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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00022231 ID=TCONS_00022231|Name=TCONS_00022231|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1156bp
AAACATCGAGCAAGATGGAGGTCGgtcatttgaaaacaaaatcgaaATGC
GCGAAGCTCGTGTTGCTTTTGTAAATCtgtgtttgtttacttttttgacA
GTAAATCTTGGTTGTTTATCTGCTGTTGAAGTAGATTTCCTAACAGTTTT
TGAATCATCTGAAGGGGTAACAATTTCAAATGGAATCATAACTGTCATTA
CTGAAACGGATGCAAAACTCAAACTTCATGGAAAGGACGTCAAAAACAAG
TTAATTTCCTTCGCAGACACAGCCCCTGACAAAGCCCAAGACCCTTGTGA
CAACAATAGGGTTACAGATATATTTAAATCAGATGATAATGGTCTTGTAA
ACTTAAATTTCAAGGCTCGAAATGTAGGGAAAGCATACCTTTGTACTAAA
GATCTTTCACAAAATGGAACTACTACCACCTGGATTCACCAAGACAAAAC
AGTCATGTTGGTCATCGAGAAGAAGGAAACACTGATGCCAATATGGGCAA
AAATCATTTTGATTGGTGTCCTCATGGTTCTCTCTGGAATGTTCTCTGGT
TTGAATCTCGGGCTGATGGCTCTGGATGTCCAAGAATTGAAATTGGTTTC
TAAGAGTGGAACACCTCGACAAAAGAGATATGCCAAAAAGATTGAACCTG
TTCGTCGTCAAGGGAATTTCCTCCTGTGTACATTGTTGCTAGGTAACACG
TTAGTCAATTCATCCTTCACTATTTTGTTGGACAGTTTGACCAGTGGTAT
CGTTGCAGTTGTTGGTTCAACAATGGCTATTGTCATCTTTGGTGAGATCG
TACCACAAAGTATTTGTTCCCGTTATGGCTTAGCAGTTGGTGCGTTCACC
ATCAACATGACCAAACTTTTCATGATCCTTACCTTCCCGCTCTCTTTCCC
AATCAGTAAACTTCTCGATTGCATCCTTGGCAAGGAGATCGGAAATGTAT
ATTCCAAGAAGCAATTATTGGAGTTGTTAAACattcagaatgaattcaat
gattTGGAGCAAGACGAAGTTGGCATCATCTCTGGTGCGTTGAAGTACAA
AGACAAAACAGTATCTGAAGTGATGACAGCCATTGACGATTGTTTCCTGT
TAGACGAAGAAGCCATCTTGGATTTTAAAACAATGTCTTCGATCGTTAAA
AGTGGT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000408:43945..51397- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00022231 ID=TCONS_00022231|Name=TCONS_00022231|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7453bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000408:43945..51397- (Clytia hemisphaerica)
AAACATCGAGCAAGATGGAGGTCGGTCATTTGAAAACAAAATCGAAATGC
GCGAAGCTCGTGTTGCTTTTGTAAATCTGTGTTTGTTTACTTTTTTGACA
GTAAATCTTGGTTGTTTATCTGCTGTTGAAGTAGATTTCCTAACAGTTTT
TGAATCATCTGAAGGGGTAACAATTTCAAATGGAATCATAACTGTCATTA
CTGAAACGGATGCAAAACTCAAACTTCATGGAAAGGACGTCAAAAACAAG
TTAATTTCCTTCGCAGACACAGCCCCTGACAAAGCCCAAGACCCTTGTGA
CAACAATAGGGTTACAGATATATTTAAATCAGATGATAATGGTCTTGTAA
ACTTAAATTTCAAGGTTTGTATTCATTTTATTTTGTACAACTTTAAAGTT
TTGACTACTTTTGGCCCCTCAAAAACATTTTGTTTTTGTTTGTTTATGGG
TAATCTGATCTTTTGATGAATCATAGTTTTGACATAACATCTTGACAGCC
CTAGAGTGCTTCATGCAAAATATGGGAATGGGGTGTTGTTAGTTTGTATT
ATATATGCTGCTTGCACAGTCTGAGGCGGCGGAGGAAATGGGGAATATAA
AACATGAATAATAAGGAAAAACGTATATCATATTTATTGTGAGCAAACCA
AATTTTAGAAAGGCAGGGTAGCCTATACTAGAGATAAAAAGGAGTCTTTT
ATTGCTGTTTATTTTATTTTTTTCATAAAAAGGCTGTTTTTACCTATTCT
AGTGATTTTTCCTAATACTGTAGTAAAAGGGTCATTCGATGACCACAGAG
CATGGTAGGGCATTAAAAATGTTCTGGTGACTTAAAATTCTTTCAACAAA
TCTAGAGGAGGCAAAGTAATTTCTCAAAAAGCAGGAAATTTTTTTAACAT
TATATATAAGAGTTAAAATTTAGAAAAGTCTGTATTTTTGAAGCATCTCA
GCAGGGACTTCCCTATATAATTATATCTTTAGGCAGCTTTAGGAAAATGG
TATGCTCAAACTTTTTCAGGCCACTTGAAAAAGTCCCAAAAAAGCCTGAA
AATCTAATCTAATCAATTTTCTTTGTGGGAAAACGAAAGTGGTGGATTCT
TTGAAAGGAAAAAGCCAGAAAAAATGTTAAGACAAAAAATGTATATATTT
TGAGGTTGAATTTTAATTCTATCAATTAAATCAAATACAGTCAACTGCCA
GCGTCAGCTTGGAACCAAAAAGGGCACTATTTCTTGTGATTTTCTAACAA
AAAGGCAATTTTTGCTACTAATTTCAACATATTTGTAACTTTTTGTTGGG
GCAGCGTCCGTTAATCAGACCCTTAAAAGGCATAAAAAATGGCCTGACTG
CTCTAACTTGGGACTATCTGACAAAACATTGGACGGCGATTCGGCCACCA
ATTCACCGAACCTCCAAAGTCATTTGATTTGAGTTAATGAACGGCGTATT
AGAAAATAGACAATTTCTCTTTCGCACAGAGTAGGCTTTTAAATTAAAAT
ATAAAAAAAACCCGTAGTGGAACACACACGAATGTCTGGAACGAAGAAGA
GCAAATTAGCGTAATTTGCGCTGCAAGTTACATTATTTGTTATTTGTTAA
TCCCGTCTGGCGACAGGCGGTTAGGCAGCAGGCGTTCTCTAATTCTCCGG
TCATTTTTAATGAAAACAAAAAGTTAAAAAGGGTGCGCTATCAGTTAAAG
TTATCGTGACATGTTATGACAGAAAGTATGATTGATAAACTTGGTGGAGT
TATCAAAACAAATTTGTTGTCAAAGAGATTTAACAGTAAATGAAAATACA
GGCCAGATATCAACCATTCCCATGTTTCAACCAGTCCCATGTTTCGACCA
ATCATCCCAAGTTGGAGCAGTTGAAGGTAATACGCTAACGTACATTATCA
TGATATTGAAAATAAAAGTAATTAAAAATATCTAATAAAATGAAAAACAA
CTAAAACTAAAAGGCACTGCAATAAGAAGTAGCTAATGCAGAGCTAAGAG
TAGTAAGATATGACTGGAGCTGAAAGACCACCACACGGATTTAGTAGTAG
TGTATAGTAAAGTGAGAGAATAAGGTGATTTTAGACCTGAATGACCTTGA
GAATTGACCCTGTGAAGATGAAAAAATTTTGGTGATGCAATTTTTTCGAT
GCTGAAAGACTATCATTTCAATCTTCCTTAAGGTAAAAAGGTTGTGGGAT
TTAGGTTAGTGGAGCAAAAATGCTAAAAAACTGGTAAATCATAGTCCTGG
AATATCAAAGGTCCAGCTACACTGCCTTGTAAAATTTGACAATGCTTATC
TTTTAACCAAGAATGCCCTTAGCTTTTTTTATTATAATTGATCTTCTGAA
ATGGCCAAATTCCTAGGCATCCAATTGCCATATATACATTCCATTGTTAG
TTATAGTTGGTTCTAGACGATCAAGGCGGGTTATTGAATAAATGAGCTGG
GATTTCTAAAAACTTCTGCATTGTGCTGTCTAAATTAGGCCTTTAAAATC
AGATCTATGCAACTGTAAAAAAATTCACCCAAATTTGTCCATTTTAAGGC
AAGAAAACAATCAGATTTTTCAAAGTTTTGTAATAAAGCTTGGTTGTTCT
CACTTTTTACACCCTTAAGTTGGACTTTCTCGCACTTTCTCTCTTTTTGA
CCCTTAATGTGCACTTAATGTGCACGCATGGTAGGTAGATTATTACAGGT
TTCATCTTCTCACTCACCTGTCTGATATAATGAAACGCCTACTAACAAAA
TAATTTATCCCAATTGTACTTGCTTGTTGTAATTTATCTTGTAGGGATTA
TTTATTTGATAGACCCTGATGATTGTATAAAGGAAAAGAAATTTAAGCCC
AGCCTTGGATCAAATTAAATGATTAAGAAAATAAACATATAATATGTCGT
AGGGGTTGTAAGAATATTATCTTACTAGCATCCTGTAAAAAGTAGTTTGG
AAAAGTTTTTCAGGAGTAATAGTAATGAGTATTTAAAAAGAGATTTTGCA
ATTTTTAAAAATTGTAATGTTTCAATGACAACTGTTCACTCAGGAATTTT
TTTACGTGATATTTAAGCAAAAACATCTGATCTTAGATAGAAACAGATCT
AGTTCAAATTTCATCACACAGATTCAGAGGAAAAGAAAATTGATTTGCAG
GATCATTGTTTTGCCAGGAGGAGAGCTGCTTATTTGAAACTGATCTTTCC
AATGACCTATTAATTTTAGAGGAATAAAGCCTGTTTTTTTTTCAACCGTG
ATGATAGGAAAGTGGTAACCTTTCAACCGTGAGAATAGCCCAGTGGTAAC
CTTTCAACCGTGAGAATAGGCCAGTGGTGACCTTTGGAAAAATCTTATAC
GAACAGAACTTCTGCAAAGATGATTGTATAAAATATGTCTTTATTTTAAA
GCCTTTGATAAACTCAACCCTGAATGGTTGTAATCACAGGTCCAAAGCTT
CAGTAATCTGCAAATCTAAGGGGTACTTGACTTCAGTTTTTATTTTTATT
ATACATTATTTTTCTTTGATGTTTACATTTGATCTTTTGATGACATAAAC
TTTGGTGTTTCATTTCTCCGAACTTCATCTTTCAAAATTAATGTCATGAG
GGCTTTTTAAACAAACACTAGGCCTTAATTTTCTTCTAGGGGTGATTCTT
TATTGCAATATAGATTTCTAATATAAAAACTTTTACTTAGATGGAGAATA
TTATTGCAAGTTGTTTTCATTTTTACTTTGTTTGAAAGAAAAAGATATTT
TGAGAAACAATTGCTCTATAAGATTATATATTACACCTTGGAAACTGTAT
AAATTTTTCATTACATATTCTCATTGAGAAATAAAATAAGGAAAAATACA
AAGATATCATGGGGTTTTTTGAATTGTTTAGAATAATAGCTTTCAAGAGA
AAAAATTGTTTCCAAATACAATTATTTAAATGCTGCTGACAAATCTTGTA
AAAAAAGGTCATCAAACTTTTTTTAATATTCAATCTGATGAGAAATCTAT
TGAAAGATTGCAAAAAATCCGCTTTTCTTGAACAAAACTAATAGATTGTG
AAATGCTCATGTGGTATTGTAATTAAACTATTTTGAGTTTCATTCAGTAA
ACTATCTGAATAGCATGTGGTAAACATAATCACTCTAGAGTTGAAAATCT
TTTATGTTTATCATTTAAAAAGCGCAGTGATTTTGAACCTCTAATGATCG
TCATTAAATATATCATTAACATAGTTTAAAATTTGCAAACAAAATCATTT
GTAAGTTTGATTTTGATTCTTATCTTGAAGTCTAAGAAAAAATCACCAGC
TTAAAAAATCTTGTTTATATACTATGTTGNATCACACAGATTCAGAGGAA
AAGAAAATTGATTTGCAGGATCATTGTTTTGCCAGGAGGAGAGCTGCTTA
TTTGAAACTGATCTTTCCAATGACCTATTAATTTTAGAGGAATAAAGCCT
GTTTTTTTTTCAACCGTGATGATAGGAAAGTGGTAACCTTTCAACCGTGA
GAATAGCCCAGTGGTAACCTTTCAACCGTGAGAATAGGCCAGTGGTGACC
TTTGGAAAAATCTTATACGAACAGAACTTCTGCAAAGATGATTGTATAAA
ATATGTCTTTATTTTAAAGCCTTTGATAAACTCAACCCTGAATGGTTGTT
ATCACAGGTCCAAAGCTTCAGTAATCTGCAAATCTAAGGGGTACTTGACT
TCAGTTTTTATTTTTATTATACATTATTTTTCTTTGATGTTTAGCTTTGA
TCTTTTGATGACATAAATTTTGGTGTTTCATTTCTCCGAACTTCATCTTT
CAAAATTAATGTCATGAGGGCTTTTTAAACAAACACTAGGCCTTAATTTT
CTTCTAGGGGTGATTCTTTATTGCAATATAGATTTCTAATATAAAAACTT
TTACTTAGATGGAGAATATTATTGCAAGTTGTTTTCATTTTTACTTTGTT
TGAAAGAAAAAGATATTTTGAGAAACAATTGCTCTATAAGATTATATATT
ACACCTTGGAAACTGTATAAATTTTTCATTACATATTCTCATTGAGAAAT
AAAATAAGGAAAAATACAAAGATATCATGGGGTTTTTTGAATTGTTTAGA
ATAATAGCTTTCAAGAGAAAAAATTGTTTCCAAATACAATGATTTAAATG
CTGCTGAAAAATCTTGTAAAAAAAGGTCATCAAACTTTTTTTAATATTCA
ATCAGATGAGAAAGTCTATTGAAAGATTGCAAAAAATCCGCTTTTCTTGA
ACAAAACTAATAAATTGTGAAATGCTCATGTGGTATTGTAATTAAACTAT
TTTGAGTTTCATTCAGTAAACTATCTGAATAGCATGTGGTCAACATAATC
ACTCTAGAGCTGAAAATCTTTTATGTTTATCATTTAAAAAGCGCAGTGAT
TTTGAACCTCTAATGACCGTCATTAAATATATCATTAACATAGTTTAAAA
TTTGCAAACAAAATCATTTGTAAGTTTGATTTTGATTCTTATCTTGAAGT
CTAAGAAAAAATCACCAGCTTAAAAAATCTTGTTTATATACTATGTTGTG
CTTAACCTTGACAACTTCCCGGTAAAAGGTCAAATGGGTGTCCTCACAAC
AACAAAGATCTCACGTTACATTTCCTGACCTTAAGATCGTTTCTCTAAAT
ATTACACCGAAGAGTTTAATTCGCATCATCATGCCTGGTTGTCAATGACA
TTTTACTTTCTCTTGGATGCTTACATAATTCTTGCAAAATGCTTTGCCTG
TGTCCTGTAAAAGTATTTTAAGGGTCATTAAGTTAAAAACAAGGAAACTT
AAAAAAGTATATTAATTTTAAATTCTTTTAAAACACGTATGGTCTAGTAG
CTCTAACTGCCTCAGAACTTTTTGCAAATCTTTTTTCAAAACTTTTGTGG
TTCTTTTTGTGGAAATGTTTCTGTTCATATTTAAATCATATTTTCTTCTT
TGTCGTGGTTGAAAGACCTCTCCTTTTCACTTTAATAAAAAGTGATTTGT
GGGCTGACCTATTTTTTTCTCTTCTTCCTTCCAAACAAAAATCAAGCTCC
TTTAAAATTCCCTTATTTAATTTATAAACTTTTTTTCTGTTCTATTTCAA
TGGAAAGTTTGTCTAATCAAATTTTAAAGTGATATTGATTTAAGGCTTAT
CGCAAATATACCTCGCTAGAGAAATTTAATCATGGTAGACTTATTATTGG
GAAATCGTTTTAAATTCTGTTTTTATAATTTCTCAATAGCAAGTCCTACT
ACCTACCAGACAAAATCAACAAATCTGTTTCAGTTTCACAATTGCAACTC
AATGTTGTAACCAATTAACGAAATTGTCATTGAGTCATCAAATTTTCTTG
TTCTATTGATAAAGTGTTGATGTGATGATTGATCGATGGCCTCCTTATCA
TACAAAAAATGTCTCGTGGCATGTGGATCTGTTTTAAGAGATGTGTTTTA
AGATTATAATGAGCTCTATTTTTTGTATAAAACTATTAGATTTTTCTTTT
TCTTAATCATAAGGTTTAATATGTATAACCTTTTCCAAAAGATTTAGGAA
TAATAAAATTACATGTTCCACCTTTCCATATTGAAAATCGACCTGACAAT
TTTTCTATGAACCTTGTATCTAGAAACAAATCTAAAACATCGTGTTCTGT
TTACTTTGTAGGCTCGAAATGTAGGGAAAGCATACCTTTGTACTAAAGAT
CTTTCACAAAATGGAACTACTACCACCTGGATTCACCAAGACAAAACAGT
CATGTTGGTCATCGAGAAGAAGGAAACACTGATGCCAATATGGGCAAAAA
TCATTTTGATTGGTGTCCTCATGGTTCTCTCTGGAATGTTCTCTGGTTTG
AATCTCGGGCTGATGGCTCTGGATGTCCAAGAATTGAAATTGGTTTCTAA
GAGTGGAACACCTCGACAAAAGAGATATGCCAAAAAGATTGAACCTGTTC
GTCGTCAAGGGAATTTCCTCCTGTGTACATTGTTGCTAGGTAACACGTTA
GTCAATTCATCCTTCACTATTTTGTTGGACAGTTTGACCAGTGGTATCGT
TGCAGTTGTTGGTTCAACAATGGCTATTGTCATCTTTGGTGAGATCGTAC
CACAAAGTATTTGTTCCCGTTATGGCTTAGCAGTTGGTGCGTTCACCATC
AACATGACCAAACTTTTCATGATCCTTACCTTCCCGCTCTCTTTCCCAAT
CAGTAAACTTCTCGATTGCATCCTTGGCAAGGAGATCGGAAATGTATATT
CCAAGAAGCAATTATTGGAGTTGTTAAACATTCAGAATGAATTCAATGAT
TTGGAGCAAGACGAAGTTGGCATCATCTCTGGTGCGTTGAAGTACAAAGA
CAAAACAGTATCTGAAGTGATGACAGCCATTGACGATTGTTTCCTGTTAG
ACGAAGAAGCCATCTTGGATTTTAAAACAATGTCTTCGATCGTTAAAAGT
GGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1575043694:51034..51397 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1575043694:51034..51397 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1575043694:43945..44736 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1575043694:43945..44736 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1510915933:51034..51397 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1510915933:51034..51397 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1510915933:43945..44736 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1510915933:43945..44736 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1491911889:51034..51397 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1491911889:51034..51397 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022231-exon-sc0000408-1491911889:43945..44736 | TCONS_00022231-exon-sc0000408-1491911889:43945..44736 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000408 | supercontig | sc0000408:43945..51397 - |
Blast
BLAST of TCONS_00022231 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CNNM2 (Metal transporter CNNM2 OS=Homo sapiens GN=CNNM2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 287.345 bits (734), Expect = 4.241e-88 Identity = 152/247 (61.54%), Postives = 201/247 (81.38%), Query Frame = 2
Query: 425 TTWIHQD--KTVMLVIEKKETLMPIWAKIILIGVLMVLSGMFSGLNLGLMALDVQELKLVSKSGTPRQKRYAKKIEPVRRQXXXXXXXXXXXXXXVNSSFTILLDSLT-SGIVAVVGSTMAIVIFGEIVPQSICSRYGLAVGAFTINMTKLFMILTFPLSFPISKLLDCILGKEIGNVYSKKQLLELLNIQNEFNDLEQDEVGIISGALKYKDKTVSEVMTAIDDCFLLDEEAILDFKTMSSIVKSG 1156
TTWI+ D T M+V E+K+ L+P W ++I I +L+ LSGMFSGLNLGLMALD EL++V GT ++K YAK+IEPVRRQGN+LLC+LLLGN LVN++ TILLD + SG+VAVV ST+ IVIFGEIVPQ+ICSR+GLAVGA TI +TK FM++TFP S+P+SKLLDC+LG+EIG VY++++LLE+L + + +NDL ++E+ II GAL+ + KTV +VMT + DCF++ EAILDF TMS I++SG
Sbjct: 231 TTWIYHDGEDTKMIVGEEKKFLLPFWLQVIFISLLLCLSGMFSGLNLGLMALDPMELRIVQNCGTEKEKNYAKRIEPVRRQGNYLLCSLLLGNVLVNTTLTILLDDIAGSGLVAVVVSTIGIVIFGEIVPQAICSRHGLAVGANTIFLTKFFMMMTFPASYPVSKLLDCVLGQEIGTVYNREKLLEMLRVTDPYNDLVKEELNIIQGALELRTKTVEDVMTPLRDCFMITGEAILDFNTMSEIMESG 477
The following BLAST results are available for this feature:
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