TCONS_00040300 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00040300
Unique NameTCONS_00040300
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3079

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00040300 ID=TCONS_00040300|Name=TCONS_00040300|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3079bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002383:2974..14302+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00040300 ID=TCONS_00040300|Name=TCONS_00040300|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11329bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002383:2974..14302+ (Clytia hemisphaerica)
tcacgcttttagcctgagacgtcctatctcatttacactgggtgacgaat accccatgcaaatgctcaccccgttcatttgccaggatgtgcctgactgt taTAGGCTAAAGGAAGTGATTCTACTTCCATGTCGCCGCTCCAACATTGT TAGGAGTCCTTTAAAGGCTCAATTAGTTCAAGCAggtaaaatttgctata tatatcttttaccaatacccagacgatctcaatcgaacgcaatcgaatct caatcgaacgtcaaaattctgggtaatattcgattgttgTTCCACTCGAC TGgtttgatcgtcgattccgcttgattgagatcgtctggctttattcttg cagcttctcaacatccaagctctcaaaacatcacaagccgaatgaaaata ctttcaatttcccgtagaaattatgcgatgaacaatccgggggggggggt caatgAATCAATGATAGAATGCTTAAAGGACCCTGccaacgcaccggact taacgaacaccggacacgcaaaagtccggtgtaaaatgagaattttttta ccaccggacaatctctacaccggacttaaggaagttggatgtccggtgtt ggagaaggatatttttttccaccggacatgaccagtccggtacTATCAtc gacttattgcgtccggtgtaacgaaaagatactttttgccaccggacaaa tacaccggacagtccagTGCGTTGGCAGGGTCCTATGcttaatcgaacgc aatcgaacatcaatcgaacgcaatcgaatatcaattgaatctgaaaatta caGTTATattcaattgagattcgattgcgtctgacaatcgaatttcaatc ggtcgattgcgttgaTTTGGTTcatgactggttcgatcgtcaattccgtt cgattgagatcgtctggcaatACAATTTCACATTAAGAATCtgagttggt 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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_024467XLOC_024467Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:2974..3158TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:2974..3158Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:2974..3158TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:2974..3158Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:2974..3158TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:2974..3158Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:6384..6495TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:6384..6495Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:6384..6495TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:6384..6495Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:6384..6495TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:6384..6495Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:11521..14302TCONS_00040300-exon-sc0002383-1491911889:11521..14302Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:11521..14302TCONS_00040300-exon-sc0002383-1510915933:11521..14302Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:11521..14302TCONS_00040300-exon-sc0002383-1575043694:11521..14302Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0002383supercontigsc0002383:2974..14302 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.124358 0 0.113052 0.300213 3.16337e-05 1.32168 0.631457 1.28407 0.189475 0.387592 0.000330683 0.4734 2.41186e-08 0.399269 0.0157437 0.060082 0 0.0721449 2.48616e-06 0.120894 0 0 0 0 1.08867 1.56207 0.0600394 0.0842038 0.174111 0.453937
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00040300 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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