|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00042978 ID=TCONS_00042978|Name=TCONS_00042978|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2420bp
ctccttttttgattttatcaaacgcacaaaaacaacaaagcaGTCTTCTT
GAATTTGGCGGCAAGCAAGATGGCGGAAAGTTCCCATTGAGCTTAAGATT
TGAAGTAGCATGAAGGACTTTATTGTCAAGAATAACAGAATTTACTCCAA
GCTAAGTATATTTTATTATCTTTTTACAACTTCTATTGTTTTTTTGGGAT
TGAAGAAAGTTattaaaaaatgataagaaAGATTTAAGACAGAAAAAAGG
TACTatactgtttgaaattttttatggcTTTTGATGCATTTTTTTTCAAG
GACGGTGTTGCTATTATTTCATTGCTGTACATTATATGCTGCATTGTATA
GTAAAGAGAAAAGCAAGCTTGAATTACAGATTTTGAACATAATTTAGATT
TACTGTAGCTAGGATTCTGTTTTTATGTTGTGTTGTGTTTGTATTCTCTT
CATTTTGGTTTTACACATATTTTGATTTCGTCCATATTATagtaaaaatc
ttttgatgtatgtaaatttttgaacaaatatttcCAATTATGGCAAATGC
CAAAACTAAATTTAAGTCGATTTGTTGATTAGAGATGGATCATTATTTCT
CCCTTAGATCTTTTTGAAACACTGTAATATCTGGCATATGTGTAGTCATC
AAGCATGCCAAACACATATCAGCATTAGCCATTCAATAGAGTGTCAAAAT
GTGGATATTACTTTGTTTTAAAACTAAGGGACTAGCTTATGATTGTAATC
TTTGGAACaatacaaaatctttgaagtTCTTTTGAATCAGATGTGCATGT
TGTTAGTCATTTTAATGCCAAAACAACATCAACAGTCAAAACATTCTAAA
CCATGTTTAAACTGTAGAAATTATGATTCAATTggactttcatttttttg
ttttgttttttgtaattacttTCAAagcttcttatttttttttaatattg
gaAAGCATAAtgctaaaaaaaaaaccttgtgTACTATAACTTCTgaacat
ttttgtaaacaaaataattCAGTTTGAGATAAATTTGTTCTGCAAAGTTT
TTTTGTGCATGAAAGTTATTTGACGAGGTGTTTAGATTTTCTCTATTAgg
caagttaaatttttttagataaatcTTTAATTATAAGTGCAAGTTTATGC
TAATCAGTAACCATTCAGTTAGCCATGGCCAGATATATTTTGGATTGCAT
TTTCCATTATCCTGTTTAACCTGAATTTCTTGGTTGTAGACTGTTTTTGA
TCTTTCTTCTATTAACTCTGCCTAAATCCTTGTTGTAAGGCCATGGCCAA
AAAATCTGTAGCTTCACCCAACAATTGAATTAGCACTTTTTGTTATTTAA
TGCTCACAATTATAAagtattttatatttattttttattttagcacTAAA
GTGATGTTGCGTGTACATTGGCATTgtttaaatttcaaggaaatAAACCC
TAAACTAAgAGCTACAAATCCTTTTGTCTGCACAAGTGAAACCAACTGAT
TAGCCGAGCTATCACTTGGAACTTTGACGTAAAGAAATTATTAAACGGTT
GAGCAAGACAATATTTTGGTTGGTGATGAATAAAGATTCGGATGCCAGCG
ACTTTAATATAAGCATAATGATCAAATGATTGATAAATATATACTGtatt
gtgtcacagacccggtggtaCTTCTACATACTGTAAAAATCAGACAAATT
GTACCCGGTTTAGAGAAAAACCCTGACTTTCACCCACCCGGTAATCTATA
ATGAAGGTCTATCTCTGAAGCTGTAAACAATACCCTTtcaccttttttat
aaaaacgttTTTTAGCCTTGGAATGTtcctaactttttttcttttaaaag
cctaagaatatttttattttcatcttttaatGGGTATTTTATCCATTTTC
TGAGAAATTGGGTCCAAAATGTTCTTACATTTTAACaaacgaagccttat
gttcttataaagaaaacatgTGAAATTACACAATCGTTTAAGACAAGCGA
TCTTTCATTCCCATCGTAATTTGTACCTTAATTTTATGTCTACtacagta
cacttttttttataagagcgaGTAAATTTTTGGTGAGgctcggatgttct
tattttttttggcactttgagccttaattgttcttattttgttcttattt
tttctaaggtaaaaacaagttttggctatttacttactgtttagaggatt
ttagaaaccagtgattctttttgctataactctctaactttagcctctcc
actgttcttaaattattcttattttttggcatttttgagcctcgttgttc
ttataaaaagaagtgTATGTTTTTCACCGGGTTACTGATACAGGGTTGTT
AAAATTTTGTACTGTCGATTTAGTTGTTTGATCGGTTCGAGGATACTTTT
ACTATCAATAAATTATTTAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0003828:1949..5695- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00042978 ID=TCONS_00042978|Name=TCONS_00042978|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3747bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003828:1949..5695- (Clytia hemisphaerica)
CTCCTTTTTTGATTTTATCAAACGCACAAAAACAACAAAGCAGTCTTCTT
GAATTTGGCGGCAAGCAAGATGGCGGAAAGTTCCCATTGAGCTTAAGATT
TGAAGTAGCATGAAGGACTTTATTGTCAAGAATAACAGAATTTACTCCAA
GCTAAGTATATTTTATTATCTTTTTACAACTTCTATTGTTTTTTTGGGAT
TGAAGAAAGTTATTAAAAAATGATAAGAAAGATTTAAGACAGAAAAAAGG
TACTATACTGTTTGAAATTTTTTATGGCTTTTGATGCATTTTTTTTCAAG
GACGGTGTTGCTATTATTTCATTGCTGTACATTATATGCTGCATTGTATA
GTAAAGAGAAAAGCAAGCTTGAATTACAGATTTTGAACATAATTTAGATT
TACTGTAGCTAGGATTCTGTTTTTATGTTGTGTTGTGTTTGTATTCTCTT
CATTTTGGTTTTACACATATTTTGATTTCGTCCATATTATAGTAAAAATC
TTTTGATGTATGTAAATTTTTGAACAAATATTTCCAATTATGGCAAATGC
CAAAACTAAATTTAAGTCGATTTGTTGATTAGAGATGGATCATTATTTCT
CCCTTAGATCTTTTTGAAACACTGTAATATCTGGCATATGTGTAGTCATC
AAGCATGCCAAACACATATCAGCATTAGCCATTCAATAGAGTGTCAAAAT
GTGGATATTACTTTGTTTTAAAACTAAGGGACTAGCTTATGATTGTAATC
TTTGGAACAATACAAAATCTTTGAAGTTCTTTTGAATCAGATGTGCATGT
TGTTAGTCATTTTAATGCCAAAACAACATCAACAGTCAAAACATTCTAAA
CCATGTTTAAACTGTAGAAATTATGATTCAATTGGACTTTCATTTTTTTG
TTTTGTTTTTTGTAATTACTTTCAAAGCTTCTTATTTTTTTTTAATATTG
GAAAGCATAATGCTAAAAAAAAAACCTTGTGTACTATAACTTCTGAACAT
TTTTGTAAACAAAATAATTCAGTTTGAGATAAATTTGTTCTGCAAAGTTT
TTTTGTGCATGAAAGTTATTTGACGAGGTGTTTAGATTTTCTCTATTAGG
CAAGTTAAATTTTTTTAGATAAATCTTTAATTATAAGTGCAAGTTTATGC
TAATCAGTAACCATTCAGTTAGCCATGGCCAGATATATTTTGGATTGCAT
TTTCCATTATCCTGTTTAACCTGAATTTCTTGGTTGTAGACTGTTTTTGA
TCTTTCTTCTATTAACTCTGCCTAAATCCTTGTTGTAAGGCCATGGCCAA
AAAATCTGTAGCTTCACCCAACAATTGAATTAGCACTTTTTGTTATTTAA
TGCTCACAATTATAAAGTATTTTATATTTATTTTTTATTTTAGCACTAAA
GTGATGTTGCGTGTACATTGGCATTGTTTAAATTTCAAGGAAATAAACCC
TAAACTAAGTAAGTCATTATTATGTCGCAACATGGTCCTTACTCAGTATC
TTGACCCTGCTTGACTCTCAAAATTTTATTTTACTTCCTCTCCAATGAAG
AAAGTGGTCAGTAAAAGACTACTATAAAACAATATAAATTCTTTCCCTGT
TGGTTTTTTGATAGAAATGTTCATCCCCACCGTGAGAATAAGTTCCACCG
GGGCTGTGAGACAGGAGTGTTATCAATAAAAACAAAGCTTGAGAAGTAAA
GAGTTAAAATACCTGGACTTTTTCATCAGTGAAATATTTTTCCCTAAAAT
GTCTATCAAAAAGAAATTTCGAATCACCTCTAGATATGATTCTCAATAAG
TTTGCGCAGTCTTTAAATGTAACTTTTCAAATTGATTGCCCCTCCCAAAT
GTTTTCATCAAAAGTTGCAAAAGACACCCCTGTCTCACTGCCCCTTTGGA
ACTTTTGCTTTCAGTGGGGATAACAAAATTTTTATCAAAATCCCAATGGG
AATAGAAATTATATTGTTCCAAGGTTAAAAGATCCAGTGGGGATGGTTTT
TAGATGCAATTTTTAAACATTGAATTTAGAATGGGGATGAAATGTAAGTC
AATTTTTATAGTGGACTGGAATCTCAGGGTAATTTTCCATCGGGAACGAA
GACAAATTTCTTCCCAAATTTCCCAAAGGAGCTTTGACGGGGCTTTGCCC
TATTATTAGAACACATACCGTCTGGTCCCTCAAGTGTAAGGTTTTACGAT
TTAGCTGGTGAAGAACTTAAGGCGTCACTTAAACTATAAGATTTTGTTTT
TGTTCCTTTTTAGGAGCTACAAATCCTTTTGTCTGCACAAGTGAAACCAA
CTGATTAGCCGAGGTAAGAATAAATATTTTTGAATTATCTTCGATTACTT
GCGTATAAGCCTATTATTCCTTTCCCCATGTATATAATAACTATATTGAG
AAATGTACAATTTTAGATTGTTTTTCATAAGGCAAAAGGATCTAATATGG
TTAACACTTTGTTTCACTTTTCAAAGATATTTAACCATATGAACACTTGA
GCTGATTTGTAACTCTCAAATAGCGCTCCGCAACGCATACGTCATAATTA
TTACTTTTTTTGACATTTGTACGAGTTGCAATGCAGCTCAATTCTCAATT
AAAGATAAGTGCAAGTTCTTATATATCTTTTGTCAAATGATGCAATTAAT
GTGCAAAAGAACTGAAAAGAAACGCAAAAGGATCGGAGCTCGTACAAACA
CTTCAAGAAGAGTAATGATTATGTCAAAAGTGTGCACTATATAAACCTTA
AAAGATGCTTACCCTATTTCCCATTCAAGCTACCAAATTGACAGAATTTT
GGAACTCCTTCTGAAAATTTTATTTTGTCTTTCAGCTATCACTTGGAACT
TTGACGTAAAGAAATTATTAAACGGTTGAGCAAGACAATATTTTGGTTGG
TGATGAATAAAGATTCGGATGCCAGCGACTTTAATATAAGCATAATGATC
AAATGATTGATAAATATATACTGTATTGTGTCACAGACCCGGTGGTACTT
CTACATACTGTAAAAATCAGACAAATTGTACCCGGTTTAGAGAAAAACCC
TGACTTTCACCCACCCGGTAATCTATAATGAAGGTCTATCTCTGAAGCTG
TAAACAATACCCTTTCACCTTTTTTATAAAAACGTTTTTTAGCCTTGGAA
TGTTCCTAACTTTTTTTCTTTTAAAAGCCTAAGAATATTTTTATTTTCAT
CTTTTAATGGGTATTTTATCCATTTTCTGAGAAATTGGGTCCAAAATGTT
CTTACATTTTAACAAACGAAGCCTTATGTTCTTATAAAGAAAACATGTGA
AATTACACAATCGTTTAAGACAAGCGATCTTTCATTCCCATCGTAATTTG
TACCTTAATTTTATGTCTACTACAGTACACTTTTTTTTATAAGAGCGAGT
AAATTTTTGGTGAGGCTCGGATGTTCTTATTTTTTTTGGCACTTTGAGCC
TTAATTGTTCTTATTTTGTTCTTATTTTTTCTAAGGTAAAAACAAGTTTT
GGCTATTTACTTACTGTTTAGAGGATTTTAGAAACCAGTGATTCTTTTTG
CTATAACTCTCTAACTTTAGCCTCTCCACTGTTCTTAAATTATTCTTATT
TTTTGGCATTTTTGAGCCTCGTTGTTCTTATAAAAAGAAGTGTATGTTTT
TCACCGGGTTACTGATACAGGGTTGTTAAAATTTTGTACTGTCGATTTAG
TTGTTTGATCGGTTCGAGGATACTTTTACTATCAATAAATTATTTAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:4238..5695 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:4238..5695 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:3383..3432 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:3383..3432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:1949..2860 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1575043694:1949..2860 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:4238..5695 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:4238..5695 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:3383..3432 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:3383..3432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:1949..2860 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1510915933:1949..2860 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:4238..5695 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:4238..5695 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:3383..3432 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:3383..3432 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:1949..2860 | TCONS_00042978-exon-sc0003828-1491911889:1949..2860 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0003828 | supercontig | sc0003828:1949..5695 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
