TCONS_00036964 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00036964
Unique Name	TCONS_00036964
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	817

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0001544:32405..44621-

transcript sequence

>TCONS_00036964 ID=TCONS_00036964|Name=TCONS_00036964|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=817bp
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ttttgaaaaagGTTGAATTTAAACAGCCAGAAGATTTTTACATCTCATGG
AATGTTTTCAGTACGAACGAGCACATGGGAACACATATCGATGCACCAGT
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CTGAAAGCCGAAGAAGGCAGAAGATCCTtcagtcttatttttttcacttt
ttatttttcatgttaTT

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001544:32405..44621-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00036964 ID=TCONS_00036964|Name=TCONS_00036964|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12217bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001544:32405..44621- (Clytia hemisphaerica)
GGACAACGTCACCACACCATATTTTGGACTTTTTGTAGATCACTTCAAGT
TTTTGAAAAAGGTATGCTCTTAATTTATATTCGTCTGCTTATCATGATTA
TAAATTATTTGTATGATAACTAAAGGATTTTATTTGGATTCTTTATTTGT
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CTAACCTTTATGATTGGTAAAGCTCAGAGATTTTCTAAATGCGAAAGATT
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CGTACGGTAGGCTGTTTACCTTGGGTGACCCCCCCCCCCCCCACTGGGGT
CAAACATAGCTCCTATTCATTCAAGCAGAGGGTTTTCCAACACAAATTTG
CGTCAAATTCTTTATAGTTCCCCAGGTAATTTCAATTTCAAGTTTTTTCT
TTTCTAAACGGTTACTCTCTTTGTTTCACATCCAACCATCTTTTGACGAT
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CATTGAATTTCGAATGGGGATTAAATCAAAGTCAATTTCTTAGTGGGGAT
GAATTCCAGGGTATTTTCCCACTGGGGACGAAATCTTAACTAAATTTTCC
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GTTGCAGACATCTTCTTCTTTCACTATATAGTTACTACATAGAAAGAGAG
ATATTAATCTGTTATTGAATTGAAGAAAGATGATAAAAGAATTATATGGA
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GGCAAGGCCAAAGGGAGAGGGTAAAATTTCTTTGTTTCTCTATTTCCTGT
CGCTCTGCTGTTTACAAAATATAGGTAAAATGATACAAGGTTCTACCTAC
CAGCTGCTGTAACCAAAATTTTGACAAGGAACTGTTTTCTTAAAGGAAAA
TGATTTATTCTTCCTCTCGTGTTTCACTGAAAGTTTGATTCTCAAAGGTC
CTTCAATGGCATAGCAATGTAACTCTGTATTCATAGTCAATGGTGAAAAT
CCCTTTTTTACGTTTTTAATGTTCTTTTTGTATTGTTTCAAGATGTTTAC
CATGTCATCGTGTAGTTCTGGAAAGTGTACCAATTTCCCTAAGAGAGATA
CATAAAATGAAGCTATTAATTACGATCCCCAATAATACGAAAATAAATAA
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TGATGTTTTTTAAATTCTTTACAAAGCTTTATCCACCATCTTTGATCAGA
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GAAGAAGAGTATTTCACCTTTCAAGGCCCTAATCTCGGTAAAAATCAAAC
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TACAATTTCGGAAAGTTTTTGTGTAAGTATCTTTCCTTTAAAATCTCCAA
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TATAACTTGGGATGTAGCCAAATAGAAAATTTTTCCGAAAAAATCTAAAT
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ACGTTTTATTAAGGTCCATGCCACACTTATTCCTCAATTACTCATTATGT
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AGCAGCGAAAACATAAGGTTTTATCTTCAAATTCTGAAATTGATTTTTCA
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GAACAGGTATTTGCAAATTTTAGGTCGGTGGCTGCTTCTGAAAGGTCATA
CAATTGATCATTGGCATCATCATGATTATTTACGGGGAAGGTAGGTCTAG
CGCTTTAGATTCACTTACAAGGCTAGAGGTACCATAGGGTATCACTTTTT
TACAATTTTTATTGATAGTTCTACCAGCAGGGTACCACTTTAACGATACG
ATTTTAACGATACGATTTTAACGATGCGATTTTAACGATAACGTAAAATC
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TGTGTGGAGAAAAAAACTTACTACAGCATTCACCCATCACCAAAGATGCA
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GAATAGTTAACAACCAATCCAATGACAAAAATTCTTGTAAATGTTCAACT
TGACCCGTAGAAGGGCCTAAGCGCAATCTAGACTAATGTCGTTCTGACTG
CTTTCTGAGTATTAGTGATATATTGTTATTGACTTTACAAAGTTGTTTGT
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TGAGTTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTAACATGTTCTTAATATGTTCTTAT
TTTCGCCATTTTCTGAGTATTTTTGACCATTTTACTATGAAATTGGATGT
TTTAGAGTCCGCAAAGCCTTAAAATGTTTTTAGGATTCTGGCCATCGAAG
CCTTATTCTCTTATATAGTTTGTTCTTATTAAAAAAAACAGTGTACCTGA
TGTAAATGATTCATGATTTATAAAGCTGAAGTAGTTCTCCTCTAGATATC
TTTTGCAATATTTGATGAAAAAGGAATAAGGGTATTTACAAAATATATTT
CTCACGGGTACTAAAAAAGTGTCGAGACAATCTTTTCACCAATCTGGCAC
CCAGAACTACACGTTGTTTTTTTTATAAGAACATCCAAAAATTTTAAAGC
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TTAAAATTTTGGCCATCGAAGCCTTATGTTCTTATATAGTTCATTCTTAT
AAAAAAATTAATGGATATGATATGATCGGGAGTGTTATCAGAATAATTAA
GAAAGTAAAGTGACTGGGTTCGAGGTTGTTTGTTTGTGTTTACAAAGTAC
TTGGCGAAACAGAAACTAAAATACAAGTGCAAACAAACTTTGCAACGTCA
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AAAAAACAACTTTGAAAGACGCTGACGTATATTTCTATGTGCGGATATAA
AAGTGTTTTTGAATTACGTGCAAGCATAGTATAAGAAAGTATAAGAAAGC
CGCGGAGATTGCATTATTTTTTTCGTGCCCTTCGTGCCCTTCATGCCTTT
CGAAAATAAGTTCGTGCCTTTCGAAAAAAATTTCGTGCCTTTTGAAAAAA
AGTTCGTGCCTTTTGAAAAAAAGTTCGTGCCTTTTGAAAAAAAGTTCGTG
CCTTTCGGGGAAAAAATTTATAGCTCTTCTTTCACTTCTTCTTTACATCC
GCGCTAATTTGTATGTGTTTGTTGACTTCTCTAACCCGACAATTCATGTT
TATACCTTATCGGCCAAAACTTAGTCGACGAAGGCACGCAAGGCACGAAA
AAATCACACTCCTTTTTTCATTGCCCATTGCGTTTCAATAACTGATCTAT
CAGGCAAATCCAAAGACCCATTTTTCGTCCTTCCTATTCTTACTGTGTGA
ATTAAAGTAGGAAGAGGTCATAAAGAGGTCATATAATCCAAAGGTCAAAG
TTACCAAGCTCTAGTTTAGATGGTCGAATTTTTGCTCTGCCTACAACCCC
CACCGTAATATTTGGCACAAAAGGGGAATCCCCTCAAATTTGAAAACTGC
AAGTGCTTTTTAAGTGCTCTAAAGTACGTTTGGAAAGTAGAGTTTTAACT
CTTGAGTTTTAACATGAAACTTAACACTTAGGACCTTAGGATCTCAGAAT
CTTAAAGCTCAAAATTGTTCCAATAAGGCTGACAATATAGCCTGGAAGCC
ACTTAACCCTCACAAATCGAAAAATCCAATGAAACAAAGTGAGAGAACTG
AAATTGCAATTCTCGCCCGATCTTTAAATTCTGAAAAACGTTAAAATACG
CAAAAAGTGCCAATATATTTCGACGTTGATTGTATTCTAATTGTTAAGAA
GGAGCTAAAAAACATCATTTAATTAATAAAGATGTACACAATTTTCTCAA
AAATCTAAAAATCCATAATCACATGATAGTTAAGTATTAAAACGCCTTTC
TTATAACTGTGGATGTGACATGGATGGCTGACGAAACTAAAGAATTATTA
CAAAAGTCAAAATATCTTTGTTTTTGTTCTATATTTTTCATAGTCTAACA
AAATTAAGCGATGTTTTTTGAAATAACAAGCTTAGTTTATGAAAATGAAT
CAGACAACAGACCGAGCAAAAAAACATGGTTGGTTATAAATTTCGAGCTC
GACTTTTTCGCATAGGGACCTATTTTGAGAATCTAATTGCTAGGTAGCAG
CTACGAGAAAAACAACACCTTCGATATTTCTTTTCAGCTCTTTTAGCTTG
GATATTCTGCAATATTTTGGACTTGTTCAACTCCGGTTTAACCCCAATCT
CGTACAAAGAGCATGGATTTATAAAGCCTGAAGGGGTAGATGTCGTGCTT
TGGCTGAAAAGTGTGTCGAGGTTAGGTAGGAAATCCTACCTAGGTCACGT
GACATTACGATAGAATTTCAGCGCTTGACCAATCAGAAGCTTCGCAGGTC
TTCGAAAACAATAGCAATATTATTTTTTGCGATATTATATATTTTTTTTG
CTTGAAAGAGCTTAAAGCGCGACATCTATAAAATATGTGACCAAGAGCCG
GTTGAGTACTTTTAGATTTTAGTGCTGGACATGATACAAATCCTTTTGTG
AGCACTATTGAATTAATAGAAACGAACCAAGGACTGTGTTCCAGTTTTGG
GTATGAATCTCATTGCAACACCGTTATTATCTTCTAATAGGTTGAATTTA
AACAGCCAGAAGATTTTTACATCTCATGGAATGTTTTCAGTACGAACGAG
CACATGGGAACACATATCGATGCACCAGTGCATTTCGTGAAAGGTAGTCA
AACTGTGGACGAAATCCCTTTACAAAGACTTGTAAGTTGAATATAAAAAC
TTTTGAAATCATAGGAATACAAAGAAATTGATTGTTACTGTCTGCTCAAA
CTACAATTTACTATACAGCGGAGTCTCTTTAACTCGAACCTCTATAACTC
GAATGTCTCCTCCATTTTATGGTTTCTTCACTAAACAATGCCTTATAAAC
CTTACTCTATAACTCGAAATGTTTCCTTAACTCGAACAAATTTTTATAGT
CCCTTCTCTATATAATTCCTCATAAACCTTACTCTATAACTCGAAATGTT
TCCTTAACTCGAACAAATTTTTATAGTCCCTTCTCTATATAATTCCTCAT
AAACCTTACTCTATAACTCGAAATGTTTCCTTAACTCGAAAAGGTTTTAG
AGTCCCTTCTCTATATAATGCCTCATAAACCTTACTCTATAACTCGAAAT
GTTTCCTTAACTCGAACAAATTTTCAGGTCCCTTCTCTATATAATGCCTC
ATAAACCTTACTCTATAACTCGAAATGTTTCCTTAACTCGAAAAGGTTTT
AGAGTCCCTTCTCTATATAATGCCTCATAAACCTTACTCTATAACTCGAA
ATGTTTCCTTAACTCGAAAAGGTTTTATAGTCCCTTTTCTATATAATGCC
TCATAAACCTTACTCTATAACTCGAAAAACTTCCGTAACTCGAGCAAATT
TGTGTTCCCCATGCGTGTTTGAGTTATGGTCAGCTGTAAAACATTTTTTA
TAAACTCTTCAGGTCGGAAAGCTGTTCATACTTGATGTTGAGGAGGAAAC
ATTGAAAGACAGATTTCTATATATCACAACACAACATATCTTAGATGCAG
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GGTATAAATACCTCCTTTTTTCAACAGCATGCGGTCGGGCGGACGGGCGG
ACGGGCGAAAAAATCAACCCGAATCAATAATACTATGCGTTTTAATTTTT
TTCAAATTTATAACCTTTTTGCAACTTTTCGAACGATTCGAACGTTCTAC
GGTAAAACTCACTAAGTTAACTTCACAAATACGAATTTGTTTTTTTTACA
ATTTTAACATGGTTGGTGCAACCATAGGAAATCGGGAAATAGGTGGCAAA
GTCAGTAATCGGCAAATCGGGATTCTCTCCGACATTAAGAAAGTAAACAA
AACATTTTGTCAACAAAACCAGAAACCTGAAAACTTTTTAATCTCGCAAC
TAGAGCCACTTGCACCACTCTTCGATTTTACTGTGTTCGAGTATGGTGTT
TGCGCAACTTCAAGTAAATACTTACCTTCCCATATAAAGAACACCTTACC
TGCTAAATTTAGTAGTCGGCTAATGACGAAATTTTTAACCCCCGAATCAT
TACCTAAAAAGACTTAAACTTCTAAACTTCTTAAAGGATAATTTCTCCCA
CACACCCCTGTCTCACAGCCCCGGTGGAACTTTTTTCCTCAGTAGGGATA
AAAATTCCTATTGAAATGCAAATGGGAAAAGAAATTCTATTGTTCCAAGG
TTAAAAAATCCATTGGGGTTTTTTGAGTGCAATTTTGAAACATTGAATGT
TTAGTTGGGATGAAATCAAAGTCAATTTTTCAGTGGGGTGAAATTCCAGG
GTATTTTCCCGACGGGGACGAAATTTTTCCAAATCTTACAGTTGGTCCCA
GTAGGTCTTTGACACAGGGGTCGTTTCTACGCCATATCCCATACAATTGG
AGATTACTCCCCTCCCTTGTCTCTTTCTCAGTGAGGTTTTATCTTATACA
AACTTATCTTATACAGCAGGTCTTTGACACCCCTGGTGTTTCTACGGCAT
TACCCATACAATTGAAATTACTCCCCTCCCTTGTCCCTCTCTCGGTGAGG
TTTTATCTTATACAAACTTATCTTATACAGCAGGTCTTTGACACAGAAGT
GTTTCTACGCCATTATCCATACAATTGAAATTACTCCCCTCCCTTGTCTC
TCTCTCGGTGAGGTTTTATCTTATACAAACTTCAACCACTTACAGATAAT
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GGGTTAACCAAGGAAGCGGCACAATGGCTCGTCGATAACAGAAATGTAAG
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TGTATAATTCTTAAAGCATTTTATTTATTCGTGCACAACTCTTCGTACTA
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AGCGGCACCTTGTTTAAATGACGCACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAAACGGG
GGGGTCCTAATAAGGTCCGGGGGGGTTGGAAAATTTTCGAAAAATTAACA
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GTAGGTTGAAGGCTGAATAGCATCTTTTCAAAAAATGTTCTTGGTGGAAA
TCTTAATGAAAGATAACTTTAAGGTCTTTGTCTTAGCCTTAATTATAATT
TCCTATTCTTGATTCAGGTTTAAGCAAATTCGTATCAAACCTTACAAAAT
ACTTTGGTGGTGATCCCAAAGATATATCATCTTATCAGCATCCTGGGTTA
ACCAAGGAAGCGGCACAATGGCTCGTCGATAACAGAAATGTAAGGAGAAA
ATATCTACTTGGAATGATACAAAATAGGGTGTTTTATACCTTCTTGTATA
ATTCTTAAAGCATTTTATTTATTCGTGCACAACTCTTCGTACTATCAATC
TGTAGGATCGTTGCACTTTTTAAAAACGAGTTCAGAATTTTCAAAGCGGC
ACCTTGTTTAAATGACGCACTAGGGGGGGGCGGGAGCGGCGGGAGCTATT
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CCTTTTTGTTTTAAAGATATGACCTGTTAAAGATGAAGAGACTGTTAAGG
TTCCAAAATGAGCAGAGCCACTAACAACGAATCGTCTTTGAGTCTATAAC
TAAAACAAAGGCAAAAGCTTCAGGATTAAGCTTCTTATTCGTGTTCTTTG
AGCATGCCGTTGAAACTAAGAAAACAATTTATCATATGATTTTCCCTTAG
ATTGCATCCTTTGGTATTGACACACCCTCGCTTGATCATGCAAAAACAAC
AAATTTTCCAGTTCACAGAATATTCTTAGGTCAGAAAATACCTGGTTATG
AAAATGTTGATCTGTCGAAAATTGATCAGTTCAGAAACAAAACCAACGTA
AGTTCAAAAGCTTTTTTTTTTTAATGGTTATCATTTTTTCTAATACAGGG
TGTCCCTAATAAAAGTATCGAGTTTGAACATGCGATTGAGTAAAAAAGTT
TGTGTGTGTTATCGCTAAAATATAAGAACGTTCTCCATCACATAGTCTCA
TTACAAAAGGTAGTTACAACGTATAAATTAATCGTAATGACAAAGAAAAA
AGAGGGAGAGCTTAAAATACAATTTTGTGAATACACACTTAAAACTTTCT
ACTCAATCGCATGTTCAAACTCGATACTTTTATTAGGGACACCCTGTATA
GTGCCCCTGTATCACAGACCCGGTGGGACCTCATACCAGTTGGAAAAATC
ACACATGTTACAAAAAATACCAAAAGAGTTTACACCTTTAATAATGAAGT
GTATAGATGGGATAGACGCAATATAATTTTGAAAATCCCTCAACTAGATA
TTCGAAGGGTGTTTGAGATTATTCATTTTAACCAAGAGATCCATCGTCAT
TAACAAATGTTTTTAATTTTTTCCCGAGTGAAAGAAAGGCTCCTACCAGA
TTACTGAGCGACAACAGTATTGGGCTTCTGTGTCATATGATATAAAACAA
CTGACCTTTTCATAAATTACGTCACTTGTCTCGTATTCAAACAATTAACA
TGGCAATTGTGTCCCTTGAGACATTTTTTTATGAATAGGAAGTAGTTTTA
ATAAAATCCACTTCATTGAAGTTAATCACCATGGCAATAATTTCAAAACA
TGACAAGTGATGTTGTGACGTAATTTATGAAAAGGTCTACTTCTAGTAGG
TTTTGTCTTTTGAAAAAAGTATTTTTTCTTCAAATTGTGACAAAGATGTT
GGAAATGATGGAATAGTTTTTTGGCGTCGGGATCCTAAGAATGATGTAAG
ATAAATTGAATAAATTAATAAATGCTCTTTCTTTAAAGGTATTGATCATT
GCCATGCCAATGAAAATTCGAGATGGTACAGGAGCCCCGACCCGAATGGT
TGCCATGTATGACGACTCAGTGACGTCATCAGCTCAAAGCTCATTTGTTG
CCATGCTTTATACAACGTTGGTATTGCCAATTGTAACAATGACGTCATTG
ATGTTGCAATAGAAAGTACAACAGACCAAGAAGCCAAGCAGCCAAGCTAG
ACAACAATGCCCCGCCCAAAAATCCCCCGGTCAGAACTATGACCTAGCCC
CTGAAAGCCGAAGAAGGCAGAAGATCCTTCAGTCTTATTTTTTTCACTTT
TTATTTTTCATGTTATT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_021837	XLOC_021837	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0001544	supercontig	sc0001544:32405..44621 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.211885	0.178835	0.396412	0.323189	0.648897	0	0	0.665775	0.241176	0	0	0.544065	0	0	0.388977	0	0	0.602986	1.04361	0.382766	0	0.723344	0	0.0608261	0	0.167739	0	0	0.0647657	0.263944

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00036964 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00036964 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00036964 (transcript) - C. hemisphaerica