|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00040163 ID=TCONS_00040163|Name=TCONS_00040163|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=505bp
GGGCGCGgcaaattcaaaaaatctttcagtCTCACGTTGGAAAATCCAAA
ATGGTGGTCGTAACTTTCGGAAAAACAGGTTTATGCTGTCATCAGAAAAA
AGGTATAAAAGAAGCTGATATACGGCGGTGCAGCCTTGCAAACTTGTCAA
ACGAAATTGATCAGACCGCATCCCATTGATTGAAATTATTAAaggaacac
tcacaatttttacaaatcttatgagtttgatgaattttttttatttgaac
tttaatcgttcgacaGAGTTTAATTAATACTCACTGTGATGGCATTAAAG
TGTATTAGACTTACCTTTTGAAGACATAAATGAAACTAACAAGGCATAAA
TTATGTACTTATATGTCGCTAAATACATTCTCTTCAGATTTGCTTTCTAA
CGTCCATATTTTAATTCTGAAAGTCAAAATAATATTCACTAGGTTTTAAT
CTgcatttgatgaaaaaaattaattgtcCAATGTATGACCCTTCAGTGTT
ATGTA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0002337:7648..11365+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00040163 ID=TCONS_00040163|Name=TCONS_00040163|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3718bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002337:7648..11365+ (Clytia hemisphaerica)
GGGCGCGgcaaattcaaaaaatctttcagtCTCACGTTGGAAAATCCAAA
ATGGTGGTCGTAACTTTCGGAAAAACAGGTTTATGCTGTCATCAGAAAAA
AGGTATAAAAGGTATGCCCATGAGTAAAAGATTTTGGGTTACTTAAGTTT
AAAAAGTTTCGATACATTATATACAACAGCAGTTTAGATGTTTAGATACT
TTCAAAAGTGTGGCCAATTGATTGTCTAATTGATGACCAACAATCAATGG
ATATTGGATCGGGTATTGGATATTGCGATTGTATTGATCCTAGTAATCAA
TAAGAAAGTCGGTAATCATGTTTTCAAGGAAGTGTCAGACCAGATATAAT
GTTGTCTCTGAAAATGTTTTCACTACACTTTGTatactgtgaagtcgggt
aacttgcatcagtggagggaaagctgcatagccatcaaatgactgaccaa
tcaaagcagcaaaatttcaaaacaaatgaactatgcagctctgctcgcag
ctctactctaccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNcatttttcctttgttaattttcatgcat
gaaagatttttttaaaaagaagtgaatctcataaaaactttgaaacacat
gaaaaaattctctcataACATCAGAACAGTAAATGAGTGTGGTGTTGTGA
GAGAAATtagtttttgaccattttttgaacagttgaaagtttttaaacat
ttataaatttgaagatgaagGGTTTGCTTTAACGATAAGTAAAGTTCAAC
TGGATGGTGTGCAGCGACCTTGCTAATGTAAGTATAAAGATTTACCTCTA
TATTATTCAAAACTAATGGTGCACTATATGAATGTAATGAATCTTGTTTG
TGATTATACTAGTCTGTGACAGCATGATGAGTTAGGTAGTTTAAGTTAAC
CTGGTGTGAGTGCGGATACAGATTCTTTATCagcttttaagaatatttac
ttTCAATGTTACTTACAGTTACTTTACTGTTACTTTCAATGTATCAGATT
AATGGAGTTTAGTTTTAAAATTTNtccctctgttgcgatttccACTGTAA
CCGCATGGCAGAATAACAAAGCCTGGCGGTTTTGTTTGCCTCTGGCATTG
AAATTATGCAGGAAAAGTGGGTACATTATCGGAAGTAATTCCCTGATTAT
CGTTCTGAATTTGGCTTTAAACAGAAGCTGATATACGGCGGTGCAGCCTT
GCAAACTTGTCAAACGAAATTGATCAGACCGCATCCCATTGATTGAAATT
ATTAAaggaacactcacaatttttacaaatcttatgagtttgatgaattt
tttttatttgaactttaatcgttcgacaGAGTTTAATTAATACTCACTGT
GATGGCATTAAAGTGTATTAGACTTACCTTTTGAAGACATAAATGAAACT
AACAAGGCATAAATTATGTACTTATATGTCGCTAAATACATTCTCTTCAG
ATTTGCTTTCTAACGTCCATATTTTAATTCTGAAAGTCAAAATAATATTC
ACTAGGTTTTAATCTgcatttgatgaaaaaaattaattgtcCAATGTATG
ACCCTTCAGTGTTATGTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1491911889:7648..7758 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1491911889:7648..7758 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1510915933:7648..7758 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1510915933:7648..7758 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1575043694:7648..7758 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1575043694:7648..7758 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1491911889:10972..11365 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1491911889:10972..11365 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1510915933:10972..11365 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1510915933:10972..11365 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00040163-exon-sc0002337-1575043694:10972..11365 | TCONS_00040163-exon-sc0002337-1575043694:10972..11365 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0002337 | supercontig | sc0002337:7648..11365 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
