TCONS_00038705 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00038705
Unique Name	TCONS_00038705
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4002

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0001911:24859..34391-

transcript sequence

>TCONS_00038705 ID=TCONS_00038705|Name=TCONS_00038705|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4002bp
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ATTTAACATATTAGAtgcctttttctgaaaaataagttaatctattttta
aaaaaatatttcaaatccgCATCAAGTAAACATGAGCGACCAAGATCATG
TT

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001911:24859..34391-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00038705 ID=TCONS_00038705|Name=TCONS_00038705|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9533bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001911:24859..34391- (Clytia hemisphaerica)
AAAGTTGTGCATAGCACTCCTTATCACACGCCTAAATTACTAAAATTAAG
GTTTTAGGAGTGTGATTGACCACACGCCTGAAATTTTCAAATGATGCAGC
CTGCTTTAGGTATCAGTAACACAGTTGCATAGATAAAAACTCAGTTTGCG
GCTGATGGGGCATCCTGCTGATCATCTGATAATCTTCAGGTAATTTCATT
ACGTAATCTTTATGTGCTTAATTATTTAAGTCATAATGGTGTCGTCCTTA
GAAAATAGTCTTTAGGCACGCTAAGCAGTCTCCCAAATTAGCAAAAAATA
ATGATCCCAGGAGAGTCCTCGCATCGATTCTTGTATTTTCATACATTGGT
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ATGGTGGTTCTGTTATNATTGTGAATGTTTTCTGCACACCACGCTGAAGC
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ATCGTAAGGACCGCGTTCGTCTAAAAGGACTGGGAATGACAACAAAGTTG
CGCGATTGTGTTTATGAATAANNTTTCCGCGGGAGGACTATTTTCCTCAG
ATGTATAATTTTCAAGTGCCTTTAGAGGTTTACCGTGCGCGTAAGAAAAT
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TTAGGGTCAGGGTTGGACTCAAAGGTATTTGTTTGTTTCGATTACTGCTG
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TTGCATTTGGTGGTTCGAGCCAAGGTAAGGGAGTATATTTCAGAAATAGG
TTAAAAAAGTCAAAATATAACTTAGAACAGTTCAAAAACTCAGAATAACA
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TGCACTTTTCTTTTACAGATAATCTTAACTGAGAGCTCAGAGGTTACAAA
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TTAGGTGGGACCAAGGATTCAAGATATCAGGTGGGGATTATATATAGTGC
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TAGAAATTTTAGCGAGACTAATTTTAGCGTTTTAGCGAGTTTTCCCTATT
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ATAGGAAGGGTTTCAGTGCAAAGAAATGCTAGAAAACTAACTAATTCAAT
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TAATATACGCTAAAATTAGTCTCGCTAAAATTTCTACGATTAAAGTAATT
GATTGTAAATTTTATCAATCTGGGTGGCATCTGTGGTATAGTAGGGCTCA
CTACTAAAAAGTTTAGTTAGTTGTAAAAACTGGCGAAAGAACGGCAAAGT
TGGAGGGGCAGAAGGCTGAATAAGTTTATTTAAATTGAGAAAAATATTGT
CTTATGCTTATTTTTAAGCGATCCACACAATTTTTGCTAAGTAGTCTGGT
TGGTTTTAATAATTTCTTACGTTTTAGGTTTTATGTGTTAGATTAAGTCA
TGCGTCCAAAAAGGAAAAGATTTATCAAAGGAAAAGGATGTCTCTCAGAG
GAATTTAAAGCCCATATTCGTAAAATGGCCTTAGCAGACCCAGACGTTGT
TGCGAGACTGTCATCGCAAGAGGTACTAGAAATGAAGAAATTGGAAAAGA
AAACTAAAAAGCGCAAGAAGAAGTGTTCAGAACGAAAAAGGTTATCATCA
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AATCGTCTCCACATAAAAACTATTTTGTCTTCTACTTACAAAGATGACAG
TGCTGTCTCAGGATGTCCCTTCTGATTTTTTCGTTAACGTTGATTTAATT
TGATGAGCTTAAAATTATTTTCTTATAGAAAAAATAGTGGCAATTATGTC
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TGTCACACTTTTATTCGATTCTGATAACGAAGACGTAAGTTGATACGTTT
GTTATACCATATTGTTTTTTGTTTTTTTTTATTATTTTTCTCATATTATA
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GACGCTTTAGAAGCTTTTGACTCAGAGTCTGATGTAAGTTTTTGATTTTT
GCTTGCAATATTTTTGTATATTCATCCTATAGTTTGTGCAAAATTATGAA
TTCATGTTAATAAGTGTCCATTTAAAATGTCAATGCTGATCTAAAAAATC
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GAAAATGAAGATCACATCGTTGATTATCATCTTTCTTATCAATTGGAATT
GAGAAAACAGAACTGCCTAGTCCCTGCTGATCCCAGATTCCTGAAAGTTG
CTATACCAGATTTTGATCAACAAAAGGCTAACCTCAAGGTAACTTTATGT
TAAGATTTTTATCAATCATTCCACCCAGCTGTATTCCACTTGCTTAGATA
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ATTGGATTTATTTTTGTTCATGTGACAAAGCAACATCAACATACATCGAG
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GAGTATTATTTTGAAACTATAACAGTGTCAATGGTAATTTCGGAATTAAT
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GTGCTGCATCCATATTAATTGTCTTGTACCAATCATTGCGGAAATTGACT
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TGAGTATACCCCTGGAGAGGGGAGTTTTTCACACTTCTACTTAGCTTATG
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AGTTACCCTACGCTACAATTAAGCACAGCAGAGTAGGAGATTAATAATAA
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TCTTTTGAAATTGATTTTGAAAAAAATGAGTAAGTCTTTATTTTTGTTTT
TTTAATTTAAGGGTACCAAGAGAGTTTCATACGGGTAGGTAAAACGCCAA
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CTTTTGTTAAATCTGATGTATCAGTATAGGTGACGCGTCTTCTATATATA
TAAATATATACATAGAATATTATCTTTAAGCAACCAAGCTATAAGACATA
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CAGTGGGAATCGTGTCAAATGAAAGATCACAACTGATTTGTTACGTTTGC
TCGAGTGGTGTCTGTATACACTGTAATGAAGTTCGACGTCGCAGAGATGA
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ACAGTGTATCATCAGAACGTAATAGGAAAGCAATATCGTGCAATAGGATT
CCATTTCACGCAGACGAAAACATGACCAGAAATCTACACCTTCACCCTTG
TCAATATCTTAAAACTGAAGACTCCTTGCTCGTGTGTCAAGATAATATCA
GTTGTTGTTCTGAAATCATTGGTGTTTCATCTCGTCGTCTGAAGCTATTC
ATGAAAAACACCTATTTTGAGTGCATTGGTAATTTTCATTTATTAAGACG
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TTAGATTTCTATATTAGAGCGGCATAGGAAAACATTTACTAACTGTTTAA
GGCAACTTCCTATACCCGTTCCTTGTCGAGTAAAGGGGTTAAAGGGTTTT
CAGGATAATTAAATGATTTGGCACTTTTTGTACGTGCACGTTTAGTTTTC
GCTGAAAGCATTTCAATGTTTGTCTTGTATTTTTAAGTGAATGACAGCCG
TTGTACAGGTTGTGGGGCTTTTCAGAGCTACGATGGTTTGAATGACTCGA
TTCTCAATATGGGGAAGTTCCTGATTCACTATTCATTAATGAGAGATTAC
ATGTTTCATTTTCTGCACGGAAAAAGGTAAAGCAGTGTTAATGAATGCAA
GGCAAATATTTAAGAAATACTGCTCAGATAAATATGGGACCTCGTGGATT
TACTTGTACTTCCATGCACCCTCTTTTCATCATAAATTTCATACACCTTT
ATTTTTAGTTGTACACTTCATGGCTATTACGAAGTTTTCTCGTTGAGTCA
GAAAAGCTCTGGCCACGAAAAATGCGAGCTGACGTACAAAGACTTCAAAG
ATTCGTGGTATTCCTTTTTGGAGCTACTTGACATCGACTTCAACGAAGGA
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GATTTTACCGAATTTGCTATGGCACTACGGTATCTCAGCATTTTATAAAA
AAACGACAGTTTTGTTAAAAGTTTTGTGACTGTATGAATTGAAGCTTTTA
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AGATTTACGGGACTCATTCAAGGAATGGGTAACCAAAAAGAATGCGTCGA
TGGAATTTTCCAAAAAGCTTGAAATTATCTACCCCGTCATATTCCGTACG
TTAAAGTGGGCTCGTGACACGTTCGGTGATGATCTGCCAAAATCGATCAA
ACTTTTTTTCAAGTGCCTTTACTCTTCAAGTCCAGTCTGTTCCTACTTTG
GCGAAAACGATTTGAATTTGAGTTTAAGGATGCTTGAACCAAAGTGTAAG
AGTGATGCTGCGTTAATGAAGAAATTCCAACTCAAGCTTCCTCTGCTTTT
TAACATCCTCACTGATTGCAATTTGGAAACATGTCTCCCAGAAGAACACT
GGAAAGGGTTACTACTTTACCTGTCAGACAAGACTGGGATACCTTACCGT
TATGCCTCCGATGTATACAGCGGTGGATCTTTTATCGAAGAGAATGAACT
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TAAAGATTTACTGTTTTATACCAAATTATTTTCACATTTGTATGGTAAAT
GGGTGTAAAATGGCGGTGCCGCAGATAAACATTTTGCCATTTTGTGATCT
AAACTAAATACTTCAAACCAATCCCCTTATTTTTACTTTATCCCACCTCT
AATCTCCTGTCCACTCTATGAGGAAAAGAGTTAAGGGATCCCGCCTTAAA
GAAGGAGATGTTCACACTGAGGTAAATCAAAGAATTCTTTAGAGTTTCTT
AAATTTCTTCCTTTATAAGGTTTCCATTTAAGTTAGTGGTGACCTTTACC
AAAAGCTTTGGAATCCCTGATCTTAATTGACTGATTACATTTGCTTTTAT
TAAATTGCAAATTACTATTACGTATTCCATTTAAGCTTTCCAAATCTTCC
ACCCTTGCGACCGAGAGGCAGCTACGAGCAGGATGCAATAAATACAAAAT
ACGGCAATTGTCGCAAAAATTATAAAGGTCACCCAAACTTGACATCTGGT
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TTTTATAAATGATCATTTTGCCTACCACATTTAAAAGTTATTATGTATGG
ATACAACTTGATTGTAGTCGTTTCAATGTTTTGGTGCAAACAAGTAAATA
CAGACAATCTATGAAAACTAATGCGTATCTTTTAGGTATTTGTTATGGCT
TTCAGGTGATGGATAAAGAAGAGTCGCCAAATGTTCCGTTTACAATATTC
AGGAGAAGGTTTAATAGGGGTGTGTTTCTTGAATTTACACAAATTACTCA
AAAAATAATTTAACTCTGTGAAAGATCAAAGTATTTTGTCTTTTTGATTA
GAGCTTTGAGGGATATAAACCACACTTCAAGATCTTGNAAAGTCCAGGGG
CTGGAAATGATTTAAAACCACCTGTATATATCGAGAAAAAAGCCGTGTTA
AAAAAATAATTAGAATTAAGTTTCGCCAATGATCTAGATATAAAAGTTAA
TTTGACGAATTTAGGAAATTTTTAGGGTAGTCCGCCGAATTCGGTAAAGT
TTCTTCTCTCTAACTAGAGACTTATTAAATAATCTAACTAGAGAGTTATT
TGCCAGTTCCCTATCAAAAATATGGCTGTTTCTCATCATGTTGAGCACTT
CGATGCGGTGTCATTATGTTAGAAAAGAAAGTAGATTTTAACCAAAAGTC
AGACTAAAATCAAAATGTACCTAATCCATACTCTTCCTAACCATGACCAT
AATAATATATAATATATCATTACACTTTTTAAGGGTACACTGTATATAAT
GTAAAATAGTTTTCGCTTACGACTTGATCAGGTATTGTTTTTGAAAACAA
ATTCATCTTTGTCAATACTCCACATCTGCCATCAGTTACCCTGACATGGA
TCAGTTCACTCCTTGCAGATTTTTGATGCCCATTTAACATATTAGATGCC
TTTTTCTGAAAAATAAGTTAATCTATTTTTAAAAAAATATTTCAAATCCG
CATCAAGTAAACATGAGCGACCAAGATCATGTT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_023227	XLOC_023227	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0001911	supercontig	sc0001911:24859..34391 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.243947	0.235988	0.0945376	0	0.250637	0.190668	0.824208	0.775611	0.18889	0.0852221	2.01665	0.239811	0.500675	0.027465	0.0595689	0.360542	0	0	0	0.320012	0.314701	0.600017	0	0	0.98056	0.516311	0	0.0425771	0	0

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00038705 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00038705 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00038705 (transcript) - C. hemisphaerica