGTATAACAGAAATCAAAATGTGTA
GAGTGTAACTATCTTTTTTACAACTCATTAGATCCCAACCAGTAAGCCAT
GACTCAGCTTAACCACCAAAGTGTAAGCCACATAATTTTCCCAAGTTATG
GTCAATTTAGTggctgacagtaaaaatgtcacaaaacaggggtttatttt
tgattgggatCAATAGTAGAAGTAGTCGCAAGATGTAAAGTATATCATTG
ATTTTTGATCCTtcggtttttttatttgaataccGTTTGTAATGGTTTAT
CCTGGTACAGTAAACATCTTTTATGTTTTAGAAAAAATCTGCtgcaaaaa
gttttgtttaaaGCCAAAGCAACCCCATGTGTTTGTATATGCCACACAAG
ACGCACCACCACAAATTTGTCGAGCCTCGAGTACCCCGATCCCAATCATG
TGGAtgtcattttatttatttctccTTTGGTTGGAGAATATAAACGGCGA
GTGCTCAGAAATTTGTTTCTAAAAGCATCAATTTCCATGGTCGGTTCTTT
TTTGTCTTCATTCATATGtcattttctgttgtttttttcacacaGGACGT
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CACTAATAACATGAAATATATTGTAAGTTTCTACCCAGAATTTTGATTAC
ACCTTTTTTATCGAGTTGCTAAGGGTCTAGCcttgaaaatggccaaaaac
cgAAGCAACTTGGCTCGGCAATCCATGCCATGAAACTaagaaaatgtcat
tttatcACAATTCCTCGCGGAGTTGATtctattctttttcattttcgatt
cgattttttttctgttttttttcttctaatctGATAATATTCTATTCGTG
ATCATCTTTTCAACGCGCATAAACTGGCTATCTAATTCAAAACTTACAAG
CATTTCAAATTTTACTGATAGCatagctaatttgaaataggctttattta
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gatcaaaagttatgcgcaattgaataaaaaagttaatttctgaaagtgct
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tacaataacctttacatgattaaaagcatttttcagtgATTAAACACATA
AAATTTCGAAACTGAAAGGCCGAAAGGGTTCataatcttcatcaaaatca
ctttaatttatttttaccgaaattttcctccgaTTTTCGGTTTTAGATTA
AATAAAGTCtttgtaaggctggatctacctcgcaACCATTCTTTAtgaat
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ctaattatcatttttaatgactgaaacgaaggataatgatgtatcatgta
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AATAgacccgctaattaatttttcgaaaatttccatCCAGGACATTCCTG
TTCCaatcccccgcttattaaagttagaaaaaatattttcaaaacttctt
CATTTTGCCTCAATTCTTATATATCAGCCTCTGTTTTAGTAATTTTTcac
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TATAATTCATGGCATGCTACGGATACAagttaatcatttttcaaaatcag
atgtCTTTGAGCCCCCATGAAGTTGTCAATTTTCTAATGACTTTGTTATA
AATGTTCTAATTTTAAAGATGTTTTGGGCTGAATGTCCTAAAATTTCGTC
AATTTTGTCCTGAAAGTTCTGTGTGTGTAATCTTTTACGTACAATTGAAA
TTgctattgatttttttcttttatgcaTGTGTTTCCTtctccaaaaaata
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AAgatggcaaaaaaattttacatcCTGTACGTATAGCACTGACGATGGTA
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CTACCCACCGCTGGTACTGAATTGATTAAAAACTTGCTTCTACCGGAGGT
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CGGCACGATTTAGCGATCAATTACCTGTGAAACTACTTGTTCAATAGTAA
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cgactggacatctatcttttattgtctctttgaagcgagcttcgttgccg
c
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:315560..315846 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:315560..315846 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:315560..315846 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:315560..315846 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:320633..320696 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:320633..320696 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1510915933:320633..320696 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1510915933:320633..320696 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:320633..320696 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:320633..320696 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:321038..321106 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:321038..321106 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1510915933:321038..321106 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1510915933:321038..321106 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:321038..321106 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:321038..321106 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:321441..321781 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:321441..321781 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:324377..324457 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:324377..324457 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:324665..325010 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1491911889:324665..325010 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:324665..325010 | TCONS_00054776-exon-scaffold_245-1575043694:324665..325010 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_245 | supercontig | scaffold_245:315560..325010 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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