TCONS_00026628 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00026628
Unique Name	TCONS_00026628
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2605

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000580:87800..96927+

transcript sequence

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TGCGA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000580:87800..96927+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00026628 ID=TCONS_00026628|Name=TCONS_00026628|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9128bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000580:87800..96927+ (Clytia hemisphaerica)
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AAATCAAGAGGCTATATTACATGTAAAGCCTTACCATGTCTTTGATGCTA
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TCTCCTTTCAGTGGCTTCCAGAATCACCTCGATATTTGATGACAGTTGGC
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GAAAACTCTACCAGAAGGGACATTAATGAAACAAGAGATTAATGTAAGGG
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CACAAGACTGATTTTTTACACTTCACGAGTTAACTTTATTTCACATATTA
TTTAGACTCGTCGTGGTCGTCCGATCGATTTGTTTCAACCCGAATGGATA
AGAACCACACTCCTCCTTTTTGTCATTTGGTAAATTGTAATTGGTTTGTT
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GTATAGCTAAATACATAAACGTATATACATTAAAATACGTATCTAGTCCG
AAAAACACATCTCATCACCGGCTTTTTTCAACGTATTCAACATAAGATGG
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GCtagttgaaaaatgaatttcgaaatgtTGGCTAGTTTTCTATTTCAATA
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ATTTTTCTGCGGAGGAGACGGTTAGTActaatttgtctagatcctgatca
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GTCATTTTAGGCAATTTCGGCTTGAAAATGGGTTGGTGTAAATGGGGTCA
TCTGATAAGTTGAATTTGGTCTAAAATGAACGTGTAAGTCAGACTTAGGA
GCTCAGTTTTCTTCGTAATATAACAGcgtaataccttatcggcccttcta
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ACGTTCTCAAAACTTAGCAAtctccaaaaaatatttcatgtttttagAAT
CCATTATTTCTCCTCAGTAACACTGCGA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_014984	XLOC_014984	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000580	supercontig	sc0000580:87800..96927 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
8.81483	10.3266	5.22583	6.76797	7.98547	4.40614	11.4436	13.571	15.6044	16.0829	20.4159	16.2057	25.0374	24.223	8.7715	6.7456	10.3659	11.219	19.3199	19.3554	9.02498	11.0039	5.33487	5.0345	6.48128	5.98179	3.60762	0.50228	24.6601	20.0784

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00026628 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SVOP (Synaptic vesicle 2-related protein OS=Homo sapiens GN=SVOP PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 438.728 bits (1127), Expect = 5.366e-143
Identity = 224/457 (49.02%), Postives = 315/457 (68.93%), Query Frame = 2

Query:  149 QTYTLDEAIEHIGFGIYHVKVIVIAGLSWMADAMEMMILSILSPILMCEWGLMNYEEALITTVVFLGQGFGSISWGFVSDMFGRKKGLYLSVCLVLFFGICSSQAPSYGWMLALRLLVGFGIGGVPQAVTIVTEVLPLSSRGRAIVILEFFWALGSVFAAAIAIGVIEHLKWRWYLVIITLPMFFFLFTGFWLPESPRYLMTVGKTDQVMKLLKKMAAENGKTLPEGTLM--KQEINTRRGRPIDLFQPEWIRTTLLLFVIWFTSAFTYYGIVLLTTEMFQT-EIDGCNPYNKH-EKQALGGCHHLTNKDYTDFMLTTLAEFPGLLLAIFLIEYFGRKKTLAILFGSAAVSFC--LLAICSGRTMSVIFVFAVRGFVTGSFQVAYVYTPEVLPTNVRAVGLGSCSTFARIGAMTTPFVAQVLIHVSFYLVVGVYATLISLCVVAALFLPIETKGKVL 1501
             T+ +++A+E IGFG +  K+ V+ GL+WMADAMEMMILSIL+P L CEW L +++ AL+T+VVF+G    S  WG +SD +GRK GL +SV   L++GI S+ AP Y W+L LR LVGFGIGGVPQ+VT+  E LP+ +R + I+++E FWA+G+VF   +A+ V+  L WRW L++  +P+  F    FWLPES RY +  G  ++ +  LK++A ENG  +P G L+  +QE    RG+  DLF P +  TTLLL+ IWF++AF+YYG+VLLTTE+FQ  ++ G +   K  E +    C +L+ +DY D + TTL+EFPG+L+ +++I+  GRKKT+A+ F     SFC  LL IC GR +  + +F  R F++G FQ AYVYTPEV PT  RA+GLG+CS  AR+GA+ TPF+AQV++  S YL + VY+    L  +A+ FLPIETKG+ L
Sbjct:   66 DTFMVEDAVEAIGFGKFQWKLSVLTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHCEWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVYSWILVLRGLVGFGIGGVPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVMPSLGWRWLLILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDVLSGNQEKAIATLKRIATENGAPMPLGKLIISRQE---DRGKMRDLFTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISSRKKAVEAKCSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCF--VIFSFCSLLLFICVGRNVLTLLLFIARAFISGGFQAAYVYTPEVYPTATRALGLGTCSGMARVGALITPFIAQVMLESSVYLTLAVYSGCCLLAALASCFLPIETKGRGL 517

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00026628 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00026628 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SVOP	5.366e-143	49.02	Synaptic vesicle 2-related protein OS=Homo sapiens...	[more]

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TCONS_00026628 (transcript) - C. hemisphaerica