TCONS_00038756 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00038756
Unique NameTCONS_00038756
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length272

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00038756 ID=TCONS_00038756|Name=TCONS_00038756|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=272bp
CTTGTTTCTatggtttttaatgttttactGGATGCAATCCTGACCAATCA
AAATCAAGGGAGTGATCTTCCTTAAAAGCCGCGGCGAGACACTTTTGAAA
GTCATTTGCTTCTCGTCGCACTGAAAGTATGCTGGTTCGTGAGGAACCTT
ACACGGAAATGGACTTTTTaaactgcatttttgaaaactttgaattgAAC
CGAAAGAAAGAAACGATGCAAGGATCACTAAAGATGCTGCTGGTTTGCTT
TGACAACCACCTTAACTGCACA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001921:1..9059-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00038756 ID=TCONS_00038756|Name=TCONS_00038756|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9059bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001921:1..9059- (Clytia hemisphaerica)
CTTGTTTCTATGGTTTTTAATGTTTTACTGGATGCAATCCTGACCAATCA
AAATCAAGGGAGTGATCTTCCTTAAAAGCCGCGGCGAGACACTTTTGAAA
GTCATTTGCTTCTCGTCGCACTGAAAGTATGCTGGTTCGTGAGGAACCTT
ACACGGAAATGGACTTTTTAAACTGCATTTTTGAAAACTTTGAATTGAAC
CGAAAGAAAGAAACGATGCAAGGATCACTAAAGATGCTGCTGGTTTGCTT
TGGTAAGAATCTTTATTTTTTTCTGATTCTGTCTGAGTTTATGATTCCTT
TCCATAGTCTGAATATTAATAGTTTAGGTTTGAAGGGTTAATTATACAGA
TATTGAGACTAGTTTTCTCGGAGAAAGGGTGTTTCTTAGAAGCTAAAAAA
ATCAAATTTGAAGATTTCAATCTTTTTGAACATTTTTATCTATGGTGCGT
TTGAAAAAATAGCAGGCAGTGAAAATTTCAAGTACTTTATTTTGGCCGTT
AAACAGCCAAAATACTCAATTTTGAATTCAGTTTTAAAACTCAATATCTA
AAAAAAATTTACTGTGTCAGCAAAATGCCAAGAATATGTAAGGAGTTGGG
CAGAATCCAAATTTTCCTAGCTTTATGATAAGCAAGGGGTCAACCTTTTT
TGAGAAACCTTGATTTTTTAAGTCAATTCAGTGCTGATTGTTAAAATGTG
GAAATTCAGTGTCTTGGAAAAGTAGCAGAGAGTAATTAGAAAGTAATGTT
CATGTTCTACAAAATGAAATTTCCCCAGCCATAAGTCAAAAAGGCAAGTT
TACTTTAATTAGTGATTAAAGTCTATTCACGATAAGTGTGCACTCTTTTT
TCTTTTACCTATAACTTTTGAAGGAATTCTTCAATCTTTATACATTTGGT
ATCGTTGGAGAGATATTTGTGAGTGGAACAATTTGAAATAAAAATATCTT
TAAAATAATTCTAAAAATGAAGATGAAAATGAAGAAGAAAAAAATGAAGA
TCTTGTAGATAAGTGCTATAACTATCATTTTCACTGGAGAGATTCTTTGA
TTTTTGGAGGTCATCACTGTGAAGAAATTTCACTAAAATATTTATTCAAT
ACAAAGTTATGATACAAAGTTAATAAGTGATTGACCCCAAAAAACAGCAG
AAAACAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTTTTTAG
ACGTCAATTAGCTTATAACTTTGTTTGATATCTTTTGACTGAATGATTAT
TTTTGAGAAATTTTTTCACAGTAATGACGTTCGATAATCAAGGTTTCAAT
TCAGTGAAAATGATAGTTATAGCACTTTTCTACAAGATCTTCATTTTTTT
CTTCTTCATTTTCATCTTCATTTTTATAATTATTTTAAAGATATTTTTAT
TTCAAATTGTTCCACTCACAAATATCTCTCCAACGATACCAAATGTATGA
AGATTGAAGAATTCCTTCAAAAGTTATAGGTAAAAGAAAAAAGAGTGCAC
ACTTATCGTGAATAGACTTTAGTTAGTGCTTCAATTATGGCTTTAACACT
TTTGATGCTTTCTCTTTCACAAAATTTATTAGCTCTTATCTGTTTCATTT
TAAGCCCTAATCAGATAGGTGACTCGACAATTTTCTAATTAGAGTAAAAA
GGGCAAAGTGGACTTGTGAATTCTTTCAATTTATTTTTGGTAGCCTATGG
CAGCCCAAGTATAGCCCTGACATAGCCCTAGGTTTTTAGCTTGGCTTTGC
TTATATAGCCCTGTAGCCCTGAATTTAGACATGTCAAAAGTGGTAACTTT
CTTTGAAAATGAATTGAATTACAATATTCTTATGGACTTTATACCAAAGT
CTTTTTAATGCAGCATTGAATTTTTTGAATAGAGTGTCTTCGTATTTCTT
GAGCTCTATCAAGTAATTTTGTGTTTATTGTTGCTATGGATTATTCATGC
ACACTTTGAAATTTAAAAGATTATCACTTTTTCAGCACTCATTTACTTTG
GATTCATAATTTGTTAAGAACTCTGAGAAATTCCCAAATTTCTTTGCCAA
GAGCATCAAAAATTCAACCCTAATTTGATTTGATTTCTCAAACTCCAACT
ACATAGTTTAAGTTTGGAAAAATTCTAAACCAAAACCCAAGACAAAGTTT
AAGAATTTGAAATTATGATTAGACAAGGCTGGTAAAGGCAAATTGGTTTC
TTTCAATTTTAGTGAGACTTGGATATTTACTTTTTAATTTTAAGGTTAAG
ATTGTTTAGTTTTTTTTACTGTACATTTACACTCAAGTGTAACTCAACAA
AGTCAAGCATTCGTATTTTAGGCAAGTTTCCAACTTAGATAAATTTAAAT
TTTTGGGATCAATTCTGAATTTTATGAAATACCTCTTTAGAAAAAATATA
TTTCGATAAGCATTTTATGGAGCATTCGAGTTTTAGGCAAGTTTTCAATT
TAAATTTCAAATTATTTGGGTCAATTTTAAATTTCATGAAAGACCTGTTT
AGAAAAAATTATGTTTAGATTTACTTGAATTGTATTTACAGCTTGAAACC
GTTACAATTTTGAATTGGAAGCACGTGAAGAAAACTACTTTAATCTGGTT
TAGGCTTAATTTACTTCATAGAACCAAATCAAAAATCTTCAAGAAAGAGA
GAGAGCGAGAGTTACAAAGGATCCTATGGCTGAATATCTGTGAAATTTAG
GGTATTTGTATGTGTTCATTTTGATAAAAAGATCATTAAATCCTAAAATA
TTCAATTCAATTATGTAAGTCAGCTGTTTATTATGGTACTGTGATAAGGA
ATTNATTTTTTTTGTCAATTCTACACTCTATTAGGAGCATAATATCAAAA
ATTTGCCCTGATCTAAGGGGTGCCCTACGAAAACCATTTTAAAGGCATTT
TTTGAATCTTGGACGCTGGTCTACTATTACAAATACAGATTTTTCCTTAC
AAATACAAAATACAGAGTTTTCCCTTGCAAATACAGAGTTTTCCCTTGTA
AATACAGAGTTTTCCCTTACAAATACAAGAAATTTTTATAATGGAAAACA
TTATTTTTATTGTAAAAGATAGTAAGATTAAGTGTTTATTGACAAAATAC
AAGGCAGCCTTCACAAAGCAGAAAAAGACTAAACTTGACAAAGACTATAT
TAAGATTTGCCTTGAGCAATTTTCCTTGATTTTACTTGAAAATCATACAG
AGCCACTAGACGGTTCCCGTCGTCGTAAACGCCGGTTAACGGTTTTGCTT
GCGCATCAAAAGCCTTTAAAATACTATAATGTGGGTTAATTCCTGACATC
GTTTTGGCTTAAAATGCCAAATACATTATAAGAAATATACTTCTAAACTT
TCTACATTAGTCAAAATTTTGTGTCTGTAAGCCTCGATGATATGTCTTTT
TAAGATAACGGAAGTTTGTGTTCAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTAGGAAAGAAA
AAGCCTTAGTTGTGAAGGAGAGGCTCGCGCTTTGCGATTGAGCACTGAAG
GTTTTCCCGTTTGTTGGCTTCGCATGCGGACAGCTTAAGATCGGCGCATA
TGCAATGCAACCAACATTGAAACCTTTTTAAATAATGTTAGACGAAGTTT
AATCTTCAAACAACAATGTTGACGTCAGAACTTTTTTCGTTTACAAATAG
CAGTGTAGAGTCTTCTCTAATTCGAGTTTGCTACGCTTGTCAAACTTAGC
GCGAGACTTTTTGTATCGAAGGTGGATAGGTTTTCCAGCCGCGGCGTTCA
AATTTTAGAAACCTTAACATATGTTACTGGGCTAGCGTTACAGACATTTT
TCATAAACTCATTTAGTATAGTAAGATAATGTCTTAACATTAAGTTTCCT
TTCTTTGAGAATACAGGATAAATTTTCCTCGAAAATATGCATTGATTTGC
CTTGAAAAATACAGATTACTTAAGATTACAGGATTTCTTTTCCTCTAAAA
ATACGATTTTACCTGAGAATGACAATGAAATTATCCTGCTGTCTTTTTAA
AATACGCATATACGCATGAGATAACAGGCGGAAAGCTGAAAGTAATAACA
TGAAATAGAAATTTGCCTGGACGCACATGGATGACTTGCCTAGAATTTAA
AAAAGAACTATTGTTGAAGGATACATTGATTTTACTGAAAAATATTGAGA
AAAAACATCTTCCTTGAGTCATGAAGGTAATAAAGATATAGATGGAGAGA
AAACGTCTCGGTAATGACCTAAATGATCGTTGAAATCTTTTATAAATCTA
TTCAAAGCGGCTTTTCTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCAAAATCTCACTAAAATTTGAA
TTGAAAGAAATCAATTTGGCTCAACCAAATTTTTAAACTGTTCTCTTTGG
TTTTTGCTTAGAAGTGTTACAAACTTTAAAGGAATCAAAAATTAGGGTTT
AATAGACCTTTTCTTAAAGAGGCAGCCATGTTGAATAATTAACTACTCCA
GTATAAAAACAATGATACAGCCATGCATAATTTTAAAAATGTGCATGATA
CAGTAATTATCATATCATTGTTTTTATGCTGGAGTACATAATTATTAAAT
ATGGCTGCCTCTTTAAAAAAAGGTCTATTTGTAAGATTCTTGGCAAAGAA
TTTTGGGAATTTGTCAGATTTTTTAACAAATTATTCCAAAGTAGATGAGC
GGTGAAAAAGTGAATAATCTTCAATTAATAAGTGTACATAATAAATTGCA
TCCAGAGCAATAATCAACACAAAATTGCTTGGTGGAGCNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT
TTAGCTTTAAAATAGTTCTAGATCAATAAAATACCTTTGGAATTATATCA
TTGACATTAACAACTGTTTTTCAAACATTTTCTTTGTGTTTTACAGTAAT
CAACGCTGACCTGTCAACACTGACCTGTGACCTGTGACCTGCGTTTTACA
CTAACCGCACTTCAAATCTAACTTTGCCCTTTTTACTCTTGTTTTTAAGA
AAACAGTCTACTGTATCTAACATAAAATGACATCGATGGAACACATTAAT
TTCTTGAAAAAAGGAGGTAAAAACATCCAAACTAACGGCTAGTTGATTTG
TAGTTGGTTAGTTAGTGGATTTTAATGAACCCAATTTGGCATTTTACTGG
ATAGAATTCTTTTGTATTTACAAAAGTTCTTATTTGTTATCATTTGTTTT
TATTTACAATAACCATGCGGTTGAATGAATTTTGATCGCGGTTAAATGAA
TTTTGATTGTATTTAGTAATGACTATCTCCAATTTTTAGACAACCACCTT
AACTGCACA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_023262XLOC_023262Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1575043694:8808..9059TCONS_00038756-exon-sc0001921-1575043694:8808..9059Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1575043694:1..20TCONS_00038756-exon-sc0001921-1575043694:1..20Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1510915933:8808..9059TCONS_00038756-exon-sc0001921-1510915933:8808..9059Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1510915933:1..20TCONS_00038756-exon-sc0001921-1510915933:1..20Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1491911889:8808..9059TCONS_00038756-exon-sc0001921-1491911889:8808..9059Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038756-exon-sc0001921-1491911889:1..20TCONS_00038756-exon-sc0001921-1491911889:1..20Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0001921supercontigsc0001921:1..9059 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	2.22902	1.69236	0.708352	0	0	0	0	0	0	0	0	0.296263	0	0.847868	0	0	0	0	0.594902	0	0	0.465862	0	0	0	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00038756 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top