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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00053594 ID=TCONS_00053594|Name=TCONS_00053594|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5641bp
CTTTATAgcataaaaacaaagcttttctcATGCGAGTGCGCTTCTCGTGC
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aaccaaaatatggcttcgttggaataccggttgaaacacttgtgttttag
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tcaagGACCATGAAGAAGACAAATATTGGAGTAGCAGCTGCCAGATGCAG
GCTAAGAGGCTCACAAAAAGAGTTAAAAGGTCAAGGTCCCATGGTATATT
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CAAGAAGAAGCTCGTCCAGTCAGAGTTGTTCACGTAGTGGAGGAAAGCCA
TCCCACTTATCGTTTAGCTTGGTTCTATGCTAAAGGTTTGGAAGATGTAC
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TGATATGCACACCTTAAGGGAATTTGATCTCAAACCTGTTATTGATATGT
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ACTTCTAACCTGTCTCCTTGGTTTAGACATGGTCATTTGAGTAAACAAAG
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AGAGGATCACAGGAATGACAAACGACCTCACACTTATTCATATGAGAAGT
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TCTTATAGGTTCAGAACTATCAACCAGTAAAAAATCTAAGCGATCccaca
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AATTCTCATACTTGGCTTTCTTgggatttcatatttttatctTCACACTa
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AATGGTTGACCAAAAGAATGAATGTGCAATCTGTTTAAGTCCCATTGATA
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AGAATAATTAATCATTCTTCAAAAGTGAAATGTCCATACTGTCGACAAGA
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TCTTTGCACTTCCAACCTTAACAACCATAGCTGATGGAGTTTATGTTCAA
GGTGGTACCATTGGATTAGCATCCTatcattttggaaatctttcgACCCC
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ttataggttttgactttttattcatatttcttTCAGTTCCAAAATGAcgg
ataagaaaaatgaatgttGTTTATGCAAGGGACCTATTAAAAACAAATGC
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GTCAAACTAACAAACATACTTGGTAGCATTTACATACAATGTGATACCAT
TGGTTTAGCATCCTACCACTTTGGAACTCTGTCAAACCCTTATATATCAT
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GGAAATGTGCAGGGTTTTAAAGAAGTCAACGGGCCACCTGATGGTGAATT
GAATATCTTTGGTGAGGATCTAGTTTATGAAAGAGTTTTATCAGCAGATT
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AAATGGCATGCGCACTGAGGTTTTAATGAAACAATAGAGAGTTTCGAAAC
CTAAGCCAATCAGCTGTGTTTTAAACATTCTTTTATTTAAA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_233:979106..984746+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053594 ID=TCONS_00053594|Name=TCONS_00053594|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5641bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:979106..984746+ (Clytia hemisphaerica)
CTTTATAgcataaaaacaaagcttttctcATGCGAGTGCGCTTCTCGTGC
TAGCATAGAGAAGCTAAAACCTCAGGATAAGAGTAAGCAAACATGATAGC
TATTTGTGTTTTTGGCTCTGTTTAACCGTTTAACACTCACACTCATAACT
GATTACAATCTTCTGGTAtacaaagaacaaaaagtgtcaattcaaaaaat
taTCAGCTGAATGGGGGTAagaactcaaagcaatttctcaaggggaccta
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ggtacctttttgggagattttgggaaaaaaatagaaaattttgagtataA
TCCTGGAGTTTTTTAGTTCCGtgccattcagggtcacttttcgcaaattt
ttaaaatgtatgTGCGTCGTCCGACGGGGGTATATAACGAAAATTTTCTG
GATTGGCCCAATTACTCCAccacattactttccctcagccaattAAAATG
TGATATAagttatcttgtctctaggtaactgctgtgaagtaattagttat
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CAATTACTCCACCACATTAATTTCCCTCAGCCAATTAAAATGTGATATAa
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TCCCACTTATCGTTTAGCTTGGTTCTATGCTAAAGGTTTGGAAGATGTAC
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CTTTAGCCTGGTGCTAATTCGTCAGAGTCTTATTATCTTTTAACTCTATT
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ttataggttttgactttttattcatatttcttTCAGTTCCAAAATGAcgg
ataagaaaaatgaatgttGTTTATGCAAGGGACCTATTAAAAACAAATGC
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GTCAAACTAACAAACATACTTGGTAGCATTTACATACAATGTGATACCAT
TGGTTTAGCATCCTACCACTTTGGAACTCTGTCAAACCCTTATATATCAT
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TTTATCTATCAATAGAAACTTTATGATTTTGTAAATTAACTTTAATTCTC
TAAATTATTATATGAACATCAAACTTTTTATATCAATTACTTTTCTATAA
ATTTTAAGATACAATATATAAAACGCTACAATAAAAAATATCAAAAATGA
AATTCTTCACTAGCTTCCTCTTTATTTTTTAGCGATGTCAAAGTGATTGT
TACTGAAATGGTATCTATTTTTTTCTGTGTTTCATTTCTATATCTAGTCT
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CTTCGGGCTATGAGCACTGCTCTTGTTTTGAATATTGAAATTCTCCCGAT
AAATGGCATGCGCACTGAGGTTTTAATGAAACAATAGAGAGTTTCGAAAC
CTAAGCCAATCAGCTGTGTTTTAAACATTCTTTTATTTAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1491911889:979106..984746 | TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1491911889:979106..984746 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1510915933:979106..984746 | TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1510915933:979106..984746 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1575043694:979106..984746 | TCONS_00053594-exon-scaffold_233-1575043694:979106..984746 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_233 | supercontig | scaffold_233:979106..984746 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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