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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00041304 ID=TCONS_00041304|Name=TCONS_00041304|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=708bp
cttttatcaTCTACAATGAACTACTTACGTGGCTTTCGTGCAGTGTTACA
CTTGACATTGATGACTTTGGTAACATCAGTTTCTCTGCATCCTCCTGCTG
AACCAAATGGCCACCTCCTTGTTGTATATGCTAAAATTGAGCAAAATCAT
GATAAATAATCATTCGGgtATCATTCTGACAAACCTTTAGTGATTTCTGT
TGGATTGGTCTTGCTTGACTCGGGATTGTCATCGTTTTGTTCTATGGTTA
ATGGAGTGATAAAGaacaaaCCTTGATTGGAATCGTTTGCATCCCCACCA
TCATTTTCCTCCGTGTTCTCTTTGTCTGCTTCTAATGAAAAGAATGAGct
CGAATTGGATGGGAGCTCACAGATATCTAACGACCAGATGATACTTCTTA
ACAAGATCACTCTCAGATGCACGTTATTGTCTTAGTGTGTTATTATAatg
tatgaaagaaaaaatacctTTACTCAGTCTtcgtttttttcttcctttga
tCTCAATGAGGAGTGCTGGATAATATTGCTTAAGATGGGGGTAGAAGAAA
TTGTACTTTTCCATCTCCTTAAGGTTTTCGAGCGGTACTAGTTCCCCAGT
ATGGTTGGTTGGCTTTAAAGTTGAAAATGGGAGGGCTAGGTTTAGGCGTT
TTCCGTTGGATTCTTCCTCtgtaaaaataatctttaacacAGGTCCAGTG
TCTTCCcc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0002792:3020..12394- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00041304 ID=TCONS_00041304|Name=TCONS_00041304|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9375bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002792:3020..12394- (Clytia hemisphaerica)
CTTTTATCATCTACAATGAACTACTTACGTGGCTTTCGTGCAGTGTTACA
CTTGACATTGATGACTTTGGTAACATCAGTTTCTCTGCATCCTCCTGCTG
AACCAAATGGCCACCTCCTTGTTGTATATGCTAAAATTGAGCAAAATCAT
GATAAATAATCATTCGGGTAAGTCTTTATTTTTATTAGTCCTCTGTCAAC
TTCTGAAAGTACAAAACCTATATGCTTACTTACCAGGAGAAGAAACTAAA
ATGAATTCTCAGCAAAATTACTATAAATGCTTTTGCTATGAAAAAGGAAT
ATTTTAAGTGATTTGGTATGAAACTAGGAAGAATTGTTCATACTCAAACG
TGTCATGGAAAATGTGATTGGACTTTCTTCAGAGAAAAATAACTCAACGA
AAATGCAAGGTTTGTGCGGGCTATCAAACAAGGGAGCACGATACTTAAAC
TTTGGGCTGTTTTTTAGATTTAAACAACGTAGCAATAAAAAGCCACAAAA
TGAAATGTTCACAGCCTACACTAGCATCCTAAGGCCACAATCGCGAGTAA
CTTGTGTTCACGCTGCCCAGCTGACTGATAATTTTTCCTAATTTTCCAAT
TATTTTGAGTTGGAAACTTACATAATTGTTGAATTTTATCCAGTTTTATC
CTTCCCTTCATCTGCCATATTTGGGCGGTTTAAGTTATAACCCGTTACCT
CCCCCCTGTGGATGGATTTTCCATAGCAGTTTGCTTCTGAAAAAATTCAC
GATTTCCGTAGCATTTATTAAGATTTTTCATGAGAAAATCTTGGCTTTTC
CAATATATGGCAAGAAATTTGATTTCTGCTTAAGTCATAGTTTGAAAGTC
AATTTTTATATTTTTTTTTCACTGACCAACTGGCTCACTTTTTTTTTGCC
TCAAACAATGCGAACACCAGTAATTTGTGATTGTGGCCCTAACTTTCAGT
ACACTATGTGCACCCCCCCCAGCGGTTTGCGTGATTGCGTGAATGGACAT
TTTCGGTTATGTCCAGACGGTGTCAATCGAACAACTTCGAACAAAAATCG
CAATCGAACCAATCGAACGTAATCGAACGCGGTCGAATAATTGCGATTCG
ATTGTCGAACGTAATCGAATCTCAATCGAATGGCCGATTGCTGGGTAATA
TTCGATTGCGTTCGAGTAAGGTTAGATTGGTTCAATTGATTGTTGACTAT
GTTCGATTGGTTCAATCAATTGATTGTCAATTACATTGGATTAATCTTCG
ATATCGTTCGATTACTATTATGTACGATGAGTTTGATTGCGATTGAGCGC
TTAAGTACCATACTAAAGCGAATAAAATCTAATACAATTGAATCAATCGA
ACGTAATCGAATACGATCGAACGTAATCGAAGCAATCGAACAGCAAATCC
TGGGTAATATTCGATTGCGATTCGATTGCGTTCGACAATCGAATTTCAAT
TATTCGATTGCGTTCAATTGCATTCGATTGATTCGACGTTCGATTCGTTC
GATTGACACCGTCTGGTTATGTGAATGCGTGAAAATTGAAAAAAAAATGT
GAGAATTGAGAAAACTTGCGTGAACGTGAAAATGTACTTTTTCGTGAATG
CGTGAATCTGGGCTATTTTGTTCGTGAATACATGAATTTTCCATTTTTTC
TACCGATTATGTGCAGTTTTCCCGATTTTCCAATGTTTCCCTGATTTTTC
CTAAAAGATTTTCCGATTGCGTGAAACTCGAAGAAAATTTGCGTGAATGT
GTGAATTTCGAAAAATATTGCGTGATTGCGTGAATTGAGGATCCGCTGGG
GGGGGGGCTCCTTTGTAATTGAAGTTATCAAAATTGCAAAATAAATTTTT
GTTTTGAATATTAACAATGGTGATTAAAAATATATATTTTTTTCTTATGC
GTTCAATGACAATTGAGAAAGCTAAGATTAAAAAAACAAATTGCCTTTTC
CTTCCTAGGTGAGACAAAATTATTCATTGTCCTACAGGCCTGGCGAACAC
TGCTATTTCAAATTCAGCAAAGCTAGAGGATGAACTTAATGTCTAAATTA
AATTTAATTCTCTTAAATTAAATTAAATTGGGACAATTAGTTAAATTTGA
CTTATCTTTTCTGTATCAGAAAATCAGCTTGAATAACCTTAAGGGAAGAA
ATTTTCGCGGAATTTAATTTCGCAAATCAGAGTTTCAAAATGGCAAATTT
CGCGGAATTTAATTTCGCGAATGAGCCAATTTTAAAAGTTTCACGGAATT
TAATTTCGCGATGGAGAAGAATTTATCAACTTAGATTAACTTTTAAGCAT
CACGGAGTTGTTTATATTTGTTTATATTTGATAAAAAATTCACGTTGTAA
TGCTTAAAAATCAATTGTGTCCATCTTTTTTGGTAATACCCGGTCAAAAA
CAACAAAATGAAAGAAGAAGAAAAAAATCGAATTTCGCGGAATTTAATTT
CGCGGTTTAACAATTCTGGTGTGTTTCGCGGAATTTAGTTAAATTCCGCG
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TTCAATTTTCAATTGTCATTGGTAGAGGAAAGTATTTTACTTACTTGATA
ATTCATTAATGATGAATGGATTTAATGCAGGTCTTACTCGTCCGGTCTTT
TTATCTGCTAATCCTAAAGCTGAACTTCTAATAGATGAAAATTAAAAATG
TTATTAAAGTTTGAGTTAAATTTTGCATTTGTCAACTAAGATCTCTAAAT
CCTTGGCTGTTGACAAGCCTGTTGCCCCAGGTTTTACTCTTTTTTTTCAA
TATGGGTTTGACTAGAGATAAACAAATGGCTGTTATTTATCTCCCTAAGA
TGACTCTACTTAAATAAATCAGAAAATAATGATCTGCATATGGGTAGGTT
GGCAATCAATTTTTGAACAATTTAATGCAAATTATTTTTTTGACAAACAT
TATTTACCTCATGTAGAAACATCTAAGAAACATCAAAAATGATTAGGAAA
CCTTTCATTATTTTAGGTGACATTGTAGTTCAGTAGCCTTCTATGAATAC
ACCGTTTAGGAGTCTCGCTATCTTCACGGTACTCCATTGCAGGCGGGTAA
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TGTTGCTTACTTTTTAAGTTCGTCCTTTGTAAATTTTAAACCCAGGATTA
AATTTACAAATTTGCGCCAAGATGCCATGTTATTTGTTTTCGCTCTAATT
CTTGTCATCTCCATGTCCGTTAAAAAAATGTGTGGTGTGCAATCGCCCAG
CTGTTTTAACTGAATGGAGAAAATTTTGAATCATTTGATTTTTTATGTTT
TGTATCAAGTTTCAGATAGCAATTTATATCTTACAGGGGTGCTTGTCTGA
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GATTAGCGTTTAAAAGTAGCGAAAGTTTCTCACCCCGGTTGATGTATCAT
TAGATGAATTATTTGAAGTTAGGCTTGATTGGTTGGTTGCTGTCTGGCTT
TCTATTGGTTTTGAATTTTGATTATGATTTGTGGCTATTTGGATGGGCTT
GCATAAAGTGGATGGTGACTTTTTGATTGGCTTACTGACGACTGACGATG
ATGTTTGGATGGGCTTGCTGACGACTGACGATGATGTTCGGATGGGCTTG
CTGACGACTGACGATGATGTTTGGGTGGGCTTGTTGACGACTGACAATGG
TGTTTGGATGGGCTTGTTAACTTGGGATGTTGATGATGCTGTTTTGTTGG
AGTTATTGATGGAGGAGGGTGTTGTCTTGGGTGTGGATGTTGTAGCTTTT
AGCTTGGGTGTCAGGAAGTATGATTTTGTCTTTAGGGAGTTGTGTGATTG
TGGTGAGATGCACCCCATACTCTAAAAAACATTTTTGATAGTACAGACTA
GAAACATTATTTTCAATACCAAATAAAAAACTTTGTGAGGGAACATACTT
AGTGCAAATATTTGAGGATCATGTGTAAGAAAAATCACAATTTGAATCAT
GATCCAAGTTTCTTCCTAATCAAATTTTTAGCTTTATGAAATTAAGGCGC
GTCATTCTCACCTGTTGACTAGTTGACAATAATGGCTCGTCATTTGAGAA
AGATTTTCCCAAGCTTTCATCGACAACCTAATGTAATATGAGATTTGCTA
TTAGGAATCTTGTTAAGTTTACAATGAATTGACTCAAAGTACTGAAAATA
AAGTTTGAAACAGTTTAAAGTAATCTTTGAAAATTCAATTTTTAAGATAA
CAATTATAACACTCAATAAAAAACTCACTTTGTCTCCACCCACAAAGTGA
TTTAATTTCTCAACAGCTGAAACAATGTCAGGAACCAGCATGGTTTGAAT
TTGTCTCAATTGATTTTCTAAGAGAAGATAATCTTATTGTTACATTCTTA
AAGGTGTTACTTATCGCTGATTTCCTAACCAGCCCTGAGATGTTTAAGCA
TTCGGATGATTAACTTTTGTTTTAGTTTTCATTGTTGCAATTTTAAAGTT
CTACATAATTTTAACAATTAAGCAAATCAGAAAAAATGAATGGACATGAT
GCAACTTTTATTGAATAGCAATATCAAAAATTTTATTAAGTGATTAAAGT
GGTGTAAACTGACCTTTTTCTTTCAGTTTTCTTTTGGTCTCCTCCAATTC
AGCCATTACAGTTCTGCAATTGGTACAGGACACTTTAGCTATAAATTTTA
AAGATTTGTTGTCATATGCTTATTCCCTTACTAATGATAATTTATTGTTA
CCTTATTAAAGAAGTTAAAGGTCTTTAAAAGTCGTTTCAAAACTAATTGT
ACATGAATCAAACAAAAACAGTTACAACAAACATATCAGTTTTAGTTTGG
TTTTGAAGTGCTTAAAGATTGAAAAGGAATGCAGCTTGATTTGGTGTCAG
TCGTCAGGAAAAGTCCAAATATCAAACAAAAACAACCCTATTTAGACAGT
TGTAATATTATTATTTTTACAAGCCATGAAATAAGATTGTGTACCTTTTG
GTTCCAGGCGCTGGTAGATTGGGGATTTCTCATTATCTGAAACTAATGAA
CAGGAAAGAGTTTTGGTTTTGTTAAGCTGCTATCAAAATAATATTTCAAA
CTGTTCATAGTGTATCTTAGAAATTGTTCAATTATCTATGCTTAATATTG
GCAATGTACTTCTTCTCCCTCAGAGCATTATATATTTTGGATCCCTAATA
GAACTTCCTTTAGCAATAACTGATATTTGGATTATTTCAACAATTTTGTA
CCATTTTATCATTACCTTTTTCAGAAAATACTGGACTTGGCAGTTTCAAT
GTGTTGGTGCGCTGATCACATAGTCTTTTGGTCGTCTTTGGAGTAAACCA
GATCCCTTAAGGTAATGACATTGTTTATTTGATATCTTCCGAGTTATACT
GCACAAATATTTTTTTTCGATAAGAACGAACTGTATGAGAAAAGACTTTG
GTCATATATAAGGAAGTGGATTTTTAACATACGAGTTGCGAGTTGGTCCT
ACGAGTTGCGAGTTGCTATCAAATATGCGAGTTGCGAGTTACGAGTTGCT
ATTTTAACCAAATAAAAGTGTGAGTTGCAAGTTGAAAATTTCACGTTAAG
ACATCAAAATCACAAGTTGCAGATTAAAATCGCGAGTTGCAGATTAAAAT
CGCGAGTTGAAAAATCAATAGTGTGAGTTGCAAATTAAAATTGCGAGTTG
AAAAATCAAAAGTGCGAGTTACAAATCTAGGAAAGACCTAAAAGAAGAAT
TTACCATTTTCCTCAGGTACTTCAGCTTGACATTTAGGTTTCAACACTGT
ATGGTTTTGTGTTGCTGTGTCAATTGTGTCGATTGTTTGGTTTTCTATTG
ACTGACTTCTGTTTGTTCTTTGAATGTTGAAATCTGCAAAAAATGTTATT
ATAACGATCTAGGTACTAGAATTTAAGTTTCTCCATTTTGAAGATAAGTA
ATAACAAATTAAAATAGAAAAAGTGGTGCAGTTCTTGAAACTTAAAGCAA
TGTGTCAGTATTAATTTTATATTCCATACATACACATTTTGTTACATTAT
CCAATGTGACATATCTCAAATATTGATTACCTAGAGAACTGTCCATATTT
TGGGCTTTTTCTTGAATATCATCAATGTCCACGTATTCAGTCAACAACTT
GTCGTTGATATTAAGATTGATTGCTGCATCTAAAAGAAGAAAGATGACAA
ATATTTAGTCATATTGGCCATATTGATTCAACATCAGTCAAAAAATTCTA
GCTTGGTTCTTATTTCCATTTGCATTGTATAAAGAAAGTCACAGCCTTTT
TTAGTCTTGGAATATTGCTATAATGGCTTTTACCTTTCGCAAGGATTTCC
TGTGCAAGCAAATTTGATGTATTTGCCTTGGCCTTCTTTGATTGGTTTTC
TTTCTCTAAAGAAATTAGGGTCATTCAACTACCTTAAAGGAAGAAATTTT
GGCGGGAAGTTAATTTGGCGGTTGACCGAAAAAACTAAATTTGTCGGGAA
TTTTGGCGTTTGCTGAAAAATGTATCCTTAAGATGGCGTAAAAACAGCAA
AAAATGTAAAAACACCTTAAAAGATTCTATTTTCAAAAAGTTTAATTTGG
CGGGCATTTAATTTGGCAGATGGCAGAAAAACCAAATCCGCCAAATTAAG
TTCCCGCCAAAATTTCTTCCTTTAAGGTAGTAATGAAACTGTTGGTAAAA
ATTGAAACTTAATAAAAAGTTGTCACTAATAACATCAAAATCATTCAAAG
ATGAAATAAATTTTGAAATGTATGCTAATATTTCACAATGAACTTTCACG
GTCAACTAACCTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTCATCCTCTTTCTTTTT
TTCCTTTGGAGTTTCTTAAATGGAAAAAGTTGAAAGCTCTGTTAGTGAAT
ATTAGCTCAATGTTCTGCAGATTTCGGACTTTTTTCCTTTGCGAGCTTCA
TATCTTTTTTATTGTTTTAGGTATCATTCTGACAAACCTTTAGTGATTTC
TGTTGGATTGGTCTTGCTTGACTCGGGATTGTCATCGTTTTGTTCTATGG
TTAATGGAGTGATAAAGGTATCTAACAAACTTATCTTTGATAAAATTTAC
TTGTTACAACAAGATTGTCCTGGAGGGAGTGAAAGAAACTGAATACTTTC
ACCTTGATGGGGGGCTAATGTAAATGGGGGATTTCAGGAAATCTTATGGG
AAGAGGGGGAAGAAATTTGTCCATGTTCAACATTAGTGTCTTTATTGCAG
GAAATTGATATGGGGGTAGGTGGGGGTAGAATACCAAATGGGGGTTTTCG
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AAATAAAAAATTGAAATTTTGCATAATTCAAGGAAGATCCCCCCTTATCT
AAGATGACCCCCCCACATCCCCCTTGCTTTTGGTTCATCAAAACCCAAGA
CCCCCCTGAATGTAGATAAAGAAACATGTGGAGGGACCTAAACACCTGGA
AGATATCATGGTCTAGACTTATACTGAACTAGGATTTACCTTGTTGGCGC
TTTTTCTTTGTTTTTGGTCTTCTCACTTCGTCTTTAAAAGAAAAATATAT
ATAGCTACTTTTTAAAGGCTTTTAAATAAGTAATATTGGGTGCAACGAGT
TTGATTTAAAAAGGAAAAGGACTTTTTCTCCAGTTTAATAAACAACTACT
ATGTTGATATTTTATTCTACACTTAATAAGGCTATCATTTTTGAATTAAC
ATGGTTTATTTATTTTTTTAGAACAAACCTTGATTGGAATCGTTTGCATC
CCCACCATCATTTTCCTCCGTGTTCTCTTTGTCTGCTTCTAATGAAAAGA
ATGAGGTAAGGATTAATTTGAAATTTTCTGATTTTTGGACCTTAGAATGG
GAAGGAGCCCGATTTTTGAAAAAAAAATTGCATGTTTATCTATAAAAATC
ACTATTAATAAGCATACAGAAATGTTCTTAGCCAAATTACTCAATTTTTT
TATAAGCAAGTGTATGCCCCTTGGTCAGGCTCGTGTATGCTTAAGTTCTC
AAAGCATCCAGGTTTATGCTTATTACATGCTTAAGAATTATGCTTATGAT
TCACCCCGAACCAAGTTTTTAATGAAATTTCAGAAATTTTGTAAAAAATT
TGCTCAGATTTTAGAAGCAGTGGAATGGTAGCTAGCTGTGGAATGTCTTA
TTATTTACTTGACCTCTGCCAAATCAGATAAAAATGAAACATAAACAGAA
AATGACCACTTGAAAAATATTTTAGGCTGACATATATGCTCATGTTATGC
TTAGGTATTCTGCAAATCTGAGTCTTCATATGCTTATAAGCGTTATGCTT
ATAAAAAAACATGTATGTCAAAAAGTATAGACATGTAAGAAACATTGAGA
CTGCTTGGTAAAAATTGTTTCTTAAAAAAAGTGTATTGTCATTGTTTAGC
TTCTATTTGATGGTACACGCTTTTTTTATAAGAATATCTATAAAGCGTGT
ATTTTCTTTTTCTAGCTCGAATTGGATGGGAGCTCACAGATATCTAACGA
CCAGATGATACTTCTTAACAAGATCACTCTCAGATGCACGTTATTGTCTT
AGTGTGTTATTATAATGTATGAAAGAAAAAATACCTTTACTCAGTCTTCG
TTTTTTTCTTCCTTTGATCTCAATGAGGAGTGCTGGATAATATTGCTTAA
GATGGGGGTAGAAGAAATTGTACTTTTCCATCTCCTTAAGGTTTTCGAGC
GGTACTAGTTCCCCAGTATGGTTGGTTGGCTTTAAAGTTGAAAATGGGAG
GGCTAGGTTTAGGCGTTTTCCGTTGGATTCTTCCTCTGTAAAAATAATCT
TTAACACAGGTCCAGTGTCTTCCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:12228..12394 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:12228..12394 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:5178..5274 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:5178..5274 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:4040..4123 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:4040..4123 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:3020..3379 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1575043694:3020..3379 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:12228..12394 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:12228..12394 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:5178..5274 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:5178..5274 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:4040..4123 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:4040..4123 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:3020..3379 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1510915933:3020..3379 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:12228..12394 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:12228..12394 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:5178..5274 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:5178..5274 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:4040..4123 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:4040..4123 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:3020..3379 | TCONS_00041304-exon-sc0002792-1491911889:3020..3379 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0002792 | supercontig | sc0002792:3020..12394 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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