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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00036405 ID=TCONS_00036405|Name=TCONS_00036405|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=298bp
CTGATAAACAACCTTAATGCCTTTGGGAGACACTTGACACTTGAGaatgg
cATACGTATTAgttaaatgttttgaaaataacaaaatcgTCGAGGCCACC
ATTCCAAAGCATTGGATGGAAGGACATACAATGTGGTGGCCAGCACACAA
AGCCAGACAATTGGCCATCAGTCTCGCTCCGCtagacaaaaattggaaat
cgTTTCCAGTCTTAGAAGTCAAGAGATCTAGTGACAACTTTGAAGAATTG
GAAACTGGATCATACACAACTACGGAAGCTGAAGACAGTCCCGTTAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001454:50787..58460- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00036405 ID=TCONS_00036405|Name=TCONS_00036405|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7674bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001454:50787..58460- (Clytia hemisphaerica)
CTGATAAACAACCTTAATGCCTTTGGGAGACACTTGACACTTGAGGTAAT
AGATCAGTGCATTAAATTGCCCTGACTTGAGAAAGACTTTAAAGGTTGTT
TTGATTCTTTTCCCAACCCTCTGCCAGTCAGTTTGATTACATATTCTCCA
TTTGAATAGTTGAAGGTTTCATATGTATTGTTGCTCAATCGATTAAGGCA
GGATTGATTGGTAATTGGTGTTGGACCGATTTGATTTGTGTTTGGCTGGC
TCCACTATTTTGACCAGACGTAATTAATCGAACCAATCAAACGTTTGTCA
AACTTAATCGAACTTTGTTGTCCAATTAAATTAATGCTCGACTAAGTTCG
GTTGTCGAACTTTGATTGAATACTCACAAATTTTCTAAACTATAAACAAT
AAAGTTCAATTAAAGAAACCGACCTTAATCAAACTTTTTTTTAACAGAGA
TCTTTAGATTACATTAATCAAACTTAATTTAATCAATCGATTAACTATCG
ACTAGATATCGATTAATTAATAGATAATCGATTGATTAGTAACATCTGGC
TCAATGCGAGGGAGCACAAAAAAGTTTTGATTGATCCTTGGAATACGATT
ACGTAATCGGTGCCAAATTGTTTTTGTCTGAAAGTGGCGACCAAATAGGC
CACTATTTTCAGGGTGTTCTCGACAGTCTTTCTCCCCCTGCTTGCATGGA
GTGGATAGCAGAATTTAAAAATCAGACTACATATTTTTTTCCTAAAAGAA
GATTACGTTGTGCGCTTAGTACTTAGAAAAGATTTGTTGAACATTTTTTC
TTGTTGAACGGAGCTTTTTGTCAAATTTGTCAAACATTTTTTGTTGACGA
ACTTTGTGGAACTTAATCGAATACTCACAATTTTAGCGACTTTTGTCGTT
CGATTTAGTTCAACAAAGTTCAATTAGTTCAGTAATCAAACTGTTCTATT
AATTATCATGTCTAGTTTTGAGTAGTCTATCAATGACATTAATACAGAAT
ATAATTAATGTGAGCCTTTGGCAAGGAGAGGCTGAAAAAAAATTTCCAAT
AAAAAATGTTGAAGGGCATGGAGTTTATTTTCATACTAGAGGTATTGTTG
AGTCAGAAAAAACATGTTTTGAAACTTTTTGGAGAATGTTTTTGGTGTAG
CAATGGGGATGTGGTTTTTACCCATGCTCAACACTTTGTCTTCTGTTAAA
AGCTGTGCTTCATTTTCAAATCTGCAACACCTCACCTTCACTCAAAGTTT
TCTTAAAGCATAAATATAACTATCATTTAGTCAATTTCCACCCTATCCTT
AACAAATGTTCATATAAAGCTTTTTTCACATGCACGTAAAATTTTACTTT
AGACCTTACAGAAAATCGTTCGTAATACACTACATTAGCTCAAGGGGATT
CCCCACCCTTCAAGGTCTTAAGTAAGATTTTACGTGCATGTGAAAAAAGC
TTAAAAAGGGGTGTGATATTTTGTTAGAAAATTTCATGGAAATATATTTA
AAAATCTATAATCAACGTCGAAATGTACAAATGTTTGTGTCTATGGGACT
CGTGCGACCTGAGATATTTAAGCAACATTTTAAATTTTGTGGAAGGCGTC
TAAAGAAAACAAGCACTTTGTTTGTCATCCCATGTATAAAGGTAATCATG
CCCAAGTTGCTATAATTTTAATTCCCCCCTAAGGCGAGACCAATTTGATT
AGTTGTTTTACTGGCTCGACCGACCCTGAAATTCCAAAATCGAAATGAAA
ATAAAATTATGTGCTTTATAGACTGTCAAATTTCTCAAAATTTTGGTAGT
TTTTCTAAGGTTTTCAGAATTTTATGTTTAATATTTCATTTTATCCATGA
ATTCAAGCTTTATGTGTCTTTTTATTTTCTATTTTGCATTGAAAAAGTGA
AACTCTACTTTTATTTTAGTTTTTTCACCGACCGACCGACCCTCTTTTTT
GGGTAGCTTACTGTAGCTTGTGAAACAAGAAATTAAATAATTCTTGTCTA
ACATTTTTTCTTAATTTCCCATGTTTTGAAAAGAAAAGCAGGAAAAACAC
AATCTCTCAACCAAAAAGTTTAAAACATTTATCCAAGTAACGTGAGATTT
TTGAAGTGAATTCATTTTAAAGGCCTCTTAAATTTGAAAGAGACCCAGGT
TCCCCAATTCTAAAGGAGCCCAAGTCTATTTCTTATGTAAAATGAATTTT
TTTTTGTTTTCCTGAATTTATGCTTATGGTTCATTTACTTTATTTTGGTA
TATCTGACGTGTGGACCTAAAAAGTTGATATAAAATTTTACCACCTCTTA
ATAAAGGAAAAAAAAAACCTTTAAATCACCTAATTATGTCAAAACGCCTT
AACTAAGAAGCTTAGTGTGGTAAAATATTTCAAGTCACTTTAAAGGTTTT
AGTTTTACGTAATTGTTCCTATTTCATATCAGACACGTCATGTCTTATAT
CAGGCCGGTGTCTCCTATTGTTACTTAGTCTTTGATTTCGTGCTGAATGA
ACAAAAATTAGTTTTTCTTTTCTTCTTGCTGATCTTTTCTTCTTGCTGAA
CAACCTTGCTCCTTGTGAATTAAAATCACTCTTATTTAAAAACAAAATTT
CAGATTGAAGGGAAGAATTTGTTTAGAAAAAATGGGCTCTTCCAGAAAAA
GGTTTTACATGGGGGATGGAGGATATATTGTCTGGGGCAAAAAATCATCA
AAATGTGCTTTGTCCGGGGTGTAAATTTGCTCTGTCGGGGGGGTAATTTG
GTGTGTCCGGGGGATCAGTAGATAGCAATAAGCAAAAAGCTCGTCCCAGT
TGAAAAAAACTACTTAAAGCACTGTAGCTCTCACCCAACAAAATTGTGGA
TTTTAAAAATTAGATATTCAGAATCTATTAGAAATTTCGCTTTCAATGAT
ATATAACATCATGGGGTTTTGTGAATGTGCTGGAGAGATATTGATTATTG
GTTCTTTTTCAGATTTTTTTGGACGAGCTTTTTGCTTATTGCTAGATGCT
TGTCCGTGGGGTAAAACCTATTGTCCGGGGGGCTAAAAGTCACCCTGTCC
AGGGGGGCAAATCACTAAAAATTGTTATATCCTCCACCCCCCATGTAAAA
ATTTTTTCTGGAAGAGCCCAATCAGACTTAGGCGCCTTTTAAAATGAGGC
TTCTAGTACTTAAGCACAAGGCCATTAAGAATGATGTTGTTTTTTTGTTC
TGTGTGCTTGTATTTCTGTAATAAACAAAAACTGAAAGATTAGTCAGAAG
AGTAAGGGCTCNTTTTGTTCTATGTGCTTGTATTTCTGTGATAAACAAAA
ACTGAAAGATTAGTCAGAAGAGTAAGGGCTCCTTGGCCAGTATCTTAACC
CAGGAACATTAAGCCTCCATTACACCTATCTTTGACATCAATACCGGCAT
GGCTCTGGGTTTGTTATATTTATGTAAATCTGCTGAGAGGAATCGAGTCT
TTTATTTANACATGGCTCTGGGTTTGTTATATTTATTTAAATCTGCTGAG
AGGAATCGAGTCTTTTATTTAGTGCAAAGAATATCATGAGTTATTCCATC
CTTTTTGTAAGATTTTCATCCTATTTTATACAACAGTTATTATAAGAGAA
AACAATTTTTCCATTTTAGTTATCTTTTGCTTGGCTTTGCAATGCAGTTG
TTATGAAATGGATAGAAAAGCTCGAAATAAAGAAAGGTGAATAGGATATA
GTATATATTATTTAGTCTTGCAATTCATTGAAGTGCGTGCTGTAAAATTC
TCCAAATAAATAATAAGGCATAGCGAGATACCCTGCAAAATTTGTGTGGT
CGGAGTGCAGACGTTTATGACATAATTTATTATAATTTGATAAAACAAAG
ACAATAATTACAGTGTCGTAATAACCGCTTTCATCCATAAATTTTGCAGG
GAATCTCGCTACGCCTATGGTATCAATATCGGAAATGTAAATTTTATGAT
ATAAGTCAGAATAAACTTCCAAATACTTTATTGCCTATCAGTATATTGCT
ACAGATCTAAAGTGATTCAGTAGCAGGATATTTCTTTCTGCAGTTTTAGT
TAGGCTAGAAAATAAAAGAAATTATTATCTTGAAATTTAAGGTTGAAGCG
ATGGAGGGACAGAAGAAAGCAAGTCACAGTTGTTTCAAATAGCCATCAAA
ATTTTAGTTCGAGTGATGAAAATGACGAAGTCAATACTCAAGCTTCAATG
GTCGTCGACGATGCTGGTCCATCAGATAATAGCATGATCTCGGATATCCA
AGACGGTGATGTCAATATAGATACTGATGATGGTTCTGGTCTCGGTCTTG
GTGTAGAAGTTAATGTTGGTCTTGGTCTAGGTGCTGTTCTTGGTGTTTCT
TCTCCTTCTGATTTGACAAGTGATTCTGAATTTGCCACCTCCTCCTCTGA
ATCCGATAGTGAGTGTTTAGATGATGAAAATGATGATGATGTGTTGTGTG
AAAAATTGAAAAATTGGGCCATAAATAATAACTGTACCAGAGCTTGCATT
AATGAAATTTTGGGAATCGTTGCAGAACTTGGTGGTGATGTTCCAAAGGA
CAGCAGGACCTTACTAAATACTCAAAGAGATGTACTTCAAACGCCAATGG
GTGTTGGGCACTATATCTACATTGGCGTGGAAAACCGGATACGAAAACTA
TTATCTTACCACGACGAGCCACGTTCAATCGTTTTATTCATCAACATCGA
TGGACTTCCAATCTTCAAATCAAGTTCGATCAATCTTTGGCCAATTCTGA
TTCGATTTCACCCGTTCAAACCGATAGCGGTGGCATTTTATTGTGGTAAA
TCAAAGCCCCCATTTAATGAGTTTGTTCGAGATTTTGTTATTGAAACAAA
CCGTTTAATAACCAATGGTTTTGTTTTTAACGGCGTCCATAGATCAGTGT
CTTTGTTTTGCTTCACTTGTGACGCTCCAGCACGTTCAGGGCTTAGAGGC
ACCATTCAACATACAGGCTATTATGCCTGCGAAAGGTGCTCTCTAAAGGG
TAAAAGTGTTAGAAATCGGATTGTTTATGACAGGTGGGATCCTCAATCTG
ATCCTCCGATTGAAGAGCGTACAGATGAAGTTTTTCGTCAAAATGGATAC
GCCTTGCCCGATGACGATGGCAAGCGCCATCAGTTGGATGAGTCTGAACT
TGTTGGCTTGGCAATTGACATTATCAGAGATTTTACACTGGACCCTATGC
ACTTGGTTTACCTTGGAGTGACTCGCCGTCTACTTTATTATCTAAAAGGT
TCTTACAAGAAGATAAAAGCTGGAAAGCTATCTACTGCCTATCTGAATGC
GATATCTAGAAATCTTGATGATCTCAAATTACCATCTGATTTTGCCCGAC
AACCTCGAAGTATTTCGGATTTAGACAGATGGAAAGCCACTGAATTCAAA
TCGCTCCTCCTGTACACTGGTTTGGTTGTACTGCGGCCATATCTTTCCTC
AGACGCTTGGAAACACTTTTTGAGCTTCTCTCTTGCAATCAGGTTACTAA
GTGAAGAAGTTGATGCAATTCGTAATGCAAATTTGGATGTTGCAAAAGAA
CTTTTGAAATATTTTGTTCTTAATGCTCATATGTATTATGGTGAAACGTT
TTGCGTCTTCAACGTGCATAATCTACTGCACCTTTCAAGCGATGTGTATT
ATTTCCAGCTACCATTGATTGCATTTTCCTGTTTTCCTTTCGAGAATCAT
TTACAAAAATTGAAACGCCTCGTCAGAGGAAAATCAAATATACTTAGCCA
GATTGTGAAACGATCAGAAGAATTAGATGCTAGTTACTATCTCGATAAAC
CCGTGGCGATGAAAATCAAACCTGATGGAAAAAATTCATGCTTTTTAACT
TCGCATCGTTTAGTTTTTGTGAAAAGGCAAGAAAATGGTGGTGCCTTCTT
ATGCAACACTTATACGTTATCAAATCTTTCCTCGTATTTCAATCTAATGG
GTATCGACTCTAAATCAGTTGGTATATTTCTTTTGAAAGGAACTTTGCAA
GCAGAGGAGCGACACTATAGTAAAGAAAGTTTCCTGAAAAAGTGTGTATG
TTTACCGTATCGAAATGACTTTGTTGTAATTTCATTGATTTAGATGTCTT
CCTGCAATAACGAGTCAAATTTTGAAACAGATTTAAATTTTTCTTTGAAA
TTGTTAGTACACGTTTTTTTTTTTATATAAGGAACACGTTTATAAGGAAC
TCGAGGCTGAAAATGGTCCAAAAAATAAGGAATTGTTTAGGAACTGCTCA
GGCTGAGAATAAGAAAACGAGTTTTAAGGAACAGTAAGAGATGGTTATTC
AAACTTAGCAGCTATGTAAATAAGGAACTCGATAAGGAACTTTGAGGCTG
AAATTATTTGTAAAATTAAGGAACTCCAGGCTCAGAGCAAAGTTAAGGTT
CCTTATAAAAAATAAAACGTGTAGTTTTTTCCAGAGTTATCATGGTTTAC
GGTCGTAGTGCTTGTACAAGTGTATACTCGTTAAAACCTACAAAGTTGGA
TTTTGGACTTTTTTAACTTCCAAACTTAATTATCGATATAAATTGTATAA
TTCACTTTTTTACAACCTCTTATAAAATGTTCATAAAATATCTAATTTCA
GAATTTTATCCCAAAGTGTCGTAAAATTCGAAGTTATTCAAAACTCTATC
AAAAATACCTTTAAGAAATCAAGTTTTTCGGACCTAGAGATTACACAATT
ATATTTTTAAGGTCGTGTATGCAAATTTTGTATCCACTGGTATAGACCTA
TTGTTACTTTGAATTCTTTGCAGTATTTTATTATTGTATTATTTATGTAT
TTCTTCTGCCTAAAAGTACCAAGCTTTATTTATTTGTAATTACTATATGA
AGAAAAAAAGTGTTTCTTTGAGCATTTTATTATTTTAGAGAGTTTCATAG
ACGTTTGAGACTTTTCAGGTTACGAACTATCGTGGTTTTCGTGAATCTTG
ACTTTTTTTATGAATGTTAATCTCTCTCCAAATGCTACAGACGATAATGA
ACGTTTATGAAAGTAAGGCTTCCTAAAAAGTTGTCAGCAGTGTTTATCCT
TTTAATTATCTTAAAATTAATTGTCGTAAAATTCAGTAAATCTCACGACC
TACCGAAATCCTAATCTAATATTCTTAAACGAGTGCAATAAGAAAATGTT
ATCAATCATTTTTTTTTTCAGAATGGCATACGTATTAGTTAAATGTTTTG
AAAATAACAAAATCGTCGAGGCCACCATTCCAAAGCATTGGATGGAAGGA
CATACAATGTGGTGGCCAGCACACAAAGCCAGACAATTGGCCATCAGTCT
CGCTCCGCTAGACAAAAATTGGAAATCGTTTCCAGTCTTAGAAGTCAAGA
GATCTAGTGGTTAGTAAATGTATTTAGAAAATAATGCTTACATCATTGGT
CGTTGATTTTAGTATGAGCTTTTCTTTTTCCATTCAAACCTTGTTATTTC
TCATTGAATTTTTATGGCTTTACACTTATGAAATATAAAAGTAGAATTCC
CGTTTTCGTGTAGTGGATCGATGTCTTGAGCAAATGGCCAAATATTTAAA
TCTGGGCTAAAGCTTGTATAATTTCCCATCTTAAGATAAAGTTTAATATT
CTATTTAAGACAACTTTGAAGAATTGGAAACTGGATCATACACAACTACG
GAAGCTGAAGACAGTCCCGTTAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:58416..58460 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:58416..58460 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:51102..51289 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:51102..51289 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:50787..50851 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1575043694:50787..50851 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:58416..58460 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:58416..58460 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:51102..51289 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:51102..51289 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:50787..50851 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1510915933:50787..50851 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:58416..58460 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:58416..58460 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:51102..51289 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:51102..51289 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:50787..50851 | TCONS_00036405-exon-sc0001454-1491911889:50787..50851 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001454 | supercontig | sc0001454:50787..58460 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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