TCONS_00045870 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00045870
Unique NameTCONS_00045870
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2796

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00045870 ID=TCONS_00045870|Name=TCONS_00045870|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2796bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00045870-protein

>TCONS_00045870-protein ID=TCONS_00045870-protein|Name=TCONS_00045870-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=581bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_102:94432..118499-

Legend: exonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00045870 ID=TCONS_00045870|Name=TCONS_00045870|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24068bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_102:94432..118499- (Clytia hemisphaerica)
ACACTATTCCACAACAAAAAAAGGTGCTAATTTTTCTTCGCTTTTTTTCT TATTTCATTTTTTTTGTCCTACTCTTGTTACAACTATATACTTTTCATAA GAAACGATTCATACGATAAATACTGAGAAAGATTACTGGTCTGATAAGAA TTAGCTTATCTAATGTTTCCAGCTCACCCAAATAGAGACTTGGATACGCA TGCGTAATTTATCCTTCTTTAAACCGCTAGTTGTTAAATAGCGTAAAGTA CAAAAAGTAATGAATATGTAGGGATGGTAGTAGACTAAGGTCGGGGTTTG ATAGTTAGGGTTAGCGTTTGTCGTTCTTTTTGTCGCTTTTTATGTGATTT GTCGTTCTTTTTAGATGGTCTGGAAACGTTAGATGGACAGTCACGTAATA TAAGGAGAAAAATTATTTCACTCACTATTAAAAGCGTTCTTAAATCTTTT GACTTTATGCAAGAAGTTTAAGTTTTGGTTGCTGAAACCTTGGCTGATAT TTCCCAGCAAAATTATGAAGATTTTAGGCATAGCTTGTGCTAAAGATGTC ATACCAGAGACCCCAGGTGAGTCCCTGATAACTTCATATCATGCAAAAAA ATCACATCTAAAAAAGTGAATTATTTTTTTTATCATATATTTCGTTTCAT GAAATTCACGTCATCACGCCAAAAATACCCAATCACGCCTTCACGCAAAT CGTCAGTATAGTATTAGTGATTCTGAGACTCGTATCGTTCTTGATTTGTT CTTGAGTTTAAATAAAGCCTCATGGAGTATTATTCGAAAAAACGCTGAAC AGATTTTTGAATCGATCTCTTTTTGTTTGATTGAATTTTTTAGGCAAAAA AAATGCAGGGGAAAAATGCAAACCTCAATTCTCTCGAATAAACACCCCTC CTAATATCCGAAAATTTTAATAAACGCATGGGGCGTTTATTCAGTGAAGT 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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_102:94432..118499-

>TCONS_00045870 ID=TCONS_00045870|Name=TCONS_00045870|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=8730bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_102:94432..118499- (Clytia hemisphaerica)
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CTGCTTTGAGCGTTGAACAGATTGCTAATAGTCCTGCAGTTGCTGTGACG
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GGTAGCTTTATCGTGTTACGGTGCTGCAAATGGAACTGTTTTTGCGTGCG
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ACGTGAACGCAACTATTCTCAATACTCGACGGCTTCCTCACGCACACGTG
TCGGATCACTAATCAGTAGCGTGACACACACGATTTCTACATCCGTCCGT
AAACTACAAAAAAGTGTTGGGTTTTTGCAAGGTTTTACCCTCATTGTTGG
AATCCTTATTGGGTCGGGTGTCTTTATTTCACCTTCATTGGTGATGCAAA
GTACGCACGATGCTGGAATCTCCTTTGTGCTTTGGTTCGCTTGTGGTCTG
ATCGCACTTGGTGGGTCACTCTGTTATGTTGAACTGGGTTGCGCCATTAA
AAGAGCTGGAGACACTATTCCACAACAAAAAAAGGTGCCGCTCTATATAA
CGGTTTATGGGCGTACGATGGTTGGGCGTTAGTCAGTAACGTTACAGAGG
AAATGACCAACCTGGAACGAAATCTCTTCCTCTCCATCATCACTGGCATC
CCATTTGTTATTTGTTGTTATTTATTGGTCAATTTATCATTTCTGGCTGC
TTTGAGCGTTGAACAGATTGCTAATAGTCCTGCAGTTGCTGTGACGTTTA
TCGACAAAACTTTAGGACACAATGCTGCGTTTGCTATGCCCATATTGGTA
GCTTTATCGTGTTACGGTGCTGCAAATGGAACTGTTTTTGCGTGCGGCCG
CTTATCATTAGCGGCGGGCCGCGAAGGCCACTTACCTGAACTTTTATCAA
TGATTCATAAGAAACGTCATACGCCCATCCCTGCTGTTATTATGACGTCA
ATTATTTCATTGGTGATGCTGATCCCGGACGCAAGTGGTTTAGAAACATT
GATCAGTTTCTTTAATTTCTCTTGTTGGTTTATATACGGTTTATCGTTAT
TTGCAGTGGTGGTGTTGCGGATCCGCCAACCAGATTTACACCGCCCATAC
AAAGTTTGGATCATAACTCCAATTTTAATGACTCTTATATCTTTGTTTCT
CGTTATTGTCCCGTTTTTACAGAATCCGATTAACCCGTTAATTGCATCAG
GTATGATTGCCATGGGTATACCATTCTATTTCGTGTTTGTGTACTTCGAG
CCAAAACACCCTACAGCGCTGATCGCAGCTAGAAGACGTTTTAAGAAGCG
GACCCAAAAATTATTCAATTTGGCACCATGCACTATGTAGGTGTGGCAGC
CATAACTCTAACCCTGGGAACTTACGTTATAAAACCTTTTGAAGAATGGA
TCGAACCAAATCCTTGGTATCCAAAATGCATAGCAGCAGGTGTTATCCTC
ATGATCGCGCTTGTCAACTGTTGGAGCGTCCGTGCGGCCACACGCGCACA
AACTCTGTTTACATTTGCACAGATTTTGTCTGTAGTGTTTGTAGTGTGTA
TAGGTATTTGGCAGTTGGCAAAGGAAGGCACTGGACACATTACACACGGA
ATGTTTAACGTGACAAGTTTTACTTTCAAAGATGTCGGACCTTTAGGAAA
TTATGCATACATTCAAGAAGCTTACGGAGACTTGCCAGCTTTTCTTTGTT
GTTGGACTGTGGCCTTCATTGTTGATCCTGCAGAAATACAAACAATAAGG
TAATGACATCATACGGTACAACAAACTCGATCAACGATGGTCCCGACGAT
CACCAAGACCTTGGTGACTTGCCACACGAAAACACTCCTCTCCTGCACAC
TGATTCATTCGAAGAACAAACAAATACACCGGTAAAAAATATTGAAATCA
CACCAAGCACACGTCGCTATATGTACCGTGATCCGAATCAACCAAAACGT
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CTTATTGGGTCGGGTGTCTTTATTTCACCTTCATTGGTGATGCAAAGTAC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_029313XLOC_029313Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00045870-proteinTCONS_00045870-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_102supercontigscaffold_102:94432..118499 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR002293AA/rel_permease1
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0015171amino acid transmembrane transporter activity
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0016020membrane
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0003333amino acid transmembrane transport
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0003333 amino acid transmembrane transport
cellular_component GO:0016020 membrane
molecular_function GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity
Blast
BLAST of TCONS_00045870 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: BAT1 (b(0,+)-type amino acid transporter 1 OS=Homo sapiens GN=SLC7A9 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 344.739 bits (883), Expect = 2.271e-107
Identity = 181/441 (41.04%), Postives = 271/441 (61.45%), Query Frame = 1
Query:  337 KLQKSVGFLQGFTLIVGILIGSGVFISPSLVMQSTHDAGISFVLWFACGLIALGGSLCYVELGCAIKRAGGNYAYIQEAYGDLPAFLCCWTVAFIVDPAGVAAITLTLGTYVIKPFEEWIEPNPWYPKCIAAGVILMIALVNCWSVRAATRAQTLFTFAQILSVVFVVCIGIWQLAKEGTGHITHGMFNVTSFTFKDVGPLGAALYNGLWAYDGWALVSNVTEEMTNLERNLFLSIITGIPFVICCYLLVNLSFLAALSVEQIANSPAVAVTFIDKTLGHNAAFAMPILVALSCYGAANGTVFACGRLSLAAGREGHLPELLSMIHKKRHTPIPAVIMTSIISLVMLIPDASGLETLISFFNFSCWFIYGLSLFAVVVLRIRQPDLHRPYKVWIITPILMTLISLFLVIVPFLQNPI-NPLIASGMIAMGIPFYFVFVYFE 1656
             LQK +G + G ++IVG +IGSG+F+SP  V+ +T   G   ++W ACG++A  G+LC+ ELG  I ++GG Y Y+ EAYG +PA+L  W    ++ P   A I L+   YV  PF    +P     KC+AA  IL I+ VN  SVR  +  Q +FT A+++ V  ++  G+  LA+  T +  +            VG +  A YNGLWAYDGW  ++ +TEE+ N  RNL L+II GIP V  CY+L+N+S+   ++  ++  S AVAVTF D+ L + A++ +P+ VA S  GAANGT F  GRL   AGREGH+ ++LS I  +R TP PA+I   II+ + +IP    + +L+++F+F+ W  YGL++  ++V+R  + +L RP KV ++ P+LMTLIS+FLV+ P +  P    L     I  G+ FYF+FV+++
Sbjct:   25 SLQKELGLISGISIIVGTIIGSGIFVSPKSVLSNTEAVGPCLIIWAACGVLATLGALCFAELGTMITKSGGEYPYLMEAYGPIPAYLFSWASLIVIKPTSFAIICLSFSEYVCAPFYVGCKPPQIVVKCLAAAAILFISTVNSLSVRLGSYVQNIFTAAKLVIVAIIIISGLVLLAQGNTKNFDNSFEGAQ----LSVGAISLAFYNGLWAYDGWNQLNYITEELRNPYRNLPLAIIIGIPLVTACYILMNVSYFTVMTATELLQSQAVAVTFGDRVL-YPASWIVPLFVAFSTIGAANGTCFTAGRLIYVAGREGHMLKVLSYISVRRLTPAPAIIFYGIIATIYIIP--GDINSLVNYFSFAAWLFYGLTILGLIVMRFTRKELERPIKVPVVIPVLMTLISVFLVLAPIISKPTWEYLYCVLFILSGLLFYFLFVHYK 458          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00045870 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
BAT12.271e-10741.04b(0,+)-type amino acid transporter 1 OS=Homo sapie... [more]
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