TCONS_00038699 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00038699
Unique Name	TCONS_00038699
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3638

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0001911:24859..34367-

transcript sequence

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atccgCATCAAGTAAACATGAGCGACCAAGATCATGTT

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001911:24859..34367-

Legend: exon

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>TCONS_00038699 ID=TCONS_00038699|Name=TCONS_00038699|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9509bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001911:24859..34367- (Clytia hemisphaerica)
CACACGCCTAAATTACTAAAATTAAGGTTTTAGGAGTGTGATTGACCACA
CGCCTGAAATTTTCAAATGATGCAGCCTGCTTTAGGTATCAGTAACACAG
TTGCATAGATAAAAACTCAGTTTGCGGCTGATGGGGCATCCTGCTGATCA
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CTTGCCCTCTTTCTTGTTTAACAGAAAAGAGCCAGATCCTGCCAGAGCTT
TTATTGGTAATCTGCCATCAGTAATTGAACTCCACCGCAAGGTTTGATCA
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TGGGAGCAGGCAAAAACTTAAGAGTTTTAGGTGGGACCAAGGATTCAAGA
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CCCAGTGGGAAGTTGACCCCCTTTTCACACTATGAATCTATGATGGAGGA
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AAAAAATCAAGATTTTGACGACTCGCTAATATACGCTAAAATTAGTCTCG
CTAAAATTTCTACGATTAAAGTAATTGATTGTAAATTTTATCAATCTGGG
TGGCATCTGTGGTATAGTAGGGCTCACTACTAAAAAGTTTAGTTAGTTGT
AAAAACTGGCGAAAGAACGGCAAAGTTGGAGGGGCAGAAGGCTGAATAAG
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ATGGCCTTAGCAGACCCAGACGTTGTTGCGAGACTGTCATCGCAAGAGGT
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GTTCAGAACGAAAAAGGTTATCATCAGTTTTCCTAGAGTTTTTTATTTTT
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TTGTCTTCTACTTACAAAGATGACAGTGCTGTCTCAGGATGTCCCTTCTG
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GAGTCTGATGTAAGTTTTTGATTTTTGCTTGCAATATTTTTGTATATTCA
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TGCTGATCCCAGATTCCTGAAAGTTGCTATACCAGATTTTGATCAACAAA
AGGCTAACCTCAAGGTAACTTTATGTTAAGATTTTTATCAATCATTCCAC
CCAGCTGTATTCCACTTGCTTAGATACTAAACATATAATTTGTGTCTACT
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AAGCTATTTAAAAACCTTGTTATAGAGTGCTGCATCCATATTAATTGTCT
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TTTTTCACACTTCTACTTAGCTTATGAATTTTTACAATGGGGCCTACGAT
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TTTTGATGAATTCTTGGAGTCTGCTCACAGTGTATCATCAGAACGTAATA
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CTTGCTCGTGTGTCAAGATAATATCAGTTGTTGTTCTGAAATCATTGGTG
TTTCATCTCGTCGTCTGAAGCTATTCATGAAAAACACCTATTTTGAGTGC
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CATGGTGCACAGGCACCAATCTTCAGTGAAAATCAAAAATAAAGATATTG
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GGTTAAGCATTTTGTTGGGTTATTAAGAAAGAGACCAAGTAATACATTGC
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CAGATAAATATGGGACCTCGTGGATTTACTTGTACTTCCATGCACCCTCT
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TGTGACTGTATGAATTGAAGCTTTTAAGCATCAGTGAATCAGCTTATTTT
TTATGCTTCTTCATACTAAATAAATCTCACTCTATACTGCTAGGAAACAT
GCTGATCGCTTGGCTATCGCTGACAAAGATTTACGGGACTCATTCAAGGA
ATGGGTAACCAAAAAGAATGCGTCGATGGAATTTTCCAAAAAGCTTGAAA
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GGTGATGATCTGCCAAAATCGATCAAACTTTTTTTCAAGTGCCTTTACTC
TTCAAGTCCAGTCTGTTCCTACTTTGGCGAAAACGATTTGAATTTGAGTT
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TTCCAACTCAAGCTTCCTCTGCTTTTTAACATCCTCACTGATTGCAATTT
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GGATCTTTTATCGAAGAGAATGAACTCAGCAGGTAAAAGTATCTGTTTTG
AAGTTTAACATTATATGTAACCCCATTTAACATCCTTCCCAAAAATAAAG
GCACGTTCCCTATTTTAAAAATCTTTTAAAGATTTACTGTTTTATACCAA
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CCTTATTTTTACTTTATCCCACCTCTAATCTCCTGTCCACTCTATGAGGA
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CATTTAAGTTAGTGGTGACCTTTACCAAAAGCTTTGGAATCCCTGATCTT
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CGAGCAGGATGCAATAAATACAAAATACGGCAATTGTCGCAAAAATTATA
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CCACATTTAAAAGTTATTATGTATGGATACAACTTGATTGTAGTCGTTTC
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GTATCTTTTAGGTATTTGTTATGGCTTTCAGGTGATGGATAAAGAAGAGT
CGCCAAATGTTCCGTTTACAATATTCAGGAGAAGGTTTAATAGGGGTGTG
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ATCAAAGTATTTTGTCTTTTTGATTAGAGCTTTGAGGGATATAAACCACA
CTTCAAGATCTTGNAAAGTCCAGGGGCTGGAAATGATTTAAAACCACCTG
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GCCAATGATCTAGATATAAAAGTTAATTTGACGAATTTAGGAAATTTTTA
GGGTAGTCCGCCGAATTCGGTAAAGTTTCTTCTCTCTAACTAGAGACTTA
TTAAATAATCTAACTAGAGAGTTATTTGCCAGTTCCCTATCAAAAATATG
GCTGTTTCTCATCATGTTGAGCACTTCGATGCGGTGTCATTATGTTAGAA
AAGAAAGTAGATTTTAACCAAAAGTCAGACTAAAATCAAAATGTACCTAA
TCCATACTCTTCCTAACCATGACCATAATAATATATAATATATCATTACA
CTTTTTAAGGGTACACTGTATATAATGTAAAATAGTTTTCGCTTACGACT
TGATCAGGTATTGTTTTTGAAAACAAATTCATCTTTGTCAATACTCCACA
TCTGCCATCAGTTACCCTGACATGGATCAGTTCACTCCTTGCAGATTTTT
GATGCCCATTTAACATATTAGATGCCTTTTTCTGAAAAATAAGTTAATCT
ATTTTTAAAAAAATATTTCAAATCCGCATCAAGTAAACATGAGCGACCAA
GATCATGTT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_023227	XLOC_023227	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0001911	supercontig	sc0001911:24859..34367 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0.113287	0.921195	0.963028	1.20645	1.34902	2.25959	1.46326	1.04093	1.23207	0.737607	0.146657	0.347227	0	1.3114	0.689265	0.292237	0	0.308673	0	3.98447e-08	0	0	0.952325	0.716729	0.665969	0	0.485886

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00038699 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00038699 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00038699 (transcript) - C. hemisphaerica