TCONS_00023720 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00023720
Unique NameTCONS_00023720
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5212

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00023720 ID=TCONS_00023720|Name=TCONS_00023720|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5212bp
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TgtcttttattgttttgataattttagaattaacttttttgtcatCATCG
TCGTTTATTATGACTCGAAAGACAACGGCGTCCAATATCCAAAACCTGAA
TATAAATAAAAC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000460:63984..69321-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00023720 ID=TCONS_00023720|Name=TCONS_00023720|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5338bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000460:63984..69321- (Clytia hemisphaerica)
GCTAAGAGAAGTAGAATTTGTGGTCTTCTCGTAGACTCGAATAAATACAA AAATACAGTGATTTGAGAATGTTATTTTATAGAATGGATTTTATCTCTGT TATGGTTTGTTTCTTGAAAATATTCAAAAAACCGCTTTTATTTCATGGTT TATTGTGGTCATTTTGATCTTATCCTGAGTGTTTTTGTATTTTCGTCCTT CCGCTCTAGCCTCTCTTATCTTTTCTGGGTGAACACAGATGGAATTTCTT TCCCTTTTTATTCAAAAATCTTTATGATGTAGTTTTATAACTGCAATGGT TTGGTTGAAAATCTTCACTGTATTTTGAGCTCGTTTGGATGGGAGATTAC CATCTAAGTTTATTGGGGGGGGTTTCACTTTTACGGTATGACGGTATTGG GCCTTTTTTTTCCCNACCCCCCCTTTATTAGGTGTTTGTGTTTTTATTGA ATTTGAGCTTGATAAATTTAGCTAATTTATTAATGGAACCATGTTGTTCT GGGAATTTTCTCTCTTCCTCTGCTGTTTTGATTTTGTAAAGCAGTCCCTG AGTTCTTAAGCATTGATTGTCATAATATATATTATAAAATGGACTGGATA TATATGATAAAGGCGGCCATCGAAAAATTGTTCTGTTCACATCACAGCAG TTAAAAATACGTGCGGGCCCAGTATGGATTTCGTGTAACCAACGCCAAAG ATCTTCGGAGTACAACTGAAACGTTTTTGTCGCATTGTGGCGTAAGGGTA CTTACAAAATTGAAAAATTTAATGTTGGTGCAAAAGAAATTTTGCTTGGC GTGAGGCTTGCTGTACGGAAAAATATCTTTGGCGCGAGATTTCGTGGAAT CCATACTGGATGCGGGCGGGCGTACGGGCGGCGGTTGGAAAGATTTCTAG GTTTTTAAAAATTGCATCATAAAGCCAATTTCTTCTTCTGATTGGGATTG GGAGGGCTGTATCTGTTTGTGTTCTTGCGAAGTATAGCTAAAATAATGCT GTTCTCCCCCTACAGTTGCAATCTAATTTAGCAGTGTTATTTGTTTTGTT TATGTGTTCGTTTGTTCTGCAGAGAAGAGCTAGAGAAAAAGCTATGCAAT TTGCTTTTTCCAGGATTTTCCCGCTTCTNTTCTCCCCCTACAGTTGCAAT CTAATTTAGCAGTGTTATTTGTTTTGTTTATGTGTTCGTTTGTTCTGCAG AGAAGAGCTAGAGAAAAAGCTATGCAATTTGCTTTTTCCAGGATTTTCCC GCTTCTCCACATCAGGATGGAATTGTCAGTGGAAAATATGATAAGTGTGG GTGAGACGATTAGAACAATTTTTTGGTGGCCACCTGATGTAATGCCAGAA ATTATCAGTTTCTTCCTCCTGAACATTTGAGCGTTTGAAACTTTTTCACA AGATATCACATAAACCATAAAACAGGCCTCCCGAGATGTGATAATTGATC TTGATTTAACCAATTTTTGGAGATACAAGTATTGGTTTTCCTAATTTTTA TATAATGAAATCTTATTTTAACAATTATTAGCTAAAATGCGTATCAAAGA TTAATGCTGGAAAGCGCTATATCGTTTACTTGACTCACAAGCAAAAAAAT GAGATTCATGAAAAAATAAAGCATTTTCAAAAACTATGAAAAAGATGAAA AAAATTTGAACCAAGCCAACCTTTAAAAGTAATTTGAAGAACAACTTCCC AAGAAAAGATCTACAGGAAAGAAGACACCCACCTAGATGCGTCCATCACC GGATAGGCTATTTTTTTCAAGCCTGAAATTGCAGGAATTTAGGGAGTGAG TAAGGCTAGAATTTAATTTGGGGGTTGAAGGGAAAAATTATTTTTTGCAG GCACTTGGTGGTGACAGGGTTATTTTTTGTATGTAGTGTTTTGAGAATGG TTGGCGTTATTTAAGAAAATCACGAGAGAAACTTAAGTTTAGCAAAAAAC TTATTTTACAGAGCAGAAATTTTTTTGTCTTGCCAAAATCAGTGCCCTTA TTAAGGTAATCAGCCCATTCTTGCAACTGTTTATTTTGATGAGAACTAAT CCAAAATTACTGGCAAAAATGCATTCTCTTTAGTTAACCGACCATAGTTT TTTGCCTTCCTAGAGTCTTGGTCTTTCTTTGTTTAAAGTTTAGCCGTTTT ATGACAGGTTAAAGAGAGGTGCTACTGGTCAATATCTCTTAAATTATCTG GCTCTGAAATTATGTATCAAGGTCACAAAATTACTAATTATTAAATTAAA TTATTAAAAATATTTTTGACAGCCGTTTTAAGAATTATTCATGCCTTTTT AGCATATCTGGTGATTGTACACTGCTCGGTAATTAGACACTACACATCTG AATTATAAAAAATCATGGCAAAATTGCCTTTTTCCTAAAAAAACAAGTCT CAGACACTCCTGCCTTTCTATAATTTGAACTGTGAATACTAACTTTATGA CGATTTCTTTACTGACTTTGAAAACCTATGAAAACCTAAATGGTATCACA GCCAACTTTGTTGGAAGGGATGATACAACTTGTTTTTTGTAGAATTTTTC TTCTTTATTCTTATCAGTTCCTTGATAGCCTATCTACTAAGCAGGGTGCT TGGTTATTACTCTTTATCAGATTAATTATTCATCATTAGGAAAGATTAAG CATTTGTAAACAATCCTTCTTCAAGTAATTTCACCTCATAGCAACAGCAT CCAAGGATTCATGTTTTCACAATCTGAAATAGTTTGAAATTATCATGATG ATTCATATTTTTATTCTTCAAAGAAAACAAAGTAAAATGGATGATTTTGA TGATGGAGTGATTGAAGTTCAAGTCATTCCTCAAGATGATAATTGGGGAG AAACTGCAACAACCATCACAGGTAACATATCCATTTAAACTGGCAAGACT CTTACTTTCTGAATAACTTTTACCTTTGTCAATGAAGCTTTTATGAATTA TTATGTTTCCATGAATAAACAACTTCTTTTTTCTTCTTCTTTTTCAGAAA CTGCAACATCTGTTTACTCGGACTTGGACGATACTGATCCTTTTGGGGAA GAAATAGAAAAACATAGATTTCAATGTCCAAATTCTAAACAAGCACTCAA TATTTTGTTATCTGTAATTCTTGCTTTAATGGCTGTTGTGAGTCCAATTG CTTTTGTTATCATTCCCAATGTGTCTTCTTCATTGAAAGTTACTGGAGAA GAGTGTGGGTCAGTTTGCGAAGGATTGTATATAACAATTGCTATCAAAGA GATTGTTTTAATATTTGGCTTATGGGCTTTATATATCCGACCAAACAAAG TTGATTTACCACGTTTAAATGTATTCAAAGTTGGAATGATGGTTTTAGTT TACGTTTCCATAATATGCTTTTGGTTGTTTTACTCAATTCGGATGATTGG AAATGGGACAAATCAATACTTGACTGTTTCATTTGCCAGTTCATTTTTGG ATGCTATGTTGTTCCTTCACTACATGGCCTTAGTTTTGATGTGGATTCGA CCAATGGAGAAAGTATATACTGTATCTATTATCAGAAATGTTGATGGAAT GAGGAGGTATTATAATATTGGTCAATCCTCTATACAAAAAGCTGCTGTGT TTTGTTTAGAGCGCTATTATATTGATTTCACAGAGTACAACCCATACATG CCAAGACCTCAATCTCGTACAAAAATAAACAAACTGGCTGGTTTGAAAAT TTATGACTTGGATGGAAAGGGTGATGGTACCTTAACACAACAAGCCTCTA AAGCTTTTATTGCAGCCGCTGCAGCAGGACGTCGTAAAGAAGGGAGGAAT GACCGCTTTTACGAGGAGCAGGAATTAGACAGAAGGATCAGAAAACGTAA AGCCCGTCTTGTGGCTGCTGCTGAGGAAGCATTTGGTCATGTGGCCAGAC TCAATGCTTTTGATTCTTCCAAGAAAGCTGATGGTTCAATGGATCCCGAG GAAGCAGCTCAAGCTGTTTTCCCAACTCTTGCGCGACCCTTGCAAAAATA TTTGAGAACCACTCGACAGCAGCTTTATTACCCATTGGAATCTATTTTGA AGCATTTAGCGCATTGTATTTCATATGAATTATCTTCAAAAGCTTTTATT GAACGCTATACATGTGATCAACCATGCATTTCTTATGTTGGTTATGATGG CCGACAAGAATGGACATTGGTGAGTGATAGTTCACCTACTCGGCAGCTCA ATGAAGGAACTGTATTTCAACTCAAGCATGAAGACATTTCGCTTGTTATT GCAGTTTCAAAGCTGCCTGTATTTGCTATGTCAGAGTTGCCTTTCAATGG CGATTCAAATAGATTCGTGTTCAGGCTAAATTCTGAAACATCAGTATAAT GTGGCAGCGCTTGGAAGTAGATTTGTCTTATGTCACAGGAGAGTCATGGT GGAAGTTATATGCTTGCCTTTCACAGTAGTGATTGAATATGTTTTCAAGT GCTGTGTTTCAATGGCTTGAAGTGTTTGTCAACAAACATGAAAAAGAACC GAAGACAAACACTCTAAACATAGAAAAACCGCATCGATGGTTTTCGGTTT TCTTAACAAATTCCTATTTAATAGGTATACCAGTGAAATATTTTTATGAG TGTACGAGTGTACGACCTTGCAAAGGAAAAGAACTTGCAAAGATCGTTTT TTAGATTTCATACAGAGAGAAAAAATGAACAATTTATTTTATCACTAACC GACACTCATTCATTTTATTTCAAACCGACTCAAAGAGTCCCAAATGTTAT GACTATAACGTTCCCAATGTTTTTTTGTAATGAAGATGTGAACTAATTTT TTATTTAGGTTTTTTCGTGCTTTTTTATATTTATTTTAGGCTTAAATTAA TTTAATACTATCTTCTTTTGGTATGTCTTAATTGACTTTCCCTAAACAGT GAGAGTTTTTTCTACTCGTCTGCTTTCGTGATGTGTTCCTATTTGAAGGG GTTTCAACACGCTCAACAAGTTATCTGAGAAAGAGGGAGAANTTTTCTAC TTGTCTGCTTTCGTGATGTGTTCCTATTTGAATGGGTTTCAAAACGCTCA ACAAGTTATCTCAGAAAGAGGGAGAGAGAGAAAGATTATTAAAATAAAAG CCCTTTGTGATTACACTAATAACAAGTTGGAGTTGTTTCACCCTTTTATC TTTTGTTTTATAGATTTTCATTTCTTTTTATATTAAAACAGATCTCTCCA TGAATGACTTGTTAGAAATTCTATACTGTCTTTTATTGTTTTGATAATTT TAGAATTAACTTTTTTGTCATCATCGTCGTTTATTATGACTCGAAAGACA ACGGCGTCCAATATCCAAAACCTGAATATAAATAAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013328XLOC_013328Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1575043694:66451..69321TCONS_00023720-exon-sc0000460-1575043694:66451..69321Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1575043694:63984..66324TCONS_00023720-exon-sc0000460-1575043694:63984..66324Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1510915933:66451..69321TCONS_00023720-exon-sc0000460-1510915933:66451..69321Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1510915933:63984..66324TCONS_00023720-exon-sc0000460-1510915933:63984..66324Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1491911889:66451..69321TCONS_00023720-exon-sc0000460-1491911889:66451..69321Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00023720-exon-sc0000460-1491911889:63984..66324TCONS_00023720-exon-sc0000460-1491911889:63984..66324Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000460supercontigsc0000460:63984..69321 -
Expression

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    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.27487 0.781438 1.19602 1.69465 1.7161 0.73597 1.16703 1.49061 2.94667 3.26972 2.73084 2.91104 1.67152 1.98747 1.04246 1.30958 1.75001 1.42936 2.4781 1.62072 1.76088 3.14355 2.33878 2.99959 0.0391077 0.209416 6.19326 5.06381 3.59815 4.2838
Blast
BLAST of TCONS_00023720 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: VANG1 (Vang-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=VANGL1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 345.125 bits (884), Expect = 9.406e-104
Identity = 195/469 (41.58%), Postives = 294/469 (62.69%), Query Frame = 3
Query: 2832 QDDNWGXXXXXXXXXXXSVYSDLDDTDPFGEEIEKH-RFQCPNSKQALNILLSVILALMAVVSPIAFVIIPNVSSSLKVTGEECGSVCEGLYITIAIKEIVLIFGLWALYIRPNKVDLPRLNVFKVGMMVLVYVSIICFWLFYSIRMIGNGTNQYL-TVSFASSFLDAMLFLHYMALVLMWIRPMEKVYTVSIIRNVDGMRRYYNIGQSSIQKAAVFCLERYYIDFTEYNPYMPRPQSRTKINKLAGLKIYDLDGKGDGTLTQQXXXXXXXXXXXGRRKEGRNDRFYEEQELDRRIRKRKARLVAAAEEAFGHVARLNAFDSSKKADGSMDPEEAAQAVFPTLARPLQKYLRTTRQQLYYPLESILKHLAHCISYELSSKAFIERYTCDQPCISYVGYDGRQ----EWTLVSDSSPTRQLNEGTVFQLKHEDISLVIAVSKLPVFAMSELPFNGDSNRFVFRLNSETSV 4220
            QDDNWGET T IT T+    S  +D     +++E      C   K+ L + ++  L L+  ++PIAF+++P +    ++  E CG++CEGL+I++A K ++L+ G WAL+ R  + D+PR+ VF+  ++VL+++ ++ +WLFY +R++ +    Y   V +A S +DA+LF+HY+A+VL+ +R ++ ++T+ ++R+ DG  R+Y++G  SIQ+AA+  LE YY DFT YNP +           +AGLK+Y++DG  +    Q  +    AA          N+ +YEE E +RR++KRKARLV A EEAF H+ RL A +  K     MDP EAAQA+FP++AR LQKYLR TRQQ Y+ +ESIL+HLA CI+  ++ KAF+ERY    P +    YD  +    +W LVSD + T  L +G VF LK  D SLV+ V K+P   +SE   +  S++FV RL SETSV
Sbjct:   68 QDDNWGETTTAITGTSEHSISQ-EDIARISKDMEDSVGLDC---KRYLGLTVASFLGLLVFLTPIAFILLPPILWRDEL--EPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMPRVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVLLELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKFRAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRR---DSSHNELYYEEAEHERRVKKRKARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQ---YDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV 524          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00023720 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
VANG19.406e-10441.58Vang-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=VANGL1 PE=1... [more]
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