TCONS_00030029 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00030029
Unique NameTCONS_00030029
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5557

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00030029 ID=TCONS_00030029|Name=TCONS_00030029|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5557bp
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TTTCGGGAGGAAGAATGTTACTATACCTAAACTAGAATGTTACTGCTTAT
TGCATGTCTTTGCAGTCTTGCTTGTTCGCTCCAGATCAACTTCGTAATCG
ACAACTGTTTTCAGCCATCTCTCTTCTTGTCTGCAAACTCGGTTTGCTTT
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GGTTTTTGTTTCAATATGGAAATTTAAATAAAGTTTGAACTTTCATgtgt
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GCTATTCAATAAAGATTGAAATCAACTTTTTTACCGCCTTGAAAAGAAAT
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GAGTCGAAATTTGACCTAGGTGGTGCGACCGCGAGCTCATCGCTTCTGGT
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AATTAATCCTTAAATATTGAATACTGCGAAGACGTTAAATTTCAAGGGAA
AGCAAAG
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000788:74237..80785+

Legend: exon
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>TCONS_00030029 ID=TCONS_00030029|Name=TCONS_00030029|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6549bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000788:74237..80785+ (Clytia hemisphaerica)
ttattagaaagaaaacagctgaaaaaggGAAACTTGGAATGGTTCTATCG
GGCTATTAAAGCATAATGATATCAACATTAATTGCTCATTTGAAGAGTAT
TGTCAACATTTTAAATCATTCACAAGCTTCAATTGTTGATGTTATTTCGT
AGCATATTACAAAGGTAAAAATGAGTATTTAGGactcaatttctttttgt
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ggttttcaaaattattttcaagccCATATAACACTCTATCGTcagatttt
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AGCATTCTTCAATTAATTAGAAAAAAGCATAAACCTTAAGTAAACGGTAT
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GGCTTTTGCTtcctaaaaaaatcaaagaagaagTTTGCCTTGGCCaagat
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TGAGTTTtggatttctttattttttatgaatgtcTGTGTTTTTAAATTTA
GAGGGTTGTGTGTTTATGATAAAGCATAGCTGGTAAAAGTGATAAAGTGA
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TGAAAAAGAAGTGACTGCAGAAAATAGTCTTCGACAATATTAATCAATCT
ACCTTAAATATTCTTCCAATCAGCTATAACCATGTTATTTTTAAAAGGCT
TAGCCCTTGCATTTGATCTAGAAATGTTGAGTTTTGCTACATTATCATTC
AAAATAACAGGTGCCTCCATTAAATTCATCATAAGTTTAGTAGAATTATC
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CTCAACCAACTCTTCTGGTTCAATTGTGACGGTAACATGATTACAAAATT
CCTCGTACGAGTTTGACTGCGTTGGCCATCGCAAATAGCCTGTTAAAAGT
GAATGTGAACCGGTGACAAGATAATTACTCGGCTTTTTTATGTAATAGTA
ATGTTATTTTGTTTATGATTCCAATGGGAACCCAGGCAACAAATCTCTCT
GTTCTTTTCTTCCAGTACCTCTCGTTTCAATTCTTTCCCAACAAGATGTA
AAGAGTTCTCTAGGGTTTACATCAGGGGATCTAGCATTGATTCACAAATA
ATTGTTCATCAAACCGTCCAATTGCTCTTTTGCCGCGACTGGAATTTCCA
ACAGGACAACAATCCTGTAAGATGTGCTTGTCCTTTGGGTTGTTGTATAA
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GCTACAATAGATTCTTCTGAGTTGTAACCTCTTTTTGATCCTTAGTCGTG
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TGCAATTTGATTAATGATTGGCTTATTTAAGCGGTTGAATTCGATTATTT
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GTTTCCAGTGCAGTAGCTCCATAGAAATTATTCAACTTTATAATAAATGA
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TGTCTTACTCGATCACCAAGTTTTTTTACACCAAGGTGTGTAAGATCTTC
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TTTGTACAACTACAAGATATGCCAAACCTACTTTGACCAAAGCTTTCTCA
ATTtctggacctacctcggaggtcctttgatttaactttgttcGTGCGTC
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AATTATACACATGATATTTACAGGGCCCTAAAACACTTTGAAAATTAATC
CTTAAATATTGAATACTGCGAAGACGTTAAATTTCAAGGGAAAGCAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_017172XLOC_017172Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00030029-exon-sc0000788-1491911889:74237..74400TCONS_00030029-exon-sc0000788-1491911889:74237..74400Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00030029-exon-sc0000788-1510915933:74237..74400TCONS_00030029-exon-sc0000788-1510915933:74237..74400Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00030029-exon-sc0000788-1510915933:75307..75776TCONS_00030029-exon-sc0000788-1510915933:75307..75776Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00030029-exon-sc0000788-1491911889:75863..80785TCONS_00030029-exon-sc0000788-1491911889:75863..80785Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00030029-exon-sc0000788-1575043694:75863..80785TCONS_00030029-exon-sc0000788-1575043694:75863..80785Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000788supercontigsc0000788:74237..80785 +
Expression

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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00030029 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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