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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00030027 ID=TCONS_00030027|Name=TCONS_00030027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5858bp
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ttattaTTCGCAAAGATTTTTTCTCCCAATAATGCTCAGCTACCTTATCC
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AGGAACGATTCACCGCTGAGTAACGGTGTGCCGCCAACTCTTGCTCAGAG
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TCGCTTTTTCATGAGGGAGGGTGGCATCGGGCGGAGAATTTTCTTCCACC
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CGTAACTGATGTTTTCTTCAAAGAAACTGTCGACTTGACTCTCTTGACTT
GAAATTAGTTCTTCGTTTCGAACTATATTTGTGTTTGGTTGTGTTTGTTT
TTCCTTCTCTTTTTAAGGTATGTATATTCATCTTGTCTTATATTGACATC
TTCTAATCTAATATAGTCtcctttccaacagaaaatatTTCCTAGTGCTT
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TTGTATTGCATATAGCTTTTTTTTCATCTAGAATGTTTGAGCTCATGGTA
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CTGAAGTAATCATATTAGCATCAACTTTTTCATCTttaaatttttgtaca
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gttaccatcttttctcgggattgaaccatattttttttcagatttttagc
ATAGTACGGTAGTCTAGATGTATGAGAAAAATCACACGGAGCTCTTCATT
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GTCACCTTGGTAGGTCCATTTTGTGTGGGTGGAATGGCGTTGGGCGGAAG
TAAACCGCACTCTTTCCATTGATTAAACTTCTTAGAAGGGACAATTACTT
CTGTACCATTCTTATCCACGAAGGTGATCAATTGTTGGCTGGCAACTTGA
CTGTTCGAAGGTGGTTTCACCTTGGTAGGTCCATGTTTCAAGGGTGGAAT
GGCGTTAGGCGGAAGTAAACCGCACTCTTTCAATTGATTAAACTTTTTGG
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TTTTCGGGAGGAAGAATGTTACTATACCTAAACTAGAATGTTACTGCTTA
TTGCATGTCTTTGCAGTCTTGCTTGTTCGCTCCAGATCAACTTCGTAATC
GACAACTGTTTTCAGCCATCTCTCTTCTTGTCTGCAAACTCGGTTTGCTT
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tcattttttatttgacgtcaattatatGTATCTACGTCAAATGTTTAGGA
CGCTTGGTTTGCTCTGCGCAAATTCGGGGCATCTTCCAGCTTTATTTCCT
CGCTATTCAATAAAGATTGAAATCAACTTTTTTACCGCCTTGAAAAGAAA
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TATTTACACTCTACCTCTGGTTATGTTTATTCTGAACAATTTTACTCTGC
ATATATATTAGGCACAATTATGTTCTCTGTCGTCATACTAAATGAAGCTC
TGAGTCGAAATTTGACCTAGGTGGTGCGACCGCGAGCTCATCGCTTCTGG
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AAATTAATCCTTAAATATTGAATACTGCGAAGACGTTAAATTTCAAGGGA
AAGCAAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000788:74143..80785+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00030027 ID=TCONS_00030027|Name=TCONS_00030027|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6643bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000788:74143..80785+ (Clytia hemisphaerica)
ctgagtgaatatagtttgACAGAAATTCTGTTTTCTTTACATATTTTATA
GTgaacttttttattatttcagtgaaaaacaaagaaatgaaaaattatta
gaaagaaaacagctgaaaaaggGAAACTTGGAATGGTTCTATCGGGCTAT
TAAAGCATAATGATATCAACATTAATTGCTCATTTGAAGAGTATTGTCAA
CATTTTAAATCATTCACAAGCTTCAATTGTTGATGTTATTTCGTAGCATA
TTACAAAGGTAAAAATGAGTATTTAGGactcaatttctttttgtcTGGTA
GCAACATGACCAACTGATGCTCTTATTATTATCATCTTATGGTTTATTTG
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CACCACCTTGCGCAATGATGTGAGAAGAATCttttaaaacacaaaaattt
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GTACTACATCCCTGATTTGTATGCAGTATTTTGATTAGTTACTAAGCATT
CTTCAATTAATTAGAAAAAAGCATAAACCTTAAGTAAACGGTATCTTTTC
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TGCTtcctaaaaaaatcaaagaagaagTTTGCCTTGGCCaagatgatttt
tgatatttggctggCAGTGGGTATGATAGAAAATAACCAATTGCATCAAC
ATGAACCTGAATTTATCAGCAAAAAGTATTTGGGTGTTGGCTTGTGAGTT
TtggatttctttattttttatgaatgtcTGTGTTTTTAAATTTAGAGGGT
TGTGTGTTTATGATAAAGCATAGCTGGTAAAAGTGATAAAGTGAATTTTG
CACTATAAATTTATCTTTTATCAAGAGTTCCTCTCTGGTTCTCTTGAAAA
AGAAGTGACTGCAGAAAATAGTCTTCGACAATATTAATCAATCTACCTTA
AATATTCTTCCAATCAGCTATAACCATGTTATTTTTAAAAGGCTTAGCCC
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ACAGGTGCCTCCATTAAATTCATCATAAGTTTAGTAGAATTATCCGTATG
TTTGGTGTAGTACCCGCTACAAATGCTGGAGATAGCACATGCAGTGGTGT
TTTGGTCGGTCCCAGTTAAAGGGTATTCGCCTGTTTTGACATAACTCAAC
CAACTCTTCTGGTTCAATTGTGACGGTAACATGATTACAAAATTCCTCGT
ACGAGTTTGACTGCGTTGGCCATCGCAAATAGCCTGTTAAAAGTGAATGT
GAACCGGTGACAAGATAATTACTCGGCTTTTTTATGTAATAGTAATGTTA
TTTTGTTTATGATTCCAATGGGAACCCAGGCAACAAATCTCTCTGTTCTT
TTCTTCCAGTACCTCTCGTTTCAATTCTTTCCCAACAAGATGTAAAGAGT
TCTCTAGGGTTTACATCAGGGGATCTAGCATTGATTCACAAATAATTGTT
CATCAAACCGTCCAATTGCTCTTTTGCCGCGACTGGAATTTCCAACAGGA
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CGCAAGAGGAAAATCACATCATCCTTGCAAACTTAACCCATTCAGGTTAA
ACTCAAATTCCTTGCACATCACCATCCCTTTATTGTCAGATATTGCTACA
ATAGATTCTTCTGAGTTGTAACCTCTTTTTGATCCTTAGTCGTGTAtcca
aaatttaatgaaattagaGGGTTTGTTTAAATGAGATATGAGGTAGGAAT
GTCTTCTAAGAGATCTTCTTAAAAATAATAATCAATTTCGAGTATGCAAT
TTGATTAATGATTGGCTTATTTAAGCGGTTGAATTCGATTATTTAGGCAA
TtgaattcgattatttaagcgaattaTGACCCCTTTTGAATTCGATTATT
ATAGCGACGATTAAATaataattcgattatttaatcgaATTCTCAATTTT
GATTAATTAAATTTGCACCAATTCTCCAAATTCACTCGATCGAGGCAATA
TATCAGAATATATCATGAATACTAATATTCTACATAGCGATTAAAACTAC
TATACCCTGTTCTCTATAACCATATCTTTGCTACACGCTACCTGAAACAA
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AGTGCAGTAGCTCCATAGAAATTATTCAACTTTATAATAAATGATTCGTA
CCTTTGAAAGTTTAAATGCTTGAGAAAATTCGACTTTTataatcaataaa
aatttctgTCTTCCAAAATATTGTACAACTTGCTCTTTCTCTCCTGTCTT
ACTCGATCACCAAGTTTTTTTACACCAAGGTGTGTAAGATCTTCATGGGA
TGCTGAAGTAATCACATTAGCATCAACTTTTTCATCCTTAAATTTTTGTA
CAACTACAAGATATGCCAAACCTACTTTGACCAAAGCTTTCTCAATTtct
ggacctacctcggaggtcctttgatttaactttgttcGTGCGTCCGTCCG
TCCgctcgttcgtctgttaccagcttttctcgggattggcccaatatttt
tttctatttttttgcatagtgatgcaaaatgacagtaCCAAAAAagtgac
agagcctgattttcgaaaaaaaaattctttgggGCAAGTTTGGGCAAATT
TACTCTTCAGAAGGGCGTTTAATATTTTGCCAACCACACGTATGTTCGAC
TTTCAGGTGATTTAAACGAAAGGTCTATCGGCTGCCATTCTGGTTGTGGG
TGACACCATGGAATTTTATGTATATGTATAaagaaagataaagaaaaagt
atcttttaaaaatatttacaataatttcaaaagttttctacaTTACAAAA
CACNcaaaaaagataaagaaaaagtagtatcttttaaaaatatttacaat
aatttcaaaagttttctacaTTACAAAACACTATAAAAATGATGTCAATT
ATAGGATATGTACAGGGTgtcctaaaaagaaaaatacatgtGAAGCGAAT
TTCGTGACTCTTCGATtcgagaaaatcaaaaaagtttattaTTCGCAAAG
ATTTTTTCTCCCAATAATGCTCAGCTACCTTATCCCAGAAATACGGATGA
TAGTACCAATATGCTAGACCCCATACTTATTGACAATCACAAGTTAGCCA
AAATATACATGTCAATGTGATTTGCTGACTTTTGAAGGAACGATTCACCG
CTGAGTAACGGTGTGCCGCCAACTCTTGCTCAGAGAAAGAATTCTGAAGT
TCTTTTTTTATCATCCGTGTGGCTTTGTTTGTTTTTCGCTTTTTCATGAG
GGAGGGTGGCATCGGGCGGAGAATTTTCTTCCACCTTAGTTCTTGTTTCT
tccatttcttcttcttccaccGCTTCTTTTTCTTGTGAACTTTCTTGCAA
CTGAGGAAACAACTCCTCATCCGTCATCAGTGACACGTAACTGATGTTTT
CTTCAAAGAAACTGTCGACTTGACTCTCTTGACTTGAAATTAGTTCTTCG
TTTCGAACTATATTTGTGTTTGGTTGTGTTTGTTTTTCCTTCTCTTTTTA
AGGTATGTATATTCATCTTGTCTTATATTGACATCTTCTAATCTAATATA
GTCtcctttccaacagaaaatatTTCCTAGTGCTTATTTCAAGCTCGTCC
ATTTCTTCGTTTAGTGCAATGTCTCCAGTTGCAATTTGATGGAGGTCTCG
TGGGTTGACAACTTGATCTTTTGACAATACTCCACTGGCTAGGTCATCCA
ATATTGTCGCTTCGTATGTTGAAAAGTCCTTCTTAGGtttatccttattt
ttttttttcctccTTTTGAGTGAAGTGACGAAGGCTTGTATTGCATATAG
CTTTTTTTTCATCTAGAATGTTTGAGCTCATGGTATAACGTACAACTTCT
TCATATGATATTTTTATAATGTTAACAATTAGAACATAGAAAACATGCTG
TAGATTTTCTAGTGATTGATTTCTTTCAGTTTTACTCGATCACCAAGTTT
TTTTACACCAAGGTGTGTAAGATCTTCATGGGATGCTGAAGTAATCATAT
TAGCATCAACTTTTTCATCTttaaatttttgtacaaaatatgCCAAACTT
ACTTTGGCCAAAGCTTCctccatttttggacctacatCAGAGGTCCTTTG
atttaacctttgtccgtccgtctgtccgttcgtctgttaccatcttttct
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AGATGTATGAGAAAAATCACACGGAGCTCTTCATTCCGCAtttctaaaaa
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TATTTCGTTTGAATCGTTTAAAGCCCGAACCAAGATGCACGAATGGTAGG
TCTGCTCTAAGACTCGGAAGTAAACCTCACTCCTTCAATTGATTTAACTT
CTTTGTAGTGACAGTTTCTTCTGCACCATTCTTATTCACGAAGGTGATCA
ATTGTTGACTGGCAGCTCGACTTTTCGAAGGTGGTGTCACCTTGGTAGGT
CCATTTTGTGTGGGTGGAATGGCGTTGGGCGGAAGTAAACCGCACTCTTT
CCATTGATTAAACTTCTTAGAAGGGACAATTACTTCTGTACCATTCTTAT
CCACGAAGGTGATCAATTGTTGGCTGGCAACTTGACTGTTCGAAGGTGGT
TTCACCTTGGTAGGTCCATGTTTCAAGGGTGGAATGGCGTTAGGCGGAAG
TAAACCGCACTCTTTCAATTGATTAAACTTTTTGGAAGTGACTGTTACTT
CTCCACCATGCTTATCCACGAAGGTGATTATTGAACTTGCTTCTCCATGG
GACTGGTTTGCGTATTACGAAGTTGAGTCATTCTCCCCTTGGTaatattg
ttttgatttcgtcTCACGATTTCTTCGCATGAGTTTTTTCGGGAGGAAGA
ATGTTACTATACCTAAACTAGAATGTTACTGCTTATTGCATGTCTTTGCA
GTCTTGCTTGTTCGCTCCAGATCAACTTCGTAATCGACAACTGTTTTCAG
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cgtcaattatatGTATCTACGTCAAATGTTTAGGACGCTTGGTTTGCTCT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:74143..74400 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:74143..74400 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:74941..75061 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:74941..75061 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1510915933:74941..75061 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1510915933:74941..75061 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1575043694:74941..75061 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1575043694:74941..75061 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:75307..80785 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1491911889:75307..80785 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1510915933:75307..80785 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1510915933:75307..80785 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00030027-exon-sc0000788-1575043694:75307..80785 | TCONS_00030027-exon-sc0000788-1575043694:75307..80785 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000788 | supercontig | sc0000788:74143..80785 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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